나머지 상고를 기각한다.

1. 이 사건 각 종합소득세 부과처분과 2004년 제1기, 2004년 제2기, 2005년 제1기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분에 관한 부분

원심판결 이유 및 원심이 일부 인용한 제1심 판결 이유에 의하면, 원심은 제1심법원이 든 여러 사정에다가, 원고가 소득세법 제160조의5에 따른 사업용 계좌로 이 사건 계좌를 신고한 것이 2007. 6. 25.이고, 그 이전에 이 사건 계좌에 여러 가지 성격의 금원이 입금된 이상 이 사건 계좌에 입금된 모든 금액을 이 사건 장례식장 또는 장례식당 운영으로 얻은 수입금액이라고 볼 수 없는 점을 보태어 보면, 원고가 이 사건 계좌에 입금된 금원의 성격을 입증할 적극적인 자료가 없다는 이유만으로 이 사건 계좌에 입금된 금원을 원고가 이 사건 장례식장 또는 장례식당 운영으로 얻은 소득으로 추정하기 어렵고, 조세소송에서의 과세관청 입증책임 원칙으로 돌아가 달리 경험칙에 비추어 이 사건 계좌에 입금된 금원을 원고가 이 사건 장례식장 또는 장례식당 운영으로 얻은 소득으로 추정할 수 있는 사정이 없다고 판단하고, 그럼에도 피고가 만연히 이 사건 계좌에 입금된 금원 전부를 원고의 수입금액으로 보고 이를 토대로 이 사건 각 처분을 한 것은 근거과세원칙에 위배되며, 원고가 이 사건 장례식당을 운영한 기간의 수입금액을 원고가 이 사건 장례식장 및 장례식당을 함께 운영한 기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 금액 중 27.91% 상당액으로 보고 부가가치세 부과처분을 한 것도 추계과세의 요건을 갖추지 못하여 위법하다는 이유로 위 각 처분 전부를 취소한 제1심 판결을 유지하였다.

그러나 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이므로 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로 그 부분을 취소하여야 하고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조), 과세처분 취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결 등 참조).

기록에 의하면, 원고는 실지수입의 증빙자료로 2003년도부터 2007년도까지의 계산서(이하 '이 사건 계산서'라고 한다)를 제출하면서 연도별 수입금액이 원고가 당초 신고시에 신고한 금액보다 많은 금액으로서 합계 000원임을 스스로 인정하였고, 한편 ① 이 사건 계산서는 이 사건 장례식장의 사무장이었던 이AA이 장례식 종료 후 퇴실에 앞서 모든 고객과의 사이에서 소요된 물품 등의 내역을 상세히 설명한 후 계산서 내용을 기재하고, 품목별 비용 및 장례비 합계 액수에 관한 고객의 최종 확인・열람을 거쳐 작성한 것인 점, ② 원하는 고객들에 대하여 계산서 사본이 교부되었고, 상당수의 계산서에는 고객들의 자필 서명이 되어 있는 점, ③ 이 사건 계산서는 세무조사 등과 무관하게 각 장례식 건별로 원고와 고객 사이에서 정산을 위하여 작성된 내부문서인 점, ④ 위 이AA은 제1심 증언 당시 제시된 계산서 원본이 자신이 관리하던 당시의 계산서와 일치한다고 진술한 점, ⑤ 이 사건 계산서의 내용은 원고가 관련 법령에 따라 중랑구청에 신고한 염습 등 위생처리 관리대상의 내용과 일치하는 점, ⑥ 이 사건 계산서의 장례비용 특히 장례식장 비용은 서울시 소재 장례식장의 일반적인 비용 수준에 부합하는 점 등을 알 수 있는바, 이와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 계산서는 원고의 연도별 수입을 정확히 반영하는 자료로 볼 수 있다.

그렇다면 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원심으로서는 이 사건 각 종합소득세 부과처분과 2004년 제1기, 2004년 제2기, 2005년 제1기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부를 판단함에 있어, 이 사건 계산서에 근거한 수입을 토대로 적절한 세액을 산정하였어야 함에도, 이 사건 계산서에 기인한 수입에 관한 아무런 심리도 하지 아니한 채 위와 같은 세액 산출 과정에 잘못이 있다는 이유만으로 위 각 부과처분을 전부 취소하였는바, 이와 같은 원심판결에는 과세처분 취소소송에서의 심판의 범위에 관한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유가 있다.

2. 2003년 제2기 부가가치세 부과처분에 관한 부분

앞서 본 바와 같이 원심은 이 사건 계산서에 기인한 수입에 관한 아무런 심리도 하지 아니한 채 위와 같은 세액 산출 과정에 잘못이 있다는 이유만으로 위 부과처분을 전부 취소한 위법이 있으나, 2003년 제2기 부가가치세 부과처분의 경우 이 사건 계산서에 따라 세액을 산정하면 오히려 환급세액이 발생함을 알 수 있고, 이는 피고가 제출한 상고이유서의 기재에 의하더라도 분명하다.

그렇다면 원심판결 중 2003년 제2기 부가가치세 부과처분 부분에 관하여는 상고이유의 주장과 같이 자백의 법리나 과세처분 취소소송에서의 심판의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 각 종합소득세 부과처분과 2004년 제1기, 2004년 제2기, 2005년 제1기, 2006년 제1기 각 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.