2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 전기설비에 대한 검사와 점검업무 등을 수행하는 비영리 공익법인으로 정부의 공공기관 퇴직금제도 개선지침에 따라 퇴직금제도를 2000. 1. 1.부터 기존의 '누진제'에서 '단수제'로 변경하면서, 그 노동조합과 사이에 1999. 12. 31.을 중간정산 확정기준일로 하고 원고가 일시에 재원을 확보할 수 없는 사정을 감안하여 중간정산 퇴직원금은 2001년부터 분할하여 지급하되, 지연지급으로 인한 손해를 보전하기로 하여 우선 2000년 지연지급분에 대해서는 연 8.5%의 비율에 의한 지연보상금을 지급하기로 하였다.

나. 이후 원고는 노동조합과의 협의를 거쳐 중간정산 퇴직금이 1,000만 원 미만인 직원은 전액을 일괄하여 지급하고, 1,000만 원을 초과하는 직원에 대해서는 중간정산 퇴직금 원금은 2001년 30%, 2003년 20%, 2005년 및 2007년 각 25%로 분할하여 지급하되, 지연지급에 대한 손해를 보전하기 위하여 2001년 이후 연 7%의 비율에 의한 지연보상금을 지급하기로 합의하였다.

다. 원고는 위 지연보상금의 성격을 이자소득으로 보고, 이자의 경우는 실제 지급하지 않더라도 이자 발생시점에 손금으로 산입할 수 있다는 규정[구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제70조 제1항 제2호 단서]에 따라 2000 사업연도 발생분 지연보상금 7,813,940,210원, 2001 사업연도 발생분 지연 보상금 4,174,292,700원을 지급이자로 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

라. 한편, 피고는 2004. 11. 17. 위 지연보상금의 성격을 퇴직소득으로 보고, 퇴직소득은 실제 지급일에 손금으로 산입할 수 있다는 규정(구 법인세법 시행령 제44조 제2항 제3호)에 따라 위 지연보상금의 손금산입을 부인하고, 약 54억 원의 법인세를 부과하는 내용의 과세예고를 하였고, 이에 원고는 2004. 12. 7. 과세적부심사청구를 하였다.

마. 국세청장은 2005. 7. 27. "위 지연보상금은 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되어 2001. 1. 1.부터 시행된 것, 이하 같다) 제42조의2 제1항 제5호의 퇴직소득에 해당하나, 2001. 5. 4. 이전에는 국세청예규 등이 중간정산 퇴직금 분할 지급시 미지급 잔액에 대하여 지급한 지연보상금을 이자소득으로 해석하고 있었고, 2001. 5. 4.자 재정경제부예규가 중간정산 기준일과 실제지급일(분할지급시에는 최초 분할지급일)사이의 기간에 대한 지연보상금만 퇴직소득으로 보고 그 이후의 지연보상금은 이자소득으로 보는 것으로 해석을 변경하였는바, 2001. 5. 4. 이전의 국세청예규 등에 의하여 2000 사업연도의 지연보상금 7,813,940,210원 전부가 2001. 5. 4.자 재경경제부예규에 의하여 2001 사업연도의 지연보상금 4,174,292,700원 중 2001. 1. 18. 최초 분할지급되기 시작한 퇴직금에 관련된 지연보상금 부분은 각 손금에 산입되어야 하므로, 위 부분에 대하여 손금산입을 부인하는 행위는 소급과세에 해당되어 위법하다."는 내용의 결정을 하였다.

바. 피고는 2005. 9. 21. 위 과세적부심사청구 결과에 따라 2001 사업연도 지연보상금 4,174,292,700원 중 2001. 1. 18. 중간정산 퇴직금을 신청한 직원에 대한 2,544,830,190원은 손금산입하고, 나머지 1,629,462,510원(이하 '이 사건 지연보상금'이라 한다)에 대해서는 손금불산입하여 2002 사업연도 법인세 385,390,390원을 부과(이 사건 지연보상금을 손금불산입하여 발생한 2001 사업연도 소득금액은 2000 사업연도 결손금에 충당되어 2001 사업연도에 대해서는 법인세가 발생하지 않았고, 2002 사업연도 소득 중 일부가 나머지 2000 사업연도 결손금에 충당된 후 2002 사업연도 법인세로 591,543,740원이 결정되었는데, 그 중에서 2004 사업연도 법인세 경정결과 나온 환급금 201,025,600원을 공제한 금액이 부과된 것이다)하는 이 사건 처분을 하였다.

