2. 피고가 2015. 9. 10. 원고에 대하여 한,

가. 별지2 표 기재 법인세 부과처분(가산세 포함) 및 소득금액변동통지를 각 취소하고,

나. 별지3 표 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함) 중 같은 표 '정당한 세액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소하고,

다. 별지4 표 기재 각 소득금액변동통지 중 같은 표 '정당한 귀속금액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항, 제2의 가, 다항1) 및 피고가 2015. 9. 10. 원고에 대하여 한 별지5 표 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함) 중 같은 표 '정당한 세액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

가. 원고는 1992. 12. 1. 알로에를 이용한 건강식품 및 화장품, 세제류 제조 및 판매 등을 목적으로 ○○ ○○ ○○대로 1075를 본점으로 하여 설립된 법인이고, 유○○은 1992. 11. 27.부터 2014. 6. 20.까지 원고의 대표이사로서, 그 이후부터는 회장으로서 회사 업무에 대한 지시 및 결재 등 업무를 총괄하였고, 유○○의 아내인 홍○○은 1992. 11. 27.부터 2014. 6. 20.까지 원고의 사장, 그 이후부터 현재까지 원고의 대표이사로서 유○○ 부재시 회사 업무 전반에 대해 결재 및 지시하고, 영업본부장으로서 영업부를 총괄하였다. 홍○○의 동생인 홍■■은 1992. 11. 27.부터 원고의 재경부 과장을 거쳐 부사장이자 재경본부장으로서 회사의 자금관리, 자금지급 및 세무를 총괄하였고, 홍○○의 오빠인 홍□□는 알로에 생초 납품업체인 ○○름농산(구 ○○농원, ○○농원, ○○농산) 및 알로에 건조업체인 ○○드림(구 ○○알로에영농조합법인)의 실제운영자로서 원고에게 농수산물과 알로에 분말(생초, 건초 포함)을 납품하였다.

나. 피고는 ○○지방국세청장이 2015. 2. 23.부터 2015. 7. 5.까지 원고에 대하여 실시한 법인제세 통합조사결과를 바탕으로 원고에 대하여 아래와 같이 법인세 및 소득금액변동통지 등의 처분을 하였다.

(1) 2004년 및 2005년 귀속 법인세 증액경정처분, 소득금액변동통지

피고는 원고가 원고의 계좌에서 2004년에 105억 9,700만 원, 2005년에 70억 6,300만 원을 자기앞수표로 인출하여 홍□□에게 지급한 것을 교육훈련비, 행사비, 알로에 생초비 및 분쇄비 등 매출원가를 가공 계상하는 방법으로 비자금을 조성하여 관리하고 있다가 이를 홍□□에게 증여한 것으로 판단하였다.

이에 피고는 원고의 2004년 귀속 법인세에 관하여 손금으로 계상되어 있던 교육훈련비, 행사비, 알로에 생초비 및 분쇄비 중 105억 9,700만 원을 손금불산입하여 2015. 3. 27. 원고에게 별지1 표 기재와 같이 2004 사업연도 법인세 6,899,026,270원(가산세 4,069,891,270원 포함)을 증액하여 경정ㆍ고지하고, 위 105억 9,700만 원이 사외유출되어 대표자인 유○○에게 귀속된 것으로 보아 소득금액변동통지를 하였다.

피고는 원고의 2005년 귀속 법인세에 관하여 손금으로 계상되어 있던 교육훈련비, 행사비, 알로에 생초비 및 분쇄비 중 70억 6,300만 원을 손금불산입하여 2015. 9. 10. 원고에게 별지2 표 기재와 같이 2005 사업연도 법인세 4,116,393,890원(가산세 2,350,692,827원 포함)을 증액하여 경정ㆍ고지하고, 위 70억 6,300만 원이 사외유출되어 대표자인 유○○에게 귀속된 것으로 보아 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 2010년~2013년 귀속 법인세, 부가가치세 증액경정처분 및 소득금액변동통지

