가. 청구법인은 「도시가스사업법」상 일반도시가스 사업자로 1995년 9월 「도시가스사업법」상 가스 도매사업자로서 도시가스를 일반도시가스 사업자 등에게 공급하는 사업을 영위하는 OOO‘천연가스 수급계약’을 체결한 이후 현재까지 OOO로부터 도시가스를 매입하여 광주광역시 및 전라남도의 일부 지역에 공급하는 사업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 1998년 10월 OOO와 ‘도시가스 공급계약’을 체결하고 그에 따라 도시가스를 공급하면서 ＜표1＞ 기재와 같이 2005년 6월～2013년 12월 기간 동안 산업용 요금이 아닌 냉난방용 요금을 적용하였다.

＜표1＞

다. OOO2015년 12월 청구법인이 2005년 6월부터 2013년 12월까지 8년 7개월 동안 OOO공급한 도시가스에 산업용 요금이 적용되어야 함에도 불구하고 냉난방용 요금을 적용하여 OOO산업용 요금과 냉난방용 요금 차액(이하 “정산금”이라 한다) 및 그에 대한 부가가치세 상당액에 해당하는 손해가 발생하였다고 주장하며 OOO해당 손해배상금의 지급을 구하는 중재를 신청하였고, OOO2016.10.19. ‘청구법인은 OOO에게 불법행위로 인한 손해배상액 금 OOO을 지급하라’는 내용의 중재판정을 하였다.

라. OOO지방국세청장은 2019.9.5.부터 2019.10.25.까지 청구법인의 2015～2016사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금액 중 정산금 외에 부가가치세로 지급한 OOO 「법인세법」 제21조에 따라 손금불산입 대상에 해당하는 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2020.2.6. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO경정․고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.10. 이의신청을 거쳐 2020.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 손해배상금은 그 산정내역상 정산금은 물론 정산금에 대한 부가가치세 및 가산세도 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.

OOO2015년 12월 청구법인이 2005년 6월부터 2013년 12월까지 8년 7개월 동안 OOO에게 공급한 도시가스에 산업용 요금이 적용되어야 함에도 불구하고 냉난방용 요금을 적용하여 OOO산업용 요금과 냉난방용 요금의 차액 및 그에 대한 부가가치세 상당액에 해당하는 손해가 발생하였다고 주장하며 OOO해당 손해배상금의 지급을 구하는 중재를 신청하였다.

당초 OOO적용요금 차액에 상당하는 정산금의 지급만을 구하였는데, OOO중재가 진행 중인 상황에서 OOO지방국세청은 OOO대한 세무조사를 실시하여 산업용 요금과 냉난방용 요금의 차액을 OOO매출누락으로 본 후, OOO중재판정이 확정되기도 전에 OOO2010년 제2기분 부가가치세를 경정․고지하였다.

청구법인은 OOO특수관계에 있지 아니하므로 청구법인과 OOO공급가액에 다툼이 있어 소송 등이 진행 중이라 하더라도 과세관청은 시가를 공급가액으로 보아 과세표준을 재계산하여 과세할 수 없고, 중재판정이 확정된 후 당초 공급가액에 추가되는 금액이 있을 경우 「부가가치세법 시행령」 제70조 제3호의 규정에 따라 OOO수정세금계산서를 발행한 후 관련 부가가치세를 신고․납부하면 되는 것이다.

그럼에도 불구하고 OOO지방국세청은 중재판정이 확정되기 전인 2016.1.25. 등 산업용 요금과 냉난방용 요금의 차액을 OOO매출누락으로 보아 부가가치세 등을 고지하였고, OOO추가적인 소송비용을 들여 과세관청을 상대로 해당 부가가치세 부과처분의 취소를 다투는 것보다 청구법인에게 해당금액을 포함하여 손해배상을 구하는 것이 합리적이라고 판단하여 고지된 부가가치세를 모두 납부한 후 청구법인과 진행 중인 중재사건에서 그 신청취지를 OOO부담해야 할 부가가치세를 포함하는 금액으로 확장하였다.

한편 OOO2016.10.19. 청구법인이 OOO공급한 도시가스 용도는 산업용에 해당하고, 해당요금이 잘못 적용된 데 대하여 OOO25%의 과실이 있다고 판단한 후, 청구법인은 OOO8년 9개월간 용도가 잘못 적용되어 과소지급된 가스요금 정산금 OOO및 그에 대한 부가가치세와 가산세 합계 OOO지급의무가 있다는 내용의 중재판정을 하였다.

