2. 항소비용은 원고가 부담한다.

742,714,243원의 경정청구거부처분 중 333,677,133원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같은 부분을 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 제1심 판결 제6면 제10행의 "위법・무효이고"를 "위헌・위법한 것으로서 무효이고"로 고쳐 쓴다.

나. 제1심 판결 제9면 제3행부터 제17행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다. "그러나 원고의 주장처럼 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병법인의 '해당 과세연도의 개월 수'를 '합병 후 개월 수'로 보면, 예를 들어 이 사건에서 이 사건 승계연구소 연구비에 한정하여 보면, 피합병법인이 합병 전(2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지) 이 사건 승계연구소 연구비로 '0원'을 지출하고, 합병 후(2010. 7. 1.부터 2010. 12. 31.까지)에 원고가 이 사건 승계연구소 연구비로 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원과 동일한 금액을 지출한 경우에도 이 사건 승계연구소에서 합병 이후 발생한 위 연구비에서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액의 6/12를 공제한 금액의 40/100에 해당하는 금액을 세액공제 해주어야 하는 불합리가 발생할 수도 있는 점(합병이 없었을 경우 2010년 1년간 지출된 총 연구비가 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액과 동일하여 그 증가분이 없으므로 이 사건 승계연구소와 관련하여 세액공제되는 금액이 없었을 것인데, 합병이 있었다는 이유만으로 세액공제되는 금액이 발생하는 부당한 결과가 도출된다. 이러한 결과는 연구비가 과거 평균 발생액보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대하여 세액공제가 이루어지도록 함으로써 기업의 연구개발을 장려하는 구 조세특례제한법 제10조의 취지에 반하는 것으로 보인다) 등에 비추어 보면, 이와 같이 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우와 합병이 없는 경우에 세액공제를 받을 수 있는 연구비 총액이 달라지는 것은 합병 여부 및 합병 시기의 차이에 따른 결과이지, 이를 조세평등주의에 위배된 것이라 단정할 수 없다.

또한 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목은 '해당 과세연도에 발생한 일반 연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력 개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액'을 세액공제액으로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법이 정한 위 '해당 과세연도'는 '세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도'를 의미하는 것이 명백하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 '해당 과세연도의 개월수'도 '합병 후 개월 수'가 아닌 '세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도의 개월 수'로 보는 것이 오히려 구 조세특례제한법의 위임취지에 부합하는 것으로 보인다. 따라서 원고의 ② 주장도 받아들일 수 없다."

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.