2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 'BBBBB 콜택시'의 콜센터 사업자(이하 '호출사업자'라 한다)로 지정되어 가입회원인 택시운송사업자들에게 택시호출서비스를 제공하고 있는 회사로서, 2009년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 원고가 택시운송사업자들로부터 양도받거나 택시운송사업자들을 대리하여 수령한 서울특별시장의 'BBBBB 콜택시' 사업에 관한 보조금 413,750,345원(택시 1대당 콜단말기 보조금 20만원 및 월 운영비 보조금 3만원, 이하 '이 사건 보조금'이라 한다)이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 보아 이를 과세표준에서 제외하여 60,751,023원을 환급세액으로 신고하였다.

나. 피고는 2009. 11. 10.부터 2009. 11. 17.까지 원고의 부가가치세 환급세액 신고와 관련한 현지확인 조사를 한 결과, 원고의 2009년 제2기 부가가치세 예정신고분 부가가 치세 과세표준에 이 사건 보조금이 포함되어야 한다고 보아 원고가 신고한 환급세액 60,751,023원을 6,186,390원으로 감액경정하고, 2010. 1. 23. 원고에게 위와 같이 경정 된 환급세액을 원고의 체납세액(법인세 및 부가가치세)에 충당하는 내용의 국세환급금 충당통지를 하였다[이하 위 국세환급금 충당통지에 따라 원고에게 54,564,640원(= 60,751,023원 - 6,186,390원, 10원 미만 올림)의 환급을 거부한 결정을 '이 사건 처분' 이라 한다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 8. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, 서울지방국세청장은 2010. 3. 12. 원고의 이의신청을 기각하였고, 다시 2010. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 4. 29. 원고의 심판청구를 기각하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 보조금은 사실상 호출사업자를 지원하기 위한 것으로 원고가 서울특별시로부터 지급받는 공공보조금인데, 구 여객자동차 운수사업법(2009.5.27.법률 제9733 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 그 근거규정이 마련되지 않아 택시운송사업자(구 여객자동차 운수사업법 제2조 제2호의 여객자동차 운수사업을 경영하는자 중 하나임)가 서울특별시로부터 지급받는 보조금을 양도받거나 대리 수령하는 형식을 취하였을 뿐이므로, 이 사건 보조금은 구 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다. 설령 이 사건 보조금을 지급받는 주체가 택시운송사업자라 하더라도, 원고는 단지 택시운송사업자를 대리하여 이 사건 보조금을 수령할 뿐 택시운송사업자에게 이 사건 보조금 상당의 재화나 용역을 공급한 바 없으므로 이 사건 보조금을 부가가치세 과세 표준에 포함시켜서는 안 된다. 따라서 이 사건 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

원고는 호출사업자로서 원고의 브랜드인 'CCC' 콜택시에 가입한 택시운송사업자들에게 콜단말기 등을 설치해 주고 콜서비스를 제공해 주는 대가로 택시운송사업자들로부터 서울특별시가 택시운송사업자에게 지원하는 콜단말기 등의 보조금 및 운영비 보조금을 양도받거나 대리 수령한 것에 불과하므로 이 사건 보조금을 지급받는 주체가 아니고, 위와 같이 이 사건 보조금은 재화 및 용역의 공급에 대한 대가이므로 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 'BBBBB 콜택시'의 도입 배경 등

가) 서울특별시장은 2001. 5. 7. 2002년 개최되는 월드컵을 대비한 택시서비스 개선계획의 일환으로 브랜드 택시의 도입을 결정하고, 2002. 2.경부터 브랜드 택시를 지정 ・ 운영해 왔으나, 고객의 요구와 택시영업환경이 변화하고 정보통신기술이 발달함에 따라 2006. 12.경부터 브랜드 콜택시의 새로운 운영기준을 제시하고 이에 부합하는 택 시호출시스템(콜센터) 운영사업자를 육성하는 방안을 계획하였다.

