2. 소송비용은 원고가 부담한다.

"가. 원고는 의약품의 제조 ・ 판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이고，주식회사 AAAA신약과 주식회사 AAAA산업(이하 주식회사 AAAA신약과 주식회사 AAAA산업을 통틀어AAAA신약 등'이라 한다)은 원고와 법인세법상 특수관계에 있는 회사이다.", "나. 원고는 2004년부터 2007년까지의 사업연도에 아래 표 기재와 같이 우리은행 등 에 정기적금 또는 정기예금(이하 '이 사건 예금'이라 한다)을 예치하고 있었는데， AAAA 신약 등이 아래 표 기재와 같이 우리은행 등으로부터 대출을 받음에 있어 이 사건 예 금을 담보로 제공하였다(이하이 사건 담보제공행위'라고 한다).",(아래표 생략)

다. 감사원은 2009년에 서울지방국세청 정기감사를 실시하고 원고가 특수관계 법인에 대하여 정기예금 등을 담보로 제공한 것을 자금의 우회지원으로 보아 법인세법 제 52조 부당행위계산 부인규정을 적용하여 다음 표 기재와 같이 2004 ~ 2007 사업연도 에 연 9%의 당좌대출이자율에 의하여 이 사건 예금액에 대한 인정이자를 계산한 후 원고가 이미 수익으로 계산한 예금수입이자를 차감한 나머지 금액을 부당행위계산 부 인금액으로 하여 익금산입하고 기타 사외유출로 소득처분하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하도록 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 이에 따라 2010. 3. 23. 원고에게 2004 사업연도 귀속 법인세 000원， 2005 사업 연도 귀속 법인세 0000원， 2006 사업 연도 귀속 법인세 000원， 2007 사업 연도 귀속 법인세 000원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 17. 심판청구를 제기하였고， 조세심판원윤 2012.

4. 30. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증， 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같이 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

1) 원고는 사업특성상 보유 ・ 유지하던 현금성 자산 중 일부를 담보로 제공한 것이 지 예금을 보유할 상황이 아니었음에도 불구하고 특수관계 법인에 자금을 지원하기 위하여 새로이 예금을 한 것이 아닌 점，원고는 이전부터 보유하고 있던 예금 중 일부만 을 담보로 제공한 점， 이 사건 담보제공행위는 은행들이 특수관계 법인에 담보를 요구 하는 관행에 의한 것인 점1 원고로서는 관련 사업을 수행하는 특수관계 법인들의 재무 상태가 개선되면 장기적오로 사업에 도움이 되는 점 등을 종합하면， 이 사건 담보제공 행위가 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위라고 볼 수 없고， 원고가 기존에 보유하여 오던 기존 예금을 담보로 제공한 것이므로 담보제공행위 자체로 조세부담이 추가적으로 감소하는 결과가 발생하였다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 담보제공행위를 경제적 합리성이 없는 거래로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용한 것은 위법하다.

2) 설령 이 사건 담보제공행위가 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 하더라도, 이 사건 담보제공행위를 AAAA신약 등에 대한 자금의 무상대여로 볼 수 없는 점, 내국 법인이 국외 특수관계자의 금융차입과 관련하여 금융기관에 지급보증하는 경우 내국법인이 국외 특수관계자에게 신용공여라는 용역을 제공한 것으로 보아 이전가격과세에 있어 보증을 제공하는 내국법인의 신용등급에 의한 이자율과 보증을 제공받는 해외자회사의 신용등급에 따른 이자율의 차이를 지급보증수수료로 보고 있는 점 등에 비추어 보면， 이 사건 담보제공행위에 따른 부당행위계산 부인액은 AAAA신약 등이 담보제공 없이 차용하는 경우의 이자비용과 원고의 담보제공 하에 차입하는 경우의 이자비용의 차액으로 보는 것이 상당하므로， 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 구 법인세법 시행 령 제89조 제3항에 따라 9%의 당좌대출이자율을 기준으로 부당행위계산 부인금액을 산정한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인은 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위，다단계행위， 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다 고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과제의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로서， 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니 하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용된다(대 법 원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조). 그 성립요건으로서는，① 특수관계가 있는 자와의 거래일 것(당사자 요건)，② 행위계산이 부당할 것(이상한 행위형식을 선택하였을 것. 객관적 요건)，③ 법인소득에 대한 조세의 부담을 감소시켰을 것(결과) 등이 필요하고，행위계산의 부당성 판단 기준으로서 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다.

