2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 충북 ○○군 ○○읍 ○○리 300-1에서 골프장업을 영위하는 사업자로서, 2005년경부터 골프장을 조성하기 시작하였는데, 원고는 2005년 1기분의 부가가치세를 신고 · 납부하면서 골프장 조성공사와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 59,682,555원(이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)을 부가가치세법(이하 '법'이라 한다)제17조 제2항 제4호(이하 '이 사건 조항'이라 한다) 후단, 법 시행령 제60조 제6항(이하 '이 사건 시행령 조항'이라 한다)에서 정한 불공제 매입세액(토지관련 매입세액)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

나. 원고는 2006. 2. 14. 이 사건 매입세액이 공제가 가능함을 전제로 이 사건 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 4. 13. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 6. 22. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2006. 12. 1. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1 내지 3호증, 을제1 내지 2호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 법률규정의 해석과 관련하여, 이 사건 처분의 근거규정인 이 사건 조항 후단은 단순히 토지관련 매입세액을 불공제한다는 것이 아니라, 면세사업을 위한 매입세액을 대전제로 하는 것으로 해석하여야 하고, 기본적으로 골프장 사업은 과세사업으로서 이 사건 매입세액은 과세사업을 영위하기 위한 매입세액에 해당함에도 이를 공제하지 않는 것은 전 단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세의 기본원리에 반하는 것인바, 이와 같이 해석하는 한 이 사건 시행령 조항은 과세요건 명확주의에 위배되는 등 조세법률주의에 반하여 무효이다.

(2) 만약 이 사건 조항 후단이 면세사업을 위한 매입세액을 대전제로 하는 것이 아니라 단순히 토지관련 매입세액을 불공제하는 것으로 규정된 것이라면, 이는 사실상 자산의 취득에 따른 과세로서 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 입법일 뿐만 아니라, 부가가치세의 기본원리상 용인할 수 있는 한계를 넘어선 규정으로 헌법상 보장된 평등권, 재산권을 침해하는 위헌적인 조항이므로 이에 근거한 이 사건 처분 역시 위법하다.

나. 관련법령

관련 법령은 별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법률규정(이 사건 조항 및 시행령)의 해석과 관련한 판단

(가) 우리나라의 부가가치세 과세방법

원칙적으로 우리나라의 경우 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 부가가치세 과세방법으로서 소위 '전 단계 세액공제법'을 채택하여, 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하고 있다. 그러나 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니고, 공제가 부인되는 매입세액이 있는데, 이에 대하여는 법 제17조 제2항에서 규정하고 있다.

(나) 매입세액 불공제의 유형

법 제17조 제2항에서 규정하는 부가가치세 매입세액 불공제의 유형은 크게 두 가지로 구분할 수 있는 바, 첫째는 이 사건 조항(면세사업관련 매입세액)과 같이 부가가치세의 기본원리상 매입세액을 불공제하는 유형이고, 둘째는 사실과 다른 세금계산서의 매입세액이나 접대비관련 매입세액과 같이 조세정책이나 과세절차상 매입세액을 불공제하는 유형(법 제17조 제2항 제1호, 제1호의 2)이다. 이 사건 조항은 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을, 후단에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 각 규정하고 있고, 이 사건 시행령 조항은 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하며, 각호에서 그 구체적 유형을 적시하고 있는데, 이 사건 조항 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유는 전 단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세 체계에 있어 면세사업자는 매출세액이 발생하지 않는 결과 부가가치세법상 최종 소비자로 간주되어 전단계의 부가가치세를 부담하고 재화 · 용역을 소비하여야 한다는 부가가치세의 기본원리에 따른 것이고, 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유도 면세사업자와 마찬가지로 토지는 노동, 자본과 함께 부가가치를 창출하는 근원적 요소임을 이유로 법이 과세사업이든 면세사업이든 사업의 종류를 불문하고 토지의 공급을 면세대상으로 삼고 있으므로(법 제12조 제1항 제12호), 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급에 따른 매출세액이 면제되는 이상 사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당한다고 하더라도 이를 공제되는 매입세액으로 할 수 없다는 법 제12조에서 정한 면세제도의 기본원리에서 비롯된 것이다.

