2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/6은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 화성시 향남면 동오리 00-1에서 고철 및 비철도매업을 영위하는 법인으로, 김BB이 운영하는 ○○메탈로부터 별지 1 세금계산서 내역 기재과 같이 2008년 제1기분 부가가치세 과세기간에 64,377,250원, 2008년 제2기분 부가가치세 과세기간에 합계 1,198,123,340원의 매입세금계산서를 수취하였고, 주식회사 ☆☆☆금속(2007.2.9.주식회사 HM에이에프씨라는 상호로 설립된 후 2008. 3. 25. 주식회사 ☆☆☆금속으로, 2008. 7. 24. 주식회사 ☆☆이탑으로 상호가 변경되었는바, 이하 '☆☆☆금속'이라 한다)으로부터 별지 2 세금계산서 내역 기재와 같이 2008년 제1기분 부가가치세 과세 기간에 합계 366,783,250원의 매입세금계산서를 수취하였다면서, 피고에게 부가가치세 신고시 매출세액에서 위 각 세금계산서상의 매입세액을 공제하여 신고하였다(이하 ○○메탈로부터 받은 세금계산서를 '이 사건 제1세금계산서', ☆☆☆금속으로부터 받은 세금계산서를 '이 사건 제2세금계산서'라 하고, 위 세금계산서를 통칭할 때에는 '이 사건 세금계산서'라 한다).

나. 중부지방국세청장과 동대문세무서장은 각 ○○메탈과 ☆☆☆금속에 대한 자료상 혐의조사 결과 ○○메탈과 ☆☆☆금속을 자료상으로 인정하여 피고에게 이를 통보하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서를 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고, 2009. 11. 11. 원고에게 2008년 제1기분 부가가치세 117,268,950원(같은 과세기간 동안 원고가 MD산업으로부터 수취한 101,308,000원의 세금계산서, SW금속으로부터 수취한 111,588,000원의 세금계산서, DY자원으로부터 수취한 30,213,000원의 세금계산서에 대한 매입세액 불공제에 따른 세액도 포함되어 있다), 2008년 제2기분 부가가치세 210,115,760원(같은 과세기간 동안 원고가 MD산업으로부터 수취한 49,595,000원의 세금계산서에 대한 매입세액 불공제에 따른 세액도 포함되어 있다)을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2010. 2. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 11. 18. 위 심판청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 ○○메탈 및 ☆☆☆금속으로부터 이 사건 세금계산서의 기재와 같이 실제로 폐동을 공급받았으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아니다.

2) 설령 원고가 ○○메탈과 ☆☆☆금속으로 명의를 위장한 제3자로부터 폐동을 공급받은 것이어서 이 사건 세금계산서가 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다 하더라도 원고는 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데 과실이 없어 원고는 선의의 거래당사자에 해당한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) ○○메탈 관련

가) ○○메탈은 2008. 4. 7. 개업하였다가 2009. 4. 9. 직권폐업되었는데, 그 사업자등록에는 대표자가 김BB, 사업장 소재지가 남양주시 진건읍 사능리 000-1, 사업의 종류가 폐전선재활용 도ㆍ소매로 되어 있다.

나) ○○메탈의 위 사업장 소재지에는 30평 규모의 조립식 창고가 설치되어 있는데 그 창고는 폐동을 보관하거나 판매하는 장소로 사용하기에 부적절한 구조로 되어 있고 실제 폐동을 보관한 흔적도 없으며, 그 대표자인 김BB은 고철업을 영위하기 위한 야적장이나 고철계근대, 고철운반을 위한 집게차 등의 기본적인 시설이나 장비를 보유하고 있지 아니하였다.

다) 김BB은 ○○메탈 개업 전에는 비철금속 도소매업에 종사한 일이 전혀 없는 자로서, 2008. 3.경 대리운전으로 소득을 얻고 있던 당시 지인인 오HH로부터 폐동 납품에 관한 일을 주선하여 줄테니 해보라는 제안을 받고 ○○메탈을 개업한 다음, 오HH의 지시에 따라 폐동의 구입을 원하는 업체를 물색하여 그 구매의사가 확인되면 오HH가 지정하는 폐동 보유업체로부터 폐동을 받아 이를 구매업체에 납품하고 ○○메탈 명의로 세금계산서를 교부한 뒤 ○○메탈 명의로 개설된 계좌로 물품대금을 입금받았으며, 그 입금 즉시 이를 여러 계좌에 분산한 뒤 현금으로 출금하여 오HH 등에게 전달하였다. 김BB이 오HH의 지시에 따라 구매업체에 납품하는 폐동은 오HH가 폐동 보유업체(주로 소규모수집상이나 미등록사업자)로부터 무자료거래의 대가로 물품대금의 3-5%를 추가지급하는 것을 조건으로 매입한 것이다.

