2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 각종 차량, 동 부분품의 제조‧판매업 등을 영위하는 회사이고, BBB 주식회사(이하 'BBB'라고 한다)는 각종 자동차 및 수송용 기계기구, 동 부분품의 제조‧판매업 등을 영위하는 회사로서 CCC 기업집단에 속한 계열회사이다.

나. 원고는 1998. 12.경 BBB의 지분을 인수한 후 2004. 6.경부터 원고와 CCC가 보유하던 연구소를 순차로 통합하는 과정에서 아래와 같은 공동 연구개발 약정을 체결하여 공동연구개발 및 비용분담에 관한 사항 등을 정하였고, 2011. 12.경 원고와 BBB의 연구소가 원고의 DDD로 완전히 통합되었다.

공동 연구개발 약정서

제4조(용어의 정의)

2. 연구개발투자란 프로젝트화 이전 미래의 경제적 효과를 기대할 수 있는 선행개발투자로 순수 선행부분 연구개발투자와 차량부문 연구개발투자로 구분한다.

제6조(인원 및 장비의 제공)

공동 연구개발과 관련한 인원 및 장비는 갑과 을이 공동으로 제공하며 제공된 인원 및 장비는 제공한 회사의 소속 및 소유로 한다.

제7조(비용의 선급 지출)

공동 연구개발과 관련하여 필요한 비용은 갑(또는 을)이 선 지출한다.

단, 인건비 및 인건비 관련 복리후생비는 각 연구소 인원의 소속회사에서 지급한다.

제8조(소요 비용의 정산)

3. 연구개발투자

공동 연구개발 활동에 대한 발생비용은 직전년도 양사 매출액 비율에 의거 안분 후 이자금을 포함하여 갑과 을이 매월 정산한다.

제9조(비용의 정산 시점)

1. 일시 정산하는 경우를 제외한 모든 비용의 정산시점은 당월에 필요한 비용에 대하여 익월 말일까지 정산한다.

2. 본 계약에서 정한 지불일정의 지연이 발생하는 경우에는 국세청장이 고시하는 인정 이자율을 계산한 금액을 가산하여 수수한다.

3. 정산대금은 양사 공히 현금으로 수수한다.

다. 원고와 BBB는 위 공동 연구개발 약정에 따라 직전 사업연도 매출액 비율

에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 공동경비를 분담하고, 위 각 회사는 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대해서 상대방으로부터 정산금을 각 지급받았다.

라. 원고는 2008년 2기부터 2011년 2기까지 부가가치세 신고 시 기술개발과 관련하여 발생한 공동경비 중 인건비 등을 제외한 외부비용(이하 '이 사건 연구비'라고 한다) 전부의 매입세액을 위 기간의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고‧납부하였다.

마. OO지방국세청장은 2013. 9. 3.부터 2013. 12. 31.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 이 사건 연구비 중 원고의 분담비율을 초과하는 금액에 대해서는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 해당 부분에 대한 매입세액을 불공제하라는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 이에 따라 피고는 2014. 1. 14. 2008년 2기 부가가치세 OOO원을, 2014. 7. 4. 2009년 1기부터 2011년 2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 각 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였고, 이후 OO지방국세청장은 직권으로 2008 년 2기 부가가치세를 OOO원으로 감액하는 결정을 하였다.

사. 이에 대하여 원고가 이의신청을 제기하였으나 □□지방국세청장은 2014. 9. 26.이를 기각하는 결정을 하였고, 원고가 다시 조세심판청구를 하였으나 조세심판원으로 부터 청구일로부터 90일이 경과하도록 결정을 받지 못하자 이 사건 소송을 제기하였으며, 조세심판원은 2015. 3. 4. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 연구비는 원고의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역의 대가이므로 그 매입세액은 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항에 따라 전액 매출세액에서 공제되어야 한다.

2) 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호는 '사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한매입세액'은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항은 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위를 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제48조 등에 따라 결정하도록 하고 있는데, 공동경비의 손금산입 범위를 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제48조에서 말하는 공동경비에는 이 사건 연구비와 같은 외부비용뿐만 아니라 인건비 등 내부비용도 포함되므로 이를 합산한 전체 공동경비를 직전 사업연도 매출액 비율로 안분한 후 원고의 안분액을 넘지 않는 외부비용에 대해서는 그 매입세액 전액이 공제되어야 한다.

