2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 부가가치세법상 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등과 부가가치세법상 면세대상인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 2008. 6. 26. 철도산업발전기본법 제32 , 33조 에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하였다(이하 ‘이 사건 보상계약’이라 한다). 이 사건 보상계약의 주요 내용은 원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지 철도산업발전기본법 제3조 제11호 , 제32조 제2항 및 이 사건 계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스 즉, ① 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면(이하 ‘운임감면’이라 한다), ② 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선의 운영(이하 ‘벽지노선 운영’이라 한다), ③ 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영(이하 ‘특별동차 운영’이라 한다)을 제공하고, 국토해양부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.

다. 원고는 국토교통부장관으로부터 2008년 공익서비스 제공비용 보상액으로 합계 266,168,000,000원(운임감면 92,354,000,000원, 벽지노선 운영 172,298,000,000원, 특별동차 운영 1,516,000,000원)을 지급받았다(이하 ‘이 사건 공익서비스보상액’이라 한다).

라. 원고는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서, 공통매입세액 716,522,000,000원을 앞서 본 부가가치세 과세대상 및 면세대상 사업의 총 공급가액에 대한 면세대상 사업의 공급가액 비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

마. 그런데 대전지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, ‘이 사건 공익서비스보상액은 원고가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상이다. 따라서 이와 관련된 매입세액도 매출세액에서 공제하지 않아야 하는데도 원고는 공통매입세액을 안분계산하면서 이 사건 공익서비스보상액을 반영하지 않아, 매입세액이 과다하게 공제되었다.’는 이유로 과세자료를 피고들에게 통보하였고, 피고들은 2014. 1. 22. 별지 부과내역 기재와 같이 원고에게 2008년 제2기분 부가가치세 합계 5,713,236,200원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 주1) 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2014. 4. 18. 및 2014. 4. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 11. 19. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 22호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 공익서비스보상액은 ‘재화 또는 용역 제공에 대한 대가로서 거래상대자로부터 받은 것’이 아니어서 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제13조 제1항 , 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제48조 제1항 에서 정한 ‘공급가액’에 해당하지 않는다. 법 제13조 제2항 제4호 , 시행령 제48조 제10항 은 이 사건 공익서비스보상액과 같이 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금’을 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있다. 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 공통매입세액 안분계산에 관한 시행령 제61조 제1 , 5항 소정의 ‘공급가액’에 해당하지 않으므로, 공통매입세액 안분계산에 반영될 수 없다.

2) 부가가치세 비과세대상인 수입이 공통매입세액 안분계산에 반영되기 위해서는, 그 수입이 사업자가 수행하는 독립된 비과세사업에서 발생한 것으로서 사업자가 제공한 재화 또는 용역에 대한 대가여야 한다. 그런데 원고는 여객, 화물운송 등 기존의 과세, 면세사업과 독립된 운임감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영이라는 비과세사업을 따로 영위하는 것이 아니라, 기존의 과세, 면세사업을 수행하면서 발생한 영업손실 중 일부를 용역제공의 상대방이 아닌 국토해양부장관으로부터 이 사건 공익서비스보상액이라는 명목으로 보전 받을 뿐이므로, 이 사건 공익서비스보상액은 공통매입세액 안분계산에 반영될 수 없다.

3) 특별동차 운영의 경우, 발생비용 중 대부분이 매입세액이 발생하지 않는 인건비이거나 원고가 스스로 매입세액을 불공제로 처리한 비용이고 다른 공통비용은 특별동차 운영에 사용되지 않았다. 따라서 실지귀속의 원칙에 따라 특별동차 운영에서 실제 발생비용에 대한 매입세액만 불공제되어야 하고, 피고와 같이 특별동차 운영에 대한 보상액을 공통매입세액 안분계산에 반영하여 공통매입세액 중 일부를 추가로 불공제한다면 이중으로 매입세액이 불공제되는 결과가 되어 불합리하므로, 특별동차 운영에 대한 보상액은 공통매입세액 안분계산에 반영될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

부가가치세법은 부가가치세액을 매출세액에서 매입세액을 공제하는 방법으로 계산하는데, 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 의미한다. 여기에서 자기의 사업이란 영세율이 적용되는 사업을 포함한 과세사업만이 해당되고 매입세액이 원가로 산입되는 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업(이하 ‘면세사업 등’이라 한다)은 해당되지 않는다. 면세사업 등은 부가가치세의 목적상 사업자가 아니므로 면세사업 등을 위한 지출에 포함된 부가가치세를 공제할 이유가 없기 때문이다. 그리고 매입세액의 공제를 받기 위해서는 납세의무자가 매입세액이 과세사업과 관련하여 지출되었다는 점을 증명하여야 하고 귀속불명의 매입세액은 공제받을 수 없다.

