구 조세감면규제법 제16조 제1항(1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 은 제조업, 광업 또는 대통령령이 정하는 사업(이하 '제조업 등'이라고 한다)을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액 또는 소득금액의 일정 비율에 상당하는 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있는바, 위 규정은 위 규정에서 들고 있는 제조업 등의 사업에 있어서 기술의 개발 또는 혁신을 위한 투자를 유도하기 위하여 세제상의 특혜를 부여하는 취지이므로, 위 취지에 비추어 볼 때 위 제조업 등의 사업과 이에 해당하지 않는 사업을 겸영하는 경우에는 손금에 산입할 기술개발준비금의 최고한도를 정하는 기준이 되는 당해 과세연도의 수입금액 또는 소득금액은 제조업 등의 사업에서 발생한 당해 과세연도의 수입금액 또는 소득금액으로 해석함이 상당하다 고 할 것이다.

이와 반대의 견해에서 제조업 등과 다른 사업을 겸영하는 사업에 있어서 손금에 산입되는 기술개발준비금의 기준이 되는 법인의 소득금액을 그 법인의 총 소득금액으로 보고 이 사건 부과처분이 위법하다고 판시한 원심판결에는 위 조세감면규법 제16조 제1항 의 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이고, 이를 지적하는 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.