그러나 해당 건축물이 위와 같이 ‘특정대기유해물질이 기준 이상으로 발생되는 배출시설’에 해당하게 됨으로써 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 용도지역 안에서 건축제한규정에 부적합하게 되었다고 해도, 기존 용도가 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 확인되는 등 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2021. 1. 26. 대통령령 제31417호로 개정되기 전의 것) 제71조 의 건축제한규정과 관련하여 기존 건축물에 대한 특례를 규정한 같은 시행령 제93조 제5항 전문에서 정한 요건에 해당한다면 특례규정에 따라 기존 용도로 계속 사용할 수 있다. 따라서 위 특례규정이 적용되는지 여부를 따져 보지 않은 채 위 건축제한규정에 위반된다고 단정하여 위 허가를 받는 것 자체가 불가능하다거나, 구 대기환경보전법 제38조 단서의 폐쇄명령 요건인 ‘그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 설령 해당 건축물에 대하여 위 부칙규정에서 정한 기한 내 허가를 받지 않았다고 해도, 이러한 사정만으로 곧바로 위 허가기한이 지난 다음부터 위 특례규정의 적용이 배제된다고 볼 수도 없다.

1. 사안 개요

가. 원고는 2000. 12. 14. 경기 양평군 (주소 생략)에 있는 이 사건 시설에 대하여 대기환경보전법에 따른 대기오염물질배출시설(이하 ‘배출시설’이라 한다) 설치신고를 하고, 그 무렵 이 사건 시설을 설치하여 사용해 왔다.

나. 피고가 경기도보건환경연구원에 이 사건 시설에서 2018. 5. 14. 채취한 시료에 대한 오염도검사를 의뢰한 결과, 대기환경보전법상 특정대기유해물질인 ‘다환 방향족 탄화수소류’가 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호 에 따른 기준 이상으로 검출되었다.

다. 이 사건 시설부지는 그 용도지역이「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 ‘국토계획법’이라 한다)상 계획관리지역으로 지정되어 있다.

라. 피고는 2018. 8. 30. 원고에 대하여, 계획관리지역 안에서 허가받지 않은 특정대기유해물질 배출시설을 설치·사용했다는 이유로, 구 대기환경보전법(2019. 1. 15. 법률 제16266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘대기환경보전법’이라 한다) 제38조 단서에 따라 이 사건 시설을 폐쇄하라는 명령을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 폐쇄명령 요건 충족 여부(상고이유 제1점)

가. 원심판단

원심은 다음과 같은 이유로 이 사건 시설이 대기환경보전법 제38조 단서의 폐쇄명령 요건인 ‘그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우’에 해당한다고 판단하였다.

(1) 이 사건 시설의 부지는 국토계획법상 계획관리지역으로 지정되어 있고, 이 사건 시설은 2005. 12. 30. 대기환경보전법 시행규칙이 환경부령 제192호로 개정되면서 [별표 2] 제26호에 ‘다환 방향족 탄화수소류’가 특정대기유해물질로 추가됨에 따라 ‘특정대기유해물질이 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호 에 따른 기준 이상으로 배출되는 시설’에 해당하게 되었다. 따라서 이 사건 시설은 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2021. 1. 26. 대통령령 제31417호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국토계획법 시행령’이라 한다) 제71조 에 따른 계획관리지역 안에서 건축제한규정에 따라 그 부지에 설치하는 것이 금지된다.

(2) 국토계획법 시행령 제71조 의 건축제한규정과 관련하여 기존 건축물에 대한 특례를 규정한 같은 시행령 제93조 제5항 전문(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)은 기존 건축물이 대기환경보전법 등 다른 법령에 따른 인허가 등을 모두 받은 적법한 건축물인 경우에 한하여 적용된다. 그런데 원고는 이 사건 시설이 대기환경보전법 시행규칙 [별표 2]의 개정규정에 따른 허가의 대상이 되어 같은 시행규칙 부칙(2007. 12. 31.) 제5조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)에 따라 2008. 12. 31.까지 같은 법 제23조 의 규정에 따른 허가를 받았어야 하는데도 이를 받지 않았다. 이로써 이 사건 시설은 2009. 1. 1.부터 무허가 배출시설이 되었으므로, 그때부터 이 사건 시설에 대해서는 이 사건 특례규정이 적용될 수 없다.

