2.원고의 청구를 기각한다.

3.소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2008.4.1.원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 6,262,700원의 부과처분을 취소한다.

2.항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 1986.5.21.○○ ○○구 ○○동 167-10 대 270.4㎡(이하'이 사건 토지')를 취득하였고, 1995.7.14.경 이 사건 토지 및 인접한 같은 동 167-11 지상의 5층 근린생활시설 및 주택 건물 1,014.3㎡(지층 156.60㎡, 1~5층 각 167.40㎡으로 그 중 상가부분은 706.98㎡, 주택 부분은 286.62㎡이고, 그 외 옥탑 20.70㎡으로 되어 있다. 이하'이 사건 건물'이라 하고, 위 토지와 함께'이 사건 부동산'이라 한다)를 신축하여 강AA과 함께 각 1/2지분을 보유하여 왔다.

나. 원고는 2005.12.28.주식회사 △△리(이하'△△리')에게 이 사건 부동산을 37억 5,000만 원에 양도하기로 하는 매매계약(이하'이 사건 매매계약')을 체결하였다가 주식회사 ◇◇구(이하'◇◇구')가 이 사건 매매계약에 따른 매수인 지위를 승계함하기로 함에 따라(이에 원고와 ◇◇구와 사이에 매매계약일을 2005.12.28.로 하는 부동산매매계약서가 작성되었다), 2007.12.31.까지 ◇◇구로부터 이 사건 부동산의 매매잔대금을 모두 지급받음으로써 이 사건 부동산을 양도하였다.

다. 원고는 2007.1.31.피고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득 과세표준신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액으로 하여 총 37억 5,000만 원(이 사건 토지의 양도가액 27억 5,000만 원 + 이 사건 건물의 양도가액 10억 원), 취득가액은 위 각 양도가액을 기초로 계산한 환산가액 총 1,823,664,946원(이 사건 토지 취득가액 1,145,154,250원 + 이 사건 건물 취득가액 678,510,696원)으로 하고, 여기에 주택부분에 대한 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 계산한 양도소득세 420,959,898원을 자진납부하였다가, 2007.8.17.주택부분의 장기보유특별공제율이 45%임에도 이를 잘못 적용하여 납부하였다는 이유로 이를 적용하여 산정한 양도소득세액 392,989,579원과의 차액 27,970,320원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 그런데 피고는 2008.4.1.원고가 1세대 1주택으로 주택부분을 15년 이상 보유하여 이에 대한 장기보유특별공제율이 45%로 적용되어야 함은 타당하나, 당초 원고가 양도소득세 자진신고・납부 당시 양도소득세액 계산의 기초로 삼은 이 사건 토지와 건물의 총 양도가액 중 건물의 구분 양도가액 10억 원에 대한 근거가 불분명하다고 하여, 소득세법 시행령 제116조 제6항에 따라 이 사건 토지와 건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분 계산할 경우 취득가액은 총 1,692,822,750원(이 사건 토지 취득가액 1,268,538,446원 + 이 사건 건물 취득가액 424,284,304원)이 되므로, 이를 기초로 양도소득세액을 산정할 경우 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세액은 합계 427,222,606원이라는 이유로(주택부분에 대한 장기보유공제율은 45%를 적용), 위 양도세액 중 이미 납부된 세액 420,959,898원을 공제한 6,262,700원을 원고의 2007년 귀속 양도소득세로 추가로 경정, 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 1,2호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 1,2,3,9,11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 부동산에 대한 매매계약 당시 매수인과 사이에 이 사건 부동산의 총 매매대금 37억 5,000만 원 중 이 사건 건물의 가액을 10억 원으로 하기로 구두 약정하였고, 그 후 이 사건 매매계약서에도 건물의 가액을 10억 원으로 구분 기재하였음에도 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우로 보고 한 이 사건 처분은 부적법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)을 7 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태 보면, ◇◇구 대표이사 BB태는 2008.2.27.서대문세무서 직원과 통화하고, 2009.1.20.○○세무서 직원과 통화하면서 '건물가액을 따로 정한 사실이 없다'는 취지로 진술한 사실, ◇◇구가 ○○구청에 제출한 이 사건 부동산의 검인계약서(을 8호증)에는 원고가 제출한 부동산매매계약서(갑 3,4호증)와는 달리 이 사건 건물의 가액란이 공란으로 되어 있는 사실, 당초 원고로부터 이 사건 부동산을 매수하려고 하였던 △△리와 그 매매계약을 승계한 ◇◇구는 위 부동산을 매수한 다음 이 사건 건물을 철거하고 주상복합상가를 신축하려고 예정하였던 사실, 원고와 함께 이 사건 건물의 지분을 보유하던 강AA도 그 소유의 토지와 아울러 위 건물지분을 ◇◇구에게 매도하였는데, 이에 따라 ◇◇구가 ○○구청에 제출한 검인계약서에도 건물 가액은 기재되지 않은 사실을 각 인정할 수 있다.