라) 원고는 2008. 5.경 지인의 소개로 찾아온 ○○메탈의 대표자 김BB을 만나 사업자등록증, 신분증, 통장 사본과 김BB의 명함을 확인한 뒤 2008. 5. 31.부터 2008. 10. 14.까지 ○○메탈로부터 이 사건 제1세금계산서 기재와 같이 합계 1,388,750,649원 (부가가치세 포함)의 폐동 174,134kg을 매입하였는데, 물품이 1톤 이하인 경우에는 김BB이 자신 소유의 차량(포터트럭)을 이용하여 원고의 사업장으로 직접 배송하였고 물품의 양이 그 이상인 경우에는 대형화물차량에 물품을 적재하여 김BB이 화물차량 기사와 함께 동승하여 원고의 사업장으로 배송하였으며, 물품이 원고의 사업장에 도착하면 원고측 직원이 김BB이 입회한 자리에서 이를 계량한 뒤 김BB에게 계량증명서와 거래명세표를 교부하였고, 김BB은 원고에게 세금계산서를 교부하였다.

마) 원고는 위 거래기간 동안의 매입액 합계 1,388,750,649원을 이 사건 제1세금계산서에 각 기재된 작성일 당일이나 그 직후에 모두 ○○메탈 명의의 금융계좌로 송금하였는데, 그와 같이 송금된 돈은 대부분 ○○메탈 개업 이후 개설된 김BB 명의의 8개 계좌와 그 처 이YY 명의의 3개 계좌로 다시 송금된 후 20,000,000원 미만의 금액으로 나뉘어 현금으로 인출되었다.

바) 원고는 위와 같이 구입한 폐동을 2008. 6. 2.부터 2008. 10. 15.까지 □□태광금속 주식회사 또는 △△씨더블유 주식회사에 kg당 100-550원의 수익을 남기고 판매하였다.

사) 한편 중부지방국세청장의 ○○메탈에 대한 세무조사결과, ○○메탈은 2008년에 총 4,152,000,000원의 가공매출세금계산서를 발행ㆍ교부하고 총 25,000,000원의 가공매입세금계산서를 수취한 사실이 확인되어 자료상으로 고발되었고, 또한 ○○메탈이 사업자가 아닌 개인들로부터 수집한 것이라고 하면서 신고한 재활용폐자원 매입금액은 100%가 거래상대방과의 거래사실이 없는 것으로 밝혀졌다.

2) ☆☆☆금속 관련

가) ☆☆☆금속은 2007. 2. 9. 주식회사 HM에이에프씨라는 상호로 설립된 후 아래와 같이 법인명을 2회, 대표이사 및 사업장을 3회 변경하였다. [아래 표 생략]

나) ☆☆☆금속의 위 최종사업장 소재지인 서울 마포구 공덕동 000-62 마포빌딩 201호는 오LL이 'GD토건'이라는 상호로 운영하는 사업장의 소재지로 ☆☆☆금속에게 이를 보증금 1,000만원에 전대한 것으로 되어 있으나, ☆☆☆금속이 보증금 및 윌세를 지급한 내역이 확인되지 않고 ☆☆☆금속의 사무집기 등도 존재하지 않는다.

다) 원고는 2008. 5.경 지인의 소개로 찾아온 ☆☆☆금속의 대표이사인 민NN을 만나 사업자등록증을 받고 법인등기부등본을 확인한 후 2008. 6. 2.부터 2008. 6. 13. 까지 ☆☆☆금속으로부터 이 사건 제2세금계산서 기재와 같이 합계 403,461,575원(부가가치세 포함)의 폐동 48,033kg을 매입하였는데, ☆☆☆금속 측에서 원고의 사업장으로 폐동을 직접 운반하거나 원고가 ☆☆☆금속의 임시작업장이라고 하는 화성시 팔달면 매곡리 000-10에 직접 가서 폐동을 운반하여 오기도 하였다. 그런데 화성시 팔달면 매곡리 000-10은 박PP이 'QQ자원'이라는 상호로 비철금속 도소매업을 운영하는 사업장 소재지로 등록된 곳이다.

라) 원고는 위 거래기간 동안의 매입액 합계 403,461,575원을 이 사건 제2세금계산서에 각 기재된 작성일 당일이나 그 직전ㆍ직후에 모두 ☆☆☆금속 명의의 금융계좌로 송금하였고, 그 입금된 돈 중 384,905,000원은 입금 당일 실판매자로 추정되는 장RR 또는 이SS, 임TT 계좌로 다시 송금되었으며 나머지는 현금으로 인출되었다.

