가. 원고는 주택건설업 등을 영위하는 법인으로서, 골프장운영업 등을 목적으로 설립된 B 주식회사(변경전 상호: C 주식회사, 이하 ‘B’라 한다), 주식회사 D(변경전 상호: 주식회사 E, 이하 ‘D’이라 한다), 주식회사 F과 특수관계에 있다.

나. 원고는, 아래 ①, ②항과 같은 전제에서 2009 사업연도 법인세 1,623,824,715원과 2010 사업연도 법인세 4,218,571,122원을 신고납부하였다.

① 특수관계자인 B, D, F에 대한 대여금은 업무무관 가지급금에 해당하므로, 그 인정이자 상당액을 익금산입하고, 그 지급이자 상당액을 손금불산입한다.

② 원고가 2009. 12. 30. 한국토지주택공사(이하 ‘소외 공사’라 한다)의 매매계약 해제에 의해 몰취당한 계약보증금 37,386,787,000원(이하 ‘이 사건 계약보증금’이라 한다)은 2009 사업연도에 손금산입한다.

다. 피고는, 아래 ①, ②항과 같은 전제에서 2013. 2. 5. 원고에게 2009 사업연도 법인세 14,850,083,020원(가산세 포함)과 2010 사업연도 법인세 388,586,210원(가산세 포함)을 추가로 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 결국 신고납부 세액을 포함한 이 사건 증액경정처분에 따른 총 세액은 청구취지 기재와 같게 된다.

① 원고는 B, D, F에 대한 인정이자 계산 시 가중평균차입이자율을 적용하였으나, 당좌대출이자율을 적용하여 그 차액을 익금산입하고, 조세심판 단계에서 그 근거가 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제43조 제2항 제3호라고 밝혔다.

원고의 B에 대한 장기 공사미수금을 업무무관 가지급금으로 보아 그 인정이자 상당액을 익금산입한다.

② 이 사건 계약보증금의 몰취 여부와 액수는 2012. 12. 13....

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