2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 의사로서 2004. 9. 1. 화성시 (이하 생략)에서 ‘ ○○○○병원’이라는 상호로 개인병원을 개업하여 운영하다가, 현금 50억 원을 출연하여 2008. 6. 5. 위 장소를 주사무소로 하는 의료법인 소외 5 의료법인(이하 ‘이 사건 의료법인’이라 한다)을 설립하였고, 2008. 8. 1. 위 ○○○○병원 운영과 관련하여 자신이 보유한 위 화성시 (이하 생략) 대 2,158㎡ 외 14개 부동산(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 등 자산(총액 금 24,961,890,571원, 그 중 이 사건 부동산의 평가금액은 합계 금 19,459,238,640원이다)과 부채(총액 금 20,166,211,152원)를 이 사건 의료법인에 포괄적으로 양도하였다.

나. 원고는 2008. 10. 30. 이 사건 부동산에 대하여 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 에 따라 양도소득세 이월과세를 신청하였는데, 이에 대하여 피고는 2008. 12. 4. 원고의 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세신청을 받아들여 이월과세결정을 하였고, 피고의 상급 지방국세청인 중부지방국세청장은 원고에 대하여 2009. 9. 21.부터 2009. 10. 12.까지 양도소득세 세무조사를 하고 2009. 10. 20. 원고의 위 이월과세신청 내용이 적정하다는 내용으로 세무조사결과를 통지하였다.

다. (1) 그런데, 감사원의 국세청에 대한 감사 이후 피고는 이 사건 의료법인은 의료법 제50조 에 따라 민법 중 재단법인에 관한 규정을 준용하여 출연자의 재산 ‘출연’으로 설립되기 때문에 조세특례제한법상 이월과세의 요건으로 규정하고 있는 ‘출자’와 무관하다는 이유로 2010. 3. 11. 원고에 대하여 2008년도 귀속 양도소득세 금 3,743,222,810원, 가산세 금 307,692,910원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

(2) 원고는 양도자산 중 일부가 취득가액이 과소계상되었다는 이유로 2010. 5. 10. 피고에게 경정청구를 하였고, 피고는 이를 받아들여 2010. 6. 21. 양도소득세 금 475,300,022원과 가산세 금 39,069,658원을 감액하는 경정처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2010. 3. 17. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2010. 9. 24. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증, 제3호증의 1, 2, 제4호증의3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 조세특례제한법 제32조 는 구조조정을 통한 기업의 경쟁력 강화와 투명성을 높이기 위하여 법인전환에 따른 특례를 인정한 것인데 현재에는 업종 제한을 사실상 거의 폐지함으로써 법인전환시 양도소득세 이월과세는 사실상 개인기업을 법인으로 전환하면 일반적으로 부여되는 혜택이 되었다고 할 수 있는바, 위와 같은 입법취지와 개정연혁에 비추어 전환하는 법인이 비영리법인이라는 이유만으로 양도소득세 이월과세 의 적용을 배제할 수 없고, 위 규정이 영리사단법인이어야 한다는 전제에서 ‘출자’라는 표현을 사용한 것이 아니라 대표적인 전환 형태를 상정하여 위 표현을 쓴 것으로 봄이 타당하므로, 이월과세의 요건으로 규정한 ‘출자’는 ‘출연’을 포함하는 것으로 해석하여야 한다. 따라서 비영리법인인 이 사건 의료법인으로 전환하면서 양도한 이 사건 부동산에는 양도소득세 이월과세가 적용되어야 한다.

② 가사 조세특례제한법 제32조 에서 전환 법인이 영리법인일 것을 요건으로 한다고 하더라도, 원고는 개인병원을 이 사건 의료법인으로 전환하는 과정에서 수차례에 걸쳐 피고 측 담당자들과 면담을 하고 이 사건 의료법인으로 전환할 경우 양도소득세 이월과세 특례가 적용되는지에 대하여 문의하였는바, 피고 측 담당자들은 내부적으로 충분한 검토를 거쳐 원고에게 위 특례 규정의 적용이 가능하다는 의견을 밝힌 바 있어, 원고는 이를 믿고 이 사건 의료법인으로 전환한 것인데, 이제 와서 종전의 견해 표명에 반하여 40억 원 가량의 막대한 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

③ 가사 이 사건 부과처분 중 양도소득세의 부과는 적법하다고 하더라도 조세특례제한법 제32조 는 세법 해석상 의문이 있는 경우에 해당하여 납세의무자인 원고에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 가산세 부과처분은 부당하다.

