가. 피고가 2015. 2. 2. 원고에 대하여 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 부과처분 중 462,525,060원(가산세, 감면 등 추가납부세액 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

3. 제1심 판결 중 청구취지의 "피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28. 까지의 사업연도 법인세 272,717,090원 및 가산세 167,011,945원의 부과처분을 모두 취소한다"를 "피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 499,454,070원(가산세, 감면 등 추가납부세액 포함)의 부과처분을 취소한다"로 경정한다.

피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 499,454,070원(가산세, 감면 등 추가납부세액 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2015. 2. 2. 원고에 대하여 한 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 499,454,070원(가산세, 감면 등 추가납부세액 포함)의 부과처분을 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 법원의 판결 이유는 제1심 판결문의 일부 내용을 아래와 같이 고치거나 추가하고, 원고의 주장에 대한 판단을 아래 2항에서 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

�� 제3면 제10행의 "법인세 272,717,090원, 가산세 167,011,945원"을"법인세 499,454,070원(=본세 272,717,090원 + 가산세 167,011,945원 + 감면 등 추가납부세액 59,725,042원)"으로 고친다.

�� 제14면 제7행의 "2007사업연도"를 "2009 사업연도"로 고친다.

�� 제15면 제1~4행을 다음 내용으로 고친다.

[2009 사업연도 법인세는 462,525,060원(= 본세 252,552,726원 + 가산세 154,663,288원 + 감면 등 추가납부세액 55,309,046원)이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 462,525,060원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.]

�� 제17면 제4행 아래에 다음 내용을 추가한다.

[④ 제3항제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.]

�� 제21면 제17행 아래에 다음 내용을 추가한다.

[⑦ 법 제29조제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의율]

�� 제23면 표 마지막에 다음 내용을 추가한다.

감면 등

추가납부세액

산출세액

55,309,046

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)제29조 제4항

2. 원고의 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고가 2007년 이미 이 사건 토지의 매각처분이익으로 고유목적사업용 재산이 아닌 정기예금반환채권을 취득하였는바, 이미 고유목적사업준비금을 고유목적사업 이외의 용도로 사용하였으므로 환입할 고유목적사업준비금이 남아 있지 않은 2009 사업연도에 고유목적사업준비금을 환입할 수 없다.

나. 판단

예금이나 적금 등은 현금성 자산으로 고유목적사업준비금을 은행에 예금이나 적금등으로 예치하는 것은 고유목적사업준비금을 운용하는 방법 중의 하나일 뿐이므로, 구 법인세법 제3조 제3항 제2호 및 소득세법 제16조 제1항에 따르면 비영리법인이 국내에서 받은 예금의 이자소득에 대해서 법인세가 부과되는 점, DDD 교육청이 원고에게 송부한 2010. 1. 21.자 수익용기본재산 처분(대체) 허가서에 처분되는 정기예금이 수익용기본재산이라는 점이 명시되어 있는 점 등의 사정이 있다는 이유만으로 원고가 2007년 이 사건 토지의 매각처분이익을 정기예금으로 예치한 것이 고유목적사업 이외의 용도로 사용한 것에 해당한다고 할 수 없다.

또한 원고가 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 제출한 고유목적사업준비금조정명세서(을)에는 사용금액이 아니라 고유목적사업준비금을 설정한 내역이 작성되어 있는 점 등에 비추어 보면, 2007 사업연도에 이미 고유목적사업준비금이 전액 사용되어 환입할 고유목적사업준비금이 더 이상 남아있지 않다고 할 수도 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경한다. 제1심 판결 중 청구취지의 "피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 272,717,090원 및 가산세 167,011,945원의 부과처분을 모두 취소한다"는 "피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 499,454,070원(가산세, 감면 등 추가납부세액 포함)의 부과처분을 취소한다"의 오기임이 명백하므로 이를 경정한다.