가. 청구법인은 2000.6.15.부터 2005.12.9.까지 세 차례에 걸쳐 OOO와 OOO사업 부지인 OOO중 OOO 지분 135,265.78㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 나머지 지분을 포함하여 “이 건 전체토지”라 한다)에 대한 매매계약을 체결하고 2005.12.6. 및 12.9. 잔금을 지급하여 쟁점토지를 취득한 후, 그 잔금지급일에 매매금액을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고하고 2005.12.7.부터 2006.1.6.까지 각 납부하였다.

나. 그 후 처분청은 2009.10.9. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 쟁점토지의 토지가액을 과소신고하였음을 확인하고, 청구법인의 법인장부상 나타나고 있는 토지가액 OOO원과 당초 신고한 토지가액 OOO원과의 차액 OOO원을 과세표준으로 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원과 청구법인이 2008년 4월 쟁점토지 지상에 건축한 공동주택(이하 “이 건 공동주택”이라 한다) 부지 지목변경과 관련한 아파트 조경공사비 OOO원과 포장공사비 OOO원, 합계 OOO원을 과세표준으로 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 2011.1.3. 청구법인에게 각 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청의 증액경정처분에 의해 증액된 세액을 한도로 부과처분의 취소를 구하는 것일 뿐, 당초 신고세액의 감액경정을 구하는 것이 아니므로 당초 신고세액의 감액경정을 구하는 부분은 본안심리대상이 될 수 없다는 처분청의 주장은 부당하다.

(2) 청구법인이 2005년 OOO으로부터 취득한 토지와 관련하여 OOO과 같은 환지방식의 도시개발사업은 감보가 수반되고, 이 중 도로, 공공시설용지 등은 국가나 지방자치단체에 무상귀속되며, 청구법인이 2005년 12월 쟁점토지를 OOO으로부터 취득하기 이전에 도시개발사업 실시계획인가 및 환지예정지 공람공고를 통해 도로, 공공시설용지 등은 국가나 지방자치단체에 귀속될 부분이 특정(감보된 토지중 공공용지 부담분 76.86%)되어 있었으므로 공공용지분 감보토지는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 토지에 해당하여 그 토지가액 OOO에 대한 취득세 등은 비과세 대상에 해당함에도 이미 그에 대한 취득세 등을 납부하여 과다 신고납부되었으므로, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지의 취득가액을 장부상 금액보다 과소신고한 것으로 판단하여 증액 처분한 OOO원에 대한 취득세 등은 취소되어야 한다.

(3)처분청에서 이 건 공동주택 부지의 조경공사비 OOO원과포장공사비 OOO원등 합계 OOO원(이하 “쟁점공사비”라한다)을 쟁점토지의지목변경비용에 포함시켰으나,아파트 부지의 실질적 지목변경 시기는 정지작업이 완료되어아파트 공사가 시작될 때라 할 것이고, 쟁점공사비는 사실상 지목변경이 이루어지고 난 이후에 지출된 것으로 토지가치의 증대를위해 지출되는비용이 아니라, 아파트 주거환경 개선을 위해 지출되는 비용이므로지목변경 비용에 포함하여 부과고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2006.1.6. 이전에 신고납부한 취득세 등의 감액경정을 전제로 이 건 부과처분의 감액경정을 구하고 있으나, 청구법인은 당초 처분일(2005.12.7.부터 2006.1.6.)로부터 90일 이내에 불복절차를 거치지 않음으로써 당초처분에 불가쟁력이 발생하였고, 그 이후인 2011.1.3. 증액경정처분인 이 건 부과처분이 있었음이 명백하므로, 당초 처분세액의 감액경정을 전제로 이 건 부과처분의 감액경정을 구하는 부분은 이 건 심판청구의 본안 심리대상이 될 수 없다.

