2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 30%는 원고가 부담하고, 70%는 피고가 부담한다.

가. 원고는 건설업 등을 영위하는 주식회사로서(2006.5.22. ○○○ 주식회사에서 현재의 명칭으로 상호 변경)로 2000년도 제2기 과세기간 중에 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○에 있는 ○○콘크리트 주식회사(이하 '○○콘크리트'라고 한다)로부터 공급받는 자가 ○○○건설 주식회사(이하 '○○○건설'이라고 한다) 명의로 된 2000. 11. 30.자 공급가액 46,082,600원(부가가치세 제외)의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 2000년도 제2기 부가가치세를 신고하면서 매입세액 4,608,260원을 매출세액에서 공제하여 신고하였으며, 2000사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 공급가액 46,082,600원을 손금에 산입하였다.

나. 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 가공매입세금계산서로 보아 2006. 1. 18. 이 사건 세금계산서상의 매입세액 4,608,260원을 불공제한 후 가산세 4,652,038원을 가산한 부가가치세 9,260,290원(10원 미만 버림, 이하 같다)을 경정ㆍ고지하였고, 이 사건 세금계산서상의 공급가액 46,082,600원을 손금불산입하여 법인세 26,717,410원을 경정ㆍ고지하였다(이하, 위 부가가치세 및 법인세 경정ㆍ고지를 통칭하여 "이 사건 처분"이라고 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 2. 28. 이의신청하였으나 기각되었고, 2006. 7. 21.자 국세심판청구 또한 2006. 10. 12. 기각되었다.인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2, 3호증, 을 3호증의 1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2000. 11. 30. 레미콘 46,082,600원(부가가치세 제외) 상당을 ○○콘크리트로부터 실제로 매입하였고, 그 매입대금으로 원고의 계열회사인 ○○건설 주식회사가 2000. 11. 25. 발행한 약속어음(액면금 96,000,000원)을 교부해 주었다. 다만, ○○콘크리트가 착오로 공급받는 자를 원고가 아닌 ○○○건설로 하여 이 사건 세금계산서를 발행하였을 뿐이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 다른 세금계산서가 아닌데도 불구하고 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하여 이사건 부과처분을 하였으므로 위법하다.

나 관계법령

○ 구 부가가치세법(2001.12.29. 법률 제6539호로 개정되기 전의 것)제17조납부세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하"필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 구 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제19조손금의 범위

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 법위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1997. 7. 1. ○○ ○○구 ○○동 ○○에서 설립되어 포장공사 등 건설업을 영위하다가 2006. 5. 22. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 ○○○호로 본점을 이전하였다.

(2) 원고는 2000. 4. 20. ○○○건설로부터 계약금액 1,122,000,000원 상당의 "항양1제 개수공사{구조물 및 교량공사(시설물유지관리)}"를 공사기간을 2000. 4. 20.부터 2001. 6. 30.까지로 하여 하수급받았고, 그 후 2001. 2월경에 공사계약급액이 1,573,000,000원으로 변경되었으며, 위 공사비 중 레미콘관련 비용은 251,754,000원 상당이다.

(3) 원고가 제출한 "레미콘대금 전도금 신청서"에는 2000. 11. 11.에 96,000,000원을 3개월 어음으로 결재하는 것으로 되어있다.

(4) 원고가 이 사건 세금계산서상의 매입대금 명목으로 ○○콘크리트에 교부하였다는 ○○종합건설 주식회사가 발행한 약속어음은 액면금이 96,000,000원이고, 제1배서인은 ○○○건설이며, 제2배서인은 ○○콘크리트이다. ○○종합건설 주식회사의 대주주인 김○은 원고의 대주주이기도 하다.

(5) ○○○건설이 2000년 제2기에 신고한 부가가치세 신고서 사본에 의하면, ○○○건설은 미화콘크리트로부터 58,534,000원(세금계산서 2매), 원고로부터 963,000,000원을 매입한 것으로 신고하였으나 이 사건 세금계산서는 신고하지 않았으며, 이 사건 세금계산서와 관련하여 부가가치세를 법인세 등에 대한 경정청구도 하지 않았다. ○○콘크리트는 이 사건 세금계산서를 ○○○건설에 매출한 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

(6) ○○콘크리트는 2006. 1. 10. ○○세무서에 피고가 ○○세무서를 통해 보낸 문서에 대한 회신을 통해 ○○콘크리트는 ○○○건설과 거래하였고, 그와 관련된 세금계산서 3매(공급가액 104,617,400원)에 대하여 부가가치세 신고하였으며, 원고와는 거래한 사실이 없다고 밝혔다.