(다) 이 사건 조항 후단과 관련한 해석 및 입법적 해결의 과정

그런데 이 사건 조항 후단의 토지에 관련된 매입세액에 대하여는 1993. 12. 31. 개정 전 법 제17조 제2항 제4호(이하 '구법 조항'이라 한다)에서는 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제한다고 규정하고 위임규정 없이 시행령 제60조 제6항(이하 '구법 시행령 조항'이라 한다)을 1991. 12. 31. 신설하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 법 제17조 제2항 제4호의 매입세액에 포함된다고 규정하였기 때문에 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제 되는 것인지 아니면 사업관련성을 떠나 모든 토지관련 매입세액이 불공제 되는 것인지 여부에 대한 해석을 두고 많은 조세분쟁이 발생하였고, 대법원은 전자의 입장을 채택하여 법률의 개정과 위임규정 없이 시행령만 신설하여 모든 토지관련 매입세액을 불공제 하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋나는 것으로서 구법 조항과 구법 시행령 조항은 면세사업과 관련된 토지관련 매입세액을 불공제 한다는 당연한 내용을 규정한 것으로 판단하였다(대법원 1995.12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결). 이로 인하여 현행규정과 같이 구법 조항이 개정되어 토지관련 매입세액 불공제에 관한 근거규정을 두고 구법 시행령 조항(이 조항은 2001. 12. 30. 시행령 개정 시부터 이 사건 시행령 조항과 같이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지의 매입세액으로 보는 구체적 유형을 규정하는 형식으로 바뀌었다)을 정비함으로써 그 이후부터는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없는 것으로 입법적 해결을 하였다고 할 것이다(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결참조).

(2) 이 사건 조항 및 시행령이 헌법에 위반되어 무효인지 여부에 관한 판단

원고는 과세사업의 경우에도 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항이 전 단계 세액공제법을 취하고 있는 부가가치세의 기본원리에 반함을 전제로 이 사건 조항이 헌법에 위반하거나 이 사건 시행령 조항이 조세법률주의에 반하여 무효라고 주장한다.

그러나 다음과 같은 사정들, 즉 ① 기본적으로 골프장 부지인 토지조성공사의 용역 의 공급에 대한 부가가치세는 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장 으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액이기는 하나 토지공사의 용역은 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되어 토지 자체 의 가치를 증가시키는 것으로 이를 골프장 영업상의 매출세액으로 보기는 어려운 점, ② 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하여도 부가가치세 과세사업인 골프장 사업을 영위하기 위해 지출된 비용인 경우 그 매입세액이 매출세액에서 공 제되어야 한다는 것은 구법 조항 및 구법 시행령 조항 하에서의 해석론에 불과한 것으로서, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 개정된 이 사건 조항으로 인하여 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지, 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 불공제되는 것으로 이 미 입법적으로 해결이 되었다는 점, ③ 토지의 공급을 부가가치세 면세대상으로 할 지 여부와 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정 책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것이고, 매입세액까지 공제하여 주는 영 세율제도와 달리 법 제12조에서 매출세액이 면세되는 결과 매입세액을 공제받을 수 없게 되는 면세제도를 두고 있는 이상 토지의 조성 등을 위한 자존적 지출에 대 한 매출세액이 면제됨을 이유로 영위하는 사업이 면세사업인지, 과세사업인지를 불 문하고, 그에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 것은 면세제도의 기본원리에 따른 것이고, 이것이 부가가치세의 기본원리인 전 단계 세액공제법에 반하는 것은 아닌 점, ④ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공 제하는 셈이 되어 그 효과 면에서 영세율을 적용한 것과 마찬가지가 되는데 이는 법률의 규정 없이 영세율을 적용하는 것이 되어 조세법률주의에 어긋나게 되고 토 지 공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도를 악용 할 소지가 있는 점, ⑤ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도 시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하 는 방법으로 회수할 수 있고(소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제163 조 제3항 등 참조), 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수되는 점(소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호, 법인세법 시행령 제 19조 제2호), ⑥ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 토지를 조성하여 공급하는 사업을 하는 자로부터 매수하여 사업을 하는 사업자와 토지를 구입하여 사업목적에 맞게 조성하여 사업을 하는 사업자 사이에 형평의 문제가 발생할 수 있는 점 ⑦ 이 사건 시행령 조항은 이 사건 조항 후단의 위임을 받아 매입세액이 불공제 되는 토지관련 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 규정하고 있고, 토지 등의 조성을 위한 자본적 지출이라 함은 토지의 특성에 비추어 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소용되는 비용으로 결국 취득원가에 산입(자본화) 되는 것을 말하는 것인데, 이 사건 시행령 조항은 각 호에서 그러한 유형에 대하여 구체적, 한정적으로 열거하고 있어 이 사건 시행령 조항이 법률의 위임이 없거나, 그 범위를 벗어난 것이 아닐 뿐만 아니라, 명확성의 원칙에 반한다고도 볼 수 없는 점에 각 비추어 보면, 토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단이 소비 형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 보장된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌 규정이라거나 이 사건 시행령 조항이 조세법률주의에 반하여 무효라고 할 수 없다. 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 이 사건에 있어 이 사건 매입세액이 원고가 골프장 조성을 위하여 투입한 비용에 대한 매입세액으로 이러한 비용은 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 현 실적으로 증가시키는데 소요된 비용이므로, 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에서 정한 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하여 매입세액이 불공제됨을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

■ 부가가치세법

제12조 (면세)

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 토지

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세 액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한 다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대 한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계 표의 기재사항 중 거래처별 등록 번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되 지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령 이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입 세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관 련 매입세액

■ 부가가치세법 시행령

제60조 (매입세액의 범위)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함 은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호 의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액