법인세법 제15조 (익금불산입)

2. 항소비용은원고가부담한다.

다음각사실은당사자사이에다툼이없거나,갑제1호증의1 내지10,갑제2호증의1,2,을제l호증의1 내지13,을제2호증의1,2,3,을제3호증의1 내지11,을제4,5호증의각1 내지10,을제6호증의1 내지12,을제7호증의1 내지11,을제8호증의1 내지5,을제9,10호증의각1 내지9,을제11호증의1 내지5,을제12 호증,을제13호증의1 내지9,을제14호증의1 내지7,을제15,16,17호증의각1 내지9,을제18,19,20호증의각l 내지8의각기재에변론전체의취지를종합하여인정할수있다.

가. 원고 회사는 유류 및 석유화학제조업 등을 영위하는 회사로서, 구 조세감면규제법(1990.12.31.법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세감면규제법'이라 한 다) 제56조의2에근거하여1990.10.1.자산재평가를실시하고한국증권거래소에주식상장을준비하였으나,2003.12.31.까지주식의한국증권거래소상장이어렵게되자,2003.12.30.위1990.10.1.자자산재평가를스스로취소하였다.

나. 피고는 원고 회사가 구 조세감면규제법 부칙(1990.12.31.법률 제4285호) 제23조(이하'이 사건 부칙조항'이라 한다)에 따라 1990 사업연도 이후 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도 법인세 과세표준과 함께 신고ㆍ납부하지 않았다는 이유로, 1990~1999 사업연도에 걸쳐 과다계상된 감가상각비 금 173,579,616,995원을 손금불산입하고, 과소계상 된 감가상각비 금 6,215,574,406원을 손금산입하며, 과소계상 된 자산양도차익 금 4,581,834,590원을 익금 산입하여, 2004.4.16.원고 회사에게 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 고 지세액란 기재 각 법인세, 방위세, 농어촌특별세를 부과하고, 종전의 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않게 되었다는 이유로 원고 회사가 기존에 신고ㆍ납부한 자산재평가세 금 112,513,027,682원에 대하여는 환급결정을 함과 동시에 1999.4.1.자 제5차 자산재평가에 대하여 자산재평가법 제13조 제1항 제2호에 따라 재평가세율 100분의 3을 적용한 차액과 1990-1999 사업연도까지 감가상각비 부인된 금액을 제외한 잔여금에 대하여 재평가세율 100분의 3을 적용하여 산정한 1999년 귀 속 자산재평가세를 부과하는 등 합계 금 156,843,073,190원을 각 부과ㆍ고지하였다.

다. 원고 회사는 위 부과처분에 불복하여 2004.7.9.국세심판원에 심판청구를 제기 하였고, 국세심판원은 2005.5.10.위 부과처분 중 가산세(과소신고가산세 및 미납부 가산세) 부분은 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라는 결정을 하였다. 이에 피고는 2005.5.25.위 부과처분 중 가산세 부분에 대한 부과처분을 취소하였다(이하 2004.4.16.자 부과처분에서 가산세 부분을 제외한 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 법인세, 방위세, 농어촌특별세 및 자산재펑가세의 본세 부분을 '이 사건 부과처분'이라 한다).

2.이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 이 사건 부칙조항은 구 조세감면규제법이 별도의 경과규정을 두지 아니한 채 1993.12.31.법률 제4666호로 전문 개정되어(이하 '이 사건 전문 개정된 조세감면규제법'이라 한다) 1994.1.1.시행됨으로써 그 효력을 상실하였고, 실효된 이 사건 부칙 조항의 위임에 근거하여 1994.1.1.이후 상장기한을 규정했던 구 조세감면규제법 시 행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 구 조세감면규제법 시행령의 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)이나 조세특례제한법 시행령(별지 관계법령에 기재된 조세특례제한법 시행령 중 대통령령 제16693호, 제17458호로 각 개정되기 전의 것 및 현행 조세 특례제한법 시행령 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)도 모두 모법의 위임이 없어 무효이며, 한편 이 사건 부칙조항이 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 아니하였다고 해석하는 것은 국회의 입법권을 침해하는 것이다.

결국, 원고 회사가 2003.12.30.종전의 자산재평가를 취소하더라도 자산재평가법 에 따른 재평가 결과는 그대로 유효하여 감가상각비의 과다계상 및 자산양도차익의 과소계상 문제는 발생할 여지가 없으므로 이 사건 부칙조항에 따라 법인세를 재계산하여 신고ㆍ납부할 의무가 없다고 할 것이고, 따라서 실효된 이 사건 부칙조항에 근거한 이 사건 부과처분은 조세법률주의에 위배되어 위법하다.