"(가) 원고는 2010~2013 사업연도에 미국법인인 'The A○○ Materials Inc.'(이하 'A○○'라 한다)로부터 미국법인T○○ Laboratories'(이하 'T○○'라 한다)가 제조하는 알로에 베라 화장품 원료인 '200X Freeze Dried Aloe Powder'(TN005AM)(이하 'TN005AM'이라 한다)를 1kg당 미화 216.7~242.5달러에 수입하고 같은 금액을 손금으로 계상하여 법인세를 신고하였다.", "그런데 피고는 원고와 특수관계에 있는 A○○로부터 수입한 TN005AM의 매입가격이 과도하게 높게 정해진 것으로 보아, 제3자 법인인 주식회사 태○뉴트라테크(이하 '태○'이라 한다)가 T○○로부터 수입하는 원재료인 200X Freeze Dried Aloe Powder'(TN003)(이하 'TN003'이라 한다)의 수입단가인 1kg당 미화 181.6~181.7 달러를 정상가격으로 보고 그 차액 합계 13억 8,054만 원을 손금불산입하였다.",(나) 원고는 2010~2013 사업연도에 자연농원, 일구농산, ○○름농산 등(이하 '일구농산 등'이라 한다)으로부터 알로에 생초 7,281,519kg을 매입하면서 64억 8,054만 원의 계산서를 수취하고, 한라알로에영농조합법인(이하 '한라알로에'라 한다)으로부터 알로에 건조 및 분쇄에 대한 대가로 38억 3,265만 원의 계산서 및 세금계산서를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

피고는 원고가 알로에 생초 매입량을 과다 계상하여 32억 3,620만 원을 가공매입하고, 건조ㆍ분쇄 수량을 과다 계상하여 22억 5,795만 원을 가공매입한 것으로 보아 합계 54억 9,415만 원을 매입세액 불공제 및 손금불산입하였다.

(다) 원고는 2010~2013 사업연도에 홍○○ 및 그 특수관계인들이 원고의 법인신용카드를 사용한 금액을 복리후생비, 행사비, 해외출장비 등의 손금으로 계상하여 법인세를 신고ㆍ납부하였으나, 피고는 그 중 2,557,450,540원이 업무와 무관한 사적 사용에 해당한다는 이유로 위 금액을 손금불산입하였다.

(라) 피고는 위와 같은 손금불산입 등2)을 통해 2015. 9. 10. 원고에 대하여, 원고의 2010~2013 사업연도 법인세와 관련하여 별지3 표 '법인세 고지세액'란 기재와 같이 합계 8,916,595,359원(가산세 합계 3,404,398,108원 포함)을 증액하여 경정ㆍ고지하였고, 원고의 2010년 1기분~2013년 2기분 부가가치세와 관련하여 별지3표 '부가가치세 고지세액'란 기재와 같이 합계 417,533,725원(가산세 합계 189,730,564원 포함)을 증액하여 경정ㆍ고지하였으며, 생초 매입 및 건조ㆍ분쇄 과다계상 금액은 사외유출되어 대표자인 유○○에게 귀속된 것으로 보고, 사적 사용 법인신용카드 사용금액은 사외유출되어 각 카드 사용자에게 귀속된 것으로 보아 합계 16,384,543,400원에 대하여 별지4 표 '소득금액'란 기재와 같이 귀속자별로 소득금액변동통지를 하였다.

다. 원고는 2015. 3. 27.자 처분에 대하여 2015. 6. 23.에, 2015. 9. 10.자 처분에 대하여 2015. 12. 2.에 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 6. 7. 위 각 청구가 기각되었다(이하 위 각 처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 2004, 2005 사업연도 법인세 부분

유○○ 등은 이 부분에 관하여 사기 기타 부정한 행위로 위와 같이 법인세를 포탈하였다는 이유로 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)으로 기소되었으나 제1심 법원에서 무죄판결을 선고받았고, 항소심에서도 동일하게 판단하여 그 판결이 확정되었다. 따라서 원고에게 '사기 기타 부정한 행위'가 있었다고 볼 수 없고, 결국 2004, 2005 사업연도 법인세는 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따라 이를 부과할 수 있는 날인 2004 사업연도 법인세의 경우 2005. 4. 1.부터, 2005 사업연도 법인세의 경우 2006. 4. 1.부터 각 5년의 부과제척기간이 도과하였으므로 무효라고 할 것이어서 그 확인을 구하는 의미에서 취소를 청구한다.

