도급계약'이라 한다)을 체결하였다.

3) CC건설은 2012년 제1기 과세기간 동안 DD에게 다음과 같이 이 사건공사의 공정에

따른 기성금 청구를 하여 공사비를 지급받고 세금계산서를 발행하였다.

4) 원고가 이 사건 신탁계약을 체결한 이후부터 CC건설로부터 쟁점 세금계산서

를 발급받기 전까지의 분양수입내역은 다음과 같다.

라. 판단

1) 구 부가가치세법 제9조 제2항은 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재

화・시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고, 같은 법 시행령(2013. 6. 28.

대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 제2호는 완성도 기준지급・중간

지급・장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는

용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공

급시기로 한다고 규정하고, 같은 법 제9조 제3항은 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른

시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에

그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우

에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다고 규정하고 있다.

2) 살피건대, 이 사건 도급계약의 계약금액은 11,500,000,000원(이 사건 공사의 총

도급금액 16,368,000,000원 중 CC건설분 부분)이고, CC건설의 요청에 따라 착공신

고서가 제출된 날로부터 매 1개월이 경과하는 달의 말일 기준으로 준공 시까지 공사대

금의 70%를 기성부분금으로 지급하기로 약정한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건

공사는 구 부가가치세법 시행령 제22조 제2호의 완성도 기준지급 조건부로 용역을 공

급하는 경우에 해당하므로, 이 사건 도급계약에 따른 용역의 공급시기는 '그 대가의 각

부분을 받기로 한 때'라고 할 것이다.

그러므로 CC건설이 이 사건 공사에 대한 대가를 받기로 한 때가 언제인지에

관하여 보건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정 즉, ① 원고, CC건

설, DD 모두 이 사건 신탁계약 및 도급계약의 당사자인 점, ② 이 사건 신탁

계약 제7조 제1항은 CC건설의 공사기성금은 '분양수입금 범위 내'에서 착공 후 매 1

개월 단위로 기성율에 따라 현금으로 지급한다고 규정하고, 제32조 제2항은 본 사업과

관련하여 체결되는 공사도급계약 등 타 약정서와 본 신탁계약 간 상충되는 부분이 있

을 경우는 신탁계약을 우선하여 적용한다고 규정하고 있는 점, ③ 이 사건 도급계약

제2조에도 이 사건 도급계약과 신탁계약 간 상충되는 부분이 있을 경우 신탁계약을 우

선하여 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 도급계약 제8조에서

CC건설의 기성금 지급 요청 후 10일 이내 검사를 완료하고 검사완료일부터 10일 이

내 확정된 기성금을 지급한다고 규정하고 있더라도, 우선 적용되는 이 사건 신탁계약

의 약정 내용에 따라 '분양수입금의 범위 내'에서 기성율에 따라 공사대금을 지급할 의

무를 부담할 뿐이므로, CC건설이 이 사건 공사에 대한 대가를 받기로 한 때는 결국

기성고에 대한 검사 완료뿐만 아니라 수령한 분양수입금이 있을 것이라는 양자의 조건

이 모두 성취된 때라고 봄이 타당하다.

3) 다음으로 원고가 CC건설의 용역 공급시기 전에 용역에 대한 대가를 지급하였

는지에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하면 알 수 있는 다음의

각 사정 즉, ① 원고는 쟁점 세금계산서상 공사대금을 지급할 당시까지 CC건설에 공

사대금 합계 2,334,500,000원(= 725,900,000원 + 460,600,000원 + 434,000,000원 +

714,000,000원)을 지급한 점, ② 이 사건 신탁계약 체결일 이후 원고가 쟁점 세금계산

서상 공사대금을 지급할 당시까지 발생한 분양수입금은 합계 2,208,623,910원에 불과

하였던 점[앞서 본 다. 인정사실의 4)항], ③ 그럼에도 원고는 공사의 원활한 진행을 위

하여 2012. 7. 23. CC건설에게 2012년 5월분 기성고의 70% 공사비인 700,000,000원

을 지급하고, 같은 날 CC건설로부터 쟁점 세금계산서를 발급받은 점 등에 비추어 보

면, 원고는 분양수입금이 기존에 지급하였던 공사대금에 미달하여 용역의 공급시기가

도래하기 전이었음에도 원활한 공사진행을 위하여 CC건설에 용역에 대한 대가를 지

급하고 CC건설로부터 쟁점 세금계산서를 발급받았다고 할 것이다.

