2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 피고는 2011. 11. 23. 원고에게 2011년 귀속 종합부동산세 OOOO원 및 농어촌특별세 OOOO원을 결정 ・ 고지하였다가， 2012. 2. 10. 기타주택 합산배제 신고에 따라 종합부동산세 OOOO원 및 농어촌특별세 OOOO원을 각 환급하였다 {이하 환급되고 남은 종합부동산세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원) 및 농어촌특별세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다}.

나. 피고는 구 종합부동산세법(2011. 6. 7. 법률 제10789호로 개정되기 전의 것， 이하 '개정법'이라고 한다) 제9조 제3항， 제14조 제3항， 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산 하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령(2011. 6. 3. 대동령령 제22952호로 개정되기 전의 것， 이하 '개정 시행령'이라고 한다) 제4조의2， 제5조의3 제l항， 제2항 소정의 "주택분 또는 종합 ・ 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합 ・ 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액"을 "과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율"의 방법[종합부동산세법 시행규칙 (2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것， 이하 '개정 시행규칙'이라고 한다) 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령(이하 '작성요령'이라고 한다) 참조]으로 계산하였는데， 구체적인 세액 산출내역은 별지 제1 산출내역 목록 기재와 같다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 2. 17. 이의신청을 하였으나， 피고는 2012. 3. 16. 위 이의신청을 기각하였다. 원고는 다시 2012. 6. 18. 심판청구를 하였으나， 조세심판원은 2012. 10. 11. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 4호증， 을 제2호증(가지변호 있는 것은 가지 번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 개정법 제9조 제3항， 제14조 제3항， 제6항 및 개정 시행령 제4조의2， 제5조의3 제1항， 제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복 부과하는 이중과세의 문제를 조정하고 있다.

그런데 피고는 공제할 재산세액을 산정하면서 개정 시행규칙 작성요령에서 정한 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세 또는 재산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았는데， 위 개정 시행규칙 작성요령은 종합부동산세가 부과되는 동일한 과세대상에 대한 재산세액을 전부 공제하지 않도록 한 것으로서 실질적 조세법률주의 원칙 또는 이중과세금지의 원칙을 위반하여 헌법에 위반되거나 위법한 것이어서 무효이고， 위 시행규칙을 전제로 한 이 사건 처분 역시 위법하다.

(2) 재정경제부는 2003. 9. 3. "부동산 보유세제 어떻게 달라지나?" 라는 제목의 설명자료를 동하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 견해를 공식적으로 밝힌 바가 있음에도 원고가 납부한 재산세액의 일부만을 공제하여 이 사건 처분을 하였으니， 이는 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 제2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액의 범위에 관하여

(가) 종합부동산세법령의 주요 개정 내역

1) 구 종합부동산세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되어 같은 날 시행되고 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것, 이하 '종전법'이라고 한다)과 개 정법의 내용

○ 과세표준

법 조문

종전법

개정법

제8조(과세표준) ①

주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억 원을 공제한 금액으로 한다.

주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억 원을 공제한 금액에서 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대동령령이 정하는 공정시장가액 비율을 곱한 금액으로 한다.

제13조(과세표준) ①

종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억 원을 공제한 금액으로한다.

종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억 원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대동령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제13조(과세표준)②

별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 40억을 공제한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대동령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

○ 세율 및 세액

법 조문

종전법

개정법

제9조(세율 및 세액)

① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다).

② 주택분 종합부동산세액을 계산함에 있어 2006년부터 2008년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 주택분 종합부동산세에 대하여는 제1항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해 연도의 세액으로 한다.

③ 주택분 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다.

②삭제

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

※ 종합・별도합산과세대상 토지에 대한 종합부동산세 세율 및 세액을 규정한 제14조 제3항, 제6항도 동일하게 개정되었음

2) 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대동령령 제21293호로 개정되기 전의 것， 이하 '종전 시행령'이라고 한다)과 개정 시행령의 내용

시행령 조문

종전 시행령

개정 시행령

제4조의2(주택분 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산)

법 제9조 제4항의 규정에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제9조 제4항의 규정에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3(토지분 종합부동산세액의 재산세 공제)①

법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식 에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세 대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식 에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세 대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3(토지분 종합부동산세액의 재산세 공제)②

법 제14조 제7항의 규정에따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 X 별도합산과세대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제14조 제7항의 규정에따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 X 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

3) 구 종합부동산세 시행규칙(2009. 5. 12. 기획재정부령 제80호로 개정되기 전의 것, '종전 시행규칙'이라 한다)과 개정 시행규칙의 내용

