1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

2. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다.) 제120조 제6항 제8호 (이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다.)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다.)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로 인하여 지방세법 제22조 제2호 의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 지방세법 제105조 제6항 (이른바 간주취득세의 부과에 관한 규정이다.)의 규정을 적용하지 아니한다.’고 규정하고, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다.) 제2조 제1호의2 , 같은 법 시행령 제2조 제1항 , 제2항 은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다. 이하 같다.)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.

한편 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지, 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다.) 제144조의17 제1항 은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있는데, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2 , 제144조의2 제1항 , 제2항 ), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사의 재산운용방법과 동일한 내용의 투자를 목적으로 하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항 , 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호 , 제7호 ).

지주회사를 간주취득세의 부과대상에서 제외하는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데 있다. 그런데 구 간접투자법상 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었더라도 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항 은 앞서 본 바와 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.

그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다.’고 규정하고 있고, 그 문언의 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당할 것인데 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적인 이유가 없다.

또한 공정거래법상 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2 참조), 수입배당 금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2 참조) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 구 법인세법 제51조의2 제1항 제2호 참조)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항 참조) 등이 규정되어 있는 등 세법에서의 규율에도 서로 차이가 있다.

이와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법에 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호 )이 신설될 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 아니한다고 해석함이 타당하다.

3. 그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 구 간접투자법 제144조의17 제1항 에 따라 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게도 이 사건 법률조항이 적용된다고 보아 원고에게 간주취득세 등을 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 원심의 이러한 판단에는 이 사건 법률조항 및 구 간접투자법 제144조의17 제1항 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.