나. 관계법령

조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것)

제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항 의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항 의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

조세특례제한법시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것)

제29조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

② 법 제32조 제1항 에서 "대통령령이 정하는 사업양수도 방법"이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항 의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인 설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항 의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제32조 제2항 에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호 의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

의료법

제50조 (「민법」의 준용)

의료법인에 대하여 이 법에 규정된 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

민법

제43조 (재단법인의 정관)

재단법인의 설립자는 일정한 재산을 출연하고 제40조 제1호 내지 제5호 의 사항을 기재한 정관을 작성하여 기명날인하여야 한다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산에 대한 이월과세의 적용 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다( 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

살피건대, 원고 주장과 같이 조세특례제한법이 이월과세가 적용되는 법인의 업종을 확장하여 왔다고 하더라도 당연히 비영리법인도 그 범위에 포함된다고 할 수 없다. 또한 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조 소정의 ‘출자’는 법인에 대하여 그 구성원이 자본적 가치가 있는 지출을 하는 것이고 그 출자에 따라 구성원은 법인의 활동으로 생긴 이익을 분배할 권리와 손실이나 위험을 분담할 의무를 가지게 되므로 출자로 자본을 구성하는 법인은 당연히 영리법인에 한하는데, 재단법인의 설립행위인 ‘출연’은 설립자가 자신의 재산상 손실로 재단법인의 재산을 구성하도록 할 뿐 그 출연행위에 대하여 법인으로부터 재산적 가치 있는 이득을 얻는 것이 아니므로, ‘출자’와 ‘출연’은 각각 영리법인과 비영리법인(특히 재단법인)의 구성에서 본질적인 차이를 나타내는 개념으로서 한쪽이 어느 한쪽을 대표하거나 포함할 수 없는 것이다.

따라서 조세특례제한법 제32조 소정의 ‘출자’에 ‘출연’이 포함된다는 전제하에 비영리법인으로 전환한 경우에도 사업용 고정자산에 대하여 양도소득세 이월과세 특례규정이 적용된다는 원고의 주장은 조세법률주의에 반하므로 받아들일 수 없다.

(2) 이 사건 부과처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였는지 여부

일반적으로 행정상의 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해 표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해 표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다( 대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 , 대법원 2006. 2. 24. 선고 2004두13592 판결 등 참조).

살피건대, 증인 소외 1의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 1은 16년간 세무공무원으로 근무하다가 1998년부터 세무사로서 일하였고, 원고로부터 2007. 6.경 원고로부터 이 사건 의료법인으로 전환하는 것에 대한 자문을 의뢰받아 위 법인으로 전환시 양도소득세의 이월과세가 가능한지 여부를 검토한 사실, 소외 1은 2007. 7.경부터 수차례 안산세무서 재산세과 담당공무원에게 이월과세의 가능 여부에 관하여 문의하고 논의도 하였으며, 그 결과 위 세무서의 내부적 논의 끝에 위 재산세과 담당공무원은 소외 1에게 ‘의료법인으로 전환하고 이월과세를 신청하면 이월과세를 해 주겠다’는 취지로 세무서의 태도를 알려준 사실, 이에 따라 원고와 소외 1은 원고 개인병원을 이 사건 의료법인으로 전환하는 업무를 추진하기 시작하였고 결국 원고는 2008. 6. 5. 이 사건 의료법인을 설립한 후 이 사건 부동산을 포괄적으로 위 법인에 양도한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에다가 의료법인으로 전환하는 경우 이월과세가 적용되지 않는다는 예규는 2008. 7. 31.에 제정되어 2010. 1. 이후에나 공표되었고, 달리 2008. 7. 31. 이전에는 비영리법인에 관한 조세특례제한법 제32조 의 해석과 관련된 예규는 없었던 점, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 의료법인으로 전환한 후 이월과세신청을 하였는데, 피고가 이를 받아들여 이월과세결정까지 하였고, 상급 지방국세청인 중부지방국세청도 위 이월과세결정 등의 적정 여부에 대한 세무조사를 한 후 원고에게 이월과세신청이 적정하였다는 취지로 통지한 점, 양도소득세의 이월과세가 가능하지 않았다면, 원고가 거액의 양도소득세를 부담하면서까지 개인병원을 비영리법인인 이 사건 의료법인으로 전환할 별다른 실익이 없어 보이는 점, 그런데 감사원의 감사가 있고 난 후 피고는 원고에 대하여 이월과세결정을 취소하고 이 사건 부과처분을 한 점 등 원고가 개인병원을 이 사건 의료법인으로 전환한 경위, 이 사건 부과처분의 경위 등을 두루 고려하면, 피고는 소외 1을 통하여 원고에게 개인병원을 이 사건 의료법인으로 전환할 경우에도 이월과세의 특례가 적용된다는 공적 견해를 표명하였고, 원고는 세무전문가인 소외 1을 통하여 여러 차례 피고에게 문의를 하는 등 나름대로 확신이 들 때까지 최선을 다하였으며, 이후 실제로 피고가 원고의 신청을 받아들여 이월과세결정도 하였으므로, 원고가 피고의 견해 표명을 신뢰한 데 무슨 귀책사유가 있다고 할 수 없고, 피고가 종전의 견해 표명에 반하여 이월과세결정을 취소하고 이 사건 부과처분을 함으로써 원고는 자신의 자산을 모두 이 사건 의료법인에 출연하게 된데다 30억 원이 넘는 거액의 양도소득세를 부담하게 되어 그 이익 침해의 정도가 심대한 반면, 피고가 당초 표명한 대로 이월과세를 유지한다고 하더라도 과세 시점을 연장하는 것일 뿐 국가의 조세채권이 소멸하는 것은 아니므로 공익을 현저히 해할 우려가 있는 것도 아니다.

따라서 이 사건 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김경란(재판장) 이진영 황운서

심급 사건

본문참조판례

본문참조조문