종전시행규칙

개정 시행규칙

5. 기준금액초과 표준세율 재산세액

・주택

: 종합부동산세 과세표준 × 재산세 과세표준 적용 비율 x 0.5%

・ 종합합산토지

: 종합부동산세 과세표준 × 재산세 과세표준 적용 비율 x 0.5%

・ 별도합산토지

: 종합부동산세 과세표준 X 재산세 과세표준 적용 비율 x 0.4%

과세표준 표준세율 재산세액

・주택

:{③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)}x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 x 0.4%

・종합합산토지

:(③ 감면 후 공시가격 - 5억) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%

・별도합산토지

:(③ 김면 후 공시가격 - 80억) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율

4) 지방세법상 재산세 과세표준

법 조문

개정 전 지방세법

(2008. 12. 31. 법률 제9319호)

개정 후 지방세법

(2009. 2. 6. 법률 제9422호)

제187조(과세표준)

재산세의 과세표준은 다음 각 호와 같다.

1. 토지 및 주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항 제1호에 따른 시가표준액으로 한다.

2. (생략)

① 토지・건축물・주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항 제1호에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대동령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 45부터 100분의 80까지

부칙<법률 제7843호, 2005. 12. 31.>

제5조(재산세 과세표준에 관한 적용특례) 제187조 제1항의 개정규정에 불구하고 2006년부터 2017년까지의 과세표준은 시가표준액에 다음 각 호에서 정하는 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지와 건축물에 대한 적용비율은 2006년에는 100분의 55로 적용하고， 2007년부터는 매년 100분의 5씩 인상하여 2015년부터는 100분의 100으로 한다.

2. 주택에 대한 적용비율은 2006년과 2007년에는 100분의 50으로 하고， 2008년부터는 매년 100분의 5씩 인상하여 2017년부터는 100분의 100으로 한다.

(나) 위 관계 법령 및 개정내역에 의하면，① 종전법은 2008년분까지의 종합부동산세액을 계산함에 있어서 주택 또는 종합・별도합산과세대상 토지(이하 '주택 등'이라 고 한다)에 대한 과세기준금액(주택의 공시가격을 합산한 금액 6억 원， 종합합산과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액 3억 원， 별도합산과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액 40억 원， 이하 '6억 원 등'이라고 한다)을 초과하는 금액을 과세표준으로 정하여 여기에 다시 연도별 적용비율과 세율을 곱하되， 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여는 당해 과세대상 주택 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으므로， 결국 공제되는 재산세액을 계산하는 구체적 산식은 종전 시행령 및 종전 시행규칙이 정하는 바와 같이 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액(6억 원 등)을 초과하는 분에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= (감면 후 공시가격 - 6억 원 등) x 재산세과세표준 적용비율 × 재산세율] ÷ 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'이 되고，② 개정법은 2009년분부터의 종합부동산세액을 계산함에 있어서 '과세기준금액'이라는 개념을 삭제하면서 주택 등 공시가격 중 6억 원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 과세표준으로 규정한 다음 여기에 세율을 곱하되， 과세표준금액에 대하여 당해 과세대상 주택 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으므로， 결국 공제되는 재산세액을 계산하는 구체적 산식은 개정 시행령 및 개정 시행규칙이 정하는 바와 같이 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세표준에 대하여 주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= (감면 후 공시가격 - 6억 원 등) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율] ÷ 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'이 되는 것이 개정법령의 문언 및 계산상 명백하다.

(다) 이에 대하여 원고는 종전법과 개정법상 종합부동산세의 과세표준을 정하는 산식이 '공시가격에서 6억 원 등을 공제한 금액에 연도별 적용비율과 세율'을 곱하던 방법에서 연도별 적용비율 대신 공정시장가액비율을 곱하는 방법으로 변경된 것에 지나지 아니하고 세액은 원칙적으로 과세표준에 세율을 곱하는 것이므로， 공제되는 재산 세액에 대한 개정법 및 개정 시행령의 규정 내용인 "주택 등 과세표준금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등 재산세 상당액"은 "과세기준초과분 공시지가에 공정시장가액비율(개정법이 정한 공정시장가액비율을 의미하는 것인지， 개정 지방세법이 정한 공정시장가액 비율을 의미하는 것인지는 불분명하다)을 곱한 금액(과세표준)"에 재산세 표준세율을 적용하여 산출된 금액이 되어야 한다고 주장한다.

