가. 원심판결 및 기록에 의하면 다음과 같은 기초사실을 알 수 있다.

(1) 원고는 의약품의 원료인 하이드록시에틸 전분(hydroxyethyl starch, 이하 '이 사건 물품'이라고 한다) 250㎏을 구매한 후 일본으로부터 서울세관을 통하여 국내에 수입하기 위하여 1996. 6. 28. 세번(품목번호)을 3505.10-5000, 과세가격을 22,578,028원, 관세율을 8%로 각 기재한 수입신고서를 작성 제출하였고, 같은 날 서울세관장으로부터 수입면허를 받고, 금 4,244,660원의 관세 및 부가가치세를 납부하고 이 사건 물품에 대한 통관절차를 마쳤다. 이 사건 물품은 사탕수수에서 추출한 전분(전분)으로 원고가 개발한 의약품 살린헤스(혈액 대용제)의 원료로 사용하기 위하여 수입한 것이다.

(2) 이 사건 물품은 구 관세법(원심판결은 1996. 12. 30. 법률 제5194호로 개정되기 전의 것이라고 하였으나 1995. 12. 6. 법률 제4982호로 개정되기 전의 것이다. 위 법률 제4982호의 부칙 제1조에 의하여 같은 법률은 1996. 7. 1.부터 시행되었는데 이 사건 물품은 1996. 6. 28. 수입신고되었으므로 이 사건 물품의 수입에 대하여는 위 법률 제4982호로 개정되기 전의 것이 적용되어야 한다. 이하 '구 관세법'이라 함은 이를 가리킨다) 제7조 제3항과 그에 따른 '세계무역기구협정등에의한양허(양허)관세규정'(1996. 12. 31. 대통령령 제15204호로 개정되기 전의 것) 제6조에 의하여 양허관세율을 우선 적용하도록 지정된 물품(UR 협상을 통하여 감자전분과 함께 묶어서 시장접근물량이 설정된 품목이다)으로서, 같은 대통령령 제2조에 의하면 이 사건 물품에 적용될 양허관세율은 시장접근물량 이내일 경우에는 8%이고 시장접근물량을 초과할 경우에는 420%인데, 원고가 이 사건 물품을 수입하면서 위 시장접근물량에 적용되는 양허관세율 8%를 적용받기 위하여는 위 납세신고를 할 때에 구 양곡관리법(1996. 8. 8. 법률 제5153호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항, 제3항과 그에 따른 '농축산물시장접근물량양허관세추천및수입관리요령'(농림수산부고시 제95-79호, 제96-34호)에 의하여 양허관세추천 대행기관인 소외 한국의약품 수출입협회 등으로부터 이 사건 물품이 시장접근물량 이내임을 확인하는 추천서를 발급받아 이를 제출하여야 하고, 위 추천서를 제출하지 아니할 때에는 시장접근물량을 초과할 경우의 양허관세율인 420%를 적용받게 된다.

(3) 그런데 원고가 수입신고서류를 세관에 제출할 당시 담당공무원이 이 사건 물품이 수입제한 품목임을 지적하면서 수입자동승인품목임에 대한 입증서류를 요구하였을 뿐 그 밖에 별도의 보정을 요구하거나 서류의 미비를 지적하지 아니함에 따라 원고가 수입자동승인품목임을 입증하기 위한 의약품 제조허가증을 제출한 결과 담당공무원이 아무런 이의 없이 위 수입신고서류를 접수하였다.

(4) 이 사건 물품에 대한 수입신고가 위와 같이 담당공무원의 심사단계에서 아무런 이의 없이 접수된 뒤 이 사건 물품이 적법하게 반출되자 원고는 위와 같은 양허관세율에 관한 구체적 내용을 모른 채 이 사건 물품에 대하여도 기본 관세율인 8%가 적용되는 것으로 생각하고 이를 의약품제조 원료로 사용 소비하여 버렸는데 그로부터 약 9개월이 경과한 이후인 1997. 3. 18. 피고 산하의 서울세관장은 원고가 신고납부한 세액을 심사한 결과 이 사건 물품의 납세신고시 위와 같은 내용의 추천서가 제출되지 않아 위 고율의 양허관세율인 420%가 적용되어야 한다는 이유로 그 세액을 경정하여 부족한 세액 금 112,555,970원을 같은 해 4월 2일까지 추가로 납부할 것을 고지하였다.

(5) 원고는 위 납기까지 위 세액 112,555,970원을 추가로 납부하지 아니하고 있다가 이를 이유로 원고가 수입하려는 다른 물품의 통관이 불허되자 1997. 4. 9.에 이르러 가산세를 포함하여 금 118,183,760원을 납부하였다.