(2) 가사 이 사건 부칙조항이 이 사건 부과처분 당시 유효하였다 하더라도, 구 조세감면규제법 시행령 및 조세특례제한법 시행령 각 조에서 규정하는 상장기한은 그 기간 내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이마 행한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하고 재평가된 결과에 기초하여 과다계상 된 감가상각비 및 과소계상 된 자산양도차익이 손금불산입, 익금산입되는 결과가 발생한다는 점에서 제척기간과 무관하게 재평가를 한 법인이 주식을 상장할 수 있는 기간을 의미하는 것에 불과할 뿐, 국세기본법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 국세기본법 시행령 전부를 의미한다. 이하 같다) 제12조의3(1990.12.31.대통령령 제13192호로 개정되기 전의 구 국세기본법 시행령은 제12조의2이다. 이하 위 제12조의3을 인용하는 경우 이를 포함하는 것으로 한다) 제2항 제2호, 제3호 소정의 국세부과제척기간 기산일의 예외사유에 해당하지는 아니한다.

따라서, 이 사건 부과처분 중 1990-1998 사업연도에 걸친 법인세, 방위세, 농어촌 특별세는 모두 국세기본법(별지 관계법령 기재 중 각 개정된 국세기본법 전부를 의미한다. 이하 같다) 제26조의2 제1항에 따라 5년 혹은 2년의 국세부과 제척기간이 만료 하였고, 별지 부과처분 내역 기재 중 1999.4.1.자 제5차 자산재평가에 근거한 자산재평가세도 재평가일로부터 90일이 경과한 다음날부터 2년이 경과한 2001.6.29.제척기간이 만료됨으로써 모든 납세의무가 소멸하였다.

나. 관계법령

법인세법 제9조 (각 사업연도의 소득)

법인세법 제15조 (익금불산입)

다. 판단

(1) 조세법률주의위반부분

㈎ 기업공개 시 재평가특례규정에 관한 개정 연혁

1) 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항은 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있으나, 자산재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정함으로써 기업을 공개하는 경우에 는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하였다.

그런데 구 조세감면규제법은 1990.12.31.법률 제4285호로 개정되면서 위 제56조의2 규정을 삭제하여 주식 상장을 위한 자산재평가의 특례제도를 없애는 한편, 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위하여 이 사건 부칙조항에 기업공개 시 재평가특례에 관한 경과조치 등을 규정하면서 제1항에서 구 조세감면규제법 제56조 의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일부터 대통령령 이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고, 그 제2항에서 재평가를 한 법인이 재평가를 취소하는 경우 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하도록 규정하였다.

"2) 이 사건 부칙조항을 근거규정으로 하여 구 조세감면규제법 시행령(1990.12.31.대통령령 제13202호로 개정되어, 1993.12.31.대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것)은 제66조를 신설하여 이 사건 부칙조항 제1항에서 규정하는대통령령 이 정하는 기간'을 5년으로 정하였고, 그 후 위 기간은8년'(1993.12.31.대통령령 제 14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조),10년'(1996.12.31.대통령 령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조),11년'(1998.12.31.대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조),13년'(2000.1.10.대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조),2003년 12월 31일까지 의 기간'(2001.12.31.대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조)으로 순차 연장되었다.",3) 한편, 구 조세감면규제법은 1993.12.31.법률 제4666호로 전문 개정되어 1994.1.1.부터 시행되었는데, 전문 개정 전의 조세감면규제법과 같이 주식 상장을 위 한 자산재평가 특례제도는 채택하지 않으면서도 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위한 이 사건 부칙조항에 대한 경과조치까지 삭제하여 버리고 별다른 조치를 규정하지 않았다.

㈏ 이 사건 부칙조항의 실효 여부

법률의 일부 개정시에는 종전 법률의 부칙에 있던 경과규정은 이를 개정하거나 삭제한다는 별도의 규정이 없는 한 당연히 실효되는 것은 아니고, 다만 개정 법률이 전 부개정인 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙과 그 경과 규정도 모두 폐지되는 것이 원 칙이지만, 이 경우에도 그와 다른 규정을 두거나 그와 같이 볼 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다(대법원 2002.7.26.선고 2001두11168 판결 등 참 조).따라서 전부개정 된 법률이, 종전의 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도 의 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 계속 적용된다고 볼 사정이 있는 경우에는 전부개정되기 전 법률 부칙의 경과규정이 실효되지 않으며(위 대법원 2001두11168 판결 등 참조), 그와 같은 사정이 있는지 여부는 종전 경과규정의 입법 경위와 취지, 전부 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효 된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등의 여러 사정을 종합하여 판단하여야 한다.