(2) 청구법인은 2005.10.13.까지 OOO과 공동명의로 사업부지내 토지 124필지를 추가 취득하여 이 건 전체토지를 취득한 상태에서 2005.11.15. OOO과 OOO 추진과 관련한 OOO의 모든 권리를 청구법인에게 양도하기로 하는 합의서를 체결한 후 2005.12.6. 및 같은 해 12.9. 이 건 전체토지 중 OOO의 소유지분을 청구법인에게 양도함으로써 청구법인은 이 건 전체토지를 단독으로 소유하게 되었으며, 쟁점토지의 매매계약서상 계약일이 165필지는 2000년 6월이고 나머지는 잔금지급일과 동일 날짜(2005.5.9.)인 점으로 볼 때, 청구법인은 서류상으로는 공동사업 약정에 따라 OOO과 공동명의로 이 건 전체토지를 취득한 후 2005.11.15. 공동사업약정해지 합의로 인해 2005년 12월에 OOO의 지분인 쟁점토지를 취득한 것으로 보여지지만, 실질에 있어서는 당초부터 일정 시기에 OOO의 지분을 청구법인이 취득하기로 하는 사전 합의하에 OOO과 공동명의로 이 건 전체토지를 취득해 온 것으로 보여진다.

이처럼, 청구법인이 2000.4.7.부터 공동명의로 이 건 전체토지의 일부를 취득하기 시작하여 2개월 후 OOO의 나머지 지분도 청구법인이 취득하기로 매매계약을 체결한 상태에서 2005.10.13.까지 공동명의로 이 건 전체토지의 취득을 완료한 후 2005.12.6. 및 2005.12.9. OOO의 소유지분인 쟁점토지를 취득하였고, 2005.6.8. “OOO”이 처분청으로부터 OOO 실시계획 인가를 받은 일련의 과정으로 볼 때, 청구법인은 OOO지구내에서 토지를 소유한 조합원의 자격으로 공동주택건설사업을 추진하기 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 비록 쟁점토지의 감보토지 중 공공용도의 기부채납 대상 토지가 포함되어 있다 하더라도 그 부분을 국가 등에 기부채납 조건으로 취득한 토지로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

더욱이, OOO의 시행사는 청구법인과 별도로 설립된 법인인 “OOO”이며, 도시개발사업부지내의 공공용지 등은 조합이 기부채납하도록 되어 있어, 청구법인 소유의 쟁점토지 중 기부채납 대상 토지에 포함되는 부분도 있으나, 이는 청구법인이 지방자치단체 등과 직접 기부채납계약을 체결하여 기부채납하는 것이 아니라 조합이 조합원인 청구법인의 승낙을 받아 기부채납하는 것이고, 청구법인과 조합은 각각 별도의 법인이므로 별도의 법인인 조합이 청구법인의 승낙을 받아 청구법인 소유의 도시개발사업부지내 토지를 지방자치단체 등에 기부채납 한다 하더라도 청구법인이 직접 공공용지 부지 등을 기부채납하는 것은 아니므로, 쟁점토지의 감보토지 중 공공용도의 기부채납 대상 토지가 포함되어 있다 하더라도 그 부분을 국가 등에 기부채납 조건으로 취득한 토지로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(3) 청구법인은 지목변경 이후에 지출된 조경시설 및 포장 공사비는 취득세 등 과세표준에 포함되지 아니한다고 주장하고 있으나, 건축공사가 수반되는 토지의 지목변경 시기는 당해 건축공사가 완료되는 시점이라 할 것(대법원 2006.7.13. 선고 2005두12756 판결 ; 행심 제2006-76호, 2006.2.27. 참조)이므로, 쟁점토지의 지목변경 시기는 이 건 공동주택의 사용승인일인 2008.4.14.이라 할 것이고, 토지의 지목변경에 소요된 비용이라 함은 토지의 형상을 변경하기 위하여 직접 또는 간접으로 지출한 일체의 비용을 말하는 것으로써, 아파트 조경 및 포장공사비는 토지의 지목변경비용에 포함된다 할 것이므로(행심2000-565, 2000.07.25. 참조), 처분청에서 청구법인이 이 건 공동주택 신축과 관련하여 조경 및 포장공사비용으로 지급한 쟁점공사비를 지목변경비용으로 보아 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 증액경정처분에 대하여 당초결정세액이 아닌 증액된 세액을 한도로 감액경정을 청구한 이 건 심판청구가 적법한지 여부

(2) 환지방식 도시개발사업에 있어 지방자치단체에 무상귀속되는 공공용지 감보토지를 도시개발사업 실시계획 인가일 이후 다른 조합원으로부터 취득하였을 경우 취득한 조합원의 취득세 등 납세의무 여부

(3) 공동주택 부지의 “조경공사비”와 “도로포장공사비”가 지목변경비용에 포함되는지 여부 및 건축공사가 수반되는 토지의 지목변경시기를 언제로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제82조(「국세기본법」 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.