해당 중재판정은 청구법인이 불법행위를 통하여 계약상 지급하여야 할 정산금 및 그에 대한 부가가치세 상당액을 OOO지급하지 아니하였고, OOO지방국세청의 과세처분에 따라 관련 부가가치세를 모두 납부하였으므로 정산금은 물론 그에 대한 부가가치세도 청구법인이 지급해야 할 손해배상금에 해당한다는 취지이다. 더욱이 위 중재판정에서 부가가치세는 물론 그에 대한 가산세도 손해배상금 범위에 포함시킨 것을 확인할 수 있는바, 청구법인의 잘못된 업무처리로 인하여 OOO정산원금에 대한 부가가치세를 징수하지 못하였고 이로 인하여 제때에 부가가치세를 신고․납부하지 못함에 따라 가산세가 부과되었으므로 가산세 역시 청구법인이 지급해야 할 손해배상금에 포함된다는 것이다.

OOO중재판정 확정 후 별도로 경정청구 등을 제기하거나 수정세금계산서를 발행하지 아니하였고, 이로 인하여 청구법인 역시 정산금에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제받지 못하였다.

한편 가스요금이 잘못 적용된 것은 청구법인이 OOO해당 도시가스를 공장 내 기숙사 등 공장가동을 위한 노동력을 제공하는 자가 이용하는 시설에 사용하였으므로 이는 냉난방용이라고 해석하였기 때문인데, OOO청구법인에게 보낸 도시가스 도매요금 적용매뉴얼에 의하면 그러한 경우에도 그 용도는 제조공정용으로 간주한다고 명시되어 있으므로 청구법인이 해당 규정을 잘못 해석한 과실에 의한 것이다. 따라서 OOO에게 가스요금 적용에 대한 책임이 있다고 할 수 없으므로 청구법인이 OOO에 지급한 손해배상금을 OOO청구할 수 없었다.

(2) 청구법인은 2016.11.17. 국세청에 세법해석 사전답변 신청을 하였는바, 2016.12.14. 국세청은 “OOO로부터 가스를 공급받아 수요자에게 공급하는 일반도시가스 사업자인 내국법인이 ‘천연가스 공급규정’ 제30조 제2항에 따른 도시가스용 요금의 구분을 산업용이 아닌 냉난방용으로 잘못 적용하여 도시가스 매입대금을 과소지급한데 대해 OOO중재판정에 따라 OOO요금 정산차액의 일정금액을 손해배상금으로 지급하는 경우, 해당 손해배상금은 「법인세법」 제19조에 따른 손금에 해당하는 것이다.”라고 답변하였다.

한편 이의신청결정서 60p.에 의하면 처분청은 위 답변의 ‘해당 손해배상금은 「법인세법」 제19조에 따른 손금에 해당하는 것’이라는 기재 내용에 부가가치세가 포함되는 것인지 여부에 대하여 국세청 법령해석과에 내부메일로 문의하였고, 이에 대하여 국세청 법령해석과는 부가가치세에 대하여 별도 언급이 없었으므로 손해배상금에 부가가치세도 포함되는 것으로 보아야 한다고 유선으로 답변하였다고 인정하고 있다.

국세청 법령사무처리규정 제25조에 의하면 ‘신청인이 세법해석 사전답변의 내용을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 특정한 거래 등을 이행한 경우에는 관할 지방국세청장 또는 세무서장은 해당 거래에 대하여 경정 또는 결정을 할 때 그 답변내용을 따라야 한다.’고 규정하고 있는바, 세법 사전답변은 과세관청에 대하여 구속력이 있으므로 이에 반하여 이루어진 이 건 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금액 중 ‘부가가치세 및 가산세’ 명목으로 지급한 금액은 「법인세법」 제21조에서 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 부가가치세 매입세액에 해당한다.

OOO중재판정 원문을 살펴보면 OOO는 청구법인에 정산금 및 위약금과 별도로 부가가치세 및 가산세를 청구하였다. 이에 OOO청구하는 부가가치세는「부가가치세법」에 따라 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 하며, 해당 가스요금에 대한 부가가치세 상당액을 지급하기로 한 약정을 들어 부가가치세 및 가산세를 지급할 것을 결정하였다.

OOO청구법인이 제출한「손해배상금 부가가치세 상당액 계산내역」을 근거로 부가가치세 및 가산세를 결정하였던 바, 계산내역을 살펴보면 과세기간별로 부가가치세, 과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서 관련 가산세 등을 계산하여 제출한 사실을 확인할 수 있다.