(6) 원고는 위와 같은 부과처분을 받고 수입면허 단계에서는 심사를 제대로 하지 아니한 채 아무런 이의를 제기하지 아니하다가 통관 후 8개월 여가 경과하여 물품이 모두 소비된 뒤에 세액 경정을 한 것은 위법하다는 취지로 관세청장에 대하여 심사청구를 하였으나 1997. 6. 10. 기각되었고, 다시 국세심판소에 심판청구를 하였으나 같은 해 11월 28일 마찬가지로 기각되었다.

나. 관련 법령

(1) 구 관세법 제17조 제1항은 "물품(제17조의2의 규정에 의하여 세관장이 고지하는 물품을 제외한다)을 수입하고자 하는 자는 수입신고를 할 때에 대통령령이 정하는 바에 의하여 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고를 하여야 한다."고, 같은 조 제2항은 "세관장은 제1항의 규정에 의한 납세신고를 받은 때에는 수입신고서상의 기재사항과 이 법의 규정에 의한 확인사항 등을 심사하되 신고한 세액에 대하여는 수입면허 후에 이를 심사한다. 다만 신고한 세액에 대하여 관세채권의 확보가 곤란하다고 인정되거나 수입면허 후 세액심사를 하는 것이 부적당하다고 인정되어 재무부령이 정하는 물품의 경우에는 수입면허 전에 이를 심사한다."고, 같은 조 제4항은 "납세의무자는 신고납부한 세액에 부족이 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 수정신고를 할 수 있다……"고, 같은 조 제5항은 "세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액……을 심사한 결과 납부세액……에 과부족이 있는 것을 안 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 세액을 경정할 수 있다."고, 구 관세법 제17조의4 제1항은 "세관장은 제17조 제4항 또는 제5항의 규정에 의하여 부족한 관세액을 징수하는 때에는 당해 부족세액의 100분의 10의 범위 안에서 대통령령이 정하는 금액을 가산세로 징수한다……"고, 같은 조 제2항은 "세관장은 납세의무자가 제17조 제4항의 규정에 의하여 수정신고를 한 때에는 제1항의 규정에 의한 가산세액의 100분의 50을 경감하여 징수한다"고 각 규정하고 있다.

(2) 그리고 관세법시행령 제5조 제1항은 같은 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 납세신고를 하고자 하는 자는 수입신고서에 당해 물품의 관세율표상의 품목분류, 세율, 납부하여야 할 세액, 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받는 경우에는 그 감면액과 법적 근거 등을 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 관세법시행규칙(1996. 12. 31. 총리령 제607호에 의하여 개정되기 전의 것) 제6조 제1항은 구 관세법 제17조 제2항 단서의 규정에 의하여 수입면허 전에 세액심사를 하는 물품으로, 법률 또는 조약에 의하여 관세 및 내국세의 감면을 받고자 하는 물품이나 관세의 분할납부를 하고자 하는 물품 등을 규정하고 있다.

다. 대법원의 판단

(1) 위 관련 법령을 종합하여 보면, 이 사건 물품처럼 신고납부방식에 의하는 경우에 있어서는, 사전 세액심사대상 물품이 아닌 한, 수입신고서에 기재하여야 할 사항이 기재되었는지 여부와 수입신고서의 첨부서류{가격신고서, 송품장, 포장명세서, 선하증권 사본, 수입승인서(수입승인물품에 한함) 등}의 완비 여부라고 하는 형식적인 요건만 확인하고 세액의 심사는 수입면허 후에 하여야 함을 알 수 있는바, 그 입법취지는, 세액심사는 과세가격의 평가, 적용세율의 확정 등 중요하고 복잡한 내용을 포함하고 있어 상당한 시간을 요하므로 위와 같이 규정함에 의하여 신속한 통관을 꾀함에 있는 것으로 보인다.

(2) 따라서 세관장이 납세신고를 받은 때에는 수입신고서상의 기재사항을 심사하도록 규정되어 있고 그 수입신고서에는 당해 물품의 관세율표상의 품목분류, 세율, 세액 등이 기재되어 있어도 위 품목분류, 세율 등은 세액을 결정하는 요소에 해당하는 것이므로, 이들에 대하여는 수입면허 후에 실질적인 심사를 거치도록 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 그리고 위 추천서는 세액심사(세율심사)와 관련하여 필요한 서류이지 통관을 위하여 수입신고서 접수시에 수입신고서에 필수적으로 첨부하여야 하는 서류가 아니라고 할 것이다.