제106조(국가 등에 대한 비과세) ②국가 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

제126조(국가 등에 대한 비과세) ②국가 지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제111조(과세표준) ③건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

(3) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것)

제82조(토지의 지목변경에 대한 과세표준액) 법 제111조 제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 결정·공시되어 있는 개별공시지가를 말한다)과 지목변경후의 시가표준액(지목변경후의 개별공시지가가 결정·공시되지 아니한 때에는 지방자치단체의 장이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 지방자치단체의 장이 산정한 가액을 말한다)의 차액으로 한다. 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문·법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

제82조의2(취득가격의 입증등) ①법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

(4) 국세기본법

제22조의2(경정 등의 효력) ①세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) OOO을 사업시행지로 하는 OOO사업이 2004.4.6. 지정고시OOO를 하였는데, 사업시행자는 OOO으로 하고, 시행방식은 환지방식으로 나타나며, 토지이용계획 및 도시기반시설계획에서는 주택건설용지는 56.6%, 도시기반시설용지는 42.3%, 종교시설, 복지시설 등 기타시설용지는 1.1%로 예정되어 있음을 알 수 있다.

(나) OOO조합장은 2005.8.22. OOO 환지예정지 지정 공람공고를 하였는데, 그 공람공고에는 환지계획인가서 및 실시계획인가도면 등을 공람내용으로 하고 있다.

(다) 그후 2008.3.7. OOO이 준공(준공검사필증 OOO)되었으며, OOO이 2008.3.31. 환지처분공고를 하면서 사업비 정산내역, 체비지 매각대금 등을 공고하였다.

(라) 한편, 청구법인은 1999.6.30. OOO과 OOO 내인 OOO에서 OOO 신축공사를 공동추진하기로 하는 약정을 체결하였다.

(마) 그 후 청구법인과 OOO은 2000.4.7.부터 2005.10.13.까지 공동명의로 이 건 전체토지를 취득하였고, 2005.11.15. 쟁점토지에 대한 OOO의 소유권과 계약권을 청구법인에게 양도하고 당해 사업과 관련한 일체의 권리를 포기하기로 하는 합의서를 작성한 후, 2005.12.6. 및 2005.12.9. 잔금을 지급함으로써 청구법인은 쟁점토지를 OOO으로부터 취득하고, 매매대금 총 OOO으로 하여 그 잔금지급일에 매매금액을 과세표준으로 한 취득세 등을 신고하고 2005. 12.7.부터 2006.1.6.까지 각각 납부하였다.

(바) 취득신고시 제출한 매매계약서에는 청구법인은 2000.6.15, 2000.6.30., 2005.12.9. 등 세 차례에 걸쳐 OOO과 쟁점토지에 대하여 매매계약을 체결한 것으로 기재되어 있고 그 취득면적과 매매금액은 아래와 같다.

(사) 처분청은 2009.10.9. 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고납부하면서, 쟁점토지의 매매대금 21,189,497,933원, 지목변경비용 12,355,661,324원 등을 누락신고한 사실을 확인하고, 2011.1.3. 위 세무조사에 따른 누락 세액을 청구법인에게 부과고지 하였다.

(2) 먼저, 쟁점 (1)에 대하여 본다.

(가) 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기 전의 확정행위(신고 또는 결정)의 흠결을 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도의 독립된 행위로 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 할 것이며, 처분청의 증액경정은 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시키는 처분이라는 점과 증액경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위 중 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다고 하는 점에 비추어 보면, 증액경정을 하는 경우에는 신고나 결정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로 잡도록 함이 법적안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다OOO.

