2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 조세감면규제법은 우량주식의 공급확대를 통해 자본시장이 건전하게 발전할 수 있도록 지원하기 위하여 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하고자, 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되면서 신설된 제56조의2 제1항에서 "증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니 한다 라고 규정하였다. 한편, 구 법인세법 (1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액 계산상 익금에 산입되지 아니하고, 또한 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감각상각비나 양도차익 등을 산정하도록 되어 있었다.

나. 원고는 아스팔트 및 석유류제품과 그 부제품의 제조판매 및 수출입업, 토목, 건 축, 포장, 철강재설치, 준설, 조경공사업 등을 목적으로 설립된 비상장법인으로서, 위와 같이 기업공개시의 재평가특례를 규정한 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제

4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2의 규정에 따라 주식을 상장하는 것을 전제로 1990. 1. 1.을 재평가일로 삼아 자산재평가를 실시하였고(이하 '이 사건 재평가'라 한다), 1990. 3. 30.경 피고에게 자산재평가 신고를 하였다.

다. 피고는 1990. 7. 10.경 자산재평가법(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 개정되기 전 의 것) 제9조, 제12조 등을 적용하여 원고에게 재평가차액 3,855,281,065원(이하 '이 사건 재평가차액'이라 한다)에 대한 재평가세 115,658,240원(이하 '이 사건 재평가세'라 한다)을 부과하였고(이하 '이 사건 재평가세 부과처분'이라 한다), 원고는 그 무렵 이 사건 재평가세를 납부하는 한편, 자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액은 익금에 산 입하지 아니한다는 구 법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하여 이 사건 재평가차액을 익금에 산입하지 아니하였다.

라. 그 후 기업공개시 재평가특례를 규정한 구 조세감면규제법과 그 시행령 등 관련 법령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장 되었으나, 원고는 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다(이하 '주식미상장'이라 한다).

마. 원고는 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 못하게 되자, 2003. 12. 30. 이 사건 재평가차액을 법인세법상 임의평가차익으로 보아 원고의 1990사업연도의 익금에 산입하고, 1990사업연도 법인세 1,737,769,093원 및 방위세 434,422,273원을 신고・납부하였다.

바. 이에 피고는 2004. 1. 17. 원고가 위와 같이 신고・납부한 법인세에 대한 가산세 1,935,746,080원, 방위세에 대한 가산세 57,829,210원을 부과하였고, 같은 날 원고가 상장기한 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 않아 조세감면규제법 부칙(제4285

호, 1990. 12. 31.) 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제 17458호로 개정된 것, 이하 같다) 제138조의 규정에 따라 이미 행한 이 사건 재평가 를 자산재평가법에 의한 재평가로 볼 수 없게 되었다는 이유로 이 사건 재평가세 부과 처분을 직권취소하고 원고에게 원고가 납부한 이 사건 재평가세액에 해당하는 국세환급금과 이 사건 재평가세액의 납부일 다음날부터 기산한 환급가산금 152,223,590원 (이하 '이 사건 환급가산금'이라 한다)을 환급하였다.

사. 원고는 피고의 위 2004. 1. 17.자 법인세 등 부과처분에 불복하여 국세심판원에 취소심판청구를 하였고, 국세심판원은 2005. 4. 29. 위 법인세 등에 대한 가산세 부과 처분을 취소하는 결정을 하였다.

아. 그 후 재정경제부는 2006. 3. 22. '동일한 자산재평가차익에 대하여 감면한 법인세를 과세하면서 이미 납부한 재산재평가세를 환급하는 경우 법인세 가산세와 자산재평가세 환급가산금은 서로 밀접한 관계에 있으므로 동 기간에 해당하는 법인세 가산세를 부과하지 아니한 경우에는 납부한 자산재평가세 환급가산금도 지급하지 아니한다'라는 취지의 예규(조세정책과-363호)를 제정하였고 피고는 이를 근거로 2006. 8. 14. 이 사건 환급가산금을 징수하는 내용의 이 사건 부과처분1)을 하였다.

