2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1996. 11. 22. 취득한 대구 ○구 ○○동 ○○ ○○아파트 1동 401호167.15㎡(이하 'A아파트'라고 줄여 쓴다)와 2002. 4.. 2. 취득한 서울 ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 C동 405호 129.6㎡(이하'B아파트'라고 줄여 쓴다)를 보유한 상태에서 2002. 12. 9. 서울 ○○구 ○○동 ○○ ○○동 ○○ 포레스토 101동 1202호 239.33㎡(이하 'C아파트'라고 즐여 쓴다)의 분양권을 취득한 후 2004. 2. 6. 잔금을 지급하고 같은 해 4. 6. 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2004. 4. 19. B아파트를 양도하고, 이에 대하여 같은 해 6.경 소득세법 (2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정된 것, 이하 '소득세법'이라고 즐여 쓴다) 제104조 제1항 제2호의3 소정의 1세대 3주택에 해당한다고 보아 60%의 세율을 적용하여 양도소득세 117,974,340원을 예정신고 · 납부하였다가, 같은 해 9.경 피고에게 1세대 3주택이상 소유자에 대한 경과조치를 규정한 소득세법 부칙 제16조를 근거로 착오로 양도소득세율을 잘못 적용하였으므로 같은 법 제104조 제1항 제1호에 의한 세율(9~36%)에 의한 양도소득세 60,254,604원(경감 세액 57,719,736원)으로 경정하여 달라는 청구를 하였다.

다. 이에 대하여 피고는 2004. 11. 8. 원고에 대하여 C아파트의 잔금청산일 2004. 2. 6.이므로 원고를 '2003. 12. 31. 이전 1세대 3주택 이상에 해당하는 자'로 볼 수 없고, 따라서 B아파트의 양도가 소득세법 부칙 제16조의 적용대상이 아니라는 이유를 들어 원고의 청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. [인정 근거] 다름 없는 사실, 갑 제1, 2호중, 갑 제3호중의 1, 2, 을 제1호중의 1, 2, 를 제2호중의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여유

가. 당사자의 주장

피고는, 이 사건 거부처분은 관계법령에 따른 것이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 거부처분은 다음과 같은 이유로 위법하다고 주장한다.

(1) 소득세법 제98조와 같은 법 시행령 제162조 제1항은 법문언상 명백하게 '자산의 양도차익을 계산함에 있어서' 그 취득시기 및 양도시기에 관하여 규율하고 있는 것이지, 소득세법 부칙 제16조와 같은 경과조치의 적용기준과 관련한 사항에 대해서까지 규율하고 있는 것은 아니므로, 소득세법상 양도나 취득은 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 자산을 유상으로 사실상 이전받았는지 여부를 기준으로 하여야 할 것인바, 원고는 C아파트에 대한 계약금 및 중도금 전부와 잔금의 절반 이상을 지급하고, 2003. 10. 31.이후부터 위 아파트에 거주하면서 관리비를 납부하는 등 실질적으로 이를 사용 · 수익하였으므로 2003. 10. 31. 이후부터는 C아파트를 유상으로 사실상 이전받았다 할 것이어서, 소득세법 부칙 제16조 소정의 '이 법 시행 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 자'에 해당된다.

(2) 원고는 2003. 10. 31.부터 C아파트를 인도받아 그 때부터 사용 · 수익하면서 같은 해 12. 29. ○○건설 주식회사와 사이에 C아파트에 대한 미지급 잔금 218,819,000원을 준소비대차의 목적으로 하되, 이자는 아파트 분양계약서상의 연체이자와 동일하게 지급하기로 하는 내용의 준소비대차계약을 체결하였으므로, 원고의 C아파트 취득시기는 잔금을 준소비대차로 변경한 2003. 12. 29.이어서 원고는 소득세법 부칙 제16조 소청의 '이 법 시행 당시 1세대 3주택 이상에 해당되는 자'에 해당된다.

(3) 2003. 12. 30. 소득세법의 개정으로 기존의 1세대 3주택 이상 소유자에게 예측 불가능한 피해를 중 우려가 있기 때문에 이들의 신뢰를 보호하기 위하여 소득세법 부칙 제16조에 '이 범 시행 당시 1세대 3주태 이상에 해당하는 자'에 대하여 경과규정을 두었늗데, 원고와 같이 개정된 소득세법 시행일인 2004. 1. 1. 당시 이미 A, B아파트 등 2주택을 소유하고 있었고 나머지 1주택인 C아파트에 대하여서도 계약금, 중도금을 모두 지급하고 잔금의 절반 이상을 지급하여 총 분양대금의 82%를 지급한 상태여서 위 법 시행 당시 1세대 3주택을 보유할 것이 확실히 예상되는 자에까지도 경과규정을 두지 않은 것은 합리적인 이유 없이 차별하는 것이어서 헌법 제11조의 평등권을 침해하거나 헌법 제23조의 재산권을 침해하는 것으로 위헌이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다