사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업 등을 함께 경영하는 경우에 발생한 매입세액도 과세사업과 관련된 매입세액에 한하여 매출세액에서 공제되어야 한다. 따라서 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액인지, 아니면 면세사업 등에 관련된 매입세액인지의 귀속이 분명하면 그 귀속에 따라 과세사업에 관련된 매입세액만을 매출세액에서 공제하면 된다. 문제는 매입세액이 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 관련되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우인데 합리적인 방법으로 안분하여 과세사업에 관련된 매입세액을 가려내야 한다. 이 사건에 적용되는 시행령 제61조 제1항 및 제4항 은 그 중 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액의 안분계산 방법만을 규정하고 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 대하여는 안분방법을 규정하고 있지 아니하였다. 이에 대하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추적용할 수 있는지 논란이 있었으나 판례는 규정 내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 판시하였고( 대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 , 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 ), 2013. 6. 7.자 개정 부가가치세법 및 그에 근거한 시행령에는 면세사업 뿐만 아니라 비과세사업을 겸영하는 경우에 관한 명시적인 규정을 두게 되었다.

이 때 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 시행령 제61조 제1항 의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 이러한 경우에는 시행령 제61조 제4항 각 호 의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다( 위 2009두16268 판결 , 대법원|2013두19875|00|판결"> 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 , 대법원 2016. 6. 23. 선고 2015두45731 판결 참조).

2) 원고가 비과세사업을 겸영하는 것으로 볼 수 있는지 여부

부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 비과세사업이 부가가치세법상 문제되는 이유는, 매입세액을 비과세사업에 사용하고서도 이러한 비과세사업에 투입된 매입세액을 공제되는 매입세액에 포함시키거나, 공통매입세액에 포함시키고도 비과세사업이 사업자의 전체 사업에서 차지하는 비율을 공통매입세액의 안분계산에 반영하지 않는다면, 매입세액 불공제액이 부당하게 과소 계상되고, 그 결과 과세사업과 관련하여 지출된 매입세액에 한하여 매출세액에서 공제하여 부가가치세액이 계산되어야 한다는 원칙을 해하기 때문이다. 이러한 결과를 방지하기 위하여 앞서 본 법리에서와 같이 비과세사업에 실제로 투입된 매입세액(실지 귀속이 분명한 경우) 또는 공통매입세액의 안분계산을 통하여 비과세사업에 투입된 것으로 보는 매입세액(실지 귀속이 분명하지 아니한 경우)은 공제되지 아니하는 매입세액으로 볼 수밖에 없고, 이러한 해석은 부가가치세법상 비과세사업 관련 규정이 입법되기 주2) 전 이라도 마찬가지이다.

나아가 앞서 본 법리에서와 같이 비과세사업에 관련된(또는 안분계산을 통하여 관련된 것으로 보게 되는) 매입세액의 계산은 먼저 부가가치세법령상 명시적 규정이 있는 ‘면세사업 관련 매입세액’의 규정을 유추 적용하여야 하고, 만약 ‘면세사업 관련 매입세액’의 규정도 적용할 수 없는 경우라면 다른 합리적인 안분계산방법 중 적합한 것을 찾아 적용하여야 한다고 보아야 한다. 왜냐하면 앞서 보았듯이 부가가치세법은 기본적으로 전단계세액공제법을 취하면서 과세대상 거래(10%세율 또는 영세율)와 관련된 매입세액만이 공제될 수 있다는 입장을 취하고 있고, 공제되는 매입세액과 공제되지 아니하는 매입세액의 구분은 실지 귀속에 따라 하되, 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우 보충적으로 안분계산하는 방식을 취하고 있기 때문이다. 이러한 관점에서 본다면, 매입세액 불공제 대상이 되는 ‘비과세사업’이란 원고 주장과 같이 다른 사업과 독립된 별개의 사업이어야 한다고 엄격히 볼 이유는 없고, 과세대상 또는 면세대상인 다른 사업과 동시에 같은 장소에서 수행되어 외관상으로는 비과세사업을 구분해 낼 수 없더라도 무방하다.

