가. 청구인은 2004.3.12. OOO 과수원 1,398㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 1,398분의 737 지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하여 보유하다가, 2019.3.22. OOO에 양도하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도하고도 양도소득세를 신고하지 않은 사실을 확인하고, 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하여 2020.1.23. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.30. 이의신청을 거쳐 2020.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 2004.3.12. 기획부동산 법인인 OOO으로부터 쟁점토지를 OOO에 취득한 사실이 매매계약서, 영수증 및 금융이체내역 등에서 확인되므로 해당 가액을 취득가액으로 인정하여야 한다.

(1) 처분청은 청구인이 제출한 매매계약서 및 영수증 등의 신뢰성을 의심하나, OOO은 2003.6.24. 개업하여 2004.2.29. 폐업하였는바, 쟁점토지 취득 후 15년이 지난 양도시점에 연락도 되지 않는 해당 법인과 관련된 증빙을 조작한다는 것은 불가능하고, 오랜 기간이 지났음에도 영수증상의 인주가 묻어나는 것은 영수증의 재질이 두꺼운 코팅지로 되어 있어 인주가 투습되지 않았기 때문인 것이지 영수증을 조작해서 그런 것이 아니다.

(2) 취득 당시 은행거래내역이 모두 확인되지 않지만, 확인되는 거래내역 중 계약금OOO의 일부인 OOO과 OOO에서 발행한 잔금 영수증상의 금액과 정확히 일치하는 OOO의 현금출금(2004.2.3. 및 2004.3.3.) 내역이 계약서상의 매매대금 지급 사실을 증명한다 할 것임에도 영수증과 계약서상의 중도금 및 잔금의 금액이 다르다고 하여 지급 사실 전체를 부인하는 것은 불합리하다.

(3) 이 건 토지 중 쟁점토지를 제외한 나머지 1398분의 661 지분(이하 “잔여토지”라 한다)을 2004.3.12. 취득하여 소유하고 있던 OOO은 잔여토지를 OOO에 양도하고 그 취득가액을 약 OOO으로 하여 OOO에 양도소득세를 신고하였는바, OOO세무서장이 잔여토지의 취득가액을 OOO으로 인정하였다는 것은 OOO이 청구인의 경우와 같이 OOO과 거래한 매매계약서를 실지취득가액의 증빙으로 인정한 것으로 볼 수 있다.

(4) 쟁점토지의 실지취득가액의 증빙으로 매매계약서를 제출하였다면, 과세관청은 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 매매계약서상의 가액에 의해 양도차익을 산정해야 하고, 이 경우 ‘달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 있다’는 점은 과세관청이 입증해야 하나, 그러한 입증도 없이 청구인이 제출한 매매계약서상의 가액을 취득가액으로 인정하지 않는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

제출된 매매계약서, 영수증 및 금융이체내역만으로는 쟁점토지의 실지취득가액을 확인하기에 부족하므로 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 산정한 당초 처분은 정당하다.

(1) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2004.3.12. OOO에서 청구인으로 소유권이전등기되었으므로, OOO과 청구인 간의 계약에 의해 소유권이전등기 절차가 진행되었을 것으로 보이나, 청구인이 제출한 계약서는 매도인이 OOO이 아닌 OOO으로 기재되어 있어 이를 쟁점토지에 대한 정상적인 계약서로 보기 어렵다.

(2) 또한 OOO이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 청구인에게 양도하고 신고한 양도가액OOO과 청구인이 쟁점토지를 취득하고 신고한 취득세 과세표준OOO이 유사한 것으로 확인되는 반면, 제출된 계약서상의 매매금액OOO은 매도인 OOO이 신고한 양도가액과 상이하다.

(3) 영수증상 2004.2.10. 지급하였다는 OOO은 매매계약서상의 금액과 일치하지 아니하고 계좌이체내역으로 확인되지 않으며, 이체내역상 2004.2.3. 및 2004.3.3. 각 출금된 OOO도 계약서상의 대금지급 내용과 일치하지 아니하고, 그 거래내역 기재사항도 현금지급으로 되어 있을 뿐 거래 상대방이 나타나지 않아 해당 금액을 쟁점토지의 취득에 사용되었는지가 불분명하다.

(4) 특히 제출된 영수증상의 영수인이 OOO이 아닌 OOO으로 나타나고 처분청 담당자가 영수증 실물 확인 시 그 작성일이 15년이 경과하였음에도 인주가 묻어나오는 등 상태가 비교적 양호한 점을 고려하면 언제든 필요에 따라 사인 간 임의작성이 가능한 영수증을 실제 취득가액을 확인할 수 있는 신뢰할 만한 증빙으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 ｢부동산등기법｣ 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(3) 농지법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지취득가액OOO으로 적용하여야 한다며 제출한 자료 등에서 확인된 내용은 다음과 같다.

(가) OOO의 로고가 새겨진 매매계약서에 의하면, 청구인(매수인)과 OOO(매도인)은 2004.2.3. 쟁점토지에 대하여 매매대금을 OOO으로 하고 그 지급을 ‘계약금 OOO은 계약 당시, 중도금 OOO은 2004.2.10. 및 잔금 OOO은 2004.2.27. 지급’하는 것으로 하여 매매계약을 체결한다는 내용이 기재되어 있고, OOO의 법인 인감이 날인되어 있는 것으로 나타난다.

