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서울행정법원 2020.04.02 2019구합68978

법인세부과처분취소

주문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위 등 1) 원고들은 해외자원개발사업 등에 자산을 투자운용하여 그 수익을 주주에게 배분하는 것을 목적으로 해외자원개발 사업법에 따라 설립된 해외자원개발 투자회사로서 원고 1은 2012. 6. 13.에, 원고 2는 2011. 8. 2.에 각 설립되었다. 2) 원고들은 각 정관으로 사업연도의 기간을 3개월로 정하여, 원고 1은 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 말일을, 원고 2는 매년 3월, 6월, 9월, 12월의 각 5일을 각 사업연도의 종료일로 정하고 있다.

나. 과세표준 0원으로 하는 법인세 신고 1) 원고 1은 2016. 9. 25. ‘2016. 4. 1. ~ 2016. 6. 30. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 27,279,906,100원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다. 2) 원고 2는 2016. 9. 25. ‘2016. 3. 6. ~ 2016. 6. 5. 사업연도’에 대한 법인세 신고를 하면서 소득금액 10,781,647,934원에서 같은 금액의 이월결손금을 공제하여 과세표준을 0원으로 기재하였다.

다. 이월결손금 공제 한도에 관한 법인세법 개정 법인세법이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되면서 제13조 단서에 이월결손금의 공제한도가 신설되었다

(이하 위 단서조항을 ‘이 사건 단서조항’이라 한다). 2016. 1. 1.부터 시행되는 이 사건 단서조항에 따르면, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업 또는 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하지 않는 모든 내국법인은 소득의 100분의 80까지만 이월결손금 공제를 받을 수 있게 되었다. 라.

이 사건 각 처분 피고는, 원고들이 '조세특례제한법이 규정한 중소기업에 해당하지 않고 이 사건 단서조항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 각...