3) 설령 외부비용만을 기준으로 분담금액을 산정한다고 하더라도, 원고가 지출한 외부비용에는 부가가치세 과세대상 거래가 아니거나 부가가치세가 면제되는 거래도 포함되어 있는데, 이 사건 연구비에서 이 부분을 제외하고 부가가치세 과세대상이 되는 지출만 놓고 보면 이 역시 외부비용만을 기준으로 산정한 원고의 분담금액을 초과하지 않으므로, 이 사건 연구비에 포함된 매입세액은 전부 공제되어야 한다.

피고는 외부비용 중에서도 부가가치세 과세대상 거래금액만을 매출액 비율로 안분하는 전제에서 이 사건 처분을 하였으나, 이는 관련 부가가치세 법령 및 법인세법 시행령 조항의 문언에도 반하고, 지출된 비용 중 사업관련성 여부를 먼저 따진 후 매입세액 공제 여부를 결정하여야 함에도 지출된 비용 자체를 부가가치세 과세대상 거래에서 발생된 것으로 한정한 후 그 사업관련성 여부를 판단한 것으로 판단의 선후를 그르쳤다는 점에서도 부당하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 공동사업에서의 사업관련성

구 부가가치세법 제17조 제1항은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화또는 용역의 공급에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제3호는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 않는 것으로 규정하고 있다.

구 부가가치세법 제17조 제2항은 매입세액의 공제 여부를 명확히 하기 위해 부가가치세의 원리상 당연히 인정되는 경우를 열거한 것으로 제17조 제1항의 반대해석에 의하여 당연히 불공제되어야 하는 것을 규정한 것이므로(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 판결 참조), 양 조항에서 말하는 사업관련성은 동일한 의미로 해석되어야 한다.

한편 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항은 공동사업의 경우 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위에 관하여, 공동경비 중 손금에 산입되는 범위를 매출액 비율에 따른 안분금액으로 한정하고 있는 구 법인세법 시행령 제48조를 준용하도록 하고 있는데, 이는 공동으로 지출한 경비가 그 지출 내역 자체는 사업관련성이 있다 하더라도 사업자별로 매입세액을 공제받을 수 있는 지출의 범위를 매출액 비율에 따른 안분금액으로 한정하는 것으로서 결국 사업관련성 자체를 매출비율로 의제하는 것으로 볼 수 있다.

따라서 이 사건 연구비가 사업관련성이 있기 때문에 그 매입세액이 전액 공제되어야 한다는 원고의 주장은 이 사건 연구비가 공동경비 중 사업관련성이 있는 것으로 의제되는 매출비율에 따른 안분금액의 범위 내에 있을 때에만 타당하고, 이는 결국 구 법인세법 시행령 제48조에 의하여 매출비율에 따라 안분금액을 산정하는 기준이 되는 공동경비를 어떻게 파악할 것인가의 문제로 귀착된다. 즉 원고가 BBB와 공동기술개발을 위해 지출한 경비 중 이 사건 연구비와 같은 외부비용만을 기준으로 분담금액을 산정하는 경우에는 그 중 원고의 매출액 비율을 초과하는 금액은 매입세액 불공제 대상이 될 것이나, 인건비 등 내부비용을 포함하여 지출한 전체 공동경비를 기준으로 분담금액을 산정하는 경우에는 이 사건 연구비가 전체 공동경비 중 원고의 매출액 비율에 따른 분담금액을 초과하지 않는 한 이 사건 연구비에 관한 매입세액 전부를 공제 받을 수 있게 된다.

이 점에 관하여는 항을 나누어서 살펴 본다.

2) 부가가치세 매입세액의 공제 범위에 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조 중

'공동경비'의 의미

구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항은 사업과 직접 관련이 없어 매입세액이 공제 되지 않는 지출의 범위에 관하여 구 법인세법 시행령 제48조 등을 준용하고 있고, 구법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목은 원고와 BBB와 같이 특수관계에 있는 비출자공동사업자가 공동사업과 관련하여 지출한 손비 중 매출액 비율에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 않는 것으로 규정하고 있다.

원고는 이 사건 연구비로 지출한 금액이 구 법인세법 시행령 제48조에서 공동경비의 손금산입을 허용하고 있는 금액 즉, 원고의 매출액 비율에 따른 '분담금액'을 넘지 아니하므로 이 사건 연구비에 관한 매입세액 전부가 공제되어야 한다고 주장한다.

그러나 아래와 같은 이유에서, 구 법인세법 시행령 제48조에서 말하는 공동경비는부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 준용될 때에는 법인세의 경우와는 달리 매입세액 공제 여부가 문제되는 지출 즉, 외부비용 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 봄이 상당하다.