나. 유○○에 대한 2004년, 2005년 각 소득금액변동통지 부분

유○○에 대한 2004년, 2005년 각 소득금액변동통지에 따른 원고의 원천징수의무는 그 원천납세의무인 유○○의 소득세 납세의무를 전제로 하는 것으로서 위 소득세 납세의무가 부과제척기간의 도과로 소멸하면 원고의 원천징수의무도 인정되지 않는다.

그런데 피고는 2004, 2005 각 사업연도의 사외유출된 소득금액을 유○○에게 인정상여 처분하고 소득금액변동통지를 하였는바, 유○○의 상여로 인한 종합소득세 부과제척기간의 기산일은 각 2005. 6. 1., 2006. 6. 1.이고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따라 위 종합소득세의 부과제척기간은 5년이므로, 2015. 3. 27. 및 2015. 9. 10. 한 위 각 소득금액변동통지는 원천납세의무인 종합소득세가 부과제척기간의 도과로 소멸한 이후에 이루어진 것으로서 무효이므로 그 확인을 구하는 의미에서 취소를 청구한다.

다. 2010년~2013년 귀속 법인세, 부가가치세 증액경정처분 및 소득금액변동통지 부분

(1) 원고가 수입한 TN005AM과 태○이 수입한 TN003은 산도(pH), 수분함량 등에 있어 차이가 나 동일하거나 유사한 제품이라고 보기 어렵고, 알로에 관련 화장품 및 건강보조식품을 생산하는 제조업체인 원고가 중간판매상이라고 할 수 있는 A○○로부터 TN005AM을 주문제작하여 공급받는 것과 수입도매상 태○이 제조사인 T○○로부터 TN003을 공급받는 것은 구매자 및 공급자의 지위, 거래 단계와 거래 형태 및 계약조건 등을 달리하여 양자 간에 비교가능성이 없다. 설령 비교가능성이 있다고 하더라도 피고는 정상가격을 산정함에 있어 합리적인 조정작업을 전혀 거치지 아니한 채 태○이 수입한 TN003의 단가를 정상가격으로 특정하였다. 따라서 이에 따라 산출된 가격을 바탕으로 이루어진 2010~2013 사업연도 법인세 증액경정처분은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 피고는 알로에 생초 매입비 및 건조ㆍ분쇄비의 가공매입액과 법인신용카드의 사적 사용금액을 이 사건 형사판결에서 인정한 금액보다 과다하게 산정하였으므로, 이를 전제로 이루어진 2010~2013 사엽연도 법인세 증액경정처분과 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다.

(3) 따라서 피고가 산출한 정상가격을 전제로 이루어진 2010~2013 사업연도 법인세 증액경정처분을 취소하고, 가공매입액 및 법인신용카드의 사적 사용금액을 이 사건 형사판결에서 인정한 금액으로 볼 경우 이에 따른 원고의 2010~2013 사업연도 법인세 및 부가가치세는 별지5 표 '정당한 세액'란 기재 각 해당 금액과 같고, 같은 연도 소득 금액변동통지처분은 별지4 표 '정당한 귀속금액'란 기재 각 해당 금액과 같으므로, 피고가 2015. 9. 10. 원고에 대하여 한, 2010~2013 사업연도 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함)과 소득금액변동통지 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지6 기재와 같다.

4. 판단

가. 2004, 2005 사업연도 법인세 부분

(1) 인정사실

(가) 유○○, 홍■■은 원고의 계좌에서 2004년 총 105억 9,700만 원, 2005년 총 70억 6,300만 원을 100만 원권, 1,000만 원권 자기앞수표로 인출하여 홍□□에게 지급 하였다.

(나) 홍□□는 위 수표를 보관하고 있다가 2014. 2. 21.부터 2014. 5. 8.까지 홍□□, 홍□□의 내연녀인 임수복, 임수복의 사위인 이용혁 명의의 계좌로 분산하여 입금하였다.