즉 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금액 중 ‘부가가치세 및 가산세’ 명목으로 지급한 금액은 「법인세법」 제21조에서 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 부가가치세 매입세액에 해당하는 것이다.

「법인세법」제21조[세금과 공과금의 손금불산입]에서는 “법인세, 법인지방소득세, 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다) 등은 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 「법인세법 시행령」제22조[부가가치세 매입세액의 손금산입 등]에서는 자동차의 구입 및 임차, 접대비, 의제매입세액 등의 매입세액을 예외적으로 손금산입 대상으로 규정하고 있다.

(2) 국세청의 세법해석 사전 답변에서는 부가가치세에 대하여 언급된 사실이 없다.

청구법인은 국세청이 세법해석 사전 답변에서 손해배상금을 언급하면서 부가가치세를 포함하여 답변서에 기재하였다고 주장하나, 국세청은「세법해석 사전답변 신청에 대한 답변」에서 OOO판정내용에 대한 요약을 기재하면서 “손해배상액 OOO을 지급하여야 할 의무가 있다고 판정” 이라고 언급하였을 뿐, 동 금액에 부가가치세가 포함되어 있다는 언급은 없었으며 답변내용에도 “요금 정산차액의 일정금액을 손해배상금으로 지급하는 경우, 해당 손해배상금은 손금에 해당하는 것입니다” 라고 기술하고 있을 뿐 부가가치세에 대한 언급은 없었던 것으로 확인된다.

따라서 세법해석 사전답변과 부가가치세의 손금산입 여부는 개별적 사항이고, 따라서 해당 사전답변의 구속력이 이 건 부과처분에 미치지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 손해배상금 중 ‘정산금에 대한 부가가치세 및 가산세’를 「법인세법」 제21조에서 손금불산입대상으로 규정한 부가가치세 매입세액으로 볼 수 있는지 여부

② 세법해석 사전답변 내용에 반하여 이루어졌으므로 위법한 부과처분이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조[세금과 공과금의 손금불산입] 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부 하였거나 납부 할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

2. 반출하였으나 판매하지 아니한 제품에 대한 개별소비세 또는 주세(酒稅)의 미납액. 다만, 제품가격에 그 세액에 상당하는 금액을 가산한 경우에는 예외로 한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 법인세법 시행령

제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제22조[부가가치세 매입세액의 손금산입 등] ① 법 제21조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우의 세액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「부가가치세법」제39조 제1항 제5호에 따른 매입세액

2. 「부가가치세법」제39조 제1항 제6호에 따른 매입세액

3. 그 밖에 해당 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행규칙

제11조[부가가치세 매입세액의 손금산입] 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 「부가가치세법」제36조 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액

(4) 부가가치세법

제9조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

제31조[거래징수] 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

(5) 부가가치세법 시행령

제2조[재화의 범위] ①「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력

② 법 제2조 제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

제18조[재화 공급의 범위] ① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 가공하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 따라 재화를 인도하는 것

3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

(6) 중재법

제1조[목적] 이 법은 중재(仲裁)에 의하여 사법(私法)상의 분쟁을 적정ㆍ공평ㆍ신속하게 해결함을 목적으로 한다.

제2조[적용 범위] ① 이 법은 제21조에 따른 중재지(仲裁地)가 대한민국인 경우에 적용한다. 다만, 제9조와 제10조는 중재지가 아직 정해지지 아니하였거나 대한민국이 아닌 경우에도 적용하며, 제37조와 제39조는 중재지가 대한민국이 아닌 경우에도 적용한다.

② 이 법은 중재절차를 인정하지 아니하거나 이 법의 중재절차와는 다른 절차에 따라 중재에 부칠 수 있도록 정한 법률과 대한민국에서 발효(發效) 중인 조약에 대하여는 영향을 미치지 아니한다.

제3조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "중재"란 당사자 간의 합의로 재산권상의 분쟁 및 당사자가 화해에 의하여 해결할 수 있는 비재산권상의 분쟁을 법원의 재판에 의하지 아니하고 중재인(仲裁人)의 판정에 의하여 해결하는 절차를 말한다.

2. "중재합의"란 계약상의 분쟁인지 여부에 관계없이 일정한 법률관계에 관하여 당사자 간에 이미 발생하였거나 앞으로 발생할 수 있는 분쟁의 전부 또는 일부를 중재에 의하여 해결하도록 하는 당사자 간의 합의를 말한다.

3. "중재판정부"(仲裁判定部)란 중재절차를 진행하고 중재판정을 내리는 단독중재인 또는 여러 명의 중재인으로 구성되는 중재인단을 말한다.

