청구법인은 부산광역시 사하구 OO동 OOOOO 및 같은동 OOOOOOO 공장용지 676㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.4.9 취득하여 90.11.22 양도한 사실이 있다.

처분청은 청구법인이 쟁점토지 양도와 관련하여 취득가액을 100,000,000원으로, 양도가액을 143,142,800원으로 하여 90.1.1-90.12.31 사업년도분 법인세의 과세표준과 세액을 신고납부하였으나 부산지방국세청의 조사 결과 양도가액이 323,950,000원으로 밝혀짐에 따라 신고누락금액 180,807,200원을 익금산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 94.6.16 청구법인에게 90.1.1-90.12.31 사업년도분 법인세 153,112,170원 및 동 방위세 19,527,170원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.8.10 이의신청, 94.10.26 심사청구를 거쳐 94.12.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점토지를 209,000,000원에 취득하여 323,950,000원에 양도하였으므로 이에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 만약, 취득가액을 209,000,000원으로 인정할 수 없다면 쟁점토지의 경우 취득가액이 불분명한 경우에 해당되므로 확인된 양도가액을 기준으로 기준시가에 의하여 환산한 가액을 취득 가액으로 하여야 한다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점토지의 취득가액과 관련한 신빙성있는 자료를 제시하지 못하므로 부산지방국세청의 조사에 의하여 밝혀진 신고누락금액 180,807,200원을 익금산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지의 양도와 관련하여 청구법인이 취득가액을 100,000,000원으로, 양도가액을 143,142,800원으로 하여 법인세의 과세표준과 세액을 신고납부한 후에 세무조사에 의하여 밝혀진 신고누락금액 180,807,200원을 익금산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 법인세법 제32조 제2항 제1호 및 제59조의5에서 정부는 각사업년도소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고한 법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 각사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있다.

법인세법 제59조의2 제3항 및 같은법 시행령 제124조의2 제8항에서 특별부가세의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하며, 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고, 같은법 시행령 제124조의2 제9항에서 “법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 취득가액과 양도가액중 취득가액이 분명하지 아니한 경우에 그 취득가액은 『양도가액× (취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가)』의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다”고 규정하고 있다.

다. 관련서류에 의하면 청구법인은 당초 쟁점토지의 양도와 관련하여 그 취득가액을 장부가액인 100,000,000원으로 하고 양도가액을 143,142,800원으로 하여 법인세의 과세표준과 세액을 신고납부하였는데, 부산지방국세청에서 거래상대방을 조사하여 청구법인의 양도가액이 323,950,000원인 사실을 확인하고 처분청에 과세자료로 통보함에 따라 처분청은 이에 의하여 신고누락금액 180,807,200원을 익금가산하여 이 건 과세한 사실을 알 수 있다.

청구법인은 쟁점토지를 청구외 OOO으로부터 209,000,000원에 취득하였으며 90.4.9 계약금 20,000,000원, 90.4.27 중도금 120,000,000원, 90.5.17 잔금 69,000,000원을 지급하였는데, 그 중에서 중도금으로 지급한 120,000,000원은 주주인 청구외 OOO의 계좌에서 출금되어(청구법인이 OOO로부터 취득자금을 차입하였다고 주장함) 위 OOO의 OO중앙회 OOO지점 계좌에 입금된 사실로 보아 쟁점토지의 취득가액은 당초 청구법인이 신고한 100,000,000원이 아니고 209,000,000원이라고 주장하나, 등기부등본상 쟁점토지의 전소유자는 청구외 OOO으로 되어 있고 청구법인은 쟁점토지의 실제 전소유자가 위 OOO이었다는 사실을 입증하지 못하고 있다.

청구법인은 쟁점토지 취득시의 계약서, 대금지급과 관련한 장부의 기록내용 등은 이를 분실하여 제시할 수 없다고 한다.

위의 여러가지 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점토지를 209,000,000원에 취득하여 323,950,000원에 양도하였으므로 이에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵고, 또한 청구법인이 이 건 법인세가 과세되자 그 취득가액에 대하여 불복한다고 하여 취득가액이 불분명한 경우로 단정할 수는 없으므로 처분청이 확인된 신고누락금액 180,807,200원을 익금산입하여 이 건 법인세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.