나) 갑 제2호증， 을 제2호증의 각 기재에 의하면， 원고의 2004 ~ 2007 사업연도 의 연도별 차입금에 대한 평균 지급이자율은 연 6.73% ~ 8.59%인 반면， 같은 기간 동안의 연도별 예금에 대한 평균 수입이자율은 연 3.32% ~ 4.46%인 사실， 원고의 2004 ~ 2007 사업연도의 연도말 차입금 내역과 현금성 자산과 회사채 제외 차입금의 비율, 담보제공자산과 현금성 자산의 비율은 아래 표와 같은 사실， 원고는 2007 사업연도를 제외하면 장단기차입금(회사채 제외)을 상환하고도 남을 만큼의 현금성 자산을 보유하 고 있었던 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① 원고는 차입금에 대하여 높은 대출이자를 부담하고 있음에도 불구하고 차입금을 상환하지 아니한 채 거액을 낮은 이율의 이 사건 예금에 예탁한 후 이를 담보로 하여 특수관계에 있는 AAAA신약 퉁이 대출을 받을 수 있도록 편의를 제공한 점，② 원고의 지급이자와 수업이자 사이에 차이가 있어서 이로 인한 원고의 수엽의 감소가 따르는 점, ③ 원고가 이와 같이 수입감소를 감수하면서 이 사건 예금의 형태로 현금자산을 보유 하고 있었던 것은 사업목적상 유동성을 확보하기 위함이라는 것인데， 이 사건 담보제 공행위로 인하여 그 순간부터는 유동성 확보라는 당초 현금자산의 보유 목적이 몰각되는 점，④ 기존에 보유하고 있던 예금이라 할지라도 AAAA신약 등을 위하여 담보제공되어 유동성을 상실한 이후에는 지급이자와 수입이자 사이의 차이로 인한 원고의 수입감소는 더 이상 기존 예금을 보유함으로써 발생하는 것으로 볼 수는 없고， 기존 예금을 담보제공함으로써 발생하는 것으로 보아야 하는 점，⑤ 원고는 2007 사업연도를 제외 하면 장단기차입금(회사채 제외)을 상환하고도 남을 만큼의 현금성 자산을 보유하고 있었던 점，⑥ 원고의 현금성 자산액 대비 담보제공예금액 비율이 2004 사업연도에 89.59%， 2005 사업연도에는 59.89%에 달하는 점，⑦ AAAA신약 등이 대출금을 변제하지 않을 경우 담보권 실행으로 이 사건 예금을 상실하게 될 위험도 있었던 점，⑧ AAAA신약 등에 대한 자금지원이 원고의 영업이익의 증가와 직접적인 관련이 있다고 보기 어려운 점，⑨ 원고가 다액의 현금성 자산을 보유하고 있어야 할 구체적인 사정이나 원고가 AAAA신약 등에게 이 사건 예금을 담보로 제공하여야 할 특별한 경영상의 필요가 인정되는 것으로 보기 어려운 점，⑩ 기존에 보유하고 있던 예금을 담보로 제공한 경우와 신규로 예금을 예치함과 동시에 담보로 제공한 경우는 경제적 합리성을 판단함에 있어 하냐의 판단요소로 고려될 수는 있으나 담보제공에 따른 유통성 상실이라는 측면 에서는 차이가 없는 점，⑪ 이 사건 예금 중 순번 8， 9는 원고가 AAAA신약 등을 위하여 신규로 예금을 예치함과 동시에 담보로 제공한 것으로 보이는 점 등을 종합하면， 이 사건 담보제공행위는 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성이 결여 된 비정상적인 거래로서， 구 법인세법 시행령(2007. 7. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제88조 제l항 제9호 소정의 '같은 항 제6호의 금전을 시가보다 낮은 이율로 우회적으로 대부한 경우에 준하는 행위 또는 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 행위l에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

"구 법인세법 시행령 제89조 제3항은 "제88조 제l항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제 부령이 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다"고 규 정하고 있는바， 행위계산의 부당성에 관한 판단에 있어， 구 법인세법 제52조가 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시키는 ... 경우'를 부당행위계산 부인의 요건으로 규정하고 있는 만큼 조세부담 감소의 판정은 당해 법인을 기준으로 할 수밖에 없는 점(대법원 2000. 2. 11. 선고 97누13184 판결 참조) 등에 비추어 볼 때，부당행위 계산 부인액을 산정함에 있어서도 당해 법인의 조세부담 감소액을 기준으로 산정할 수 밖에없고(이 사건의 경우，원고가 차입금에 대하여 높은 대출이자를 부담하고 있음에도 차입금을 상환하지 아니한 채 낮은 이율로 예탁되어 있는 이 사건 예금을 특수관계에 있는 AAAA신약 등이 대출을 받는데 담보로 제공하여 지급이자와 수입이자의 차이만 큼 원고의 수입이 감소함으로써 원고의 조세부담이 감소하였다)，원고의 이 사건 담보 제공행위가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 소정의 '같은 항 제6호의 금전을 시가보다 낮은 이율로 우회적으로 대부한 경우에 준하는 행위 또는 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 행위l에 해당함은 앞에서 본 바와 같으므로，구 법인세법 시행령 제89조 제3항 본문에 준하여 당좌대출이자율을 시가로 보고，거기서 이 사건 예금의 수입이자를 차감하여 부당행위계산 부인액을 산정한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 위 주장은 이유 없다.",라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.