제29조[분쟁의 실체에 적용될 법] ① 중재판정부는 당사자들이 지정한 법에 따라 판정을 내려야 한다. 특정 국가의 법 또는 법 체계가 지정된 경우에 달리 명시된 것이 없으면 그 국가의 국제사법이 아닌 분쟁의 실체(實體)에 적용될 법을 지정한 것으로 본다.

② 제1항의 지정이 없는 경우 중재판정부는 분쟁의 대상과 가장 밀접한 관련이 있는 국가의 법을 적용하여야 한다.

③ 중재판정부는 당사자들이 명시적으로 권한을 부여하는 경우에만 형평과 선(善)에 따라 판정을 내릴 수 있다.

④ 중재판정부는 계약에서 정한 바에 따라 판단하고 해당 거래에 적용될 수 있는 상관습(商慣習)을 고려하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 「도시가스사업법」상 일반도시가스 사업자로, 1995년 9월 OOO‘천연가스 수급계약’을 체결한 이후 현재까지 OOO로부터 도시가스를 매입하여 이를 광주광역시 및 전라남도의 일부 지역에 독점적으로 공급하는 사업을 영위하고 있는바, 청구법인과 OOO체결된 ‘천연가스 수급계약’의 구체적 내용은 다음과 같다.

(2) 청구법인은 1998년 10월 OOO‘도시가스 공급계약’을 체결하고 그에 따라 도시가스를 공급하면서 ＜표1＞(2p.) 기재와 같이 2005년 6월～2013년 12월 기간 동안 산업용 요금이 아닌 냉난방용 요금을 적용하였다.

(가) 청구법인이 1998.10.21. OOO작성한 도시가스 공급계약 중 요금산정에 관한 조항의 내용은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 도시가스 공급계약에 대한 별도의 변경계약 없이 2005년 6월부터 2013년 12월까지 기간 동안 OOO에게 공급하는 가스요금에 대하여 산업용이 아닌 냉난방용 요금을 적용하였다.

1) 청구법인과 OOO체결한 ‘도시가스 공급규정’ 제20조에 의하면 단일계량기를 통해 복수의 용도로 공급되는 가스는 용도 구분에 관한 특별계약이 있는 경우를 제외하고는 주사용용도를 적용한다고 규정하고 있다.

2) 2005년 당시 청구법인이 OOO공급한 가스 중 제조공정용 사용량이 100만㎥이고, 그 외 약 600만㎥는 공장 내 기숙사 등 공장가동을 위한 노동력을 제공하는 자가 이용하는 시설에 사용되고 있었는데, 청구법인은 이를 냉난방용으로 보아 주사용용도에 따라 냉난방용 요금을 적용하였다. 그러나 OOO청구법인에게 보낸 도시가스 도매요금 적용매뉴얼에 의하면 그러한 경우에도 그 용도는 제조공정용으로 간주한다고 명시하고 있으므로 산업용 요금이 적용되었어야 하는 것으로 확인된다.

(다) 2014.1.1. 이후부터는 다시 산업용 요금을 적용하기로 하는 도시가스 공급협약을 체결하고, 2014.1.1. 이후 가스요금에 대하여 산업용요금을 적용한 것으로 확인된다.

(3) OOO2015년 12월 “청구법인이 2005년 6월부터 2013년 12월까지 8년 7개월 동안 OOO에게 공급한 도시가스에 산업용 요금이 적용되어야 함에도 불구하고 냉난방용 요금을 적용하여 정산금 및 그에 대한 부가가치세 상당액에 해당하는 손해가 발생하였다”고 주장하며, OOO해당 손해배상금의 지급을 구하는 중재를 신청하였고, OOO2016.10.19. ‘청구법인은 OOO에게 불법행위로 인한 손해배상액 OOO(시효로 소멸하지 아니한 2005년 9월부터 2013년 12월까지 요금 차액) 및 부가가치세 OOO지급하라’는 내용의 중재판정을 하였는바, 그 구체적 내용은 다음과 같다.

(가) OOO다음과 같이 손해배상액을 산정하였다.

＜표2＞ 손해배상금 중 부가가치세 산정내역

(단위: 백만원)

(나) OOO청구법인의 불법행위 손해배상책임을 인정하되 OOO과실비율(25%)을 인정하여 OOO청구한 손해배상금(정산금)에 대하여 과실상계한 것으로 확인되는바, 구체적 내용은 다음과 같다.

