2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 3. 31. 고양시 덕양구 @@동 429 답 1,410㎡(이하, '이 사건 제1토지'라고 한다)에 관하여 2006. 3. 30. 매매를 원인으로 자신 명의의 소유권이전등기를 마치고, 1993.경부터 소유해 오던 고○시 덕○구 도○동 695 답 1,336㎡(이하, '이 사건 제2토지'라고 한다)를 2006. 5. 10. 유○옥에게 매도하였다.

나. 원고는 2006. 5. 26. 이 사건 제1토지는 이 사건 제2토지의 농지대토로 취득한 것이므로 조세특례제한법 채70조에 의하여 양도소득세 감면대상이라고 주장하면서 산출 양도소득세 94,107,087원을 전액 감면세액으로 공제하여 피고에게 과세표준을 신고하였다.

다. 피고는 세무조사를 실시한 결과 '원고가 이 사건 제2토지를 자경한 사실이 인정되지 않아 농지대토로 인한 양도소득세 감면요건을 구비하지 못하였다'는 이유로 2007. 1. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 94,107,087원을 부과ㆍ고지하였다(이하, '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2007. 3. 27. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2007. 5. 30. 기각되어 2007. 6. 5. 결정문을 송달 받았고, 2007. 8. 31. 국세심판원장에 게 심판청구를 하였으나 2007. 12. 11. 기각결정을 받아 2008. 3. 7. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9호증, 을 제4, 11, 12, 13, 14호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 제2토지의 소재지에 거주하면서 1993. 6.경부터 1997. 12.경까지 3년 이상 위 토지에서 표고버섯을 직접 경작하였고, 유○옥에게 위 토지를 매도한 2006. 5. 30. 무렵에는 고추, 감자, 콩 등을 재배하고 있었으므로 농지대토로 언한 양도 소득세 감면요건을 갖추었음에도 피고가 이 사건 처분을 내린 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세특례제한법 제70조 제1항, 같은 법 시행령 제67조 제3항 제2호에 의거한 농지대토로 인한 양도소득세 비과세는 ① 3년 이상 종전 농지 소재지에 거주하면서 직접 경작(거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것)하였을 것, ② 종전 토지는 농업소득세의 과세대상이 되는 토지이어야 하고, 새로 취득하는 토지도 농지일 것 ③ 새로운 농지의 취득 후 1년 내에 종전 농지를 양도할 것, ④ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도농지 면적의 2분의 1 이상이거나 그 가액이 양도농지 가액의 3분의 1 이상일 것, ⑤ 자경농민이 경작상 필요에 의하여 취득할 것, ⑥ 새로운 농지 취득 후 3년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작할 것을 그 요건으로 하고 있다.

(2) 원고가 1993. 6.경부터 1997. 12.경까지 이 사건 제2토지에서 표고버섯을 직접 경작하였는지에 관하여 본다.

"무릇, 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하더라도 그러한 사유만으로 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 농지의 자경사실은 이를 주장하는 자가 입증할 책임이 있는 것인데(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 참조), 원고의 주장에 부합하는 갑 제5호증(항공사진)은 1995. 9.경 제2토지 인근을 촬영한 흑백사진으로 서 제2토지가 주변 토지에 비하여 어두운 색을 띠고 있기는 하나 그러한 사실만으로 표고버섯 경작을 위한 검은 천막이 설치되어 있었다고 보기 어려울 뿐만 아니라 위 사 진은 일정한 시점에서의 형태만을 나타낼 뿐이므로 3년 동안 계속하여 자경하였음을 인정하기 부족하고, 갑 제6호증(영농경작사실확인원), 갑 제11호증의 1 내지 7(각 확인 서)은 모두 원고의 이웃 주민들 명의로 작성된 것인데, 원고가 1982. 4. 16.부터 현재 까지 고양시 덕양구 화전동 575에서농민상회'라는 상호로 농약소매점을 운영해 오고 있는 점, 원고가 농기계 보유현황, 농자재 구매내역, 농산물의 출하내역 및 그 계통 등 을 인정할 만한 객관적이고도 구체적인 증거를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 이를 믿기 어려우며, 오히려 을 제10호증의 1 내지 3(고발대장)의 각 기재에 의하면 원고가 자경하였다고 주장하는 기간 중인 1997. 1.경부터 이 사건 제2토지 상에서 박○철, 김○자, 김정○ 등이 무단으로 주택 및 창고, 사무실을 신축하고 공병 및 재활용품을 야적하는 등의 방법으로 6건의 범법행위를 하였음을 원인으로 1997. 12. 10.과 1998. 6. 19. 각 고발된 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 1993. 6.경부터 1997. 12. 경까지 이 사건 제2토지에서 표고버섯을 직접 경작하였다는 원고의 주장은 믿기 어렵다{원고는 위 고발사건에 대하여 자신이 무혐의 처분을 받았다고 주장하면서 갑 제7호증(사건처분결과증명서)을 제출하나. 위 증거만으로는 6건의 범법행위 중 어느 사건에 대한 것인지 알 수 없을 뿐만 아니라 소유자인 원고 외에 행위자인 위 박○철 등에 대한 처분결과는 기재되어 있지 아니하므로 위 증거만으로 원고의 주장을 받아들일 수 없다}.",(3) 설령 원고의 주장과 같이 1993. 6.경부터 1997. 12.경까지 이 사건 제2토지에서 표고버섯을 경작한 사실이 인정된다고 하더라도, 다음과 같은 이유에서 이 사건에서는 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정이 적용될 수 없다.