다. 판단

(1) 첫째 주장에 대하여

'자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.'는 소득세법 제98조의 위임을 받은 같은 법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 당해 자산의 대금을 청산한 날을 그 취득 또는 양도시기로 하도록 규정하고 있는데, 위 시행령 규정이 자산의 양도차익을 계산함에 있어서의 자산의 취득 또는 양도시기에 관한 의제규정이기는 하나 그렇다고 위 규정이 반드시 자산의 양도차익 계산시에만 한정하여 적용되어야 한다고 볼 근거가 없을 뿐만 아니라, 1세대가 소유한 3주택에 해당하는 여부를 판단함에 있어 1주택이 자산을 유상으로 사실상 이전받은 날 취득되었다고 주장할 경우 그 주택의 양도 또는 취득시기를 위 규정에 따라 정하지 아니하고 달리 그 이전시점을 찾아서 정하여야 한다면 과세요건과 비과세요건의 명확성을 요규하는 조세법률주의의 정신에 반하게 되므로 그 경우의 취득 또는 양도시기를 결정함에 있어서도 위 규정이 그대로 적용되는 것으로 봄이 상당하다 할 것이다(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두19155 판결) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2)둘째 주장에 대하여

부동산의 매도인이 그 매매계약의 이행단계에서 매수인에 대하여 대금지급기일을 연장하여 주고 그 반대급부로서 금원을 수수하는 경우에 있어 일반적으로 그 연장되는 미지급금을 실질적인 소비대차의 목적물로 전환하기로 약정하였는지는 매도인이 매도물건의 소유권을 이전하여 주고, 매수인이 당해 물건을 실질적으로 사용 · 수익할수 있도록 하며 연체이자를 받았는지 여부에 있다 할 것이다.

이 사건에 돌아와 보건대, 갑 제3호중의 3 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아보면, 원고와 주식회사 ○○○건설 및 주식회사 ○○건설 사이에 체결한 C아파트 분양계약서 제5조 제2항에 의하면, 중도금 및 잔금의 납부를 지연하여 약정납부일이 경과하였을 때에는 그 경과일수에 대하여 ○○은행 일반자금 대출의 연체요율을 적용하여 산정된 연체료를 가산 · 납부하여야 하고, 제15조 제3항에 의하며, 입주지정기간 만료일 다음날부터 입주여부와 관계없이 관리비를 부담하는 것으로 규정되어 있는 사실, 한편 원고는 2003. 12. 29. C아파트 분양대금 중 218,819,000원을 미납하였다가 2004. 1. 2. 121,837,239원과 같은 달 694,746,858원, 같은 해 262,234,903원을 연체금 합계 452,176원과 함께 납부할 사실, 원고는 2004. 3. 25. 2004년 12월분 관리비 13,260원과 연체료 460원 합계 13,720원을 납부한 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

위 인정사실에 의하건대, 가사 원고 주장과 같이 원고가 2003. 12. 29.부터 C아파트를 실질적으로 사용하였다고 하더라도 원고는 분양계약서상의 약정에 따라 잔금 지급지연에 대한 연체이자만 부담하였을 뿐으로 준소비대차로의 전환에 따른 별도의 연체이자에 관한 약정이냐 그 지급사실을 인정할 증거가 없으므로 잔금지급일에 연체된 잔금을 이자부 소비대차의 목적으로 하기로 약정이 있었다고 보기 어렵고, 입주지정기간 만료일 다음날부터는 입주 여부와 관계없이 관리비를 납부하게 되어 있어 관리비를 납부하였다는 사정만으로 준소비대차의 성립을 인정하기도 어려우므로 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(3) 셋째 주장에 대하여

세법규정은 입법 당시의 시대적 상황, 국민 일반의 가치관 내지 법감정, 조세정책적 측면 등 여러 가지 요소를 종합적으로 고려하여 입법자가 결정할 사항으로서 광범위한 입법재량의 자유가 인정되어야 할 것이므로, 지나치게 가혹한 것이어서 현저히 조세체계상의 균형을 잃고 있다거나 조세정책의 목적을 달성함에 있어 필요한 정도를 일탈하였다는 등 헌법상의 평등의 원칙 및 비례의 원칙 등에 명백히 위배되는 경우가 아닌 한 쉽사리 헌법에 위반된다고 단정할 수 없다 할 것인바, 원고 주장의 사정만으로 소득세법 부칙 제16조 규정이 헌법상의 평등의 원칙이나 재산권을 침해한다고 할 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 받아들일수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.