위법리에비추어살피건대,이사건부칙조항은자산재평가에관한특례규정인구

조세감면규제법 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 따라 이미 자산재평가를 실시한 법인에 관하여 당해 법인의 상장기한 및 마상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편 그 상장기한에 대하 여 대통령령에 위임하였으므로, 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙조항을 계속하여 적용한다는 경과규정을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아, 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보인다. 그렇지 않고 만약 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙조항의 효력이 1994.1.1.자로 상실된다고 한다면 구 조세감면규제법 제56조의2에 따라 자산재평가 를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되며, 그렇게 되면 상장기한 내에 상장 을 하지 않은 법인의 경우 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않으면서도 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산업하지 못하게 되거나(이 사건 부칙조항 제1항이 실효되는 경우) 재평가를 취소한 법인이 재평가된 자산가액을 기초로 계산한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못하게 되어(이 사건 부칙조항 제2항이 실효되는 경우), 구 조세감면규제법 제 56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고 납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적 이유 없이 우대하는 결과가 되고 이는 조세공평의 이념에도 반하게 될 것인데, 그 반면에 구 조세감면규제법 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙조항을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어렵다(대법원 2008.11.27.선고 2006두19419 판결 참조).

그렇다면, 이 사건 부칙조항은 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 '특별한 사정'이 있다고 보아야 할 것이고, 그러한 해석 이 국회의 입법권을 침해하는 것이라고 보기도 어렵다.

㈐ 따라서, 이 사건 부칙조항이 실효되었음을 전제로 이 사건 부과처분이 조세법률주의에 위반한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 제척기간만료부분

㈎ 국세기본법 제26조의2 제1항의 규정에 의하면 법인세, 방위세는 각 5년, 농어촌특별세는 2년의 제척기간이 만료한 이후에는 국세를 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 국세부과 제척기간의 기산일에 대하 여 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날로부터 제척기간이 기산된다고 규정하고 있다.

한편 법인세법 제60조 제1항에 의하면 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

㈏ 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분 당시 이 사건 부칙조항은 그 효력을 유지하고 있었으므로, 원고 회사는 2003.12.30.에 한 자산재평 가 취소에 따라 이 사건 부칙조항 제2항에 의하여 1990.10.1.실시한 자산재평가를 기초로 그 이후 과세연도에 과다계상 된 감가상각비를 손금불산입하고, 과소계상된 양도차익을 익금산입하여 각 사업연도소득에 대한 법인세액을 재계산한 후 그 금액을 자 산재평가를 취소한 날이 속하는 2003 사업연도 법인세 과세표준 신고시 함께 신고ㆍ납부하여야 할 의무가 확정되었다고 할 것이다.따라서 원고는 자산재평가를 취소하여 재계산한 1990-1999 사업연도에 걸친 법인세, 방위세, 농어촌특별세의 과세표준과 세액에 대하여 2003 사업연도 종료일로부터 3개월 이내인 2004.3.31.까지 피고에게 이 를 신고ㆍ납부하여야 할 것이고, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 따라 위 국세에 대한 제척기간도 그 다음날부터 기산한다고 하여야 할 것이므로, 2004.4.16.부과된 이 사건 부과처분 중 법인세, 방위세, 농어촌특별세가 각 소정의 제척기간 내에 부과된 것임은 역수상 명백하다 할 것이다.

나아가 이 사건 부과처분 중 자산재평가세 역시 그 제척기간은 이 사건 부칙조항 제1항에 따라 원고 회사가 재평가를 취소함으로써 종전의 재평가가 자산재평가법에 의 한 재평가로 되지 아니한 2003.12.30.을 기준으로 기산하여야 할 것이므로, 이 사건 자산재평가세도 제척기간 내에 부과된 것임은 역수상 명백하다 할 것이다.

㈐ 따라서, 이 사건 부과처분 중 1990-1998 사업연도에 부과된 각 법인세, 방위 세, 농어촌특별세와 자산재평가세가 제척기간이 경과하여 위법하다는 원고 회사의 이 부분주장도 이유 없다.

결론

그렇다면， 제1심 판결은 정당하고， 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.