가.청구인은 OOO OOO OO OOO OOO 전 1,183㎡중 548㎡와 635㎡를 각각 1988.7.13.과 1990.11.26.에, 같은 곳 447 전 4,110㎡를 1991.10.10. 취득하여 보유하다가, 2008.9.10. 446-1(570㎡, 446에서 분할), 447-4(2,298㎡, 447에서 분할, 446-1과 447-4를 합하여 이하 “쟁점농지”라 한다)로 각각 분할하여 2008.10.10. OOO에게 양도한 후 2008.11.28. OOO OOO OOO OOO 답 321-1(2,215㎡)·322-4(2,456㎡)·322-5(2,800㎡), 총 7,471㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하고쟁점농지를 「조세특례제한법」제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 양도소득세 72,590,280원을 감면신청하였다.

나. 처분청은 쟁점농지의 양도에 대하여 8년 자경 감면배제 및 비사업용토지에 대한 중과세율을 적용하여, 2009.6.17. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 205,260,020원을 고지하겠다는 과세예고통지를 하였고, 이에 청구인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 심리결과(재조사)에따라재조사한 후 대리경작 및 과거 쟁점농지에 건축물이 존재하는 등8년 자경 사실을 확인할 수 없다는 조사결과 통지에 따라 2009.9.24.재차 제기한 과세전적부심사청구에 대하여 “불채택” 결정 후 2009.11.12.청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 211,118,840원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.13. 이의신청을 거쳐 2010.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1987.6.9. OO시에 전입한 이래 현재까지 OO에 계속 거주하면서 우량농지조성을 위한 복토공사(이하 “복토공사”라 한다) 기간을 제외하고는 쟁점농지 취득시부터 양도시까지 계속 자경하였으며, 현재도 농지를 자경하고 있음이 청구인이 제출한 증빙서류들을 통하여 확인되며, 처분청이 쟁점농지 중 일부가 넘버원정화조의 사업장으로 사용되어 청구인이 자경하지 아니하였다고 본 것은 사업자등록과정에서 소재지를 잘못 기재한 것으로 이는 처분청의 조사에 의하여 확인되었고, 쟁점농지에서의 연접도로 공사기간에도 나머지 농지에서는 경작하였으며, 복토공사기간 3년을 제외한다 하더라도 보유 및 자경기간이 15년 이상으로, 8년 이상 재촌자경하였고 대토감면요건까지 충족하고 있음에도 자경하지 아니하였다 하여 비사업용토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점농지를 보유한 기간이 약 18년이고 자경한 기간이15년 이상이라고 주장하나, 쟁점농지는 1988년(548㎡)·1990년(635㎡)·1991년(4,110㎡)에 일부씩 취득한 것으로, 약 5년 6개월(1996.3.12.～2001.9.29.)은 연접도로 공사시행자인 OOOOOOOOO 현장사무실로 사용되었고, 2003.6.12.～2006.11.8. 기간은 복토공사가 이루어졌으며, 2007년 이후부터는 대리경작자가 경작하고 있는 등 8년 이상 자경하였다고 볼 수 없고, 대토를 위하여 구입하였다는 토지도 대리경작한 것으로 확인되어 농지대토에 대한 양도소득세 감면에도 해당되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점농지의 8년 이상 자경 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 등에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년〔괄호 생략] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

⑦ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

1.전ㆍ답및과수원(이하이조에서"농지"라한다)으로서다음각목의어느하나에해당하는것

가.대통령령이정하는바에의하여소유자가농지소재지에거주하지아니하거나자기가경작하지아니하는농지.다만,「농지법」그밖의법률에의하여소유할수있는농지로서대통령령이정하는경우를제외한다.

(4) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1.토지의소유기간이5년이상인경우에는다음각목의모두에해당하는기간

가.양도일직전5년중2년을초과하는기간

나.양도일직전3년중1년을초과하는기간

다.토지의소유기간의100분의20에상당하는기간을초과하는기간.이경우기간의계산은일수로한다.

2.토지의소유기간이3년이상이고5년미만인경우에는다음각목의모두에해당하는기간

가.토지의소유기간에서3년을차감한기간을초과하는기간

나.양도일직전3년중1년을초과하는기간

다.토지의소유기간의100분의20에상당하는기간을초과하는기간.이경우기간의계산은일수로한다.

3.토지의소유기간이3년미만인경우에는다음각목의모두에해당하는기간

가.토지의소유기간에서2년을차감한기간을초과하는기간

나.토지의소유기간의100분의20에상당하는기간을초과하는기간.이경우기간의계산은일수로한다.

