1. 조세공평의 원칙에 관한 상고이유에 대하여

원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 피고가 남대문상가 상인들에게 소외인 발행의 세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고한 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지 과세기간에 대하여 수정신고할 것을 권유하면서 이에 불응하는 경우 문제된 과세기간 전부에 대하여 과세할 수 있다는 취지의 안내서를 발송한 후 수정신고에 응한 상인들에게는 위 3개 과세기간에 대해서만 부가가치세 경정처분을 하였으나, 이에 응하지 아니한 원고 1에게는 11개 과세기간, 원고 2에게는 6개 과세기간 전부에 대하여 부가가치세 경정처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 한 사실을 인정한 다음, 피고가 수정신고를 한 상인들에게는 우선 3개 과세기간에 대하여 경정처분을 하고 원고들에게는 그 이상의 과세기간에 대하여 경정처분을 하였다는 사정만으로는 이 사건 각 부과처분이 조세공평의 원칙에 반하는 것으로 보기 어렵다고 판단하였다.

원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 조세공평의 원칙에 관한 법리오해의 위법이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.

2. 수정신고안내서의 송달에 관한 상고이유에 대하여

원고들의 이 부분 상고이유 주장은 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하므로 적법한 상고이유가 될 수 없다.

3. 가공매출액에 관한 상고이유에 대하여

가. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항 은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.’고 규정하면서, 제1호 에서 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’를, 제2호 에서 ‘과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때’를 각각 들고 있다.

그리고 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 은 ‘사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.’고 규정하면서, 제2호 에서 ‘확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때’를 규정하고 있다.

나. 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액에 관하여 오류 또는 탈루가 있다고 보아 과세관청이 증액경정처분을 한 경우 납세의무자는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하여 증액경정처분에 대한 경정청구를 할 수 있을 뿐만 아니라 경정청구제도가 부과처분 자체에 대한 항고소송의 제기를 막는 것은 아니므로, 납세의무자는 경정청구와 별도로 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하는 방법으로도 증액경정처분을 다툴 수 있다( 대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 등 참조).

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점 ( 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 , 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조), 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점 ( 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다.

이와 달리 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 관하여 매출액 등이 과다신고된 경우라도 납세의무자가 이를 다투기 위해서는 그 부분에 관하여 감액경정청구절차를 밟아야 하고 과세관청의 부과처분에 대한 취소소송에서는 과다신고사유를 주장할 수 없다는 취지로 판시한 대법원 2005. 11. 10. 선고 2004두9197 판결 의 견해는 이와 저촉되는 범위에서 변경하기로 한다.

다. 그렇다면 원고들이 가공매출액이라는 과다신고사유를 주장하고 있는 이 사건에서, 원심으로서는 원고들의 해당 과세기간별 매출액 중 가공매출액을 심리·확정한 다음 그 부분은 원고들이 신고한 부가가치세의 과세표준에서 제외하고 정당한 세액을 산정하여 이 사건 각 부과처분의 위법 여부를 판단하였어야 함에도, 원심은 이와 달리 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 관하여 납세의무자가 스스로 매출로 신고한 부분은 신고에 의하여 그대로 확정되고 매출액 등이 과다신고된 경우라도 납세의무자는 감액경정청구 등의 절차에 의하여 불복할 수 있을 뿐 증액경정처분을 다투는 소송에서는 신고에 의해 확정된 과세표준과 세액을 다툴 수 없다고 보아 해당 과세기간별 매출액 중 가공매출액이 제외되어야 한다는 원고들의 주장을 배척하고 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과다신고를 한 납세의무자가 다툴 수 있는 불복사유의 범위에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.