그런데 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘기본법’이라 한다) 제3조 제11호 는 철도운영자가 영리목적의 영업활동과 관계없이 국가 또는 지방자치단체의 정책이나 공공목적 등을 위하여 제공하는 철도서비스를 공익서비스라고 정의하고 있고, 기본법 제33조 는 철도운영자가 공익서비스를 제공하는 데 따른 보상계약의 체결과 공익서비스의 범위를 규정하고 있으며, 기본법 제34조 제1항 제2호 는 공익서비스비용에 대한 적정한 보상이 이루어지지 아니한 경우 철도운영자가 국토해양부장관의 승인을 얻어 철도서비스를 제한 또는 중지할 수 있다는 내용을, 기본법 제35조 제1항 은 국토해양부장관이 일정한 경우 철도서비스의 제한 또는 중지에 관한 승인을 하지 아니할 수 있다는 내용을 각 규정하고 있다. 위 각 규정의 내용을 종합하면, 기본법은 원고와 같은 철도운영자에게 원칙적으로 공익서비스를 제공할 의무가 있음을 전제하고 있고, 일정한 경우 철도운영자에게 공익서비스인 철도서비스의 제한 또는 중지 승인신청권이 있다고 규정하고 있을 뿐이다.

따라서 원고는 기본법 제32조 제2항 각 호 에서 정한 공익서비스 제공사업(법령에 의하여 운임이 감경 또는 면제되는 여객운송사업, 벽지의 노선 또는 역을 대상으로 한 기초적인 철도서비스 제공사업, 국가의 특수목적사업 수행 사업)을 운임감면대상자, 벽지노선의 이용대상자, 특별동차의 이용대상자를 상대로 영위하고 있다고 볼 수 있다. 특히 원고가 위 공익서비스를 제공하는 과정에서, 주3) 운임감면자들 만이 철도를 이용하는 경우, 벽지노선에 철도를 운행하였으나 이용자가 전혀 없는 경우, 특별동차를 유지하면서도 운행하지 않는 경우 등은 과세사업 또는 면세사업과 중첩되지 않고 비과세사업만이 수행되는 예로 볼 수 있고, 원고가 비과세사업을 영위하고 있음을 알 수 있는 징표가 된다. 이러한 점에서도 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

3) 개별 항목에 대하여

가) 운임감면 부분

피고가 이 사건 공익서비스보상액 중 운임감면 관련 보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액 안분계산에 적용한 것이 적법한지에 대하여 본다. 앞서 본 바와 같이 원고는 면세대상 사업인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하면서 승객 중 운임감면대상자가 있는 경우 운임을 감면하고 그 감면액을 국토해양부장관에게 이 사건 공익서비스보상액으로 청구하였다. 또한 이 사건 보상계약에 따르면 국토해양부장관이 매 반기 초 원고에게 이 사건 공익서비스보상액 중 일부를 지급하고, 반기종료 후 보상액을 정산하도록 규정하고 있으며, 원고 주장에 따르더라도 청구액 중 70% 내지 80%는 지급되었다. 그렇다면 운임감면 관련 보상액은 운임감면대상자가 일반철도, 광역철도를 더 많이 이용할수록 그에 비례하여 늘어날 수밖에 없다. 이러한 사정에 비추어 보면 국고보조금 등이 보조금 수혜자를 통하지 아니하고 사업자에게 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 것으로 평가할 수 있고, 이는 앞서 본 법리에서 말하는 ‘국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 경우(이는 과세거래에서 재화 또는 용역과 직접 관련된 국고보조금을 공급가액에서 제외하지 않는 법 제13조 제2항 제4호 , 시행령 제48조 제10항 과 궤를 같이하는 것이다)’에 해당하므로, 피고가 운임감면 관련 보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분계산한 것은 주4) 적법하다.

나) 벽지노선 운영 부분

원고는 공익서비스 중 하나로 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 벽지의 노선과 역에 대하여 기초적인 철도서비스를 계속하고 있고, 이러한 벽지노선 운영에 소요된 비용을 산정하여 국토해양부장관에게 이 사건 공익서비스보상액으로 청구하였다. 앞서 운임감면에서와 마찬가지로 이 사건 보상계약에 따르면 국토해양부장관이 매 반기 초 원고에게 이 사건 공익서비스보상액 중 일부를 지급하고, 반기종료 후 보상액을 정산하도록 규정하고 있으며, 원고 주장에 따르더라도 청구액 중 70% 내지 80%는 지급되었다. 벽지노선 운영 관련 보상액은 원고가 벽지노선에 얼마나 많은 철도서비스를 제공하느냐에 따라 그에 비례하여 증감할 수밖에 없다(갑 제4호증에 의하면 원고의 주요 공통매입세액 항목은 선로사용료, 기관차 구매·유지비, 유류·전기료 등이므로, 벽지노선 운영이 활성화될수록 투입되는 매입세액도 증가한다). 이러한 사정에 비추어 보면 국고보조금 등이 보조금 수혜자를 통하지 아니하고 사업자에게 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 것으로 평가할 수 있고, 이 또한 ‘국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 경우’에 해당한다. 따라서 피고가 벽지노선 운영 관련 보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분계산한 것은 주5) 적법하다.