(다) OOO청구법인이 OOO지급해야 할 손해배상금 중 부가가치세 부분에 대해 다음과 같이 판단하였다.

(4) OOO지방국세청은 중재판정이 확정되기 전인 2016.1.25. 등 청구법인이 OOO공급한 도시가스와 관련하여 산업용 요금과 냉난방용 요금의 차액을 OOO매출누락으로 보아 OOO에게 2010년 제2기분 부가가치세를 경정․고지하였고, 중재판정 이후 OOO법인세 및 부가가치세 과세표준에 대한 수정신고 이력은 확인되지 않는다.

(5) 처분청은 청구법인에 대해 법인세통합조사를 실시하여, OOO중재판정에 의하여 청구법인이 OOO지급한 OOO중 부가가치세 관련 OOO2016년 사업연도 법인세신고 당시 손금산입한 것에 대하여 「법인세법」제21조[세금과 공과금의 손금불산입]의 규정에 따라 이를 손금불산입하여 법인세 OOO경정․고지하였다.

(6) 청구법인은 2016.11.21. 국세청에 OOO중재판정에 따라 OOO에게 지급한 손해배상금이 법인결산 시 손금에 해당하는 지에 대해 세법해석 사전 답변 신청을 하였다.

(가) 국세청 법령해석과는 청구법인의 세법해석 사전답변 신청에 대하여 ‘OOO로부터 가스를 공급받아 수요자에게 공급하는 일반도시가스사업자인 내국법인이 천연가스 공급규정 제30조 제2항에 다른 도시가스용 요금의 구분을 산업용이 아닌 냉난방용 요금으로 잘못 적용하여 도시가스 매입대금을 과소지급한데 대해 OOO중재판정에 따라 OOO요금 정산차액의 일정금액을 손해배상금으로 지급하는 경우 해당 손해배상금은 「법인세법」 제19조에 따른 손금에 해당하는 것’이라고 답변하였다.

(나) 처분청 심리담당자는 이의신청 심리기간 중 국세청 법령해석과의「세법해석 사전답변 신청에 대한 답변」에 기재된 “해당 손해배상금은 「법인세법」제19조에 따른 손금에 해당하는 것입니다” 중 ‘손해배상금’에 부가가치세가 포함되는지 여부에 대해 국세청 법령해석과에 문의하였다. 청구법인은 국세청 법령해석과에서 “부가가치세에 대하여 별도의 언급이 없으므로 손해배상금에 부가가치세가 포함된다고 보아야 한다”고 유선으로 답변하였다고 주장한다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금원 중 ‘부가가치세 및 가산세’ 명목으로 지급한 금액은 「법인세법」 제21조에서 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 부가가치세 매입세액에 해당한다는 의견이다.

그러나 ① OOO청구법인이 2005년 6월부터 2013년 12월까지 8년 7개월 동안 OOO에게 공급한 도시가스에 산업용 요금이 적용되어야 함에도 불구하고 냉난방용 요금을 적용하여 정산금과 그에 대한 부가가치세 및 가산세 상당액에 해당하는 손해가 발생하였다고 주장하며 OOO해당 손해배상금의 지급을 구하는 중재를 신청하였고, OOO청구법인이 가스요금을 잘못 적용함에 따라 발생한 정산금은 물론 그에 대한 부가가치세에 대해서도 「민법」상 불법행위 손해배상에 따른 소멸시효 10년을 적용한 점, ② 청구법인이 OOO중재판정에 따라 부가가치세 명목으로 부담하는 것은 OOO2010년 제2기분 부가가치세 본세 OOO외에도 경정․고지일까지 발생한 가산세 합계 OOO포함되어 있는 것을 확인할 수 있는바, 이는 단순히 부가가치세 매입세액이 아닌 OOO발생한 손해에 대한 배상 성격으로 볼 수 있는 점, ③ OOO중재판정이 확정된 후 별도로 경정청구 등을 제기하거나 수정세금계산서를 발행하지 아니하였고, 이로 인하여 청구법인 역시 이를 부가가치세 매입세액으로 공제받지 못한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금액인 정산금과 그에 대한 부가가치세 및 가산세 역시 손해배상금의 성격을 갖는 것이므로 각각을 구분할 것이 아니라 전체로서 모두 청구법인의 손금으로 인정되어야 하는 것으로 판단된다.

따라서 청구법인이 OOO중재판정에 따라 OOO지급한 금액 중 OOO 「법인세법」 제21조에서 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 부가가치세 매입세액으로 보아 손금에 산입하지 아니한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.