나. 대법원 판단

(1) 그러나 원심판단은 다음과 같은 이유에서 받아들일 수 없다.

(가) 대기환경보전법 제38조 에 따르면, 시·도지사는 제23조 제1항 부터 제3항 까지의 규정에 따른 허가를 받지 아니하거나 신고를 하지 아니하고 배출시설을 설치하거나 사용하는 자에게는 그 배출시설의 사용중지를 명하여야 하고(본문), 다만 그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우에는 그 배출시설의 폐쇄를 명하여야 한다(단서).

(나) 국토계획법 제76조 제1항 의 위임에 따라 계획관리지역 안에서 건축할 수 없는 건축물을 정하고 있는 국토계획법 시행령 제71조 제1항 제19호 [별표 20] 제1호 (자)목 (1)은 ‘「건축법 시행령」[별표 1] 제17호의 공장으로서 [별표 19] 제2호 (자)목 (1)부터 (4)까지에 해당하는 것’이라고 정하고, [별표 19] 제2호 (자)목 (1)은 ‘ 대기환경보전법 제2조 제9호 에 따른 특정대기유해물질이 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호 에 따른 기준 이상으로 배출되는 것’이라고 정하여, 계획관리지역 안에서는 대기환경보전법 제2조 제9호 에 따른 특정대기유해물질이 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호 에 따른 기준 이상으로 배출되는 시설의 설치를 금지하고 있다.

다만 기존의 건축물에 대한 특례로서 이 사건 특례규정은 “기존의 건축물이 법령의 제정·개정 등으로 인하여 제71조 에 따른 건축제한 등 규정에 부적합하게 된 경우에도 해당 건축물의 기존 용도가 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 확인되는 경우에는 업종을 변경하지 아니하는 경우에 한하여 기존 용도로 계속 사용할 수 있다.”라고 정하고 있다.

이 사건 특례규정은 2005. 1. 15. 대통령령 제18680호 국토계획법 시행령 개정 당시 신설된 것으로, 기존의 건축물이 법령의 제정·개정 등으로 인하여 국토계획법상 용도지역 안에서의 건축제한 등 규정에 부적합하게 된 경우까지 이를 불법화하는 것은 국민들에게 예측하지 못한 부담을 주는 측면이 있으므로, 합리적인 범위에서 기존의 현상을 인정하는 데 그 취지가 있다.

(다) 한편 대기환경보전법 제23조 제1항 , 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호 는 ‘특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 발생되는 배출시설’을 같은 법 제23조 제1항 에 따라 설치허가를 받아야 하는 배출시설로 정하고 있고, 같은 법 제23조 제5항 제2호 는 제1항 에 따른 허가 또는 변경허가의 기준으로서 ‘다른 법률에 따른 배출시설 설치제한에 관한 규정을 위반하지 아니할 것’을 정하고 있다.

대기환경보전법 제2조 제9호 의 위임에 따라 대기환경보전법 시행규칙 제4조 [별표 2]는 ‘특정대기유해물질’을 열거하고 있다. 종래에는 특정대기유해물질의 하나로 ‘다환 방향족 탄화수소류’를 포함하지 않았으나, 대기환경보전법 시행규칙이 2005. 12. 30. 환경부령 제192호로 개정되면서 [별표 2] 제26호부터 제35호까지에 ‘다환 방향족 탄화수소류’ 등이 특정대기유해물질로 추가되었다.

