2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 알루미늄 제품의 수입・도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2003년 제1기・제271 및 2004년 제1기・제2기 부가가치세 신고를 하면 서 별지 표 기재와 같이 주식회사 골○힐 21, 주식회사 리○쥬얼리(이하 '이 사건 매입처들이라 한다)로부터 수취한 공급가액 합계 188,157,550,000원의 금목걸이와 금지금 (순도 99.5% 이상인 금괴) 매입세금계산서 109장(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

다. 한편 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하고서 피고에게 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라는 통보를 하였고, 이에 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여 2007. 8. 6. 원고에 대하여 2003년 1기분 부가가치세 9,160,462,020원, 2003년 2기분 부가가치세 10,198,881,400원, 2004년 1기분 부가가치세 10,878,890,530원 및 2004년 2기분 부가가치세 406,407,150원원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 2007. 9. 28. 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 2008. 5. 9. 기각결정을 받자 2008. 7. 25. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 5호증의 1 내지 18, 을 1호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 거래처로부터 금지금을 실제로 매입하여 홍콩에 있는 수입상에게 수출한 정상적인 거래를 하였을 뿐 부가가치세를 부정하게 환급받기 위하여 이른바 폭탄업체와 공모하여 변칙거래를 한 것이 아니므로, 이 사건 세금계산서가 허위임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의주장

원고의 이 사건 금지금 매입과 수출 및 이에 따른 세금계산서의 작성・교부의 일련의 행위는 이른바 폭탄업체 등과 공모하여 부가가치세를 포탈하기 위하여 만든 형식적 가장행위에 불과하다.

나. 관계법령

별지기재와같다.

다. 판단

어느일련의거래과정가운데특정거래가부가가치세법제1조제1항제1호,제6

조 제1항에서 정한 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하고, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정 하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두19192 판결 참조).

갑 2호증의 1 내지 110, 갑 3호증의 1 내지 70의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 3. 18.부터 2004. 12. 15.까지 사이에 이 사건 거래업체들로부터 별지 표 기재와 같이 공급가액 합계 188,157,550,000원 상당의 금지금을 매입하고 이를 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하고 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실, 원고는 위 금지금을 매입한 당일 모두 홍콩 소재 수입상에게 수출하고 그 과정에서 상당한 이득을 남긴 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위 금지금이 수입되어 수출되기까지 일련의 전체 거래가 단기간에 이루어지고 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성・교부 하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등 의 사정만으로는 위 금지금과 관련한 전체거래 중의 하나인 이 사건 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수하거나 실제 금지금이 인도되거나 대금이 지급되었더라도 폭탄 영업을 실제 거래로 위장하기 위한 명목상 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화 의 공급이 아니라고 단정하기는 어렵다고 할 것이다.

따라서,이사건거래가재화의공급이없는명목상의거래라는전제하에이사건세금계산서를부가가치세법제17조제2항제1호의2 소정의사실과다른세금계산서라고보아그매입세액을공제하지아니하고한피고의이사건처분은위법하다.

3. 결론

그렇다면,원고의이사건청구는이유있으므로이를인용하기로하여주문과같이판결한다.