처분청은 청구인이 서울특별시 강동구 OO동 OOO OOOOOOO OOOOO 『대지』38.063㎡, 『건물』43.3㎡(이하 대지와 건물을 합하여 “쟁점아파트”라 한다)를 양도한데 대하여 취득일을 1989.4.11, 양도일을 1998.1.31로 보아 기준시가를 적용하여 1999.1.9 청구인에게 1998년 귀속분 양도소득세 17,228,510원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.2.5 이의신청 및 1999.3.15 심사청구를 거쳐 1999.7.22 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점아파트는 1997.12.29 서울지법동부지원의 소유권을 이전하라는 판결에 의하여 소유권이 이전되었으므로 1997.12.13 개정되기 전 조세감면규제법을 적용하여 양도소득세를 과세하여야 한다.

(2) 청구인이 비록 1989.4.11 쟁점아파트의 건물을 취득하였으나 등기부상 대지소유권은 잔금을 지급하지 아니하여 청구인에게 이전되지 아니하였다. 따라서 청구인이 증평대금을 지급(1996.4.17)하고 소유권을 이전받은 날인 1996.9.24을 쟁점아파트 취득시기로 하여 양도소득세를 과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 법원은 1997.12.29 아파트재건축에 반대하는 청구인의 쟁점아파트에 대하여 150백만원에 재건축조합에 양도하도록 판결하였고, 동 판결결과에 따라 청구인과 재건축조합은 잔금청산일을 1998.1.31로 하여 부동산매매계약서를 작성하였으며 소유권이전 등기접수일이 1998.2.11로 확인되어 쟁점아파트의 양도일은 1998.1.31로 확정지을 수 있다.

또한, 1997.12.113 법률 제5417호로 개정된 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호를 보면 주택건설촉진법 제6조 단서규정에 의하여 주택건설사업자의 등록이 면제된 주택조합이 건설하는 국민주택건설용지는 감면을 배제하도록 규정하고 있고, 조세감면규제법 부칙 제1조 및 제5조에는 이 규정은 1998.1.1 이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있으며,

같은법 시행령 제63조 제1항 제1호는 건축물이 정착되어 있는 토지는 감면을 배제하도록 규정하고 있어 양도일자가 1998.1.31이고 건축물이 정착되어 있는 쟁점아파트에 대하여 양도소득세를 감면 배제한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 환지로 인한 증평면적은 환지전 토지와는 별도로 환지시에 새로이 취득한 것(재일46014-2021, 95.8.8)으로 보아야 할 것이므로 환지전 토지와 환지로 인한 증평면적은 그 취득시기를 달리한다 할 것이며, 쟁점아파트의 경우 환지전 대지소유권은 아파트 준공시점인 1976.12.31 최초분양자가 취득하여 청구인에게 양도한 것으로 청구인이 쟁점아파트를 취득한 1989.4.11을 취득일로 보아야 할 것이므로 대지소유권등기일인 1996.9.24을 취득일로 주장하는 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 (1) 쟁점아파트 대지소유권의 양도시기를 잔금청산일인 1998.1.31로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리고 (2) 환지전 대지소유권을 미등기한 상태로 보유(1989.4.11)하던 중 환지확정으로 인하여 증평면적에 대하여 잔금청산(1996.4.17)을 이행하였는 바, 총 대지소유권의 취득시기를 환지전 취득일(1989.4.11)로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】본문에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있고

같은법시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항에서 『법 제98조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 법률제 5417호(1997.12.13)로 개정된 구 조세감면규제법 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세등의 감면】제1항에서 『내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 건설용지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(생략)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(생략)의 건설용지.』라고 규정하고 있고

부칙 제1조【시행일】본문에는 『이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.』라고 규정하고 있다.

(3) 주택건설촉진법 제6조【주택건설사업자 등의 등록】제1항에서 『연간 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 영위하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 하여 설립된 지방공사(생략)와 제44조의 규정에 의한 주택조합 및 사업주체는 그러하지 아니하다(1997.12.13 개정)』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점아파트 대지소유권의 양도시기를 잔금청산일인 1998.1.31로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 본다.