(다) 유○○, 홍■■, 홍□□은 위 사실에 관하여 교육훈련비, 행사비, 연수비, 알로에 생초구입비, 건조비, 분쇄비 등을 과다 계상하고 원고의 소득금액을 과소 신고하는 방법으로 원고의 회사자금 합계 176억 6,000만 원을 업무상 횡령하여 비자금을 조성함과 아울러 사기 기타 부정한 행위로써 법인세를 포탈하였다는 이유로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 및 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)로 기소되었다.

(라) 제1심 법원은 2017. 1. 13. 유○○ 등에 대한 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 사실은 유죄로 인정하면서도, 횡령금액을 반영하여 2004년, 2005년 원고의 재무제표를 허위로 기재한 것과는 별개로 재무제표 작성의 근거가 되는 원고의 분개장, 계정별원장 등의 '장부'를 허위로 작성하였다는 사실을 인정하기 어렵고, 원고의 계좌에서 인출한 자기앞수표를 홍□□에게 지급한 다음 차명계좌 등을 이용함 없이 약 9년간 보관하고 있다가 2014년에 이르러서야 위와 같이 분산하여 입금한 것만으로는 차명계좌 등을 적극적으로 이용하여 원고의 소득을 '은닉'하였다고 단정하기 어려우며, 2003년 당시의 교육훈련비 등의 액수 및 매출액 대비 매출원가 비율과 비교하여도 2004년, 2005년의 교육훈련비 등이 오히려 하락하였거나 큰 차이가 없어 위와 같은 과다 계상 사실을 인정하기도 어렵고, 검사가 추산한 원고의 알로에 매입량이 실제보다 과소할 가능성을 배제할 수 없어 원고가 생초구입비 등을 과다 계상하였다고 보기 어렵다는 등의 이유로 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)의 점에 관하여는 무죄를 선고하였다 인천지방법원 2015고합162, 764(병합) .

(마) 위 제1심 판결 중 위 무죄 부분에 관하여 검사가 항소하였으나, 항소심 법원에서도 2017. 7. 7. 제1심 법원과 판단을 같이 하여 검사의 위 부분에 관한 항소가 기각되었다(서울고등법원 2017노256).

(바) 위 항소심 판결에 대하여 피고인들 일부가 상고하였다가 모두 취하하여 위 항소심 판결이 그 무렵 확정되었다(이하 '이 사건 형사판결'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 판단

(가) 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효인바(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결 등 참조), 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것3), 이하 같다) 제26조의2 제1항은 국세 부과의 제척기간을 규정하면서 그 기간을, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(1호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(2호), 위의 경우에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년(3호)으로 정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않으며(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 등 참조), 조세범 처벌법 제3조 제1항, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조 제1항, 제2항 등에서는 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하는 경우 포탈세액 등의 다과에 따라 2년 이하의 징역 또는 포탈세액 등의 2배 이하에 상당하는 벌금부터 최고 무기 또는 5년 이상의 징역과 포탈세액 등의 2배 이상 5배 이하에 상당하는 벌금에 처하도록 규정하고 있어 '사기 기타 부정한 행위'는 형사처벌의 구성요건으로 되어 있으므로, 어떠한 행위가 조세법상 '사기 기타 부정한 행위'에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두29168판결 등 참조).