(나) OOO이 청구인에게 발급한 영수증(2매)에 의하면, ‘하나는 2004.2.10. 쟁점토지의 중도금으로 OOO을, 다른 하나(발급일자 미기재)는 쟁점토지의 잔금으로 OOO을 영수한다’는 내용이 각 기재되어 있는바, 영수증상의 합계액OOO이 위 매매계약서상의 중도금OOO 및 잔금OOO의 합계액OOO과 일치하는 것으로 확인된다.

(다) 청구인의 계좌출금내역에 의하면, 2004.2.3. 현금 OOO이, 2004.3.3. 현금 OOO이 각 출금된 것으로 나타나는바, 2004.3.3. 출금된 금액이 영수증상의 잔금OOO과 일치하는 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 위 매매계약서상의 가액을 실지취득가액으로 볼 수 없다며 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 내용 등이 확인된다.

(가) 등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 토지는 2004.2.25. OOO에게 소유권이전등기된 후 2004.3.12. 이 건 토지 중 1398분의 737 지분(쟁점토지)은 청구인 앞으로, 나머지 1398분의 661 지분(잔여토지)는 OOO 앞으로 매매를 원인으로 하여 각 이전등기(매매)되었고, 쟁점토지는 2019.3.22. OOO에게, 잔여토지는 2019.4.4. OOO에게 각 이전등기된 것으로 확인된다.

(나) OOO이 2004.3.12. 청구인과 OOO에게 쟁점토지 및 잔여토지를 양도하고 양도소득세를 신고한 자료에 의하면, OOO은 그 양도가액을 각 OOO으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(다) 청구인 및 OOO의 쟁점토지 및 잔여토지에 대한 취득세 신고․납부내역에 의하면, 2004.3.12. 취득세 과세표준을 각 OOO으로 하여 취득세를 신고한 것으로 확인된다.

(라) OOO지방국세청장이 2020.2.26. 처분청의 ‘청구인이 제출한 매매계약서 및 인영의 작성시기에 대한 문서감정 의뢰’에 대하여 회신한 공문(첨단탈세방지담당관-295)에 의하면 ‘「감정사무처리규정」 제13조 제6호에 의거 감정 불가’로 기재되어 있다.

(3) 국세통합시스템상에서 추가로 확인된 내용은 아래와 같다.

(가) OOO의 잔여토지 양도(2019.4.4.)에 대한 양도소득세 신고내역에 의하면, OOO은 2019.5.21. OOO세무서에 잔여토지의 취득가액을 OOO으로 하여 양도소득세OOO를 신고하였는바, 그 취득가액의 증빙으로 OOO이 OOO과 매매가액을 OOO으로 하여 계약체결한 매매계약서를 제출한 것으로 확인된다.

(나) OOO은 2003.6.24. OOO에서 부동산 매매업으로 개업하였다가 2004.2.29. 폐업(2008.12.1. 법인해산)되었고, OOO은 OOO의 급여를 받은 직원으로서, 이 건 토지 취득(2004.2.23.) 및 양도(2004.3.11.) 당시 이 건 토지 외에 인근의 OOO을 취득하고 양도하였으며 양도소득세 신고 시 각 토지의 ㎡당 가액을 모두 OOO으로 하여 양도가액을 계산한 것으로 확인된다.

(4) 「소득세법」 제97조 제1항 제1호에서 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하는 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 그 가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 여기서 실지거래가액이라 함은 자산의 취득대가로 지급한 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 납세자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정하여야 할 것이다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 매매계약서와 등기사항전부증명서상의 매도인이 서로 달라 계약서의 신빙성이 없으므로 그 기재된 가액을 실지거래가액으로 보기 어렵다는 의견이나, 등기사항전부증명서상의 매도인인 OOO은 매매계약서상의 매도인인 OOO의 직원으로 확인되는바, OOO은 부동산매매업을 영위하는 법인으로서, 「농지법」 제6조의 농지 소유 제한규정으로 인해 그 직원을 매도인으로 하여 쟁점토지와 그 인근 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였을 것으로 보이는 점, OOO은 2004.2.29. 폐업된 것으로 볼 때 15년이 경과한 시점에서 OOO의 로고가 새겨져 있고 인감이 날인된 매매계약서를 조작하였다고 보기는 어려운 점, 매매대금 입증자료로 제출된 영수증 및 금융거래내역에서 매매계약서상 가액OOO의 모든 거래내역이 나타나지는 않지만 영수증상의 합계액OOO이 계약서상의 중도금OOO 및 잔금OOO의 합계액과 일치하고 영수증상의 잔금OOO의 경우에는 계좌출금내역도 확인되는 점, 이 건 토지의 공유자인 장진원이 OOO과 체결한 매매계약서를 첨부하여 잔여토지에 대한 양도소득세를 신고한 것에 대하여 과세관청의 경정결정이 없었던 점, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시에는 부동산 실거래가 신고제도가 시행(2006년)되기 전이므로 그 취득세 과세표준 등을 시가보다 낮은 금액으로 하여 신고하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 제시한 매매계약서상의 가액을 쟁점토지의 실지거래가액으로 인정할 수 있다 할 것이다.

따라서, 이 건 부과처분은 쟁점토지의 취득가액을 OOO과 체결한 매매계약서상의 가액OOO으로 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.