피고는 이 사건 신탁계약 특약사항 제22조의 규정에 비추어 볼 때 CC건설에 공

사대금을 지급함에 있어 고려되어야 하는 분양수익금에는 위에서 인정한 2,208,623,910

원 외에 이 사건 신탁계약이 체결되기 전 이미 분양된 상가로부터 발생한 분양수입금

도 포함되어야 한다고 주장한다.

그러나 이 사건 신탁계약 특약사항 제22조는 이 사건 신탁계약 체결일 전에 발

생한 사실에 대한 위탁자인 원고와 위탁자의 의무이행보증인인 주식회사 FF(이하

'FF'라 한다)의 진술 즉,「구 시공사와 공사타절이 정상적으로 완료되었고 구 시공

사에 대하여 미지급공사비가 없음과 기존 피분양자(10개호실)의 분양계약이 정상적으

로 체결되어 기납입한 금액 및 향후 납부할 금액, 지체상금이 얼마인지에 대한 확인

및 기존 피분양자의 분양계약이 정상적으로 유지되어 이 사건 신탁계약 체결 이후 중

도금 및 잔금을 일정에 따라 성실히 납부하도록 하겠다는 내용 등」이 사실임을

확인하고, 이 사건 신탁계약 체결일 전에 발생한 사유를 원인으로 한 법적 책임(이

신탁계약 체결일 전에 발생한 사유로 기존 피분양자가 분양계약을 해지 또는

해제요청을 하는 경우 분양대금반환요청에 따른 분양대금반환지급의무, 이 사건

신탁계약 체결일 기준 지방세 및 국세체납액 지급의무 등)이 원고와 FF에게

있음을 확인하는 규정이다. 이러한 규정의 취지는 이 사건 신탁계약의 당사자로서

수탁자인 DD이 이 사건 신탁계약 체결일 전에 발생한 문제에 대하여 법적

책임이 없음을 명시함에 있고, 기존에 분양된 상가에 대한 분양계약에 따른 책임도 이

신탁계약 체결일 이후에 발생한 사유를 원인으로 한 부분에 한정하고자 함에

있다. 이처럼 이 사건 신탁계약 체결의 당사자들은 이 사건 신탁계약 체결일 전에

발생한 사유로부터 독립하여 새로이 이 사건 신탁계약 체결일 후에 발생하는 사유를

원인으로 한 법률관계를 규율 하고자 이 사건 신탁계약을 체결한 것이므로, 이 사건

신탁계약 특약사항 제7조에 따라 CC건설에 공사대금을 지급함에 있어 고려하여야

하는 분양수입금에는 이 사건 신탁계약 체결일 전에 이미 분양된 상가로부터 기

지급받은 분양수입금까지 포함된다고 볼 수 없어, 피고의 위 주장은 받아들이지

않는다.

4) 따라서 쟁점 세금계산서에 관한 CC건설의 원고에 대한 용역의 공급시기는 검

수 완료일로부터 10일이 경과된 날이 아니라, 구 부가가치세법 제9조 제3항에 따라 용

역에 대한 대가를 지급하고 '세금계산서를 발급받은 때'로 보아야 하므로, 쟁점 세금계

산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다.

결국, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하고, 이를 다투는 원고의

주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와

결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2013. 5. 13. 원고에 대하여 한 부가가치세 63,636,363원의 환급거부처분을

취소한다(소장 기재 처분일자 2013. 5. 15.은 2013. 5. 13.의 오기로 보인다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 부동산개발업 등을 사업목적으로 하는 회사로서 2012. 10. 25. 2012년 제2기 부가가치세 예정신고 시 매출과세표준 356,646,170원, 매입과세표준 9,129,238,284원으로 하여 877,259,207원을 환급받을 세액으로 신고하였다가, 2013. 1. 25. 2012년 제2기 부가가치세 확정신고 시에는 매출과세표준 3,793,863,538원, 매입과세표준 311,087,927원으로 하여 예정미환급세액 877,259,207원을 납부세액에서 공제하지 않은 채 납부할 세액을 348,285,064원으로 신고한 후, 그 중 110,000,000원을 납부하였다. 나. 그 후 원고는 2013. 2. 25. 피고에게 매출과세표준 5,260,277,123원, 매입과세표준 302,764,917원으로 하여 예정미환급세액 877,259,207원을 추가 공제하고 461,620,683원을 환급받을 세액으로 하는 경정청구를 하였다.다. 이에 피고는 2013. 4. 22. 현지 확인을 실시한 후, 2013. 5. 13. 원고가 대구 서구 내당동 463-62 소재 엠플라자 복합상가 신축공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)와 관련하여 주식회사 CC건설(이하 'CC건설'이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 중 2012. 7. 23. 세금계산서 1매(636,363,636원, 이하 '쟁점 세금계산서'라 한다)는 2012년 6월에 공급시기가 완료된 것으로 보아 이를 매입세액 불공제하고 372,337,710원만을 환급하였다(이하 쟁점 세금계산서 금액에 대한 환급거부를 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 7. 17. 이의신청을 하였으나 대구지방국 세청장은 2013. 8. 28. 기각결정을 하였고, 원고는 2013. 9. 6. 다시 심사청구를 하였으나 국세청장은 2013. 10. 29. 청구기각 결정을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 시공사인 CC건설에게 매월 공사기성금 중 공사비의 70%를 '분양수입금 범위 내'에서 지급하기로 하였는데(분양형토지신탁계약서 특약사항 제7조), 2012년 5월까지 공사기성금 중 공사비의 70%는 3,034,500,000원이고 분양수입금은 675,291,260원이어서 선지급한 공사대금이 2,334,500,000원이었다. 원고는 CC건설에게 2012년 5월분 기성금은 지급하지 않아도 되었으나 원활한 공사진행을 위하여 2012. 7. 23. 2012년 5월분 공사기성금 700,000,000원을 선지급하고 쟁점 세금계산서를 수취하였으므로, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항에 따라 세금계산서를 발급하는 때가 공급시기가 되는바, 쟁점 세금계산서는 공급시기가 다른 세금계산서가 아니다.