(나) 피고는, 원고가 2004년, 2005년 공인회계감사반으로부터 회계감사를 받았고, 감사반은 '적정 감사의견'을 제시하였는바, 회계감사시에는 법인계좌와 관련 금융기관의 잔고를 장부와 확인ㆍ대조하기 때문에 적정 의견을 받은 이상 원고가 장부에도 가공경비를 계상하였음을 능히 추단할 수 있는 점, 2004년, 2005년 원고의 계좌에서 약 176억 원을 소액의 수표로 인출하여 홍□□ 등을 통해 9년간 보관하면서도 법인계좌와 장부상 현금잔액이 일치하게 회계처리한 것은 재산의 은닉이라고 볼 것인 점, 원고는 2005년 행사비 지출 기안문상 행사비는 229,123,680원임에도 손익계산서상으로는3,439,749,396원으로 신고하는 등 하였고, 원고가 제출한 매입처별세금계산서 합계표 및 계산서 합계표상의 구입대금과 한빛농원이나 한라알로에의 금전출납부상 실제 수매 및 건조, 분쇄비 등을 대조하여 보면, 원고가 2004년, 2005년에 알로에 생초비, 건조비 및 분쇄비를 과다 계상하였음을 알 수 있는 점, 유○○ 등이 당초 관련 범행을 부인하다가 관련 자료를 통하여 범행이 드러나자 비로소 죄를 인정한 점 등에 비추어, 원고가 '사기나 그 밖의 부정행위'로 법인세를 포탈하였음을 인정할 수 있다고 주장한다. 그러나 관련 형사사건에서 유○○ 등의 사기나 그 밖의 부정행위로 인한 법인세 포탈 범죄사실에 관하여 무죄가 확정된 사실은 앞서 본바와 같다. 그리고 피고가 주장하는 사정이나 제출한 증거들만으로 원고가 허위장부를 작성하고 차명계좌를 반복적으로 활용하며, 허위 매입세금계산서를 작성하는 등 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였다고 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할만한 자료가 없으므로(장부 및 증빙서류의 법적 보존기간이 이미 도과하였으므로, 원고에게 이에 대한 책임을 부담하게 할 수도 없다), 원고가 2004, 2005 사업연도 법인세를 '사기나 그 밖의 부정한 행위'로 포탈하였다고 할 수 없고, 위 각 부분의 법인세에 관하여는 5년의 부과제척기간이 적용된다.

따라서 이 사건 각 처분 중 2004, 2005 사업연도의 각 법인세 부분은 부과제척기간의 기산일로서 위 각 법인세의 신고기한인 2005. 3. 31. 및 2006. 3. 31.의 다음날인 2005. 4. 1. 및 2006. 4. 1.(구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호)로부터 5년이 경과한 이후에 이루어졌음이 역수상 명백하므로 무효이다.

나. 유○○에 대한 2004년, 2005년 각 소득금액변동통지 부분

법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나, 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본바와 같이 원고가 사기 그 밖의 부정한 행위를 하였다고 인정하기 어려울 뿐만 아니라 설령 피고가 주장하는대로 원고가 사기 그 밖의 부정한 행위를 하였다고 하더라도 이는 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 유○○이 장차 위와 같이 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 원고의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없고, 결국 유○○의 2004년, 2005년 귀속 소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다. 한편, 소득처분으로 인한 소득세 납세의무는 소득의 귀속시기가 속한 과세연도가 종료하는 때인, 2004 귀속연도의 경우 2005. 6. 1., 2005 귀속연도의 경우 2006. 6. 1.에 각 성립하므로, 2015. 3. 27. 및 2015. 9. 10. 한 위 각 소득금액변동통지는 역수상 원천납세의무인 소득세 납세의무가 부과제척기간의 도과로 소멸한 이후에 이루어진 것으로서 무효이다. 피고는 유○○에 대한 실지 귀속을 처분사유로서 추가한다고도 주장하나, 피고가 주장하는 사정이나 제출한 증거들만으로 원고가 조성한 비자금이유○○에게 실제로 귀속되었다는 사실을 인정하기에 부족하다.

다. 2010년~2013년 귀속 법인세, 부가가치세 증액경정처분 및 소득금액변동통지 부분

(1) 이전가격을 통한 소득조정의 위법 여부

(가) 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항에서는 '과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.'고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항 제1호에서는 정상가격의 산출방법으로서 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법인 '비교가능 제3자 가격방법'을 규정하고 있다.

그리고 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제5조 제1항에서는 '법 제5조 제1항에 따라정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다'고 규정하면서 제1호에서 '특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우, 나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우'로 규정하고 있다. 그리고 이처럼 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소를 고려해야 하고(같은 령 제5조 제2항), 비교대상 재화 간에 동질성이 있는 경우라 하더라도 거래 시기, 거래 시장, 거래 조건, 무형자산의 사용 여부 등에 따른 차이가 합리적으로 조정될 수 있어야 한다(국제조세조정에 관한 시행규칙 제2조 제2항 제1호).