사. 한편, 재정경제부는 2002. 5. 20. 중간정산 퇴직금 지급지연과 관련한 보상금은 전부 퇴직소득이라고 해석을 변경하였고, 원고는 이에 따라 2002 사업연도 이후의 지연보상금은 모두 퇴직소득으로 회계처리하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 7호증, 을 제1 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 지연보상금은 퇴직금 제도의 변경에 따라 중간정산 퇴직금을 일시에 지급하였다면 문제되지 않는 것이므로 퇴직금 제도의 변경과 직접적 관련성이 있는 것은 아니고, 퇴직금 제도의 변경으로 그 지급의무 및 범위가 확정된 중간정산 퇴직금을 일시에 지급하지 못하고 분할하여 지급하는 데 따른 손해를 전보해주기 위한 것이어서 그 본질이 이자소득과 같으므로, 구 소득세법 시행령 제42조의2 제1항 제5호의 퇴직소득에 해당하지 않는다.

(2) 동일한 지연보상금이 지급 시기에 따라 법적 성격이 달라질 수 없는 점, 원고로서는 중간정산 퇴직금을 신청하지 않은 직원에 대하여도 동일하게 지연보상금을 지급해야 하는 의무를 부담하는 상황에서 직원이 중간정산 퇴직금을 언제 신청했는지에 따라 회계처리를 달리할 수 없는 점, 2001. 5. 4.자 유권해석에서 시기에 따라 이자소득과 퇴직소득으로 구분한 것은 직원들의 세부담을 덜어주기 위한 배려 차원의 해석이었던 점, 지연보상금을 지급받는 직원을 기준으로 하여 소득세법상 퇴직소득으로 취급하더라도 지연보상금을 지급하고 회계처리를 하는 원고의 입장에서는 소득세법의 기준에 구애되지 않고 법인세법 고유의 기준을 적용할 수 있는 점 등에 비추어 보면 원고가 2001 사업연도 지연보상금 전부를 지급이자로 손금산입한 것은 적법하다.

나. 관계 법령

[구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)]

제44조 (퇴직금의 손금불산입)

①법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

②현실적인 퇴직에는 법인이 퇴직금을 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

3. 근로기준법 제34조 제3항의 규정에 의하여 퇴직금을 중간정산하여 지급한 때

제70조 (이자소득 등의 귀속사업연도)

①법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다을 각호와 같다.

2. 법인이 지급하는 이자등 : 소득세법시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도, 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자등을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다.

[구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되어 2001. 1. 1.부터 시행된 것)]

제42조의2 (퇴직소득의 범위)

①법 제22조제1항에서 규정하는 퇴직소득은 다음 각호에서 규정하는 금액을 포함한다.

5. 퇴직급여지급규정·취업규칙의 개정 등으로 퇴직금지급제도가 변경됨에 따라 근로기준법 제34조 제3항의 규정에 의하여 퇴직금정산액을 지급하면서 퇴직금지급제도 변경에 따른 손실보상금을 위하여 지급되는 금액

부칙 제4조 (국외근로자의 지과세급여의 범위 등에 관한 적용례) 제16조 및 제42조의2 제1항 제5호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 지급하는 분부터 적용한다.

다. 판단

(1) 살피건대, 구 소득세법 시행령 제42조의2 제1항 제5호는 2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 신설된 규정으로, 그 입법취지는 퇴직금 지급제도가 변경되면서 이 사건과 같은 중간정산에 따른 손실보상금 지급문제가 나타나자 이에 대한 규율을 하기 위하여 신설된 것으로 보이므로, 위 조항의 '퇴직금 지급제도 변경에 따른 손실보상'이란 퇴직금 지급제도의 변경과 그 손실보상이 논리필연적인 인과관계에 있을 것을 요구하는 것이 아니라, 퇴직금 지급제도의 변경과 관련되어 지급되는 손실보상까지 포함하는 의미라고 이해함이 상당하다 할 것이다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 지연보상금은 퇴직금지급제도가 변경되어 퇴직금 중간정산을 실시하면서 중간정산퇴직금을 일시에 지급하지 못하고, 이를 분할하여 지급함으로써 중간정산 기준일과 실제 지급일 사이의 기간 동안에 발생한 손실을 전보하기 위한 것이므로, 이는 퇴직금 지급제도 변경과 관련되어 지급되는 손실보상이라고 할 것이고, 따라서 구 소득세법 시행령 제42조의2 제1항 제5호의 퇴직소득에 해당한다고 할 것이다.

(2) 이와 같이 이 사건 지연보상금이 구 소득세법 시행령 제42조의2 제1항 제5호의 퇴직소득에 해당하는 이상, 원고 주장과 같은 사정만으로는 이 사건 지연보상금을 이자소득으로 볼 수 없는 것이고(2000 사업연도 지연보상금 전부 및 2001 사업연도 지연보상금 중 일부에 대하여 손금산입이 인정된 것은 국세청이 스스로 한 해석에 기속되었기 때문이지 그 지연보상금이 이자소득으로 인정되었기 때문이 아니다), 나아가 원고가 법인세법을 적용하여 회계처리를 한다고 하여 그 소득의 성격을 달리 볼 수 있는 것도 아니라고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.