(3) 그러므로 세관장은 이 사건 물품이 양허세율 적용물품인지, 기본세율을 적용받기 위하여 위 추천서를 구비하여야 하는지 및 실제로 구비하였는지 여부에 관하여는 수입면허 후에 이를 심사하여야 할 것이고, 이와 달리 세관장은 수입면허 전에(원심의 표현에 의하면 수입신고서를 수리하기에 앞서) 이러한 심사를 하고 그에 따라 위 추천서의 보완을 요구하여야 할 의무가 있다고 볼 수 없다.

(4) 그리고 원심은, 세관장이 수입신고서를 접수하기에 앞서 위 추천서의 보완을 요구하는 것은 신고세액에 대한 구체적인 심사라기보다 수입신고서의 기재사항인 품목분류 및 관세율을 심사하는 과정에서 당연히 알 수 있는 구비서류의 불비로 인한 보완요구이므로 세관장의 사전심사의무의 범위에 속한다고 할 것이고, 이와 같이 보더라도 관세법상 신속한 통관을 위한 신고세액의 사후심사 규정의 입법취지에 반한다고 볼 수 없다고 판단하였으나, 관세율이야말로 과세가격과 함께 세액심사의 핵심적인 내용으로서 수입면허 후에 정밀한 심사를 거쳐야 하는 사항이므로 수입신고서에 기재되어 있는 관세율이 법령에 맞는 것인지를 수입신고서 접수시에 심사할 의무가 있다고 볼 수 없으며, 위 추천서는 관세율을 심사하는 단계에서 비로소 그 필요 여부가 판정될 서류이지 수입신고서의 기재사항을 형식적으로 확인하는 단계에서 세관장이 당연히 그 필요 여부를 알 수 있는 구비서류라고 할 수 없다.

(5) 또한 원심은, 원고가 수입신고서에 기본관세율을 기재하였음에도 세관장이 그 심사단계에서 그에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않음에 따라 이 사건 물품에 대하여 기본관세율인 8%의 관세가 부과되리라는 신뢰를 가지게 함으로써, 만약 원고가 위 추천서가 필요함을 알았더라면 위 추천서를 발급받아 제출하였거나, 제출할 수 없을 경우 이 사건 물품의 과세가격 22,578,028원의 5배가 넘는 관세 116,800,630원을 물지 않기 위하여 수입을 포기함으로써 과중한 세금의 부담을 피해갈 수 있었을 것임에도 이 사건 물품을 만연히 의약품 제조원료 등으로 사용소비하여 처분함으로써 그 세액을 경감받거나 물품반송 등을 통한 손해 감소를 위한 기회가 박탈당하는 손해를 입게 하였다고 판단하였으나, 관세의 부과·징수에 관하여 신고납부방식을 취하는 경우에 있어서는 납세자가 자신의 판단에 의하여 자신의 책임 아래 세액을 스스로 결정하여 신고납부하는 것이어서(위에서 본 구 관세법 제17조의4가 납세자가 과소신고납부한 경우 가산세를 부과하도록 하되 납세자가 스스로 과소납부한 세액을 수정신고하고 추가납부할 경우에는 가산세를 경감하도록 한 것도 이와 맥락을 같이 한다) 세관장이 위와 같이 신속히 형식적인 요건만을 확인하여 아무런 이의를 제기하지 아니하고 수입을 면허하였다고 하여 납세자가 신고한 세액대로 관세가 부과되리라는 신뢰를 가지게 하였다고 할 수도 없다.

(6) 그렇다면 세관장에게 이 사건 물품의 수입신고 접수시에 위와 같이 이 사건 물품이 양허세율 적용물품인지, 기본세율을 적용받기 위하여 위 추천서를 구비하여야 하는지 및 실제로 구비하였는지를 심사하여야 할 의무가 있었고 그에 따라 위 추천서의 보완을 요구하여야 할 의무가 있었음을 전제로 하는 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없으므로 기각을 면할 수 없다 할 것이다.

(7) 원심이 이와 달리 피고의 손해배상책임을 인정한 것에는 수입신고서 접수 및 납세신고시 세관장의 주의의무에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 피고의 상고이유의 주장은 이유가 있다.

2. 결론

이에 피고의 나머지 상고이유를 판단할 필요 없이 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고 그 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하며, 원고의 상고이유는 피고에게 손해배상책임이 있음을 전제로 한 주장이므로 더 볼 것도 없이 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.