나아가 대기환경보전법 시행규칙 부칙(2007. 12. 31.) 제5조는 이에 관한 경과조치를 정하고 있다. 그중 이 사건 부칙규정(같은 조 제1항)은 “환경부령 제192호 대기환경보전법 시행규칙 일부 개정령의 시행일인 2006. 1. 1. 당시 종전의 규정에 따라 배출시설을 설치하고 있거나 운영하고 있는 자로서 그 배출시설이 [별표 2]의 개정규정에 따라 법 제23조 에 따른 허가나 변경신고의 대상이 된 경우에는 2008. 12. 31.까지 법 제23조 에 따라 허가를 받거나 변경신고를 하여야 한다.”라고 정하고 있고, 같은 조 제2항 은 “환경부령 제192호 대기환경보전법 시행규칙 일부 개정령 [별표 2]의 개정규정의 시행일인 2008. 1. 1. 당시 다른 법령에 따라 인가, 허가 등을 받아 설치되었거나 설치 중인 시설로서 같은 별표 제26호부터 제35호까지의 개정규정에 따라 특정대기유해물질 배출시설에 해당하게 된 경우에는 다른 법령의 입지제한 규정을 적용함에 있어서는 특정대기유해물질 배출시설로 보지 아니한다.”라고 정하고 있다.

위 각 부칙의 경과규정은 종전 규정에 따라 설치·운영하고 있는 배출시설이 위 [별표 2]의 개정으로 허가의 대상이 된 경우 대기환경보전법 제23조 에 따른 허가를 받도록 하면서, 다만 ‘입지’와 관련해서는 그 배출시설이 종전 다른 법령의 입지제한 규정을 위반하지 않고 적법하게 설치되었거나 설치 중이라면, 위 [별표 2]의 개정으로 비로소 특정대기유해물질 배출시설에 해당하게 되어 다른 법령의 입지제한 규정에 부적합하게 되었다는 이유만으로 위 허가를 받는 것 자체가 불가능해지지 않도록 하려는 데 그 취지가 있다.

(라) 이러한 관련 규정의 내용과 취지 등을 종합하면, 기존의 건축물이 대기환경보전법 시행규칙 [별표 2]의 개정으로 ‘특정대기유해물질이 기준 이상으로 발생되는 배출시설’에 해당하게 된 경우 이 사건 부칙규정에 따라 대기환경보전법 제23조 에 따른 허가를 받지 않았다면, 대기환경보전법 제38조 본문의 사용중지명령 요건에 해당한다 .

그러나 해당 건축물이 위와 같이 ‘특정대기유해물질이 기준 이상으로 발생되는 배출시설’에 해당하게 됨으로써 국토계획법상 용도지역 안에서 건축제한규정에 부적합하게 되었다고 해도, 기존 용도가 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 확인되는 등 이 사건 특례규정에서 정한 요건에 해당한다면 이 사건 특례규정에 따라 기존 용도로 계속 사용할 수 있다. 따라서 이 사건 특례규정이 적용되는지 여부를 따져 보지 않은 채 위 건축제한규정에 위반된다고 단정하여 위 허가를 받는 것 자체가 불가능하다거나, 대기환경보전법 제38조 단서의 폐쇄명령 요건인 ‘그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 설령 해당 건축물에 대하여 이 사건 부칙규정에서 정한 기한 내 허가를 받지 않았다고 해도, 이러한 사정만으로 곧바로 위 허가기한이 지난 다음부터 이 사건 특례규정의 적용이 배제된다고 볼 수도 없다 .

(2) 그런데도 원심은 이 사건 시설이 이 사건 특례규정에서 정한 요건에 해당하는지에 관하여 심리하지 않은 채, 단지 이 사건 부칙규정에서 정한 기한 내 허가를 받지 않은 것만으로 2009. 1. 1.부터 이 사건 특례규정의 적용이 배제된다고 보아 대기환경보전법 제38조 단서의 폐쇄명령 요건에 해당한다고 판단하였다. 원심판결에는 이 사건 특례규정의 적용 범위 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 정당하다.

3. 결론

나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.