즉, 농지의 대토로 언한 양도소득세를 비과세하는 규정의 취지는 농지의 자유로 운 대체의 허용ㆍ보장을 통한 농민의 보호 내지 농업의 발전ㆍ장려에 있는 것이어서, 이 경우 종전 토지의 양도시 그 양도인이 그 토지를 자경하는 자이어야 하며 자경할 목적으로 새로 토지를 취득할 것을 전제로 하는 것이므로(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누3695 판결 참조), 당해 토지가 상당한 기간 동안 농지 이외의 용도로 사용되어 사실상 농지로서의 기능을 상실하였다가 매각 직전에 일시 농지로 사용한 경우까지 농지대토 로 인한 양도소득세 감면이라는 혜택을 부여할 수는 없을 것이다.

"그런데, 원고는 이 사건 제2토지상에서 표고버섯 농사를 끝낸 1997. 12.경 이후 약 3분의 1 면적만 오○중기에 임대하여 차고지로 이용토록 하였고 나머지 부분에는 계속하여 고추, 감자, 콩 등을 재배하여 오다가 2006. 3.경 임대차계약을 해지한 후 유 안옥에게 매도할 때까지 토지 전체에 농작물을 재배하였다고 주장하나, 이 사건 제2토 지 중 임대부분을 제외한 나머지 3분의 2 면적에 농작물을 재배하여 왔다는 주장은 이 를 인정할 증거가 없고 오히려 위에서 본 바와 같이 원고는 현재까지농○상회'라는 상호로 농약소매점을 운영해 오고 있고, 농기계 보유현황, 농자재 구매내역, 농산물의 출하내역 및 그 계통 등을 인정할 만한 객관적이고도 구체적인 증거를 제시하지 못하고 있는 점, 박○철 등이 1997. 1.경부터 제2토지를 농지 이외의 용도로 사용함으로써 1997. 12. 10.과 1998. 6. 19. 각 고발된 점 등에 비추어 보면 원고의 주장을 믿기 어렵다(가사 이를 인정한다 하더라도 이 사건 제2토지의 약 3분의 1 부분을 무단으로 농 지 이외의 용도로 사용한 원고에게 농지대토로 언한 양도소득세 감면이라는 혜택을 부 여할 수는 없을 것이다).",그렇다면, 이 사건 제2토지는 1997. 12.경 이후부터 계속해서 중기(건설기계) 차고지, 고물 야적장 등의 용도로 사용되어 오다가 매도일 무렵인 2006. 3.경 무렵 오○중기와의 임대차 계약이 종료된 이후 고추, 들깨 경작용으로 이용되었다는 것인데, 경작을 시작한 2006. 3. 무렵에는 이마 대토로서의 성격을 갖는 이 사건 제1토지를 취득한 상태여서 원고로서는 당시 이 사건 제2토지의 처분을 염두에 두고 있었던 것으로 보이고, 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정을 적용받기 위해서 의식적으로 위 토지에서 경작을 개시한 것으로 볼 수밖에 없는바, 그렇다면 이 사건 제2토지는 1997. 12. 경 이후로는 중기 차고지 등의 용도로 사용되어 사실상 농지로서의 기능을 상실하였고, 매각 직전에 일시 농지로 사용된 것에 불과하다 할 것이므로 이 사건 제1토지의 취득과 이 사건 제2토지의 양도는 조세특례제한법 제70조 소정의 '경작상 필요에 의한 농지의 대토'에 해당되지 않는다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건에 농지대토로 인한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.