마) 원고는 위와 같이 구입한 폐동을 2008. 6. 2.부터 2008. 6. 14.까지 □□태광금속 주식회사 또는 △△씨더블유 주식회사에 kg당 150-900원의 수익을 남기고 판매하였다.

바) 한편 동대문세무서의 ☆☆☆금속에 대한 세무조사결과, ☆☆☆금속은 2008년에 총 5,641,212,000원의 가공매출세금계산서 80매를 발행ㆍ교부하고, 총 5,554,120,000원 의 가공매입세금계산서 26매를 수취한 것으로 확인되어 자료상으로 고발되었고, 그 신고한 매입금액 5,205,695,000원 중 98.9%에 달하는 5,148,539,000원이 거래상대방과의 거래사실이 없는 것으로 밝혀졌다.

[인정근거] 갑 제6 내지 23호증, 을 제2 내지 4, 7, 8, 10호증의 각 기재, 증인 김BB 의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서인지 여부

가) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이라고 할 것이다.

나) 먼저 이 사건 제1세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서인지에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 의하여 알 수 있는 바와 같이 ○○메탈은 그 매입액의 100%가 공으로 확정된 자료상으로서 사실상 중간유통업자라 할 수 있는 오HH의 지시에 따라 구매업체를 물색한 뒤 오HH가 지정한 폐동 보유업체로부터 폐동을 받아 구매업체에 운송해 주고 그에 관한 세금계산서 발행과 은행계좌 입출금 업무만 ○○메탈 명의로 대행한 것으로 볼 수 있는 점, 또한 ○○메탈은 사업을 영위할 수 있는 기본적인 시설을 갖추고 있지 아니하였던 점, 원고가 ○○메탈 명의 계좌로 송금한 금액은 즉시 여러 계좌로 분산이체된 뒤 현금으로 인출되거나 타인에게 송금되는 등 자금의 흐름이 정상적인 거래로 보기 어려운 점 등을 종합하면, 원고에게 이 사건 제1세금계산서 기재의 폐동을 실제 공급한 자는 ○○메탈이라고는 보기 어려우므로, 결국 이 사건 제1세금계산서는 그 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

다) 다음으로 이 사건 제2세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서인지에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 의하여 알 수 있는 바와 같이 ☆☆☆금속은 그 매입액 중 98.9%가 가공으로 확정된 자료상이어서 원고에게 이 사건 제2세금계산서 기재와 같이 공급할만한 폐동을 실제 확보하였다고 보기 어려운 점, 또한 ☆☆☆금속은 사업을 영위할 수 있는 기본적인 시설을 갖추고 있지도 않았다고 보이는 점, 원고가 ☆☆☆금속 명의 계좌로 송금한 금액은 그 일부가 실판매자로 추정되는 자에게 이체되고 나머지는 모두 현금으로 인출된 점 등을 종합하면, 원고에게 이 사건 제2세금계산서 기재의 폐동을 실제 공급한 자는 ☆☆☆금속이라고는 보기 어려우므로, 결국 이 사건 제2세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

2) 원고가 선의ㆍ무과실이었는지 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 그 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002.6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

또한 재화나 용역을 공급받는 자에게 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무까지는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있는 경우에만 그 상대방이 위장사업자라 는 사실을 알지 못한 데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다.

나) 먼저 이 사건 제1세금계산서의 명의위장사실에 대하여 원고가 선의ㆍ무과실이었는지에 관하여 본다. 위에서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 들, 즉 원고는 이 사건 제1세금계산서를 교부받기 이전에는 ○○메탈과 거래관계가 없었던 점, 원고가 ○○메탈과 거래를 개시할 당시 ○○메탈의 사업자등록증, 대표자 김BB의 신분증, 통장 사본과 김BB의 명함을 확인함으로써 ○○메탈의 실체에 관하여 의심할만한 별다른 사정은 없었던 점, 김BB은 원고에게 납품할 폐동을 운반하고 이를 원고의 사업장에서 계근할 때마다 항상 입회하였던 점, 원고가 ○○메탈로부터 구입한 폐동을 다른 업체에 일정한 수익을 남기고 다시 판매한 사정이나 그 구입시기 전후에 걸쳐 거래당사자 사이에 이루어진 자금의 흐름에 비추어 볼 때 원고는 이 사건 제1세금계산서의 매입액에 상당하는 폐동을 실제 매입한 것으로 인정되는 점, 원고가 ○○메탈로부터 매입한 폐동의 단가가 정상적인 거래에 비추어 특별히 저렴하다는 등 원고의 입장에서 ○○메탈이 공급하는 폐동의 유통경로가 비정상적인 것이라고 의심할 만한 사정이 달리 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 제1세금계산서를 교부받을 당시 ○○메탈의 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없었다고 볼 수 있다.