제168조의8【농지의 범위 등】① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(지소)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.7.13.부터 1991.10.10. 기간 중 취득한 쟁점농지를 2008.10.10. 양도한 후 「조세특례제한법」제69조(자경농지에 대한양도소득세의 감면) 규정에 따라 감면신청하였으나, 처분청은 연접도로공사기간 및 복토공사기간 중 실제 경작사실을 확인할 수 없고, 쟁점농지 및 대토농지를 대리경작한 사실이 확인되므로 양도소득세 감면을 배제하였으며, 청구인의 과세전적부심사청구(2009.7.2., 2009.9.24.) 및 이의신청(2010.1.13.)을 받아들이지 않고 2009.11.12. 2008년 귀속 양도소득세211,118,840원을 경정·고지하였음이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 쟁점농지(2009년 8월 작성) 및 대토농지에 대한 현지확인복명서(2009.10.20.)에는 아래의 내용이 기재되어 있다.

(가) 국세청통합전산망상 청구인은 1984년부터 삼척에서 OOOO(골재채취)을 운영하다 1994년 직권폐업 처리된 것으로 나타나나,청구인은 실제 폐업시기가 OO으로 이주한 1987년이라고 주장하고 있다.

(나) 오랜 자경기간에도 불구하고 수확물의 구체적인 거래처 등 증빙자료를 제시하지 못하며, 비료구매실적이 미미(06년 11천원, 07년 310천원)하고, 활발한 부동산 거래내역으로 보아 전업농이라 할 수 없으며, 사인간에 작성 가능한 자경사실확인서 등은 자경의 객관적 증빙으로 인정하기 어렵다.

(다)1996.3.12.～2001.9.29. 기간 중 쟁점농지에서 OOOO 및 접속도로건설공사와 도로공사로 인한 배수문제로 2003.6.12.～2006.5.30.기간중 복토공사를 한 사실이 확인된다.

(라) 연접농지 소유자인 OOO에게 확인한 바, 청구인이 직접 경작한 사실이 없이 대리경작하였음을 확인하고, 대리경작자인 OOO으로부터 2007년부터 쟁점농지를 대리경작하였다는 것과 전 대리경작자는 사망하였다는 사실을 확인하였다.

(마) 또한 대토농지에 대한 현지확인출장복명서(2009.10.20.작성)에는 대토농지가 왕복 2차선 도로에 연접해 있으며 도로건너편에 위치한 OOOO에 문의한 바, 쟁점농지는 쟁점농지를 포함한 인근 땅을 빌려 경작하는 OOO 주민이 3년째 가족과 함께 경작을 하고 있으며, 최근 땅 소유주가 바뀌었다고 들은 적은 있다는 사실을 확인하고 있다.

(3) 연접도로공사 및 복토공사기간 중 청구인이 쟁점농지의 실제 경작여부를 살펴보면,

(가) 연접도로공사와 관련하여 처분청은연접도로공사기간(1996.3.12.～2001.9.29.) 확인공문(2009.7.2,OOOO) 및 가설건축물 사용승인필증·사용승인서의 지적도 등본상 건물표시내용 및 국토지리원의 항공사진상 건물위치 등으로 보아 공사기간중 경작이 불가한 것으로 판단하였으나, 청구인은 연접도로공사 현장사무실을 위한 가설건축물의 사용승인일이 1997.5.13.이고, 현장사무소의 면적은 561.6㎡(전체농지면적 2,298㎡)로 나머지 1,736㎡는 계속 경작하였다고 주장하고 있으며,

(나) 우량농지조성을 위한 복토공사와 관련하여 처분청은, 복토공사(2003.6.12.～2006.5.30.) 이후 복토과정에서 발생한 건설폐기물 매립관련 기사가 2005.5.9 환경시사일보에 게재되었고, 이에 따른 폐유 및 폐기물 처리 등으로 2006.11.8. 준공검사가 이루어졌는 바, 2007년 이후 경작이 가능하였을 것이라고 판단하고 있는 반면, 청구인은 복토공사 후 폐타이어를 이용하여 흙막이 공사를 한것이 언론에 게재된 것으로 OOOO 환경과는 재활용품을 이용한 공사로 환경파괴와무관하다고 하였으며, 준공승인(2006.11.8.)이전에 경작을 하였으며 이는2006년과 2007년의 농자재구입내역(2006년 11,800원, 2007년 309,950원)에 의하여도 확인된다고 주장하고 있다.

