1. 상고이유 제1점에 대하여

구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 는 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 해당 국세의 과세표준과 조사의 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 하고( 제1항 ), 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있으며( 제2항 ), 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다( 제3항 )고 규정하고 있다.

구 국세기본법 제16조 는 그 문언에서 보는 바와 같이 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때를 전제로, 정부가 장부와 다른 내용으로 과세할 경우 납세의무자의 절차적 권익을 보호하기 위해 ‘기장의 내용과 상이한 사실’이나 ‘기장에 누락된 것’을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하도록 하고 있다. 따라서 납세의무자가 세법에서 요구하는 장부를 비치·기장하지 않은 경우에는 구 국세기본법 제16조 제3항 이 적용되지 않는다고 할 것이다.

원고가 사업 관련 장부를 분실하였다고 주장하며 이를 제출하지 않고 있는 이 사건에서 원심은 장부가 분실된 경우에는 구 국세기본법 제16조 제3항 이 적용되지 않는다는 취지로 판단하였다.

위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 옳고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 국세기본법 제16조 에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 해당 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한 해당 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다( 대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 우체국계좌에 2005. 11. 21. 입금된 금액이 주차장 수입과 무관하다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다는 이유로 위 금액을 이 사건 사업장의 공급가액에서 공제하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.

위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 조치는 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 증명책임에 관한 법리를 오해하고, 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의를 한계를 벗어나거나, 석명의무를 위반한 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.