따라서 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세 조정에 관한 법률 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, ① 우선 비교가능성의 유무에 관하여 살펴보면, 갑 제7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 곧 a) TN005AM과 TN003은 모두 화장품의 원료로 사용되는 물질인데 화장품의 경우 얼굴 등 피부에 직접 도포하기 때문에 미세한 성분이나 성상의 차이만으로도 효능이 다를 수 있는바, TN005AM은 산도(pH)가 4.91임에 반하여 TN003은 4.45로서 산도 차이가 적지 아니하며, 수분함량도 TN005AM은 2.9임에 반하여 TN003은 3.2인 점 (비록 두 제품 모두 동결건조한 알로에 분말로서 다당체 함량이 100mg/g 이상이고, 원고의 구매담당 직원 또한 두 제품이 가장 비슷하다고 진술한 바 있다고 하더라도 화장품의 원료로 사용되는 점을 감안하면 그것만으로 두 제품이 동일 내지 유사한 제품이라고 단정하기 어렵다), b) 과세 대상이 되는 거래는 원고가 A○○를 통해 T○○가 제작한 제품을 수입하여 화장품 등을 제조하는 형태인데 반하여 비교대상 거래는 태○이 직접 T○○로부터 제품을 수입하여 이를 다른 제조사들에게 재판매하는 형태인바, 제품 구매자 및 판매자의 지위, 거래형태 등이 다르고, 그러한 점은 판매가격 및 매출원가에 영향을 미칠 것으로 보이는 점(이에 대하여 피고는, A○○는 원고의 사주 유○○이 100% 지분을 소유한 특수목적법인으로 A○○가 실제로 수출통관 업무를 하고 있음을 인정할 자료가 없고, 원고 외에 다른 매출처가 없으며, 원고는 T○○로부터 연평균 2,204,038,269원의 TN005AM을 구입하고, 매년 5,988kg 이상의 알로에를 수입하고 있어 대량구입에 따른 할인율이 적용될 가능성이 높음에 반하여, 태○은 T○○로부터 TN003을 연평균 89,500,933원밖에 수입하지 않고 1kg 단위로 소량 구매하고 있어 대량구입에 다른 할인율을 적용 받기 어려워 원고의 경우와 유사한 시장 수준에 놓여 있다고 주장하나, 피고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하고 설령 인정된다고 하더라도 원고가 구입한 제품은 별도의 주문제작 상품이고, 태○이 구입한 제품은 대량 생산되는 기성품인 점까지 더하여 보면 유사한 시장 수준이라고 단정할 수 없다) 등을 종합하여 보면, 원고의 거래와 비교대상 거래 사이의 비교가능성이 높다고 인정하기 어렵다. ② 설령 그 사이에 비교가능성이 있다고 하더라도 양 제품 사이에는위와 같은 제품상, 거래구조상의 차이가 존재함에도 피고는 이에 관한 합리적인 조정절차를 거치지 아니한 채 비교대상 거래의 단가를 정상가격으로 특정하였다. 따라서 피고의 위와 같은 정상가격의 산정은 위법하므로, 이를 전제로 한 법인세 증액경정처분은 위법하다.

(2) 가공매입액 및 법인신용카드 사적 사용금액 산정의 위법성

(가) 인정사실

1) 원고의 알로에 생초 매입비 및 건조ㆍ분쇄비의 가공매입액과 관련하여 피고

가 산출한 금액과 이 사건 형사판결에서 인정한 금액의 구체적 내역은 아래 표 기재와

같다.

