나. 납세의무자가 구 조세감면규제법상 양도소득세 면제신청에 의하여 그 양도소득세가 면제된 것으로 인정되는 사안에 있어 과세관청이 구 소득세법(1985.12.23. 제3793호로 개정되기 전의 것)상 양도소득세감면규정에 따른 면제신청 외에 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고 없음을 이유로 재차 한 양도소득세 과세처분의 적부(소극)

나. 납세의무자가 구 조세감면규제법 제42조 제2항 , 제4항 , 같은법시행령 제36조 제3항 에 의한 양도소득세 면제신청에 의하여 그 양도소득세가 면제된 것으로 인정되는 사안에 있어 과세관청이 납세의무자로부터 구 소득세법(1985. 12. 23. 법률 제3793호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 , 제4항 , 제106조 소정의 면제신청 외에 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 받지 않았다는 이유로 양도소득세를 재차 과세처분하는 것은 위법하다.

상고비용은 피고의 부담으로 한다.

조세감면규제법 제42조 제2항 , 제4항 , 같은법시행령 제36조 제3항 의 각 규정을 종합하여 보면, 조세감면규제법 제42조 제2항 에 의하여 양도소득세를 면제받으려면 양도인이 공장양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고 포함)와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서등을 제출하도록 되어 있으나 과세표준신고기간 경과전에 이미 과세관청으로부터 납세의무자에게 양도소득세 등이 부과·고지된 경우에는 납세의무자가 위 과세표준신고 없이 조세감면규제법 제42조 제4항 에 의한 세액면제신청서만을 제출하더라도 그 제2항 소정의 양도소득세 면제의 실질요건만 갖추었다면 그 양도소득세가 면제된다 할 것 이고, 한편 소득세법 제6조 제2항 소정의 양도소득세 감면규정은 조세감면규제법 제42조 소정의 감면규정과는 그 실질요건을 달리하고 있으므로 납세의무자가 조세감면규제법 제42조 제2항, , 제4항 , 같은법시행령 제36조 제3항 에 의한 양도소득세면제신청에 의하여 그 양도소득세가 면제된 것으로 인정되는 사안에 있어 과세관청이 납세의무자로부터 소득세법 제6조 제2항 , 제4항(1985. 12. 23. 법률 제3793호로 개정되기 전의 법률) 제106조 소정의 면제신청 외에 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 받지 않았다는 이유로 양도소득세를 재차 과세처분하는 것은 위법하다 할 것이다.

원심이 이와 같은 견해 아래 원고가 이 사건 공장이전을 위한 토지양도에 따른 양도소득세에 대해 과세표준확정신고 없이 조세감면규제법 제42조 제4항 의규정에 의한 세액면제신청서만을 제출하였더라도 위 과세표준확정신고기간 경과 전에 이미 피고가 원고에 대하여 그 양도소득세 결정 통지를 하였고 원고의 이 사건 공장양도는 같은 조 제2항 소정의 양도소득세 면제의 실질요건을 갖추었으므로 원고가 이 사건 공장의 대지와 건물을 양도함으로 인하여 발생한 양도소득에 대하여는 조세감면규제법 제42조 제2항 제2호 의 규정에 의한 양도소득세 면제혜택을 받을 수 있으며, 원고의 위 조세감면규제법 규정에 의한 양도소득세 면제신청에 의하여 그 양도소득세가 면제된 것으로 인정되는 이 사건에 있어서 피고가 원고로부터 위 소득세법 제6조 제2항 , 제106조 소정의 면제신청 외에 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 받지 않았다는 이유로 이 사건 양도소득세를 재차 과세처분한 것은 위법하다고 판단한 조치는 정당하고 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다 할 수 없다.

논지는 이유 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.