① 특정 세목을 규율하는 법령의 규정이 다른 세목을 규율하는 법령의 규정을 준용하는 경우에 준용의 범위를 명시적으로 제한하고 있지 않더라도 준용규정을 둔 조세법령이 규율하고자 하는 조세의 본질에 반하지 않는 한도 내에서만 다른 조세법령의 규정이 준용된다고 보아야 한다.

② 법인세는 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 각 사업연도의 소득에 대해 과세하는 것으로서 당해 법인이 지출한 경비 중 사업관련성이 있고 통상적인 것이라면 인건비 등 내부비용을 포함한 모든 비용을 손비로 산정하게 되나, 부가가치세는 재화 또는 용역의 생산, 유통단계에서 창출된 부가가치를 과세대상으로 하므로 매출세액의 형태로 매입세액을 전가시키는 거래의 경우에만 매입세액으로 공제받을 수 있다.

'사업관련성'을 요건으로 하는 점에서는 양자가 공통되나, 법인세는 법인의 소득을

과세대상으로 하므로 사업관련성이 있는 비용이라면 그것이 부가가치세 과세대상인지 여부와 관계없이 지출된 비용 전부가 손금에 산입될 수 있는 반면 부가가치세의 경우에는 사업관련성이 있는 지출이라 하더라도 그 거래가 부가가치세법상 과세대상이 아니라면 애당초 매입세액이 발생하지 아니하여 그 공제 여부가 문제될 여지도 없다는 점에서 본질적인 차이가 있다.

따라서 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항이 매입세액이 공제되지 않는 지출의

범위에 관하여 구 법인세법 시행령 제48조를 준용하고 있고 법문상 준용의 범위를 명시적으로 제한하고 있지는 않지만, 부가가치세의 본질에 반하지 않는 한도 내에서만 준용된다고 봄이 상당하다.

③ 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호, 동법 시행령 제60조 제3항, 구 법인세법

시행령 제48조가 공동사업자인 법인이 공동사업을 위해 지출한 비용 중 분담금액을 초과하는 금액을 사업과 관련이 없는 것으로 보아 매입세액을 불공제하도록 규정한 것은 공동사업을 영위하는 법인 중 어느 일방이 제공받은 재화 또는 용역 가운데 각 법인이 분담금액을 초과하여 지출한 부분은 통상의 경우 내부적으로 정산이 예정되어 있어 부담의 귀속주체가 실질적으로는 다르다는 점을 고려하여 각 법인에게 실제로 귀속되는 부담부분에 대해서만 사업관련성이 있는 것으로 의제함으로써 이를 초과하는 부분은 매입세액을 공제하지 않으려는 데 그 취지가 있는 것으로 볼 수 있다.

따라서 구 법인세법 시행령 제48조 제1항이 원래의 적용영역인 법인세의 손금산입

범위를 정하기 위하여 매출액 비율로 분담금액을 산정하는 단계에서 그 기준이 되는 공동경비는 부가가치세 과세대상인지 여부를 불문하고 내부비용까지 포함한 전체 공동경비를 의미한다.

그러나 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 위 조항을 준용할 경우에는 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 매입세액의 공제가 허용되는 지출의 범위가 문제되는 것이므로, 이 경우 매출액 비율로 분담금액을 산출할 때 기준이 되는 공동경비 역시 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 보아야 한다.

이처럼 구 법인세법 시행령 제48조에서 말하는 공동경비는 법인세의 손금산입 단계에서는 내부비용ㆍ외부비용을 막론하고 사업관련성이 있는 지출 전체를 의미하는 것이지만, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 준용되는 경우에는 외부비용, 그중에서도 부가가치세 과세대상이 되는 지출만 의미한다고 새기는 것이 준용의 취지에 부합하는 해석방법이다.

④ 이와 달리 원고의 주장처럼 구 법인세법 시행령 제48조를 부가가치세 매입공제의 경우에도 문언 그대로 적용한다면, 부가가치세 과세대상이 되지 않아 매입공제 여부가 문제되지 않는 내부비용이나 부가가치세가 면제되는 매입금액까지도 매입세액 공제 계산에 포함되게 된다는 점에서 부당하다.

⑤ 한편, 부가가치세법 시행규칙 제18조 제2항에 의하면 동업자가 조직한 조합 또는 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우 사업자가 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 당해 명의자는 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위 안에서 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하는 방법으로 공동사업과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있는 길을 열어놓고 있으므로 과세기관이 부당하게 이익을 얻는 것으로 볼 수도 없다.

3) 소결

따라서 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출을 기준으로 원고의 매출액비율에 따라 안분금액을 산출하고, 이를 초과하는 매입에 대해서는 매입세액이 공제될 수 없으므로 피고가 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 법인세와 부가가치세의 본질적 차이를 간과한 것이므로 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.