다) 다음으로 이 사건 제2세금계산서의 명의위장사실에 대하여 원고가 선의ㆍ무과 살이었는지 에 관하여 본다.

앞서의 인정사실에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 제2세금계산서를 교부받기 이전에는 ☆☆☆금속과 거래관계가 없었던 점, 원고가 ☆☆☆금속과 거래를 개시할 당시 법인등기부상 ☆☆☆금속의 대표이사로 등재된 민NN이 직접 거래를 제안하였고 ☆☆ 이금속의 사업자등록증 및 그 명의의 통장 사본을 받아 이를 확인한 점, 원고가 ☆☆☆금속으로부터 구입한 폐동을 다른 업체에 일정한 수익을 남기고 다시 판매한 사정이 나 그 구입시기 전후에 걸쳐 거래당사자 사이에 이루어진 자금의 흐름에 비추어 볼 때 원고는 이 사건 제2세금계산서의 매입액에 상당하는 폐동을 실제 매입한 것으로 인정 되는 점, 원고가 ☆☆☆금속으로부터 매입한 폐동의 단가가 정상적인 거래에 비추어 특별히 저렴하다는 등 ☆☆☆금속이 공급하는 폐동의 유통경로가 비정상적인 것으로 의심되는 별다른 사정이 엿보이지 아니하는 점, 이 사건 제2세금계산서에 관한 실물거래가 이루어진 장소 중 일부가 ☆☆☆금속의 사업장이 아닌 다른 사업자의 화성시 소재 야적장이었던 사정도 있으나 비철금속을 수집ㆍ판매하는 업체가 본점이 아닌 다른 장소에 야적장을 두는 것이 이례적인 것이라 보기는 어려운 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 제2세금계산서를 교부받을 당시 ☆☆☆금속의 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없었다고 볼 수 있다. (다만 을 제15, 16호증의 각 기재에 의하면, ☆☆☆금속에 대한 자료상혐의 조사과 정에서 ☆☆☆금속의 대표이사로 등재된 바 있는 민NN은 '일정한 대가를 지급하겠다는 이WW의 소개로 ☆☆☆금속의 대표이사로 취임하여 사업자등록을 신청하고 법인통장을 개설한 뒤 법인인감과 통장을 이WW에게 모두 건네준 일이 있으나 자신이 직접 폐동을 거래처에서 인수하여 운송하는 등으로 비철금속사업에 관여한 일은 없다'고 진술한 사실을 인정할 수 있는바, 설령 위 진술대로 민NN이 비철금속사업과 관련된 업무를 실제로 담당하지 않았다 하더라도 앞서 본 사실관계에 의하면 민NN은 이WW 등이 ☆☆☆금속 명의로 위와 같은 사업을 영위하는 것을 용인하였다 할 것이고 그러 한 상황에서 이WW 등이 원고를 찾아가 ☆☆☆금속의 대표이사 행세를 한 것이라 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 ☆☆☆금속을 폐동의 실제 공급자라고 믿은 것에 과실이 있다고 보기는 어렵다)

라) 따라서 원고는 선의의 거래당사자에 해당한다 할 것이므로 이와 다른 전제에 서 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3) 이 사건 처분의 취소 범위

그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분에는 이 사건 세금계산서 외에도 원고가 다른 업체로부터 수취한 세금계산서에 대한 매입세액 불공제에 따른 세액도 포함되어 있는바, 이 사건 세금계산서의 매입세액만을 불공제하여 산출된 부가가치세액은 아래 표 기재와 같으므로 2008년 제1기분 부가가치세 117,268,950원의 부과처분 중 74,987,434원을 초과하는 부분 및 2008년 제2기분 부가가치세 210,115,760원의 부과처분 중 201,763,969원을 초과하는 부분은 이 사건 세금계산서 외에 원고가 다른 업체로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제함에 따라 산출된 세액에 대한 것으로서, 이 부분의 적법성에 대하여는 원고가 사실상 다투고 있지 아니하므로 이를 그 취소의 범위에서 제외하기로 한다. 따라서 이 사건 처분은 2008년 제1기분 부가가치세 117,268,950원의 부과처분 중 42,281,517원(= 117,268,950원 - 74,987,434원)을 초과하는 부분 및 2008년 제2기분 부가가치세 210,115,760원의 부과처분 중 8,351,798원(= 210,115,760원 - 201,763,969원)을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.