살피건대. 개정법은 종전법과 달리 '과세기준금액'이라는 개념을 삭제하면서 주택 등 공시가격 중 6억 원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 과세표준으로 규정하였고 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을 '과세기준금액'에서 '과세표준'으로 변경하였다. 그리고 개정 시행령 제4조의2， 제5조의3 제1항， 제2항에서 규정한 공제되는 재산세액 계산을 위한 산식 중 "주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액"이란 개정 지방세법 제188조가 재산세 과세표준별로 차등 세율을 규정하고 있으므로， 결국 개정 지방세법 제187조에 따른 재산세 과세표준(시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액)에 해당세율을 적용하여 계산한 금액[(공시가격 - 6억 원 등) x 개정법상 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]을 의미하고， 위 산식은 개정 시행규칙 작성요령이 정한 산식과 일치함이 문언상으로는 물론 계산상으로도 명백하다.

또한， 원고의 주장과 같이 '공정시장가액비율'을 1회만 곱하여야 하는데， 만약 그 '공정시장가액비율'이 개정법이 정한 종합부동산세 공정시장가액비율을 의미하는 것이라면(즉 재산세 공정시장가액비율은 곱하지 않는다는 취지라면), 개정 지방세법이 재산세의 과세표준을 정함에 있어 '재산세 공정시장가액비율'을 곱하도록 한 규정에 반 할 뿐만 아니라， 원고의 주장대로라면 종전 시행령 및 시행규칙에서 공제되는 재산세 액을 계산함에 있어서 개정전 지방세법상 재산세 과세표준 계산시 적용되는 '재산세 적용비율'을 산식에 규정한 것을 설명할 수 없게 된다. 만일 원고의 위 주장이 '재산세 공정시장가액비율'만을 곱하여야 한다는 의미라면(즉 개정법상 종합부동산세 공정시장 가액비율을 곱하지 않는다는 취지라면)， 개정법이 과세표준을 '공시지가에서 6억 원 등 을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액'으로 정하고 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을"주택 등 과세표준금액'으로 규정하고 있음에도(개정법 제9조 제3항)，그 공제액을 계산함에 있어 종합부동산세 과세표준 계산시 적용하여야 할 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않아야 한다는 것이어서， 이는 위 규정에 명백히 위배됨은 물론이고， 개정법이 정한 '주택 등 과세표준금액에 대하여'라는 문구가 불필요하다는 결론에 이르게 된다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(라) 나아가 원고는 개정법과 개정 시행령이 '해당 과세대상' 주택분， 종합・별도 합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있으므로 결국 종 합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과되는 공제 대상 재산세액은 '과세기준 초과분 공시지가에 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 금액(과세표준)에 재산세 표준세율을 적용하여 산출한 금액'으로 해석하는 것이 타당하고, 이와 같이 해석 하여야만 재산세와 동일한 과세대상에 대하여 부과하는 종합부동산세가 안고 있는 이중과세의 문제를 방지할 수 있다고 주장한다.

살피건대， 조세법률주의의 원칙상 과세요건인지 비과세요건 또는 조세감면 요건인지를 따질 것 없이 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이지 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고， 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것 이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조). 그런데 개정법과 개정 시행령에서 과세표준금액을 종전법 및 종전 시행령과 달리 과세 기준금액을 초과하는 분(종전법 및 종전 시행령에서의 과세표준금액)에 공정시장가액 비율을 곱한 것으로 규정하면서 공제되는 재산세액의 기준을 위 '주택 등 과세표준 금 액'으로 분명히 하였음은 앞서 본 바와 같으므로1 원고의 주장과 같은 해석은 조세법규 의 문언 해석에 명백히 반한다. 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 개정법과 개정 시행령 의 관련 조항들 및 개정 시행규칙의 작성요령을 문언대로 해석하더라도， 개정법 등에 의한 종합부동산세는 공시지가에서 6억 원 등을 공제한 부분에 공정시장가액비율을 적용한 금액을 과세표준으로 삼고 이를 기초로 부과함무로써 원고의 주장과 같이 주택 등에 대하여 공시가격에서 6억 원 등의 과세기준금액을 초과하는 부분 전부를 대상으로 하는 것이 아니므로， 개정법 제9조 제3항， 제14조 제3항， 제6항에서 정한 '해당 과세대상 주택분， 종합・별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액'을 해당 과세대상주택 등 전부 또는 과세기준가격을 초과하는 부분(즉 공시가격에서 6억 원 등을 초과하는 부분) 전부로 해석하여 이에 대한 재산세액 전부를 공제하여야 한다고 볼 수는 없고, 이와 달리 본다 하여 이중과세 등의 문제가 발생하는 것도 아니다(자세한 것은 아래에서 살펴본다). 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 개정 시행규칙의 위헌， 위법여부