자. 원고는 2006. 11. 20. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 7. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1 내지 4 을 1 내지 4호증 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

가) 자산재평가세 환급가산금과 법인세 가산세는 법적인 성격과 부과근거가 전혀 다른 것이므로 법인세 가산세를 징수하지 못하였다는 이유로 환급가산금을 지급하지 아니하는 것은 부당하다.

나) 또한 다음과 같은 이유로 이 사건 환급가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호에서 정한 이 사건 재평가세의 납부일 다음날로 보아야 하므로 이와 다른 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

① 조세법상의 엄격해석의 원칙상 국세기본법 제52조 제1호의 " ..... 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 '취소'함으로 인하여..... 에서 규정된 '취소'의 의미는 쟁송에 의한 취소인지 직권취소인지 여부를 불문하고, 납부 당시 위법 사유가 존재하는지 아니면 납부 이후에 발생한 후발적인 사유에 의한 취소인지 여부나 납부자에게 귀책사유가 있었는지 여부를 불문하고 적용된다. 그런데 이 사건 환급가산 금은 이 사건 재평가세를 납부한 이후에 발생한 주식미상장이라는 후발적인 경정사유 에 의하여 이 사건 재평가세 부과처분을 직권취소함으로 인하여 발생한 것이므로, 이 사건 환급가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호에 따라 '그 납부일 다음날'이 되어야 한다.

② 설령 아래의 피고 주장과 같이 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 위법한 납부에 대한 취소의 경우에만 적용된다고 하더라도, 이 사건은 원고의 주식미상장으로 인하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하게 되는 결과 당초 자산재평가세의 납부 자체가 소급적으로 위법하게 되는 후발적인 경정사유가 발생한 것이므로, 여전히 국세기본법 제52조 제1호가 적용된다(이 사건 자산재평가세의 납부는 주식미상장이라는 해제조건의 성취에 따라 그 효력이 좌우될 수 있었으므로 확정적으로 적법한 납부라고 볼 수 없다).

2) 피고

가) 동일한 자산재평가차액에 대하여 감면된 법인세 등을 부과하면서 납부한 재평가세액을 환급하는 경우 법인세 등과 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있으므로, 2003. 12. 31.까지 미납부 가산세 등을 징수할 수 없다면, 동일한 자산재평가차액에 대하여 이미 납부한 재평가세액을 환급함에 있어서도 법인세 등 가산세를 징수하지 아니하는 기간에 대해서는 환급가산금을 가산하지 않는 것이 당연하다.

나) 나아가, 당초 피고가 이 사건 재평가세 납부일 다음날을 기산일로 하여 환급 가산금을 지급한 것은 다음과 같은 이유로 잘못된 것이므로 이를 바로 잡기 위한 이 사건 부과처분은 적법하다.

① 피고가 이 사건 재평가세 부과처분을 직권취소하게 된 근본원인은 기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법 등 관계법령의 개정에 기인한 것이고, 이와 같은 관계법령의 개정으로 인하여 자산재평가세는 과세근거가 없어진 것이므로 위 국세환급금은 국세기본법 제52조 제5호에서 정한 '적법하게 납부된 후 이루어진 법률의 개정에 의한 국세환급금'에 해당하거나 적어도 위 규정이 준용되어야 한다.

② 당초 이 사건 재평가세 부과처분은 아무런 흠이 없는 적법한 것이었고, 원고의 주식미상장이라는 사실이 발생할 때까지 피고가 납부된 재평가세액을 보유하는 것은 법률상 원인이 있었기 때문에 국세환급금을 지급함에 있어 이 사건 재평가세의 납부일 다음날부터 기산한 환급가산금을 가산하여 지급할 이유가 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 법인세 등에 대한 가산세를 징수하지 않은 기간에 대하여는 이 사건 재평가세에 대 한 환급가산금을 가산하지 않아야 하는지 에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이고(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조), 한편 환급가산금은 조세 당국이 부당이득의 성질을 가지는 환급금에 대한 법정 이자의 성격을 가지는 것으로(대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 등 참조), 이는 서로 그 법적성질을 달리하는 것이므로, 원고에 대하여 법인세 등에 대한 가산세를 징수하지 아니하였다는 사정만으로 피고가 이 사건 환급가산세를 지급할 의무가 없다고 할 수는 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 환급가산금의 발생 및 기산일에 관하여

