부가가치세법 제17조 (납부세액)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 유화제 등 선박용품의 도매ㆍ중개업을 영위하는 법인으로서, 외국법인인 ○○ ○○○○○ 인터내셔널 코퍼레이션(○○○○ ○○○○○○○ International Corporation, 이하 '외국법인'이라 한다)과 사이에 운박용역대행계약을 체결한 후 외국법인 소유의 선박용품을 외국항행 선박 등에 운반하는 용역을 제공하고 그 대가로 일정액의 수수료를 지급받는 용역업을 영위하고 있다.

나. 원고는 외국법인으로부터 제공받은 선박용품 중 대부분은 수입통관 없이 보세장치장에 보관하면서 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급하고 있으나, 그 중 일부는 사정에 의하여 수입ㆍ통관 절차를 거쳐 원고의 국내창고에 일시 보관하고 있다가 공급하게 되는데, 이처럼 수입ㆍ통관을 거치게 된 재화에 대하여는 원고가 부가가치세를 직접 부담하고 세관장으로부터 원고를 공급받는 자로 하여 수입세금계산서를 교부받은 후 이를 원고의 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고해 왔다.

다. 피고는 2007. 5.경 원고에 대하여 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시한 결과, 2002년 제1기부터 2007년 제1기 까지의 과세기간 동안 아래 표와 같이 외국법인으로부터 제공받은 선박용품(이하 '이 사건 재화'라 한다)을 수입ㆍ통관하여 세관장으로부터 수취한 합계 3,968,534,000원 상당의 수입세금계산서(이하 '이 사건 수입세금계산서'라 한다)는 원고의 재화가 아닌 외국법인 소유의 재화를 원고 명의로 수입ㆍ통과하면서 받은 것일 뿐이어서, 이는 부가가치세법 제17조 제2항에 규정된 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 관련 매입세액을 불공제한 후 아래 표와 같이 원고에게 부가가치세 합계 558,719,492(가산세 포함)을 경정고지하였다(이하 '이 사건 각 부과처분이라 한다).

순번

부과일자

과세기간

매입세액(원)

부가가치세액(원)

1

2007. 7. 5

2002년 제1기

209,874,000

42,566,052

2

2007. 10. 1

2002년 제2기

303,212,000

59,949,650

3

2003년 제1기

141,322,000

22,251,480

4

2003년 제2기

254,236,000

38,530,580

5

2004년 제1기

356,844,000

52,172,160

6

2004년 제2기

297,258,000

41,823,480

7

2005년 제1기

344,747,000

46,535,180

8

2005년 제2기

730,121,000

94,878,870

9

2006년 제1기

642,621,000

79,391,260

10

2006년 제2기

381,024,000

45,284,250

11

2007년 제1기

307,275,000

35,336,530

합계

3,968,534,000

558,719,492

라. 원고는 이에 불복하여 2007. 8. 27.과 2007. 12. 11. 각 국세심판원에 국세심판청구를 하였으나, 2007. 11. 23.과 2008. 2. 25. 모두 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3호증의 1, 2, 갑 13호증의 1 내지 10, 갑 14, 16호증, 을 1, 2호증, 을 7호증의 1 내지 10의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 재화는 원고의 업무대행용역을 수행하기 위하여 반드시 필요한 재화이고, 원고는 자신의 책임과 재산으로 이 사건 재화를 수입하고 그 명의로 이 사건 수입세금계산서를 교부받았으므로, 원고가 이 사건 재화의 수입시 부담한 매입세액은 원고의 사업과 직접 관련이 있는 매입세액으로서, 원고의 매출세액에서 당연히 공제되어야 한다. 따라서, 이와 달리 보고 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

부가가치세법 제16조 (세금계산서)

부가가치세법 제17조 (납부세액)

부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)

소득세법 시행령 제78조 (업무와 관련 없는 지출)

법인세법 시행령 제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

법인세법 시행령 제50조 (업무와 관련이 없는 지출)

다. 인정사실

(1) 원고는 1989. 7. 15. 외국법인과 운반용역대행계약을 체결하고, 그 계약 내용에 따라 외국법인은 선박용 유화제 등 선박용품을 싱가포르에서 국내로 보내고, 원고는 위 선박용 유화제 등을 받아 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급하는 용역을 수행한 후 수수료를 지급받는 업무대행 용역을 제공하고 있다.

(2) 원고와 외국법인 사시에 체결된 공급계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 외국법인은 한국의 모든 항구에 입항하는 선박에 외국법인의 생산품을 공급할 것을 원고와 약정한다.

3. 창고에 보관중인 재고를 원고가 취급하는데 소요되는 경비는 외국법인이 지불하고, 원고는 한국의 모든 항구에서 이루어지는 공급으로 인한 순수익의 17%를 받기로 한다.

4. (1) 외국법인은 외국법인의 상품을 원고의 창고로 운반하는데 소요되는 모든 비용을 책임진다. 원고는 그 이후 선박에 외국법인의 상품을 취급ㆍ공급하는데 소요되는 모든 비용을 책임진다.

(4) 원고는 선박에 공급이 원할히 되는 것으로 외국법인이 인식할 수 있도록 사무실, 창고 및 설비시설을 양호히 유지해야 한다.

(5) 원고가 선박에 상품을 공급할 때는 언제나 외국법인의 지침서에 따라서 엄중히 수행한다.

15. 원고는 :

(1) 외국법인의 제품에 관하여 담보권, 저당권을 설정하거나 기타 이와 유사한 행위를 하여서는 아니된다.