2) 피고의 주장

가) 분양형토지신탁계약서에는 이 사건 공사의 공사기간이나 도급금액 등에 관한 약정이 전혀 없고, 실제 공사와 관련된 사항은 신탁계약 체결 이후 작성된 공사도 급계약서에서 정하고 있는 점, 원고는 위 신탁계약의 내용과 달리 분양금수입금과 관계없이 공사도급계약서 특약사항 제8조에 따라 기성고 검수를 거쳐 공사대금의 70%를 지급해 온 점, CC건설은 2012. 5. 31. 공사대금 1,000,000,000원에 대하여 기성금 청구를 하였고, DD 주식회사(이하 'DD'이라 한다)는 2012. 6. 12. 검수를 완료하였으므로, 위 조항에 따라 그로부터 10일이 경과된 날이 용역의 공급시기에 해당되는 점, 그럼에도 원고는 대금을 실제로 지급한 2012. 7. 23. 쟁점 세금계산서를 수취한 점, 원고의 주장대로라면 부가가치세법상 거래시기의 대전제인 '대가의 각 부분을 받기로 한 때'와는 상관없이 세금계산서를 발급하여 과세시기를 조절할 수 있게 되고, 건물공사는 모두 완공되었음에도 분양수익금이 없으면 세금계산서를 수수할 수 없게 되는 점 등을 종합하면, 쟁점 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 본문의 사실과 다른 세금계산서에 해당된다.

나) 가사 공사도급계약에 우선하여 분양형토지신탁계약이 적용되어 공사대금 지급에 있어 분양수입금을 고려하여야 한다고 하더라도, 위 신탁계약 체결 전에 기 분양된 부분을 신탁재산에서 제외하고 있지 않으며, 위 신탁계약서 특약사항 제22조의 규정에 비추어 볼 때 위 신탁계약 체결 당시 기존에 진행된 공사비 미지급금 및 분양수 입금을 확인하고 승계하였다고 할 것이므로, 위 신탁계약서 특약사항 제7조에 따라 유성건설에 공사대금을 지급함에 있어 고려하여야 하는 분양수입금에는 위 신탁계약 체결 전에 이미 분양된 상가로부터 발생한 분양수입금도 포함되어야 한다. 결국, 이 사건 공사가 시작된 이후로 2012. 7. 23.까지 원고가 구 시공사 및 CC건설에 지급한 총 공사대금은 7,644,600,000원임에 반하여, 같은 기간의 분양수입금은 8,965,883,520원이므로, 원고가 2012. 7. 23. CC건설에 지급한 700,000,000원은 공사대금의 선지급금으로 볼 수 없다.

다. 인정사실

1) 원고는 2011. 6. 28. DD과 사이에 시공자를 EE건설 주식회사(이하'EE건설'이라 한다), 신탁보수를 2,000,000,000원으로 하는 분양형토지신탁계약(이하 '이 사건 신탁계약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. 이후 원고는 2011. 10. 6. DD, CC건설과 사이에 시공사를 CC건설로 변경하는 내용의 분양형 토지신탁 변경계약을 체결하였다(갑 제7호증의 2).

2) 원고, DD 및 CC건설은 2011. 11. 3. 다음과 같은 내용의 공사도급계약(이하 '이