(7) 원고는 이 사건 세금계산서를 포함해 ○○콘크리트가 ○○○건설을 공급받는 자로 해서 발급한 세금계산서 3매에 대한 대금 결제를 모두 원고가 하였고(○○○건설 주식회사가 발행한 약속어음 96,000,000원 등으로), 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 레미콘은 원고가 직접 매입한 것이며, 나머지 2매의 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 레미콘은 ○○○건설이 매입한 것이지만 원고가 대금을 모두 지급한 후 나중에 원고와 ○○○건설 사이에 정산하였다고 밝히고 있다(2007. 4. 25.자 준비서면).

인정 근거다툼 없는 사실, 갑 4호증의 1,2, 갑 6호증의 1내지 3, 을 4호증의 1내지 3, 증인 문천일의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 살펴보면, 위 인정사실에서 나타난 바와 같이 이 사건 세금계산서상의 공급받는 자는 원고가 아니라 ○○○건설이고, 이 사건 세금계산서상의 공급자인 ○○콘크리트 또한 원고와 거래한 사실이 없고, ○○○건설과 거래하였다고 명시적으로 밝히고 있으며 ○○콘크리트가 원고와 실제로 거래를 하였음에도 불구하고 단순히 착오로 공급받는 자를 원고가 아닌 ○○○건설로 기재하였다고는 선뜻 믿기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 세금계산서상의 레미콘을 실제로 공급받지 않았다는 점에 대하여 상당한 정도로 입증되었다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 세금계산서상의 레미콘을 실제로 공급받았으나 ○○콘크리트가 착오에 의해 공급받는 자를 ○○○건설로 하였다는 점을 입증하여야 할 것인데, 위 인정사실에서 본 ○○○건설이 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않았고, 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 법인세법상의 손금으로 처리하지 않았으며, ○○콘크리트에 레미콘 대금을 지급하기위해 교부한 약속어음을 발행한 ○○건설 주식회사의 대주주인 김○이 원고의 대주주이기도 한 점 만으로는 이 사건 세금계산서상의 레미콘을 공급받은 자가 ○○○건설이 아니라 원고라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정한 만한 증거가 없으며, 오히려 위 인정사실에 의해 인정되는 다음과 같은 점 즉, 이 사건 세금계산서상의 레미콘 대금 지급을 위해 ○○콘크리트에 교부된 ○○○건설 주식회사 발행의 약속어음 액면금액은 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 훨씬 초과하는 96,000,000원인 점, 위 약속어음의 제1배서인이 원고가 아니라 ○○○건설인 점, 원고 스스로 ○○○건설이 ○○콘크리트로부터 매입한 레미콘 대금까지 원고가 위 약속어음 등으로 결재하였고, 사후에 원고와 ○○○건설 사이에 정산하기로 하였다고 하고 있는 점, ○○○건설은 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당을 법인세법상의 손금으로 처리하지 않았을 뿐만 아니라 법인세 경정청구도 하지 않은 점 등을 종합해 보면, ○○콘크리트는 1차적으로 ○○○건설에 3회에 걸쳐 104,617,400원 상당의 레미콘을 공급하였고, 그 후 ○○○건설에 공급된 레미콘 중 일부(이 사건 세금계산서상의 레미콘 상당)는 원고가 사용하였고, 나머지는 ○○○건설이 사용하였으며, 그 대금은 ○○○건설이 직접 ○○콘크리트에 지급하지 않고, 원고로 하여금 지급하게 한 다음 사후에 원고와 ○○○건설이 사이에 정산하기로 한 것으로 추정될 뿐이다. 따라서 이 사건 세금계산서상의 레미콘을 실제로 공급받은 자는 원고가 아니라 ○○○건설이라 할 것이므로, 이 사건 세금계산서상의 매입세액이 불공제되는 것을 전제로 하는 피고의 2006. 1. 18자 부가가치세 경정ㆍ고지는 적법하다.

(3) 그러나 위에서 본 여러 사정, 특히 ○○○건설이 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당을 손금으로 처리하지 않았고, 법인세 경정청구도 하지 않은 점에 비추어 볼 때, 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당의 레미콘의 실제 사용자는 원고이고, 따라서 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당의 금원이 실제 비용으로 지출되었다고 보아야 하며, 이는 법인세법상의 손금에 해당한다고 보아야 하는데도 이와 달리 손금에 불산입하는 것을 전제로 한 피고의 2006. 1. 18.자 법인세 경정ㆍ고지는 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 2000년도 제2기 부가가치세 9,260,290원의 경정ㆍ고지는 적법하고 2000사업연도 귀속 법인세 26,717,410원의 경정ㆍ고지는 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.