서울지방법원 동부지원(97머11873, 1997.12.29판결)은 쟁점아파트를 150백만원에 OOOO아파트 재건축조합에게 소유권을 이전하라고 선고한 사실이 있고,

청구인과 청구외 OOOO아파트재건축조합장 OOO이 1998.1.31 작성한 부동산매매계약서를 보면 총 매매대금150백만원(계약금 15백만원, 1998.1.23 중도금 35백만원, 1998.1.31 잔금 100백만원)에 양도양수하기로 한 사실이 있으며,

쟁점아파트 등기부를 보면 1998.2.11 쟁점아파트 소유권이 청구인에게서 1998.2.2 매매를 원인으로 청구외 OOOO아파트재건축조합장 OOO에 이전되었다.

위 사실들을 종합하여 보면 쟁점아파트는 서울지법 동부지원의 1997.12.29자 판결에 따라 1998.1.31 청구인에게 잔금을 지급하였고, 동 잔금지급에 따라 1998.2.11 소유권이 이전되었으므로 소득세법 제98조에 의거 쟁점아파트 양도일자는 1998.1.31이라고 인정되고,

구 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호와 주택건설촉진법 제6조를 종합하여 보면 주택조합이 건설하는 국민주택건설용지의 경우 1998.1.1 이후 양도분(1997.12.13 개정)은 양도소득세 감면등을 배제하도록 규정하고 있어 쟁점아파트 양도에 대한 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점아파트의 대지소유권을 등기부에 미등기한 상태로 보유(1989.4.11)하던 중 등기부상 대지소유권을 취득하면서 증평면적에 대하여 잔금청산(1996.4.17)을 이행하였는 바, 총 대지소유권의 취득시기를 미등기상태에서 잔금지급일을 취득일(1989.4.11)로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 살펴본다.

첫째, 쟁점아파트의 등기부등본, 토지대장, 건축물관리대장상으로 본 쟁점아파트의 취득 경위는 1976.12.21 보훈청은 쟁점아파트를 포함하고 있는 체비지를 매입하였고, 1976.12.31 보훈청은 쟁점아파트등을 신축하여 분양하였으며, 1989.4.11 청구인은 대지소유권이 등기부에 미등기된 상태에서 쟁점아파트를 매입하였고, 1996.4.17 보훈청은 쟁점아파트등의 대지소유권 전체를 보훈청 명의로 등기부에 등기(대지면적 2㎡ 증, 청구인 지분은 0.005㎡, 증평된 대지면적에 대하여 아파트 소유자들로부터 증평대금 수납)하였으며, 1996.9.24 청구인은 등기부상 쟁점아파트 지분을 이전받은 사실이 있다.

둘째, 쟁점아파트 토지의 등기부등본을 보면 서울지방보훈청은 1996.5.17 쟁점아파트의 토지를 1976.12.21 매매를 원인으로 취득하였고, 1996.9.24 청구인은 1996.9.4 매매를 원인으로 취득하였으며, 1998.2.11 청구외 OOO에게 양도하였고, 토지대장을 보면 1981.3.19 서울특별시가 구획정리사업을 완료하고 소유권자로 등재되어 있다.

셋째, 쟁점아파트 건축물관리대장을 보면 1976.12.27 청구외 OOO가 신축된 아파트의 소유권자로 등재되어 있고, 청구인이 1989.4.11 등기에 의한 서명을 원인으로 1993.5.6 소유권자로 등재되어 있다.

넷째, 서울특별시장이 발급한 1999.1.30 체비지사실확인신청서를 보면 쟁점아파트를 포함한 대지소유권(15,225.2㎡)에 대하여 1976.12.21 서울특별시장은 92,100,000원에 매도하였고, 1996.4.17 증평면적(2㎡, 청구인지분 : 0.005㎡)에 대하여 그 대금이 734,000원으로 하여 명의변경이 이루어진 사실을 알 수 있다.

위의 사실들을 종합하여 판단하여 보면, 쟁점아파트는 1976.12.27 청구외 OOO가 소유권을 취득한 후 1989.4.11 청구인이 청구외 OOO로부터 취득하였음에 청구인과 처분청간에 다툼이 없음을 알 수 있고, 국가보훈처(당시에는 보훈청)가 1996.4.17 쟁점아파트등의 대지소유권 전체를 국가보훈처 명의로 등기부에 등기하였으며 청구인은 청구인이 1996.9.24 쟁점아파트의 대지소유권을 취득하였으므로 쟁점아파트의 취득시기는 1996.9.24이라고 주장하고 있으나 처분청이 그 취득시기를 청구인이 청구외 OOO로부터 취득한 1989.4.11로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.