가) 국세기본법 제51조 제1항, 제52조 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의하면 세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 오납액, 초과납부액 또는 환급세액이 있는 때에는 즉시 이를 국세환급금으로 결정하여야 하고, 아울러 법정기산일과 이율에 따른 국세환급가산금을 결정하여 국세환급금을 충당 또는 환급할 때에 이에 가산하도록 되어 있다. 여기에서 오납액이라 함은 납부 또는 정수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연 무효임에도 불구하고 납부 또는 정수된 세액을 말하고, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, 환급세액은 적법히 납부 또는 정수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말한다. 결국, 오납액과 초과납부액 및 환급세액은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당한다. 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 오납액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되며, 환급세액의 경우에는 개별 세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것이다. 그리고 환급가산금은 위 각 국세환급금이 확정되면 그 환급금액에 대하여 국세기본법 제52조 및 같은 법 시행령 제30조 제2항에서 정한 기산일과 이율에 따라 당연히 확정된다(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 등 참조).

나) 그런데 국세기본법 제52조는 국세환급가산금의 기산일을,① 착오납부・이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일의 다음날로(제1호), ② 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일의 다음날로(제3호), ③ 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일 다음날로 (제5호), ④ 소득세법・법인세법・부가가치세법・개별소비세법・주세법 또는 교통・에너지・환경 세법에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하여 환급함 에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고 기일)로부터 30일이 경과한 날의 다음날로(다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일이 경과 한 날의 다음날, 제6호), ⑤ 법 제45조의2 제4항의 규정에 의한 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 근로 소득자 등에게 환급함에 있어서는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한으로부터 30일이 경과한 날의 다음날(제7호)로 각 정하고 있다.

다) 따라서 이 사건 재평가세 부과처분의 취소로 인한 환급가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 각 호 중 어느 하나에 의하여 결정되어야 할 것인바, 아래와 같은 이유로 제52조 제1호에 따라 정해지는 것이 타당하다.

① 첫째, 이 사건 재평가는 원고의 주식미상장으로 인하여 그 행위 자체가 없었던 것으로 되지는 않지만 재평가가 있었던 당시로 소급하여 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 되었고, 그 결과 이 사건 재평가세 부과도 당초부터 위법한 것으로 되었으며, 피고도 같은 이유로 이를 직권 취소하였으므로 이 사건 국세환급금은 위에서 말한 국세환급금 중 초과납부액, 즉 국세기본법 제52조 제1호에서 규정한 "납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금"에 해당한다. 이는 원고의 주식미상장 이후 원고가 이 사건 재평가차액을 이 사건 재평가행위의 효력이 상실된 2004사업연도가 아니라 이 사건 재평가가 있었던 1990사업연도의 익금으로 보고 1990사업연도의 법인세를 신고・납부하였는데, 이에 대하여 피고가 귀속 사업연도에 관한 별도의 경정결정 없이 법인세에 대한 가산세를 부과한 것을 보더라도 명백하다.

② 둘째, 위에서 본 바와 같이 국세기본법 제52조는 환급가산금의 기산일을 5가지로 분류하여 규정하고 있는데, 이 사건 국세환급금이 국세에 대한 감면으로 인한 환급(제3호)이나, 개별법에 따른 환급세액의 신고에 따른 경정으로 인한 환급(제6호) 또는 원천정수와 관련한 환급(제7호)에 해당하지 않음은 명백하다. 또한 위 국세환급금은 원고가 법령에서 정한 기한까지 주식을 미상장 하였다는 사실의 발생에 기인한 것이지 관련법령의 개정에 기인한 것이 아니므로 제5호에 해당한다고 볼 수도 없으므로(기업공개시 재평가특례를 규정한 구 조세감면 규제법과 그 시행령 등 관련법령이 개정되지 않았더라도 원고가 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 단서에서 정한 재평가일로 부터 2년 이내에 주식을 상장하지 않았다는 사실 그 자체로 이 사건 재평가세 부과처분의 취소와 법인세 부과처분의 일부 취소 문제는 발생할 수 있는 것이므로 그로 인한 국세환급금은 관계법령의 개정에 기인한 것으로 볼 수 없다), 결국 이 사건 국세환급금은 제1호를 근거로 하여 이루어진 것으로 볼 수밖에 없다.

