2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 부동산개발사업 및 분양대행업, 분양업, 건축업 등을 목적으로 2004. 4. 9. 설립된 법인으로서 아파트형 공장을 신축·분양하기 위하여 주식회사 엘지상사로부터 부천시 원미구 도당동 (지번 생략) 공장용지 28,100㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 그 지상 건물 일체(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 221억 원(토지 20,965,300,000원, 건물 1,134,700,000원)에 매수하여 2004. 5. 28.경 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 토지 및 건물에 대한 소유권이전등기를 경료하는 과정에서 소유권이전비용으로 17,730,000원을 지출하였고, 2004. 4.경 주식회사 연합철거공사에게 이 사건 건물의 철거공사를 대금 432,800,000원에 도급주어 이 사건 건물을 철거하도록 하였으며, 그 외에 법인설립비용으로 240,000원, 부동산 분양컨설팅 용역비용으로 1,300,000,000원을 지출하였다.

다. 원고는 사업설비를 신설·취득·확장·증축하는 경우 매입세액을 조기에 환급받을 수 있도록 한 부가가치세법 제24조 제2항 제2호 , 동법 시행령 제73조 제3항 , 제4항 등에 의거하여 2004. 6. 25. 피고에게 2004년 제1기(2004. 4. 12.부터 2004. 5. 31.까지)의 매입액을 2,885,470,000원(1,134,700,000원 + 17,730,000원 + 432,800,000원 + 240,000원 + 1,300,000,000원)으로, 매입세액 및 환급세액을 288,547,000원으로 한 영세율등조기환급신고를 하였고, 피고는 그 신고에 따라 2004. 7. 9. 원고에게 288,547,000원을 환급하였다.

라. 피고는 그 후 위 매입세액 중 이 사건 건물의 취득가액 1,134,700,000원, 이 사건 건물의 철거비용 432,800,000원, 소유권이전비용 17,730,000원, 합계 1,585,230,000원에 관련된 매입세액 158,523,000원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정의 토지관련 매입세액에 해당하여 공제 내지 환급의 대상이 되지 아니한다는 이유로 부가가치세법 제23조 제2항 에 따라 이를 추징하기로 하여, 2004. 7. 16. 이 사건 매입세액 158,523,000원에 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 소정의 가산세 15,852,300원(158,523,000원 x 10%), 제22조 제5항 제2호 나목 소정의 가산세 332,898원(158,523,000원 x 7일 x 3/10,000), 합계 174,708,190원을 결정·고지하였다.

마. 한편 원고 회사의 계정별원장에는 이 사건 건물의 취득가액 1,134,700,000원, 이 사건 건물의 철거비용 432,800,000원, 소유권이전비용 17,730,000원이 이 사건 토지의 취득가액으로 계상되어 있고, 2004. 12. 31. 현재의 대차대조표에도 그와 같이 회계처리되어 있다.