나) 이에 따라 서울특별시장은 서울특별시 내에 소재한 콜센터로서 1일 운행대수 기준으로 4,000대에서 6,000대의 택시에 동일 방식의 호출시스템을 장착하고 하나의 콜 전화번호 및 브랜드 명칭과 통일된 차량외장, 운전자 제복 및 캡 디자인 등을 사용 하는 서비스를 제공하는 사업자를 호출사업자로 지정하고, 서울특별시의 예산 범위 내 에서 택시호출시스템 설치 ・ 운영비용의 일부를 지원하기로 하였다(2009년 이후에도 계속하여 서울특별시의 재정지원을 받으려면 해당 브랜드에 가입한 택시 대수가 2008.

12. 31.까지 1일 운행대수 기준으로 5,000대 이상이어야 한다).

다) 원고는 2007. 5. 11. 'BBBBB 콜택시' 호출사업 지정 대상자로 선정된 후 'BBBBB 콜택시 운영기준'(갑 8호증)을 충족하는 택시 호출시스템을 구축하여 2008. 11. 26. 서울특별시장으로부터 'BBBBB 콜택시' 호출사업자(브랜드명 : CCC)로 지정받았다.

2) 서울특별시장은 변호사의 법률자문을 받아 호출사업자로 하여금 'BBBBB 콜택시' 가입회원(택시운송사업자)으로부터 보조금에 대한 대리 수령 동의서를 받아 서울특별시장에게 보조금의 지급을 신청하도록 하였고, 호출사업자가 보조금의 지급을 신청 하면 '택시 콜서비스 지원' 예산과목으로 호출사업자의 계좌로 보조금을 직접 입금하였 으며 그에 대한 공문인 보조금지급통보서를 호출사업자에게 발송하였다.

3) 원고와 택시운송사업자 사이의 콜택시 서비스계약의 주요 내용

4) 2009.5.27.법률 제9733호로 개정된 여객자동차 운수사업법(2009.11. 27.시행)의 개정이유 및 주요 개정내용

가) 위 법 개정안의 제안이유 중 하나로 택시운송사업이 변화하는 수요환경에 탄력적으로 부응할 수 있도록 여객자동차 운송가맹사업제도를 도입한다는 내용이 기술되어 있다.

나) 주요 개정내용으로 종전의 여객자동차 운수사업에 여객자동차운송가맹사업이 포함되었고(제2조 제2호), 여객자동차운송가맹사업을 경영하고자 하는 자는 사업계획을 작성하여 시 ・ 도지사에게 면허를 받아야 하며(제49조의2), 여객자동차운송가맹사업자는 여객자동차운송가맹점에 의한 여객의 공정한 배분, 효율적인 여객 배정기법의 개발 및 보고, 여객의 원활한 운송을 위한 공동전산망의 설치 ・ 운영 등을 성실히 이행하여야 하고, 여객자동차 운송가맹점은 여객자동차운송가맹사업자가 정한 기준에 적합한 운송 서비스 및 운송부가서비스의 제공과 여객의 원활한 운송을 위한 차량위치의 통지를 성 실히 이행하도록 하였다(제49조의3). 한편, 여객자동차운송가맹사업자가 여객자동차운 송가맹사업을 위하여 필요한 시설 • 설비의 설치 및 개선 사업을 수행하는 경우에 재정 적 지원이 필요하다고 인정될 경우 국가나 시 ・ 도가 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 필요한 자금의 일부를 보조하거나 융자할 수 있도록 하는 규정(제50조 제1항, 제 2항)이 신설되었다.

5) 원고의 이의신청 및 심판청구에 대한 심리과정에서 서울지방국세청장 및 조세심판원장의 각 사실조회에 대한 서울특별시장의 회신내용

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4 내지 12, 15호증, 을 3 내지 5호증(각 가지번호 포 함)의 각 기재, 이 법원의 서울특별시장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라.판단

1) 위 인정사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 보조금을 지급받는 주체는 원고가 아닌 'DDD' 콜센터에 가입한 택시운송사업자들이고, 원고는 택시운송사업자들에게 콜단말기 및 콜서비스를 제공하는 대가로 택시운송사업자들로부터 이 사건 보조금 상당의 금원을 지급받는 것으로 봄이 상당하므로, 이 사건 보조금은 재화 및 용역의 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함된다 할 것이다.

