2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 서울 마포구 XX동 000-00 대 102.4㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)의 소유자인데, 이 사건 토지 및 그와 인접한 XX동 000-00 대 270.4㎡(박AA 소유)의 지상에 1995. 7. 14.경 5층 근린생활시설 및 주택 건물 1,014.3㎡(지층 156.60㎡' 1-5층 각 167.40㎡으로 그 중 상가부분은 706.98㎡, 주택부분은 286.62㎡이고, 그 외 옥탑 20.70㎡로 되어 있다. 이하 '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물 중 원고의 지분을 통칭할 때는 '이 사건 부동산'이라 한다)를 선축하여 박AA와 함께 각 1/2지분을 보유하여 왔다.

나. 원고는 2005. 12. 28. 주식회사 OO컨츄리(이하 'OO컨츄리'라 한다)에게 이 사건 부동산을 17억 5,000만 원(토지 7억 5,000만 원 + 건물 10억 원)에 양도하기로 하는 매매계약(이하 '이 사건 매매계약')을 체결하였다가 주식회사 □□(이하 '□□'라 한다)가 이 사건 매매계약에 따른 매수인 지위를 승계하기로 함에 따라, 2007. 1. 31.까지 □□로부터 이 사건 부동산의 매매잔대금을 모두 지급받음으로써 이 사건 부동산을 양도하였다.

다. 원고는 2007. 1. 31. 피고에게, 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득 과세표준신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액으로 하여 총 17억 5,000만 원(이 사건 토지의 양도가액 7억 5,000만 원 + 이 사건 건물 중 1/2지분의 양도가액 10억 원), 취득가액은 위 각 양도가액을 기초로 계산한 환산가액 총 855,022,696원으로 하여 양도소득세를 신고 ・ 납부하였다.

라. 그러나 피고는 2011. 3. 2. 원고에 대하여, 원고가 양도소득세 신고 ・ 납부 당시 양도소득세액 계산의 기초로 삼은 이 사건 부동산의 총 양도가액 중 이 사건 건물의 구분 양도가액 10억 원에 대한 근거가 불분명하다고 하여, 소득세법 시행령 제166조 제6항에 따라 이 사건 토지와 건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분 계산하여 양도차익을 다시 산정하여 2007년 귀속 양도소득세 132,476,490원을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 10 내지 13, 18호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주위적 주장

이 사건 부동산에 대한 매매계약 당시 매수인과 사이에 이 사건 부동산의 총 매매대금 17억 5,000만 원 중 이 사건 건물의 가액을 10억 원으로 하기로 약정하였고, 그 후 이 사건 매매계약서에도 건물의 가액을 10억 원으로 구분 기재하였음에도 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 예비적 주장

아니라 하더라도 이 사건 매매계약일에 근접한 2006. 10.경 이 사건 토지와 그 지상 건물을 담보로 제공할 때 평가한 금액이 토지 1,103,923,296원, 건물 446,980,564원이므로, 이에 따라 이 사건 건물 중 원고 지분의 양도가액을 안분계산하면 792,567,858원이 됨에도 이 사건 건물의 양도가액을 448,506,488원으로 하여 양도차익을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주위적 주장에 대하여

위 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되는데(대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 참조). □□가 원고 및 박AA로부터 이 사건 건물 등을 매수하고 관할 관청에 제출한 각 검인계약서에는 이 사건 건물의 가액이 기재되어 있지 않은 점. ② 통상적으로 건물의 대지를 이용하기 위하여 그 지상 건물을 함께 매수하는 경우 매수인의 입장에서는 장차 철거예정인 건물의 가액은 별로 중요한 사항이 되지 못하는데, 이 사건의 경우 만일 이 사건 건물(원고 지분) 가액이 10억 원이라면 □□는 이 사건 건물의 기준시가보다 6배 이상 높은 가격으로 건물을 매입하는 셈이 되는 점. ③ □□ 대표이사 반BB는 2009. 1. 20. 마포세무서 직원과 통화할 당시 '건물 가액을 따로 정한 사실이 없다'는 취지로 진술한 점 등에 비추어, 이 사건 부동산의 양도 는 토지와 건물을 함께 양도한 경우로서 그 가액의 구분이 불분명한 때에 해당된다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

(2) 예비적 주장에 대하여

취득가액을 기준시가에 우선하여 감정평가가액에 비례한 금액으로 하기 위해서는 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제4항 및 부가가치세법 제48조의2 제4항에 의하여 '부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률'에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가액이 있어야 하는데, 원고가 제출한 갑 제4호증의 1, 2는 위 규정에 따른 감정평가가액이 아니라 단지 금융기관 직원이 담보물을 평가할 때 작성한 것에 불과하므로, 위 평가금액을 관련 법령 소정의 감정평가가액이라 할 수 없으므로, 원고의 예비적 주장도 이유 없다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 부동산의 양도는 그 가액이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이므로, 이와 같이 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 및 예비적 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.