(가) 조세법률주의 위배 여부

개정 시행규칙의 작성요령은 개정법 및 개정 시행령이 공제대상 재산세액의 기준을 '주택 등 과세표준금액'으로 변경함에 따라 공제 대상 재산세액을 계산하는 산식도 종전법 및 종전 시행령에 따른 과세기준금액 초과분에 재산세 과세표준 적용비율과 재산세율을 적용하던 것을 주택 등 공시지가에서 6억 원 등을 공제한 금액에 공정 시장가액비율을 곱한 과세표준금액에 다시 재산세 공정시장가액비율과 재산세율을 곱하는 것으로 변경한 데 지나지 않아 개정법과 개정 시행령에서 정한 공제 대상 재산세액을 부당하게 축소한 것이 아니고， 이와 같은 재정은 아래에서 보는 바와 같이 종전법에 따른 재산세액 과다 공제의 불합리를 개선하기 위한 것으로 실질과세의 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정이므로 조세법률주의에 위배되지 아니한다.

(나) 이중과세금지의 원칙 위배 여부

원고는 동일한 과세물건에 대하여 부담의 본질이 같은 세목을 중복적으로 과세하는 것은 이중과세금지의 원칙에 위배되는데 동일한 과세물건에 대하여 동일한 부동산 보유세인 재산세와 종합부동산세가 중첩적으로 부과되는 이상 이중과세의 문제는 필연적으로 발생하게 마련이고， 종합부동산세법은 그 세액을 산정함에 있어 이미 납부 한 재산세를 공제하도록 하여 재산세와의 이중과세 문제를 조정하고 있음에도 종합부동산세 시행규칙이 재산세액 중 일부만 공제하도록 규정하고 있어 이중과세금지의 원칙을 위반한 것으로 위헌, 위법하여 무효라고 주장하나， 위 주장은 아래와 같은 이유로 이유 없다.

1) 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도이다. 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소된다. 그런데 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나， 주택 등에 대하여 공시가격에서 6억 원 등의 과세기준금액을 초과하는 부분 전부가 아니라 공시가격 합계액에서 6억 원 등을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱하여 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 6억 원 등) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세는 부과되지 않으므로 이 부분에 대하여는 이중과세의 문제가 생기지 아니한다. 따라서 종합부동산세가 부과되지 않는 부분 즉， 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 6억 원 등) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없다.

2) 그런데 종전법에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분 (과세기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데， 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분 [(공시지가 - 6억 원 등) x (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정법은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 주택 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다.

3) 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로， 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 아니 한다[헌법 재판소 2008. 11. 13. 선고 2006헌바112， 2007헌바71， 88， 94， 2008헌 바3， 62， 2008헌가12(병합) 전원재판부 결정 참조].

4) 설령 원고의 주장대로 개정 시행규칙에 따를 경우 종합부동산세 과세대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 아니하는 결과가 생긴다고 하더라도， 종합부동산세를 부과함에 있어 이미 납부한 재산세액을 전액 공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다고 할 수 없을 뿐만 아니라 개정 시행규칙은 개정법과 개정 시행령에서 정한 공제 대상 재산세액의 구체적 산식을 그 규정 내용에 따라 정한 것에 불과하여 조세법률주의에도 위반되지 않음은 앞서 본 바와 같다. 그리고 설령 원고의 이 부분 주장이 그와 같은 개정법과 개정 시행령의 내용이 위헌임을 지적하는 것이라고 하더라도1 입법자로서는 동일한 과세대상에 대하여 중첩적으로 조세가 부과되는 것을 배제하거나 완화하기 위한 조정규정을 둘 것인지 여부 및 이를 어떻게 조정할 것인지에 관하여 입법형성적 재량을 가지고 있으므로， 종합부동산세와 재산세를 부과함에 있어 일부 세액을 공제하지 아니하였다는 이유만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 자의적인 입법 조치라고 할 수도 없다.

(다) 신뢰보호의 원칙 위배 여부

1) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는， 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고， 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고， 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 위배되는 행위로서 위법 하다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 살피건대， 갑 제5호층의 기재에 의하면 재정경제부가 2003. 9. 3. "부동산 보유세제 어떻게 달라지나?"라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공식적 견해를 밝힌 사실은 인정된다.

그러나 앞서 본 바와 같이 개정법의 시행 후에도 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액은 모두 공제되고 있으므로 피고가 위와 같은 견해 표명에 위배되는 처분을 하였다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.