(2) 외국법인의 재산임을 분명히 제시하는 방법을 포함해서 제3자에 대해 원고의 창고 내에 있는 제품에 대한 외국법인의 소유권을 보호하고 완벽하게 하는데 필요하거나 바람직한 모든 행동을 취한다.

(3) 원고가 외국법인으로부터 제공받는 재화 중 대부분은 수입통관을 거치지 않고 보세장치장에 보관하였다가 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급되고 있으나, 그 중 일부 재화는, 고압가스 등과 같은 위험물 또는 신조선박의 시험운행에 사용되는 선박용품이거나, 정해진 시간 내에 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급하기 어렵거나 기카 보세장치장에서의 보관 및 관리상 어려움이 있어 세관에서 재화를 통관해 갈 것을 요청하는 등의 사정으로, 재화의 소유권은 외국법인에게 있는 상태에서 원고가 수입자로서 수입ㆍ통관하여 원고의 국내창고에 보관하였다가 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급하고 있으며, 이처럼 수입ㆍ통관을 거치게 된 재화에 대하여는 수입ㆍ통관시 원고가 부가가치세를 직접 부담하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 후 이를 원고의 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다(그러나, 원고 명의로 수입ㆍ통관된 재화의 판매대금은 수입ㆍ통관을 거치지 않은 재화의 경우와 마찬가지로 원고가 아닌 외국법인에게 귀속되었다)

(4) 외국법인으로부터 제공받는 선박용품에 대한 선하증권, 상업송장 등 선적서류상 수하인 명의는 원고로 되어 있다.

(5) 한편, 외국법인은 1996. 9. 1경부터 서울 ○구 ○○동 ○-170에 ○○○○○로이드(싱가포르)○○○리미티드(영업소)라는 상호로 지점을 두고, 대한민국내에서 발생하는 원천소득에 대하여는 위 지점이 법인세 신고를 하고 있으며, 이 사건 재화의 판매수입도 위 원천소득의 범위에 포함된다.

[인정 근거] 갑 2호증의 1, 2, 갑 3호증의 1, 2, 갑 4호증, 갑 5호증의 1 내지 7, 갑 8호증의 1 내지 10, 갑 12호증의 1, 2, 갑 14, 15, 16호증, 을 2, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

부가가치세법 제17조 제1항은, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 있고, 같은 조 제2항은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 외국법인과 운반용역대행계약을 체결하고, 위 계약에 따라 외국법인이 제공하는 선박용품을 외국법인이 지정하는 외국항행 선박에 공급하는 용역을 제공하고 그에 따른 수수료를 지급받는 업무를 할 뿐이고, 선박용품의 소유권은 공급시까지 계속 외국법인에게 귀속되어 있는 점, ② 원고는 이 사건 재화에 대하여 대금지급을 하지 않은 상태에서 수입ㆍ통관하여(이른바 무환수입) 이를 외국항행 선박에 공급하였고, 이 사건 재화에 대한 소유권을 취득한 바는 없는 점, ③ 외국회사로부터 제공받은 선박용품 중 일정한 사정이 있는 경우에는 이 사건 재화와 같이 수입ㆍ통관 절차를 거치게 되나 이는 원고와 외국법인 사이의 용역계약 중 일부분에 불과하고, 대부분은 수입ㆍ통관 절차 없이 바로 외국항행 선박에 공급되므로, 수입ㆍ통관이 용역계약상 필수적인 사항은 아닌 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 재화가 수입ㆍ통관되는 주요한 목적은 이를 판매하기 위한 것이고, 원고의 용역제공은 판매에 부수되는 행위에 불과한 것인 점, ⑤ 이 사건 재화의 판매로 인한 수입(대금)은 외국법인의 국내지점이 법인세 신고시 수입금액으로 계상하였고, 원고는 단지 용역제공수수료 부분만을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고한 점, ⑥ 외국법인의 국내지점으로서는 물품공급업 허가나 항만운송부대사업허가 등을 취득하지 못하여 외국항행 선박에 물품을 공급할 수는 없더라도, 이 사건 재화를 스스로 수입ㆍ통관할 수는 있는 것으로 보이는 점, ⑦ 원고와 외국법인 사이의 공급계약서 4.(1)항에 의하면, 이 사건 재화를 원고의 창고로 운반하는데 소요되는 모든 비용은 외국법인이 부담하는 것으로 약정되어 있고, 원고의 창고로 운반하기 위하여는 수입ㆍ통관 절차를 거쳐야 하는 것이므로, 그에 수반하는 부가가치세, 관세, 통관비용 등은 위 공급계약상 외국법인이 부담하여야 하는 것인 점, ⑧ 선적서류상 수하인 명의가 원고로 되어 있고, 실제로 원고가 수입ㆍ통관에 따른 부가가치세를 납부해 왔다고 하더라도, 그것만으로 수입ㆍ통관에 따른 부가가치세 등 비용을 원고가 부담하기로 하는 약정이 있었다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 수입세금계산서의 매입세액은 원고의 이 사건 운반대행용역 사업과 간접적으로 관련이 있다고 할 수는 있을지언정 직접적으로 관련이 있는 지출에 대한 것이라고 볼 수는 없다 할 것이고, 여기에 이 사건 재화를 실질적으로 수입하는 자(공급받는 자)는 외국법인의 국내지점임에도, 형식상의 수입자에 지나지 않는 원고를 공급받는 자로 하여 작성된 이 사건 수입세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 봄이 상당한 점가지 더하여 보면, 피고가 이 사건 수입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 한 이 사건 각 부과처분은 적법한 반면, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.