원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 증거에 의하여 소외 동성판지공업 주식회사가 소외인 등 17인의 채권자들에게 지고 있던 합계금 475,000,000원의 사채에 관하여 이 사건 재화를 양도담보로 제공하였다가 다시 그 채권자단에게 채무변제에 갈음하여 양도한 사실과 위 채권자단은 이 사건 재화를 효율적으로 활용하여 채권액을 회수하고자 별도로 원고회사를 설립하고 그 재화를 양도하였으나 위 채권자단이 사업자로 등록되어 있지 아니하여 세금계산서를 교부할 수 없었기 때문에 편의상 소외회사명의의 세금계산서를 원고회사에게 교부하였고 이에 따라 원고회사가 그 세금계산서에 나타난 매입세액을 지급한 사실을 인정한 다음 이와 같은 사정에 비추어 보면, 비록 위 세금계산서의 발행자와 재화의 공급자가 다르다 하더라도 그 기재내용대로의 거래사실을 확인할 수 있는 한 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 가 정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에는 해당하지 아니한다고 판단하였다.

그러나 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 , 같은 법시행령 제60조 제2항 에 의하면, 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되어 있지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우에는 그 매입세액을 공제받을 수 없고 다만 예외적으로 교부 받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에는 그 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함되지 않는 것으로 규정하고 있고 같은 법제16조 제1항 제1호 에 의하면, 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭은 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있는데 위 규정들에 의하면 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에는 그 세금계산서는 같은 법 제17조 제2항 , 제1항 본문의 “그 내용이 사실과 다른” 것으로서 공급받은 자와 그 세금계산서상의 명의위장사실을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내지 환급받을 수 없고 또 그에 따른 신고납부불성실가산세도 납부하여야 할 것이다.

더구나 을제3 내지 제6호증의 기재에 의하면, 원고회사가 부가가치세의 납세의무자로서의 사업자도 아닌 위 채권자단으로부터 이 사건 재화를 공급받았고 또 세금계산서상의 공급자를 소외회사로 허위기재한 세금계산서를 교부받음에 있어서 그와 같은 사실을 몰랐다고도 보여지지 아니한다.

그런데도 원심이 그 판시와 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 매입세액의 공제 및 신고납부불성실가산세에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미쳤다고 하겠다. 이 점을 지적하는 주장은 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.