청구법인은 대구광역시 북구 OO동 OOOOO 소재 대지 1,538.5㎡ 및 동 지상건물 1,552㎡(이하 “구공O”이라 한다)에서 전동기제조업을 영위하다가 사업전환을 위하여 이를 90.1.16 양도하고 대구광역시 달서구 OOOO OOOO OOO OOOO OOOOO에 신공O을 신축하여 “도어록”제조업을 영위하고 있는 법인이다.

청구법인은 구공O양도일이 속하는 사업년도의 법인세신고시 구공O 양도에 따라 발생한 소득에 대한 법인세, 특별부가세액면제 신청서를 처분청에 제출하였다.

처분청은 청구법인이 구공O 양도일로부터 1년이내에 신공O의 공사를 시공한 바 없으므로 구 조세감면규제법 제45조의2에 의한 법인세 특별부가세가 면제되지 아니하지만 구 공O이 대구광역시에 수용되었다 하여 특별부가세는 면제하여 90.1.1～12.31 사업년도 법인세 184,137,860원을 94.5.18 청구법인에게 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.6.27 심사청구를 거쳐 94.10.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주O 및 국세청O 의견

가. 청구법인 주O

1) 청구법인은 사업전환을 하기 위하여 구공O을 90.1.16 양도하고 구공O 양도일로부터 1년이내인 91.1.9 관할구청으로 부터 신공O 건축허가를 받았으며 신공O착공신고서에도 공사예정기간이 91.1.10 부터 91.7.30 까지로 되어 있는 점으로 보아서도 단순히 관할구청에의 공사착공신고서 접수일이 91.1.19 로 되어 있다 하여 구공O 양도일로부터 1년이내에 공사시공이 없었다고 보아 구공O 양도에 따른 법인세를 면제하지 아니함은 부당하며,

2) 구조세감면규제법 시행령 제38조의2 제6항에서 구공O 양도후 1년이내에 신공O의 신축공사를 시공하고 공사시공후 2년이내에 준공하도록한 취지는 전환사업을 개시하는데 있으며 그후 동시행령이 개정되어 전환적 사업의 양도일로부터 3년이내에 신공O을 준공하여 전환사업을 개시하도록 개정된 것을 보아서도 구공O 양도일로부터 3년이내에 신공O을 준공하여 사업을 개시하였으므로 구공O 양도에 따른 법인세를 면제하여야 한다.

나. 국세청O 의견

청구법인의 신공O 착공신고서가 91.1.19 접수되어 구공O 양도일인 90.1.16로 부터 1년이 경과되었을 뿐만 아니라 착공신고시 공사시공업체인 (주)OO건설이 착공을 하지 않은 것으로 확인되고 그후 91.7.31자에 (주)OO종합건설과 공사도급계약을 체결하여 91.8.31자에 달서구청에 공사시공자변경신고서가 제출되어 91.8.31에야 최초로 공사비 114,000,000원이 발생된 것이므로 구공O 양도후 1년이내에 시공하여야 함에도 시공하지 않은 것이 확인되어 조세감면을 배제하여 법인세등을 과세함은 정당하며 중소기업의 전환전사업의 사업용 자산을 먼저 양도하고 공O을 신설하는 때에는 전환전 사업의 사업용자산 양도일로부터 1년이내에 시공하고 시공일로부터 2년이내에 준공하여 전환사업을 개시하여야 한다고 규정하고 있어 개정된 조세감면규제법시행령 제38조의 2에서 전환전 사업의 사업용 자산 양도일로부터 3년이내에 준공하여야 하는 것과는 다르며 조세감면규제법의 규정은 다른 납세자와 다르게 조세의 감면에 관한 규정이므로 엄격하게 해석해야만 하는 점에서 새로운 신법을 적용하라는 청구주O은 받아 들일 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 청구법인의 구공O 양도에 따라서 발생한 소득에 대한 법인세가 면제되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 구공O 양도당시(90.1.16)시행된 구 조세감면규제법 제45조의12 제1항은 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 당해 사업용 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제하도록 규정하고 있다.

동 규정에 따라서 구조세감면규제법 시행령(91.12.31 대통령령 제13545호로 개정되기 전임) 제38조의2 제5항은 전환전의 사업용 자산을 먼저 양도하고 공O을 신설하는 경우에는 전환전 사업의 사업용자산양도일로 부터 1년이내에 신공O의 공사를 시공하고 시공일로 부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하도록 규정하고 있다.

다. 청구법인의 경우 구공O을 대구광역시에 90.1.16 수용당하고 신공O 신축을 위한 건축허가를 91.1.9 관할구청으로부터 받은 후 (주)OO건설을 시공자로 하여 91.1.19 신공O 건설착공신고서를 관할구청에 제출한 사실을 관련증빙에 의하여 확인되고 있으나 (주)OO건설이 공사를 착공한 사실은 없으며, 이에 대하여는 처분청 및 청구법인이 다투지 아니한다.

그후 청구법인은 신공O의 건설을 위한 시공자를 (주)OO건설로부터 (주)OO종합건설로 변경하는 시공자 변경신고서를 91.8.13 관할구청에 제출하였고 91.8.31 에 공사비 114,000,000원이 지출되었음이 공사시공자 변경서등의 제증빙에 의하여 인정되고 있다.

그러하다면 신공O은 시공자가 변경된 91.8.13 이후에야 공사가 시작되었다고 하여야 할 것이며 이는 구공O 양도일(90.1.16)로부터 1년이 지난 시점이라 하겠으므로 구공O 양도에 따른 법인세는 전시 구 조세감면규제법 제45조의2의 규정에 의하여 면제되지 아니한다 하겠다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주O이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.