소득세법 시행령 제156조의2

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 서울 강동구 XX동 000-00 겸용주택(이하 '이 사건 종전 주택'이라 한다)을 1996. 11. 15. 취득하여 보유하다가 2009. 12. 28. 양도한 후 1세대 1주택 장기 보유특별공제를 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 21,858,450원을 신고・납부하였다.

나. 피고는 양도소득세 실지조사를 통하여 원고의 배우자 이AA이 2007. 5. 18. 서울 동대문구 OO동 000-0 대 76㎡및 그 지상 무허가주택(이하 '이 사건 재개발 전 주택'이라 한다)을 취득하였고, 답십리16구역 주택재개발정비사업조합이 2008. 12. 31. 도시 및 주거환경정비법(이하 '도정법'이라 한다)에 의하여 관리처분계획 인가를 받음에 따라 이 사건 재개발 전 주택이 조합원입주권으로 전환되었는데 원고의 배우자가 이 사건 재개발 전 주택을 취득한 날로부터 2년이 지난 2009. 12. 28. 이 사건 종전 주택을 양도하였으므로 1세대 1주택의 양도에 해당하지 않는다고 보아 원고가 신고한 1세대 1주택 장기보유특별공제를 배제하여 2011. 1. 8. 원고에 대하여 2009년 귀속 양도소득세 143,468,990원을 추가로 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

1) 이 사건 재개발 전 주택은 이 사건 종전 주택 양도 전인 2009. 6. 29. 이미 멸실되었으므로 이 사건 종전 주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다.

2) 설령 이 사건 재개발 전 주택이 2009. 6. 29. 멸실되지 않았다고 하더라도 원고의 배우자가 취득한 조합원입주권은 건축허가를 받지 않은 위 주택 소유의 대가가 아니라 토지 소유의 대가로서 위 주택이 전환된 것에 해당하지 않는다. 따라서 조합원 입주권을 보유하고 있었지만 이 사건 종전 주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당 한다.

3) 원고의 배우자가 2008. 12. 31. 조합원입주권을 취득한 후 2년 내인 2009. 12. 28. 이 사건 종전 주택을 양도하였으므로 소득세법 시행령 제156조의2 제3항에 의하여 1세대 1주택의 양도에 해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

소득세법이 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되면서 신설된 제89조 제2항 본문에 의하면, 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도정법의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않고, 위 소득세법 부칙 제12조 제1항의 규정에 의하여 위 제89조 제2항의 개정규정이 2006년 1월 1일 이후 최초로 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용되므로, 1세대가 주택과 도정법에 의한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후라면 구 소득세법 제89조 제2항 본문, 위 부칙 제12조 제1항에 따라 원칙적으로 1세대 l주택 비과세 특례를 받을 수 없다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13702 판결 참조).

다만, 소득세법은 위와 같이 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투기를 억제하는 한편, 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득한 1세대 1주택자에 대하여 양도소득세를 비과세하고자 하는 취지에서 예외적으로 1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택 비과세특례를 규정하고 있다. 즉, 구 소득세법 제89조 제2항 단서는 '도정법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다・'고 규정하고 있고, 그 수임규정 중의 하나인 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항은 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.'고 규정하고 있다.

1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 비과세 특례를 규정한 위와 같은 입법취지 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 내지 제5항의 규정 내용 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 소정의 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우'라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말하는 것이고, 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 l주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우는 그에 해당하지 않아 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항에 의한 비과세특례는 적용이 없다고 봄이 타당하다. 만약 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우도 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항의 적용을 받는다고 해석할 경우, 조합원입주권 전환 전의 주택의 보유 기간은 묻지 않고 조합원입주권 취득일로부터 2년 내에 종전 주택을 양도하였는지만 보게 되는 것이므로 앞서 본 입법취지에도 부합하지 않고, 이러한 해석은 위 규정의 문언에도 부합 하지 않는다(다만, 조합원입주권 전환 전의 주택을 취득한 때로부터 2년 이내에 종전 주택을 양도하였다면 조합원입주권으로의 전환에도 불구하고 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 의하여 1세대 1주택의 양도로 볼 수 있음은 별론으로 한다).

이 사건의 경우, 우선 원고 세대는 이 사건 종전 주택과 조합원입주권을 보유하다가 이 사건 종전 주택을 양도하였고, 도정법에 따른 관리처분계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후이므로 구 소득세법 제89조 제2항 본문, 위 부칙 제12조 제1항에 따라 원칙적으로 1세대 l주택 비과세 특례를 받을 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 위 1) 주장 및 2) 주장은 이유 없다. 그리고 원고 세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합원 입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우가 아니므로 앞서 본 법리에 따르면 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항의 비과세 특례를 적용할 수도 없어 원고의 3) 주장도 받아들일 수 없다(이 사건 재개발 전 주택을 취득한 날로부터 2년 내에 이 사건 종전 주택을 양도한 것도 아니므로 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 의하여 1세대 1주택의 양도로 볼 수 있는 경우도 아니다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.