2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 2001. 5. 16. 아버지인 유AA으로부터 ○○ ○○구 ○○동 17외 4필지 ●●아파트 제110동 제103호(이하, 이 사건 종전 아파트라 한다)를 증여 받아 같은 날 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 이 사건 종전 아파트가 포함된 ●●아파트에 관하여 재건축이 추진되면서 2001. 1. 15. '●●아파트재건축정비사업조합'이 설립인가 되었고, 2003. 6. 23. 사업계획 승인이 이루어졌다.

다. 원고는 위 재건축조합의 조합원으로서 이 사건 종전 아파트를 위 조합에 제공 하는 대신에 신축되는 ●●아파트 제225동 제1502호를 508,750,000원(권리가액 409,668,000원, 추가 부담금 99,082,000원)에 공급 받기로 하는 분양계약을 체결하였다 (이하, 위 분양계약에 의하여 원고가 취득할 예정에 있는 권리를 이 사건 조합원 입주권이라 한다).

라. 원고는 2008. 5. 23 소외 김BB, 유CC에게 이 사건 조합원 입주권을 830,000,000원에 양도하고, 같은 해 6. 30.까지 잔금을 모두 지급받았다.

마. 원고는 이 사건 조합원 입주권의 양도가 양도가액이 6억 원을 초과하는 고가 주택 인 1세 대 1주택의 양도에 해당한다고 보고 2008. 8. 19. 양도가액 중 6억 원 초과 분 상당의 양도차익에 대한 양도소득세 26,680,420원을 예정신고 및 납부하였다.

바. 원고는 이 사건 조합원 입주권의 양도가 구 소득세법 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20931호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 소정의 '1세대 1주택'의 비과세요건 중 3년 이상 보유기간을 갖추지 못하였다고 보아, 2008. 10. 7. 양도소득세 과세표준을 114,846,970원에서 625,883,000원으로, 세액을 26,680,420원에서 192,256,090원으로 각 변경하는 내용의 양도소득세 과세표준 수정신고를 하고, 같은 달 15 위 수정신고에 따라 추가 납부할 세액 중 96,128,040원을 납부하였다.

사. 피고는 2008. 11. 10. 원고에게 위 수정신고에 따라 추가로 납부할 세액 중 미납 된 양도소득세 77,164,030원 및 농어촌 특별세 771.640원을 같은 달 30.까지 납부하라는 고지를 하였고, 이에 따라 원고는 2008. 12. 1. 위 양도소득세 및 농어촌 특별세를 납부하였다.

아. 원고는 2008. 11. 3. 피고에게 이 사건 조합원 입주권의 양도가 구 소득세법 (2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시 행령 제156조 소정의 고가주택인 1세대 1주택의 양도로서 3년 이상의 보유기간 등의 비과세 요건을 갖추었다는 이유로 위 조합원 입주권 양도에 관한 양도소득세 과세표준 및 세액을 최초 신고한 내용대로 경정(표현은 수정신고이나, 통상 수정신고는 증액의 경우를 의미하므로, 여기서는 경정의 의미로 선해한다)하여 위 수정선고에 따라 원고가 기 납부한 양도소득세 96,128,040원을 환급하여 달라는 신청을 하였다.

자. 이에 대하여 피고는 2008. 12. 31. 이 사건 조합원 입주권의 양도가 고가주택인 1세대 1주택의 양도로서 3년 이상의 보유기간 등의 비과세 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 위 경정청구 및 환급신청을 거부하는 취지의 통지를 하였고, 위 통지서는 2009. 1. 5. 원고에 게 도달하였다.

[인정근거] 다툼없는사실,갑제1 내지18호증(가지번호포함),을제1 내지5호증 (가지번호포함)의각기재,변론전체의취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는, 이 사건 조합원 입주권의 양도에 따른 이 사건 종전 아파트의 보유기간은 그 취득일인 2001. 5. 15.부터 위 종전 아파트에 대한 사실상의 철거 개시일인 2004. 5. 31.까지로 보아야 하므로 위 종전 아파트의 보유기간은 3년이 넘고, 따라서 위 조합원 입주권의 양도는 소득세법 시행령 제154조 소정의 l세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택의 양도에 해당함에도, 이와 달리 위 종전 아파트의 보유기간을 위 종전 아파트의 취득일로부터 재건축사업계획승인일로 보는 전제에서 원고의 양도소득세 경정청구 및 환급신청을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

(1) 그러므로 우선 이 사건 처분 중 양도소득세 경정청구 거부 처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 대하여 보기로 한다.

살피건대, 국세기본법 제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 옷함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다 고 규정하고, 국세기본법 제56조 제1항 본문 및 제2항은 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 「행정심판법」 의 규정을 적용하지 아니한다. 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 「행정소송법」 제18조 제1항 본문・제2항 및 제3항의 규정에 불구하고 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다 고 규정하고 있으며, 국세기본법 제61조 제1항 및 제68조 제1항은 심사청구(심판청구)는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다 고 각각 규정하고 있으므로, 양도소득세 과세표준 및 세액을 신고한 자는 선고한 과세표준이나 세액이 과다한 경우에는 관할세무서장에게 과세표준이나 세액의 (감액)경정을 구하여 이를 바로 잡아야 하고, 관할세무서장이 그 경정을 거부하는 처분을 하는 경우에는 국 세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거친 후 경정거부처분을 취소하는 행정소송을 제기하여 다투어야 한다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두2132 판결 등 참조).

그런데, 이 사건에 있어서 원고는 피고에게 과세표준 예정신고 및 수정신고를 하여 확정된 양도소득세의 (감액)경정을 구하였으나, 이에 대하여 피고의 경정거부 처분이 있었음에도 이에 대한 심사청구 또는 심판청구의 절차를 거치지 않았음이 기록상 명백하므로, 원고의 이 사건 소는 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.

(2) 나아가, 이 사건 처분 중 수정신고 후 납부한 일부 양도소득세의 환급신청에 대한 피고의 거부를 처분으로 보아 다투는 취소소송의 적법 여부에 대하여 보기로 한다.

살피건대, 조세의 환급세액에 대한 납세의무자의 환급청구권은 각 개별세법에서 규정한 환급요건이 충족된 때에 확정되는 것이지 과세관청의 환급결정에 의하여 바로 소확정되는 것은 아니므로 국세기본법이나 개별세별에서 환급세액의 환급에 관한 절차를 규정하고 있다고 하여도 이는 과세관청이 반환할 의무가 있는 세액의 환급을 위한 내부적 사무처리 절차에 지나지 않을 뿐이고 이러한 환급절차에 따른 환급결정 또는 환급거부처분은 납세자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으며 납세자가 부당하게 환급거부를 당한 경우에 직접 민사소송으로 그 환급을 요구할 수 있을 뿐이므로(대법원 1989. 6. 15 선고 88누6436 전원합의체판결 등 참조), 원고의 이 사건 소 중 수정신고에 따라 기 납부한 일부 양도소득세의 환급신청을 거부한 것을 처분으로 보아 그 취소를 구하는 부분은 처분이 아닌 것을 대상으로 그 취소를 구하는 것이어서 부적법하다.

3. 결론

그렇다면,이사건소는부적법하므로,이를각하하기로한다.