2) 원고의 법인신용카드 사적 사용금액과 관련하여 피고가 산출한 금액과 이

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제3, 8, 9, 10, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(나) 판단

이 사건 형사판결에서 원고의 가공매입액 및 사적 사용금액을 위와 같이 판단 하였고, 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 해당 금액이 이 사건 형사판결상의 가공매입액 및 사적 사용금액을 초과한다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

① 피고는 생초매입비와 관련하여 2013. 1.까지는 표선농협이 일구농산 등 에게 공급한 생초 수량을 확인하였고, 2013. 1.부터는 농민이 정상적으로 일구농산 등 에게 공급한 생초 수량을 확인하여 이를 원고가 신고한 일구농산 등으로부터의 생초 매입 및 결재내역과 비교ㆍ대조하였다고 주장한다. 그러나 피고가 위 주장에 대한 증거로 제출한 을 제8호증은 이 사건 형사판결의 형사재판 당시에도 제출되었던 증거들일 뿐만 아니라 일구농산 등이 오로지 표선농협으로부터 매입한 수량만을 원고에게 공급하였다고 단정하기 어렵다.

② 피고는 건조ㆍ분쇄비와 관련하여 건조된 알로에의 중량과 분쇄된 알로에의 중량이 동일하고 건조 및 분쇄 공정을 거치더라도 질량은 보존되어 중량 손실이 일어나지 않음을 전제로, 알로에 분말가루가 제주알로에영농조합법인(이하 '제주알로에'라 한다)에서 한라알로에로, 한라알로에에서 원고로 공급되는데, 제주알로에의 분쇄용역에 대한 세금계산서상의 수량이 105,480kg임에 반하여 한라알로에의 분쇄용역에 대한 세금계산서상의 수량은 255,510kg으로 상이하여 한라알로에가 원고에게 150,030kg만큼 가공된 세금계산서를 교부한 것으로 판단했다고 주장하며 을 제9호증을 그 증거로 제출하였다. 그러나 을 제9호증에는 알로에 건조ㆍ분쇄 수량을 정상 수량과 가공 수량으로 구분하여 가공수량에 건조ㆍ분쇄 단가를 곱하여 건조ㆍ분쇄비 가공매입액으로 산정하고 있는데, 정상 수량과 가공 수량을 구분하는 기준이 무엇인지 분명하지 않고, 가공수량으로 특정한 근거가 무엇인지도 알 수 없다. 게다가 알로에를 건조ㆍ분쇄하는 과정에서 중량 손실이 일어나지 않는다는 점을 알 수 있는 별다른 자료도 발견할 수 없다.

③ 법인신용카드 사적 사용금액에 대하여도 피고의 주장을 뒷받침할만한 증거 중 이 사건 형사판결에 현출되지 아니한 추가 증거를 발견할 수 없다.

(3) 정당한 세액 및 귀속금액

피고의 정상가격 산정을 통하여 산출된 증액된 법인세 부분을 제외하고, 이 사건 형사판결에서 인정한 가공매입액 및 법인신용카드 사적 사용금액을 전제로 산출한2010~2013 사업연도 법인세 및 부가가치세의 구체적 내역이 별지3 표 '정당한 세액'란 기재 각 해당 금액과 같고4), 같은 기간 소득자별 귀속금액은 별지4 표 '정당한 귀속금액'란 기재 각 해당금액과 같음은 당사자 사이에 다툼이 없다.

(4) 소결론

따라서 피고가 2015. 9. 10. 원고에 대하여 한, 별지3 표 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함) 중 같은 표 '정당한 세액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분과, 별지4 표 기재 각 소득금액변동통지 중 같은 표 '정당한 귀속금액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분은 각 위법하므로 각 취소되어야 하고, 원고의 주장 중 위 법인세 및 부가가치세에 관한 나머지 부분(별지5 표 기재 2010~2013 사업연도 법인세 및 부가가치세 중 2012, 2013 사업연도 각 본세를 제외한 나머지 부분)은 이유 없어 받아들일 수 없다.

5. 결론

그렇다면 별지1, 2 표 기재 각 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 부분은 무효이지만, 앞서 본 바와 같이 외형상으로는 부과처분 및 소득금액변동통지가 존재하여 원고로서는 이를 면하기 위하여 그 무효 확인을 구할 법률상 이익이 있고, 무효선언을 구하는 의미에서 그 취소를 구하는 원고의 이 부분에 관한 각 청구와 별지4 표 기재 각 소득금액변동통지 부분에 관한 청구는 이유 있어 이를 각 인용하고, 별지5 표 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분에 관한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 이용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.