바. 구 부가가치세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항 에는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정의 "토지관련 매입세액"에 관하여 “토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다”고만 규정되어 있었고, 그와 관련하여 이 사건과 같이 사업자가 공장을 신축하기 위해 기존의 공장을 구입하여 철거하는 경우 구입 및 철거에 관련된 비용은 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 해당되지 않는다는 국세청 예규가 있었으나, 위 시행령이 현재와 같이 개정된 이후의 국세청 질의회신(서삼46015-12153, 2002. 12. 18.), 재정경제부 예규(재소비208, 2004. 2. 24.)에는 기존 건축물의 매입 및 철거비용에 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하여 매출세액에서 공제되지 않는다고 되어 있고, 기업회계기준(제5호 문단 14)에도 건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존 건물을 철거하는 경우 그 건물의 장부가액은 처분손실로 반영하고, 철거비용은 전액 당기비용으로 처리하되, ‘새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용은 토지의 취득원가에 산입한다’고 되어 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6 내지 11호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 토지와 건물을 취득하여 토지조성, 도로개설, 형질변경 등의 자본적 지출 없이 단순히 이 사건 건물만 철거한 후 별도의 건물신축공사도급계약을 체결하여 아파트형 공장을 신축하고 있으므로 이 사건 건물의 취득가액과 철거비용 등은 이 사건 토지에 대한 자본적 지출이 아닐 뿐만 아니라 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용도 아니고, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하여 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는바, ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 그 지상의 건물을 철거하고 주차장이나 야적장의 용도 등으로 토지를 사용하는 경우를 뜻하는 것이므로 기존 건물을 철거하여 새로운 건물을 건축하는 부지로 사용하는 경우에는 토지만을 사용하는 경우에 해당하지 않으므로, 이 사건 건물의 취득 및 철거비용 등에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 은 토지의 조성을 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 제1 , 2 , 3호 에 명시된 매입세액에 한하여 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데 위 제1 , 2 , 3호 의 문언 자체로 볼 때에는 이 사건 매입세액 158,523,000원은 그 중 어느 것에도 해당된다고 볼 수 없어 원고는 위 규정을 믿고 거래상대방에게 부가가치세를 지급한 후 피고로부터 이를 환급받은 것인데도 원고에게 환급세액에 대한 가산세를 부과하는 것은 가산세의 본질 내지 신의칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계 법령

[부가가치세법]

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

[부가가치세법시행령]

제60조 (매입세액의 범위)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호 에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

나. 판단

(1) 위 가. (1)의 주장에 대한 판단

부가가치세법 제17조 제2항 제4호 , 동법 시행령 제60조 제6항 제2호 는 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’ 그 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액을 공제 내지 환급 대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 위 규정을 ‘토지만을 사용하는 경우’라는 부분에 국한하여 보면 토지를 나대지 상태로 사용하는 경우에 한해 그 매입세액을 공제 내지 환급 대상에서 제외하도록 규정한 것으로 볼 여지가 있기도 하나, 한편 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’라는 표현 전체를 두고 볼 때에는 ‘기존의 건축물과 토지 중 토지만을 사용하고, 기존의 건축물은 철거하여 이를 사용하지 않는 경우’로 해석할 여지도 충분히 있다고 보이는 점, 국세기본법 제20조 는 세법에 특별한 규정이 없는 경우 과세표준을 조사·결정함에 있어 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하도록 규정하고 있는데, 기업회계기준(제5호 문단 14)은 건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존 건물을 철거하는 경우 그 건물의 장부가액을 제거하여 처분손실로 반영하고, 철거비용은 전액 당기비용으로 처리하도록 하면서도, ‘새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용은 토지의 취득원가에 산입한다’는 기준을 제시하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위의 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’라 함은 이 사건과 같이 건물을 신축하기 위해 기존건물이 있는 토지를 취득하여 당해 기존건물을 사용하지 않은 채 철거하는 경우도 포함되는 것으로 해석함이 상당하다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 위 가. (2)의 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 하겠으나( 대법원 1996. 10. 11. 선고 95누17274 판결 등 참조), 앞서 본 바와 같이 기업회계기준에 이 사건과 같이 새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용은 토지의 취득원가에 산입한다는 기준이 제시되어 있고, 원고도 계정별원장, 대차대조표를 작성함에 있어 위 기업회계기준에 따라 이 사건 건물의 취득가액, 철거비용, 소유권이전비용을 이 사건 토지의 취득가액에 계상하였으며, 기존 건축물의 매입 및 철거비용에 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하여 매출세액에서 공제되지 않는다는 내용의 질의회신 및 예규가 있었던 점, 원고가 세무관서나 법률전문가 등에게 이 사건 매입세액이 공제 내지 환급 대상에 해당하는지 여부에 관해 질의회신을 하거나 자문을 구한 일이 있었음을 인정할 증거도 없는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같이 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 의 해석에 관하여 이견이 있을 수 있다는 사정이나 원고가 거래 상대방에게 부가가치세를 지급하였다는 사정만으로 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거도 없으므로 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.