2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 주식회사 ○○지금상사(이하 '○○지금상사'라 한다)는 2003. 2. 27. 서울 ○○구 ○○동 ○○-1 ○○빌딩 2층 202호에서 지금 도소매업 등을 목적으로 설립되어 2003. 3. 3. 개업하였다가 2004. 9. 30. 폐업하였는데{2004. 7. 30. 대표이사가 원고(선정당사자, 이하 '원고'라 한다)에서 이○복으로 변경되었다}, 아래 표 기재와 같이 2003. 3. 27.과 2003. 4. 17. 주식회사 ○○스쥬얼리(이하 '○○스쥬얼리'라 한다)로부터 매입세금계산서 2매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 2003년 제1기분 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하여 신고하고, 2003 사업연도 법인세 신고시 이를 매입원가로 손금산입하여 신고하였다.

순번

거래일자

거래품목

거래수량

매수

공급가액(원)

세액(원)

합계금액(원)

1

2003. 3. 27.

지금

3kg

1

38,690,907

3,869,090

42,559,997

2

2003. 4. 17.

지금

3kg

1

37,200,000

3,720,000

40,920,000

나. 피고는 남대문세무서장으로부터 ○○스쥬얼리가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상이라는 과세자료를 통보받고, 2007. 1.경 ○○지금상사에 대하여 이 사건 세금계산서사가 실물거래 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 그 매입세액을 불공제하여 2003년 제1기분 부가가치세(가산세 포함) 19,578,100원을 납부기한 2007. 1. 31.로 정하여 부과하고, 이 사건 세금계산서상의 거래가 가공거래인 것으로 보아 그 공급가액을 손금부인하고 익금에 가산하여 2003 사업연도 법인세(가산세 포함) 17,129,880원을 납부기한 2007. 1. 31.로 정하여 부과하였다(이하 '이 사건 선행처분'이라 한다).

다. ○○지금상사는 위 부가가치세와 법인세를 납부하지 않았고, 피고는 ○○지금상사의 재산으로 그 체납세액을 충당하기에 부족한 것으로 보고 위 부가가치세와 법인세의 납세의무성립일 당시 원고와 그의 처인 선○자가 ○○지금상사의 주식 합계 99.5%(원고 99.25% + 선○자 0.25%)를 보유한 과점주주로서 그 경영을 사실상 지배한 것으로 보아, 2007. 3. 27. 원고와 선○자를 ○○지금상사의 체납세액에 관한 제2차 납세의무자로 지정하여 그 체납세액 중 원고와 선○자의 각 소유주식 비율에 상응하는 금액으로서 원고에게 부가가치세 19,431,260원과 가산금 582,930원, 중가산금 233,160원 및 법인세 17,001,400원과 가산금 510,030원, 중가산금 204,000원을 납부통지하고, 선○자에게 부가가치세 48,940원과 가산금 1,460원, 중가산금 580원 및 법인세 42,820원과 가산금 1,280원, 중가산금 510원을 납부통지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고와 선○자는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2007. 8. 17. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2007. 12. 27. 그 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 제2호증의 1, 2, 제3호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

○○지금상사는 ○○스쥬얼리로부터 이 사건 세금계산서에 상응하는 지금을 매입하고 그 대금을 송금하는 등 ○○스쥬얼리와 사이에 정상적인 지금거래를 하였는바, ○○스쥬얼리가 자료상으로 고발된 업체라는 이유만으로 ○○지금상사가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 보아 ○○지금상사에 대하여 부가가치세와 법인세를 부과한 이 사건 선행처분은 위법하고, 따라서 이 사건 선행처분에 따른 ○○지금상사의 체납세액에 관하여 원고와 선○자를 제2차 납세의무자로 지정하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

(1) 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 참조), 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지는 경우에 한하여 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하여야 한다.

(2) 이 사건의 경우, 을 제3호증의 1, 2, 3의 각 기재에 의하면, 남대문세무서장이 2001. 3. 5.부터 2003. 12. 31.까지 기간의 ○○스쥬얼리 및 그 매입⋅매출처에 대한 자료상 혐의 조사를 실시하여 ○○스쥬얼리를 자료상으로 판정하고 ○○스쥬얼리와 그 대표자인 조○호를 고발한 사실은 인정되나, 한편 갑 제1, 2, 4, 5, 6, 10, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상과 증인 최○규의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ○○스쥬얼리가 남대문세무서장으로부터 자료상으로 조사받을 당시 ○○스쥬얼리가 ○○지금상사에 실물거래 없이 허위의 이 사건 세금계산서를 교부하였다는 사실이 직접 조사되어 확인된 것은 아니고, 이 사건 변론에 나타난 자료를 종합하여 보아도 ○○스쥬얼리를 피고의 주장과 같이 '100% 자료상'이라고 단정하기에는 부족한 점, ② 원고와 선○자는 이 사건 세금계산서상의 거래일자에 그 매입대금 상당액을 ○○스쥬얼리의 예금계좌로 송금하였고 이를 뒷받침하는 자료로서 ○○지금상사 명의의 통장사본과 그 매입대금의 결제내역이 기재된 ○○지금상사의 거래처원장, 이 사건 세금계산서에 상응하는 지금 매입내역이 기재된 ○○지금상사의 상품매입장과 거래명세표 등을 제출한 점, ③ ○○지금상사는 지금을 매입하여 이를 절단하거나 가공하는 등으로 제작된 금제품을 소비자들에게 판매하는 사업을 실제로 영위하여 왔고, 이 사건 세금계산서상의 거래로 매입한 지금을 그러한 방식으로 판매하였다는 자료로서 ○○지금상사의 매출내역이 기재된 상품매출장과 신용카드 매출전표 등을 제출한 점, ④ ○○지금상사가 ○○스쥬얼리의 계좌로 송금한 금원이 다시 ○○지금상사에 반환되었다는 자료가 없고, ○○지금상사가 ○○스쥬얼리의 조세포탈행위에 가담하였다고 볼 만한 사정도 없는 점 등에 비추어 보면, ○○스쥬얼리와 그 대표자가 자료상으로 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 허위의 세금계산서라고 추정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 허위의 세금계산서인 것으로 보아 이루어진 ○○지금상사에 대한 이 사건 선행처분은 위법하고, 원고와 선○자에 대한 이 사건 처분 또한 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.