① 이 사건 보조금의 지급 주체인 서울특별시는 일관되게 이 사건 보조금은 'BBBBB 콜택시' 콜센터의 가입회원인 택시운송사업자들을 지원하기 위한 것으로 이를 지급받는 주체는 호출사업자가 아니라 택시운송사업자라고 밝히고 있다.

② 구 여객자동차 운수사업법이 2009. 5. 27. 개정되면서 기존의 여객자동차 운수 사업에 여객자동차운송가맹사업이 포함되었고, 그에 따라 시 ・ 도지사로부터 여객자동 차운송가맹사업 면허를 발급받은 사업자가 여객자동차운송가맹사업을 위하여 필요한 시설 ・ 설비의 설치 및 개선 사업에 관하여 국가나 시 ・ 도로부터 보조금을 지급받을 수 있는 근거가 마련되었으나, 위와 같이 개정된 이유가 구 여객자동차 운수사업법상 관련 규정이 마련되어 있지 않음에도 호출사업자가 국가나 시 ・ 도로부터 재정지원을 받고 있는 문제를 해소하기 위한 것이었음을 확인할 자료는 없다.

③ 원고는 'BBBBB 콜택시' 사업에 관한 서울특별시의 여러 공문 등에 기재된 내용들을 근거로 이 사건 보조금을 지급받는 형식에도 불구하고 보조금을 지급받는 주체는 호출사업자라고 주장하나, 서울특별시가 'BBBBB 콜택시' 제도를 도입한 이후에도 택시운송사업자들에게 보조금을 지급해 온 기존의 방식을 변경하지 않았다는 것은 앞서 본 바와 같고, 원고가 지적하는 서울특별시의 여러 공문 등에 기재된 내용들에 의하더라도 서울특별시가 기존에 보조금을 개별 택시운송사업자틀에게 지급하면서 행정업무의 부하가 가중되는 문제를 해소하고 브랜드 업체의 평가결과를 보조금 지급에 반영하기 위하여 'BBBBB 콜택시' 사업에 관한 보조금의 지급방식을 호출사업자에게 직접 지급하는 방식으로 개선하기로 하는 계획을 세운 후 건설교통부장관(현 국토해양부장관)에게 이를 위한 법령상의 근거를 마련해 줄 것을 건의하였음을 알수 있으며, 한편 이를 위한 관계 법규의 개정 전까지는 종전처럼 개별 택시운송사업자들에 게 보조금을 지급하되, 위와 같은 개선계획이 이행된 것과 같은 효과를 유도하기 위하 여 호출사업자로 하여금 택시운송사업자들로부터 보조금의 수령권한을 양도받거나 이를 대리 수령하도록 하는 행정지도를 하였음을 알 수 있다[이는 'BBBBB 콜택시 운영기준' 제20조 내지 제25조의 규정들에 의하여 'BBBBB 콜택시' 가입회원(개인 택시운송사업자)이나 가입회원(법인 택시운송사업자) 소속 택시운전사가 운수사업자의 준수사항 등을 위반하거나 콜 수행 실적이 없는 경우 해당 '택시운송사업자'에게 보조금 지급을 중단하는 등의 제재를 하고 있는 점에서도 알 수 있다].

④ 한편, 호출사업자인 원고는 택시운송사업자들과 사이에 콜단말기의 설치 및 콜서비스의 제공을 무상으로 하기로 하는 계약을 체결하였으나, 원고가 콜단말기의 설치대금 및 콜서비스의 운영비용을 택시운송사업자들을 대신하여 서울특별시로부터 지급받음으로써 사실상 택시운송사업자들로부터 콜단말기 및 콜서비스의 대가를 지급받는 것과 다름없고, 위 대가의 재원이 서울특별시의 보조금이라 하여 달리 볼 것은 아니다.

2) 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.