다) 특별동차 운영 부분

특별동차 운영 역시 벽지노선 운영 부분과 같은 이유에서, 피고가 특별동차 운영 관련 보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분계산한 것은 적법하다. 그리고 원고가 특별동차 운영 부분에 관해서만 따로 한 주장에 관하여 살펴보면, 원고의 주요 공통매입세액 항목은 선로사용료, 기관차 구매·유지비, 유류·전기료 등이고, 특별동차를 더 많이 운영할 경우 그에 비례하여 공통매입세액 중 더 많은 부분이 특별동차 운영에 투입될 것임을 쉽게 예상할 수 있으며, 원고가 특별동차 운영과 관련하여 불공제하였다는 매입세액에는 위와 같은 공통매입세액 항목이 포함되어 있지 않다(갑 제5호증 참조). 따라서 운임감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영 등 이 사건 공익서비스보상액을 공통매입세액 안분계산에 반영한 부분에 관한 원고 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 모두 이유 없어 기각하고 소송비용은 패소자인 원고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 각 생략]

판사 호제훈(재판장) 이민구 이정훈

주1) 원고의 매입세액불공제액 계산방식 = 공통매입세액 × (면세대상 사업 공급가액 / 면세대상 및 과세대상 사업 공급가액) 피고들의 매입세액불공제액 계산방식 = 공통매입세액 × [(면세대상 사업 공급가액 + 이 사건 공익서비스보상액) / (면세대상 및 과세대상 사업 공급가액 + 이 사건 공익서비스보상액)]

주2) 2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제6호로 입법되었다.

주3) 일반철도, 광역철도 승객의 운임이 감경되는 경우는 개념적으로 면세대상 사업과 비과세대상 사업이 중첩적으로 수행되고 있다고 볼 수 있다. 본문에서와 달리 이러한 경우를 전체적으로 면세대상 사업으로 보아야 한다고 하더라도, 원고가 지급받는 운임감면 보상액은 면세대상 수입금액에 포함되어야 하므로(법 제13조 제2항 제4호 및 시행령 제48조 제10항의 해석상 운임감면 보상액은 면세대상 용역의 공급과 직접 관련되는 국고보조금이다), 이 사건 처분과 결과적으로는 같게 된다. 그러나 원고와 피고들은 운임감면 보상액이 비과세대상이라는 전제에서 변론하고 있으므로, 더 이상 자세히 판단하지는 않는다.

주4) 원고가 지급받은 운임감면 관련 보상액을 비과세사업 관련 수입금액으로 볼 수 없다는 이유로 시행령 제61조 제1항을 유추 적용하지 않고 다른 합리적인 안분계산방법을 적용하여야 한다면, 운임감면대상자 1명의 수송에 투입되는 매입세액과 같은 철도를 이용하는 운임비감면대상자 1명의 수송에 투입되는 매입세액이 같을 것이라는 점에 착안하여 공통매입세액을 안분하는 방법 즉, 원고가 지급받은 운임감면 관련 보상액 대신 원고가 국토해양부장관에게 청구한 실제 운임감면액을 이용하는 방법이 더 합리적일 것으로 보인다. 그러나 이는 이 사건 처분에서보다 원고에게 더 불리한 결과가 될 것임이 명백하다.

주5) 원고가 지급받은 벽지노선 운영 관련 보상액을 비과세사업 관련 수입금액으로 볼 수 없다는 이유로 시행령 제61조 제1항을 유추 적용하지 않고 다른 합리적인 안분계산방법을 적용하여야 한다면, 원고가 벽지노선을 운영하는 대가로 지급받았으리라 예상되는 수입금액을 추산하는 방법(시행령 제61조 제4항 제2호, 이 경우에는 원고가 산정한 벽지노선 운영 비용에 일정한 비율의 이윤을 가산하게 될 것이다)을 사용할 수밖에 없을 것으로 보인다(비과세사업에 관련된 매입가액의 비율을 이용하는 방법 등은 자료의 한계로 적용하기 어렵다). 그러나 위 방법은 이 사건 처분에서보다 원고에게 더 불리한 결과가 될 것임이 명백하다.

심급 사건

본문참조판례

본문참조조문