(2)위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하여 나타난 아래와 같은 여러 사정에 비추어, 원고가 이 사건 부동산을 양도할 당시 매수인과 사이에 이 사건 건물의 양도가액을 토지가격과 분리하여 따로 10억 원으로 구두약정 하였다는 원고 주장에 부합하는 갑 7호증의 기재와 제1심 증인 김CC의 증언은 채용할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

①매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되는바(대법원 19934.9.선고 93누2353 판결 참조), ◇◇구가 원고 및 강AA으로부터 이 사건 건물 등을 매수하고 관할 관청에 제출한 각 검인계약서에는 이 사건 건물의 가액이 기재되어 있지 않다.

②원고는 이 사건 토지의 시세가 5,454,400/㎡이므로 이 사건 건물의 가액을 10억 원으로 정한 것은 적정하다는 취지로 주장하나, 위 ㎡당 토지가액은 강AA이 인근 토지를 수용당하면서 지급받은 보상금에 지나지 아니하므로, 이를 당사자의 약정에 의한 매매가액을 추정하는 근거로 삼기에는 적당하지 않다.

③또 원고는 이 사건 부동산에 관한 매매계약 당시 이 사건 건물의 임대보증금 총액을 기준으로 위 건물의 매매가액을 산정하였다고 하나, 위 건물의 매매가액을 그와 같은 방법으로 산정할 만한 아무런 근거가 없으므로 위 주장가액을 객관적이고 합리적인 매매가액이라고 볼 수도 없다.

④이와 아울러 원고는 이 사건 건물의 매매가액이 적정한지 여부에 관하여 검토 할 필요가 있고, 건물가액에 따라 양도소득세 등 세금 문제가 달라질 수도 있으므로, 거래가 최종적으로 완료되는 잔금시점까지 건물매매가액을 변경할 여지를 남겨두기 위하여 매매계약서에 건물가액란을 공란으로 두었다고 주장한다. 그러나 원고의 위 주장 자체에 의하더라도 원고는 매수인과 사이에 위 건물가액을 명확하게 정하였다고 볼 수가 없으며, 이 사건 양도소득세 신고를 할 무렵 조세 부담의 편의를 위하여 ◇◇구와는 아무런 합의도 없이 위 매매계약서에 건물매매가액을 기재한 것으로 보인다.

⑤통상적으로 건물의 대지를 이용하기 위하여 그 지상건물을 함께 매수하는 경우 매 수인의 입장에서는 장차 철거예정인 건물의 가액은 별로 중요한 사항이 되지 못하는데, 이 사건의 경우 만일 이 사건 건물 가액이 10억 원이라면 ◇◇구는 위 건물의 기준시가보다 6배 이상 높은 가격으로 위 건물을 매입하는 셈이 된다.

(3)결국 이 사건 부동산의 양도는 토지와 건물을 함께 양도한 경우로서 그 가액의 구분이 불분명한 때에 해당된다. 따라서 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이므로, 이와는 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3.결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이나, 제1심 판결은 결론을 달리하였으므로 부당하여 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.