1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

-사단법인 ○○연구소는 서울시로부터 2005년 사단법인 설립허가(제2005-39호), 비영리민간단체등록(제873호)를 받은 비영리공익법인으로 2013년 현재 기획재정부로부터 지정기부금단체로 등록되어 있는 단체임

- 본 연구소는 법인설립의 취지와 목적사업을 실현하기 위하여 일정 토지를 증여받아 현재 측량이 진행되고 있으며, 2013년도에 등기 이전이 된 이후에 사업이 진행될 예정임

O 질의내용

- 상증법 제48조에 따르면 공익법인은 “출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년이내에 사용하여야 한다”고 되어 있는데, 이는 3년 이내에 목적사업이 모두 완료되는 것을 의미하는지 아니면 건물신축의 경우 3년 이내에 목적사업과 관련하여 착공이 개시되면 목적사업을 하는 것으로 인정하는지

2. 질의 내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O상속세 및 증여세법제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다. <개정 2011.12.31>

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

②세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25>

1.출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

① 법 제48조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 재산”이란 제12조 제1호에 따른 종교사업에 출연하는 헌금(부동산ㆍ주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

②법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다.다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. (2012. 2. 2. 개정)

○상속세 및 증여세법 기본통칙 48-38…2 【 직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위 】 법 제48조 제2항에서 직접공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 각 호의 구분에 따른다.<개정 2011.05.20.>

1. 출연재산이 현금인 경우

가. 직접공익목적사업용 재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

나. 직접공익목적사업비로 지출한 금액

다. 수익사업용 또는 수익용재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

2. 출연재산이 제1호 외의 재산인 경우

가. 직접공익목적사업에 사용하는 재산의 금액

나. 수익사업용 또는 수익용재산으로 사용되는 재산의 금액

다. 당해 출연재산을 매각한 대금으로 제1호 각목의 용도에 지출한 금액

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】

법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업 (2008. 2. 22. 개정)

3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

4. 「의료법」 또는 「정신보건법」의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업 (2005. 8. 5. 개정)

5. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 (2005. 8. 5. 개정)

6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업

7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업 (1996. 12. 31. 개정)

8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

9. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다. (2007. 2. 28. 개정)

10. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. (2012. 2. 2. 신설)

11. 제1호 내지 제5호ㆍ제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 (2012. 2. 2. 호번개정)

나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재산세과-360, 2010.06.04

[ 제 목 ] 종교단체가 출연 받은 토지 위에 예배당을 신축하는 경우 토지의 직접공익목적사업 사용 시기

[ 회 신 ] 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호에 해당하는 사업을 영위하는 종교단체가 토지를 출연 받아 그 토지 위에 예배당을 건축하여 공익목적사업에 사용하는 경우로서출연 받은 날부터 3년 이내에 예배당 건물신축공사를 착공한 때에는 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제1호에 해당하지 아니하는 것임

<질의> 종교단체가 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적에 사용하지 아니한 경우에는 종교단체가 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하는 것임

다만, 법령상·행정상 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정하고 이를 관할세무서장에게 보고한 경우는 제외하는 것임

- 종교단체가 토지를 출연받아 예배당 등을 신축하는 경우3년 이내에 직접 공익목적에 사용함이란 건축물의 착공일을 기준으로 하는지 또는 준공일을기준으로 하는지(준공일 기준인 경우 공사기간은 부득이한 사유에 해당되는지)

○ 재산세과-83, 2013.03.18.

1. 「상속세 및 증여세법」제48조제2항제1호에 따라 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하는 것으로 “직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위”는 같은 법 기본통칙 48-38…2에 따르는 것임.

2. 귀 질의의 경우 정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련되어 지출하는 비용은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것으로 기존 해석사례(기획재정부 재산세제과-89, 2011.02.01, 재산세과-455, 2010.06.28.)를 참고하시기 바람.