(나) 다만, 「국세기본법」 제22조의2 제1항에서 “당초 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 할 것이다OOO.

(다) 따라서, 당초의 세액을 초과하는 범위의 세액에 대해서만 감액경정을 청구한 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점 (2)에 대하여 본다.

(가) 「지방세법」 제106조 제2항에서 국가 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 제126조 제2항에서 국가 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 그 입법취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우에 취득세 및 등록세를 비과세하는 「지방세법」 제106조 제1항, 제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다고 할 것이다.

이 건의 경우, 환지처분이 공고된 때(2008.3.31.) 종전의 환지예정지가 환지로 확정되어 국가 등 귀속대상 토지가 사실상 확정되었으므로, 비록 도시개발사업 실시계획의 인가시(2005.6.8.)의 환지예정지와 환지처분공고일(2008.3.31.)의 환지가 실질적으로 동일하다고 하더라도, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시(2005.12.6., 2005.12.9) 이를 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있었다고 볼 수 없는 이상, 쟁점토지의 취득과 그에 관한 소유권이전등기가 「지방세법」 제106조 제2항, 제126조 제2항에서 정하는 “국가 등에 귀속을 조건”으로 한 부동산의 취득 및 그 부동산에 관한 등기에 해당한다고 볼 수는 없다(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻) 할 것이다.

더욱이, 청구법인은 OOO으로 부터 매매를 원인으로 쟁점토지를 취득하면서 그 매매계약서상에서 국가 귀속에 관한 어떠한 매매조건이 나타나지 않는 점도 “국가 등에 귀속을 조건”으로 한 부동산의 취득으로 볼 수 없는 사유에 포함된다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시에는 그 쟁점토지의 일부가 국가 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 무상귀속될 것으로 확정되지 아니한 상태에 있었다 하겠으므로, 위 규정에 의한 취득세 등 비과세대상에 해당된다고 볼 수는 없다고 판단된다.

(4) 쟁점 (3)에 대하여 본다.

(가) 「지방세법시행령」 제82조에서 법 제111조 제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경 전의 시가표준액과 지목변경후의 시가표준액의 차액으로 하되, 제82조의2의 규정에 의한 판결문·법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 조경시설 및 포장공사비는 취득세 등 과세표준에 포함되지 않으며, 건축공사가 수반되는 토지의 지목변경시기는 정지작업이 완료되어 아파트 공사가 시작되는 시기라고 주장하므로 이에 대해 살펴보면,

토지의 지목변경에 소요된 비용이라 함은 토지의 형상을 변경하기 위하여 직접 또는 간접으로 지출한 일체의 비용을 말하는 것으로, 이 건과 같이 지목이 전ㆍ답 및 임야인 토지를 지목변경해 아파트를 신축하는 경우 조경 및 도로포장 공사비를 지목변경비용으로 보아야 하는 것으로 판단된다.

또한, 사실상 지목이 변경되었다 함은 토지의 지목을 변경하고자 하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하여 사용하였음을 의미한다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 단순히 토지의 형질을 변경하는 경우에는 그 형질변경공사가 완료된 시점에 이미 의도한 용도에 공여될 수 있어 이때를 지목변경일로 보아야 할 것이나, 이 건과 같이 건축공사가 수반되는 지목변경의 경우에는 당해 토지가 건축물의 부속토지로서의 기능에 공여될 수 있는 시점에 비로소 지목변경이 이루어졌다고 보아야 할 것(대법원 2006.7.13. 선고 2005두12756 판결 같은 뜻)이므로, 건축공사가 진행 중에 있는 기간은 비록 건축물을 신축하기 위한 기초공사가 완료되었다 하더라도 그러한 상태만으로 완전한 건축물의 부속토지로서의 기능을 수행하는 상태에 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

그렇다면, 쟁점토지는 그 지상의 주택신축 공사가 완료되어 사용승인서가 교부된 2008.4.14. 사실상 지목이 변경된 것으로 보인다.

(5) 이상의 심리내용을 종합하여 보면,처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.