(4) 다음으로 쟁점농지 및 대토농지의 대리경작여부를 살펴보면,

(가) 2007년부터 양도시까지 쟁점농지 대리경작 여부와 관련하여, 처분청은 쟁점농지의 대리경작자 OOO( OOOOOOOOOOOOOO)O 집을 방문하여 2007년부터 쟁점농지의 대리경작 사실을 확인하였으나 이후 확인내용을 번복하고 있고, OOOO 사업자등록시 제출한 건설기계(굴삭기)등록증상 소유자는 OOOO, OOOO 2007년부터 운영하였다는 OOOOO 1990년부터 중기사업이력이 있는 OOO의 아들 OOO(OOOOOOOOOOOOOO)O 실사업자인 것으로 판단하고 있는 반면, 청구인은 2009.6.30.·2009.12.17. OOOO 필로 청구인이 자경하였다는 사실확인서를 작성하였고, 2007.4.13. OOO이 OOOOO 개업하여(2007.4.13.～2010.3.21. 기간중 굴삭기 소유자는 OOO) 2010.3.31. 폐업(OOO는 2010.3.19 OOOO 개업, 2010.3.22. 굴삭기 소유자 변경)하였음이 사업자증명원 및 납세사실증명원 등에 의하여 확인되므로 현실적으로 OOO이 대리경작할 수 없었다고 주장하고 있다.

(나) 또한, 대토농지의 대리경작과 관련하여서도 처분청은 대토농지 앞 OOOO OOO로부터 청구인이 소유하기 전부터 OOO 주민이 대토농지내 비닐하우스에서 오이를 재배하고 있다고 경작하고 있다고 확인하였으나, 이후 당초 확인내용을 번복하고 있으므로 신빙성이 없다고 한 반면, 청구인은 처분청이 대토농지와 인접한 비닐하우스의 위치를 착각한 것으로 보이며, OOOO OOOO 처분청의 방문사실이 없었다고 진술하면서 대토농지에서의 벼수매대금정산서 및 벼수매보조금 입금내역을 제출한 바,2009.11.26. OOOO(O)O 수매대금 4,637천원을 2009.12.2. 청구인 계좌(OO)에 입금한 사실이 확인된다.

(5)아울러 청구인은, 청구인이 전업농민으로 쟁점농지를 18～20년간 자경하였다는 OOOO OOOO OOO 외 3명의 사실확인서와 청구인에게 1991년 3월부터 2005년 11월까지 2～3년마다 1톤 정도의 우분을 밑거름용으로 판매하였다는 우분판매확인서(2009.9.8. OOOO OOO 작성), 백태 270kg을 구매하였다는 확인서(2009.12.7. OOOO OOO 작성) 및새마을지도자 재직증명서(2009.9.3.～2009.12.17.현재), OOO OOOO OOOOO(2008.3.1.발행),출자좌수 1,012좌로5,059,657원을 출자금액으로 납입한OOOO조합원 증명서(98.2.25.가입), OOO OOOO 사실조사원(2009.2.25) 재직증명서와 최초작성일이 1993.4.15.로OOO OOO 전 3,911㎡·같은 곳 447 전 4,110㎡, 같은 곳 447-3 전 216㎡에 대하여 자경상태인 것으로 나타나는농지원부 및 OOOOOOOOOOO 확인(2009.12.9.)한농업경영체 등록통지서 등을 제출하고 있다.

(6) 청구인은 2011.3.3. 조세심판관회의시 컨퍼런스 콜을 통하여 당초 처분청에서 쟁점농지에 OOOOOOO 위치하고 있어 경작하지 아니한 것으로 판단하였으나, 이는 사업자등록 과정에서 주소를 잘못 표기한 것이었으며, 운영하던 OOOOO 그만두고 1987년 OO에 전입한 이래 실제로 계속 농사를 지었으며, 처분청이 대리경작하였다고 주장하는 OOOO OOOOO 운영하는 사업자로 대리경작할 수 없는 사람이며, 청구인의 손(手)을 보면 실제 농사를 짓는 사람임을 알 수 있음에도 경작하지 아니하였다고 하는 것은 부당하다는 취지의 진술을 하였다.

(7) 살피건대, 쟁점농지와 관련하여 청구인이연접도로 공사기간 중에 이를 자경하였다는 객관적인 증빙이 없으며, 복토공사 기간(2006년～2007년)중 경작하였다며 제출한 비료·농자재 구매내역 외 처분청이 대리경작기간으로 본 2007년 이후의 농자재 구매내역을 제출하고 있지 않은 점, 당초 대리경작사실을 인정하였던 OOO이 확인내용을 번복하고 있고 자경증빙으로 제출한 자료가 과세이후 작성되어 신빙성이 없는 점과, 대토농지에서의 경작사실 역시 사인간에 작성된 확인서 외에 자경하였다는 객관적인 증빙이 없고, 이마저도 당초 대리경작하였다고 확인하였다가 번복하는 등 신빙성이 없으므로,처분청이 「조세특례제한법」제69조 내지 제70조의 자경농지 및 농지대토에 대한 양도소득세의 감면적용을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.