③ 셋째, 아래 넷째의 이유에서 보는 바와 같이 환급가산금은 국세환급금에 대하여 법정이자 상당액을 국가가 변상하는 제도로서 납세의무자의 국세체납에 대한 가산금 징수제도에 상응하는 것이다. 반면 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 원칙적으로 의무위반사실의 발생이라는 가산세의 과세요건만 충족되면 부과가 가능하고 별도로 납세자의 고의・과실은 고려되지 않는다. 다만, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정된 국세기본법 제48조 제1항은 그 후단으로 "납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니 한다 라고 규정하여 가산세에 대하여 면책사유를 신설하였다. 판례는 위와 같은 국세기본법의 개정 이전에도 "납세의무자에게 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 라고 판시하여 가산세에 대하여 "정당한 사유"에 의한 면책을 인정하여 왔는바(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결; 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결 등 참조), 이는 가산세가 행정상의 제재의 성질을 가진다는 점에 착안하여 납세의무자에게 의무이행의 기대가능성이 없는 경우에는 이러한 제재를 과하는 것이 가혹하다는 이유에서 특별히 인정하여 왔던 것이다. 그러나 환급가산금은 가산세와는 달리 국세환급금에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있는 점, 위와 같은 판례에 의한 '정당한 사유'라는 가산세에 대한 면책사유의 인정이 조세법규에 대한 엄격해석 원칙의 예외에 해당한다고 하더라도 이는 납세의무자에게 유리한 것인 반면, 이 사건 국세환급금에 대하여 엄격해석 원칙의 예외를 인정하여 국세기본법 제52조 제5호를 유추적용 하는 것은 납세의무자에게 불리한 것이므로 이에 대해서는 더욱 신중할 필요가 있는 점, 그리고 위에서 본 바와 같은 국세기본법 제51조 제1항, 제52조, 같은 법 시행령 제30조의 전반적인 체계 등에 비추어 보면, 원고에게 법인세 등의 가산세를 부과할 수 없다는 것과의 형평을 고려하여 이 사건 국세환급금에 대하여 국세기본법 제52조 제5호를 유추적용 할 수는 없다고 할 것이다.

④ 넷째, 국세환급금이란 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 '부당이득'에 해당하고, 환급가산금은 환급금 채권・채무에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 등 참조). 그러므로 입법론으로는 국세환급금의 기산일도 민법상의 부당이득의 법리에 따라 수익자인 국가의 선의・악의 여부에 따라 달리 정하거나, 외국의 입법례와 같이 과세관청에 귀책사유가 있다고 인정되는 경우와 납세자에게 귀책사유가 있다고 인정되는 경우를 구체적으로 구분한 다음, 전자의 경우에 는 납부일의 다음날부터, 후자의 경우에는 과세관청이 국세환급금의 존재를 안 날로부터 환급에 통상 소요되는 기간이 경과한 날부터 환급가산금을 가산하도록 규정하는 것 이 바람직하다고 할 것이다. 그러나 현행 국세기본법 제52조는 이를 구분하여 규정하고 있지 않으므로, 국세기본법 제52조 제1호에서 말하는 "납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금"을 "당초부터 위법사유가 있어 경정되거나 취소됨으로 인한 국세환급금"만을 의미하는 것으로 한정하여 해석할 수는 없다고 할 것이다. 이는 국세기본법 제51조 제1항, 제52조, 같은 법 시행령 제30조의 체계상 당초의 신고 또는 부과처분이 적법하였음에도 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구가 받아들여져 국세환급금이 발생하는 경우에도 원칙적으로 국세기본법 제52조 제1호를 적용하여 환급가산금의 기산일을 결정할 수밖에 없는 점에 비추어 보더라도 명백하다.

3) 결국 이와 다른 취지에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.