2. 항소비용은 원고가 부담한다.

피고가 2005.4.1. 원고에 대하여 한,2000 사업연도 법인세 208,365,100원 2001 사업연도 법인세 167,395,270원, 2002 사업연도 법인세 326,934,390원, 2003 사업연도 법인세 90,646,890원, 2000년 1기분 부가가치세 26,293,400원, 2000년 2기분 부가가치세 48,442,410원, 2001년 1기분 부가가치세 13,150,530원, 2001년 2기분 부가가치세 48,587,470원, 2002년 1기분 부가가치세 59,619,040원, 2002년 2기분 부가가치세 73,575,490원, 2003년 1기분 부가가치세 29,023,470원, 2003년 2기분 부가가치세 4,260,430원, 2004년 1기분 부가가치세 522,230원의 각 부과처분 및 2000년 귀속 428,863,470원, 2001년 귀속 377,475,881원, 2002년 귀속 940,749,920원, 2003년 귀속 282,951,405원의 각 소득금액 변동통지를 모두 취소한다.

2. 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[서울행정법원2007구합3022 (2008.1.29)]

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 13, 갑제2호증의 1내지 8, 갑제3, 4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 전기침대, 의료기기, 가구 등의 제조업 및 바이오세라믹 가공업 등을 사업목적으로 하여 1992. 12. 16. 설립된 회사이다.

나. 피고는 2005. 3. 14.부터 같은 해 4. 11.까지 원고에 대하여 세무조사를 한 결과 원고가 2000. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 기간 동안 아래 표와 같이 합계 2,034,818,676원(부가가치세 184,983,516원 포함) 상당의 소매매출액을 신고누락한 사실을 확인하고 이를 법인세 계산시 익금에 산입하는 한편, 부가가치세 매출 과세표준에 가산하여 2005. 4. 1. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 부과처분(이하 '이 사건 각 부과처분'이라 한다)을 하였고, 또한 원고가 신고누락한 소매매출액 공급대가(공급가액에 부가기치세를 더한 금액)의 귀속이 불분명하다는 이유로 그 금액을 원고의 등기부상 대표이사인 최○○에 대한 상여로 소득처분하여 2005. 4. 1. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 소득금액변동통지(이하 '이 사건 각 통지'라 한다)를 하였다(이하 위 각 법인세 및 부가가치세의 부과처분과

기분

연도

1기

2기

계

공급대가

공급가액

공급대가

공급가액

공급대가

공급가액

2000년

146,230,000

132,936,364

282,633,470

256,939,518

428,863,470

389,875,882

2001년

81,588,219

74,171,108

295,887,662

268,988,784

377,475,881

343,159,892

2002년

407,336,820

370,306,200

533,413,100

484,921,000

940,749,920

855,227,200

2003년

244,992,000

222,720,000

37,959,405

34,508,550

282,951,405

257,228,550

2004년

4,778,000

4,343,636

4,778,000

4,343,636

계

884,925,039

804,477,308

1,149,893,637

1,045,357,852

2,034,818,676

1,849,835,160

위 각 소득금액변동통지를 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2005. 7. 5. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 심사청구일로부터 90일이 지나도 결정통지가 없자 국세기본법 제56조 제3항의 규정에 의하여 이 사건 소송을 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1-1, 2, 을 1-1~4, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2000. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 실제 매출신고누락액은 원고의 실제 공급대가에서 원고가 신고한 공급대가를 차감한 318,823,968원임에도 피고는 검찰의 최○○에 대한 특정범죄가중처벌등에 관한법률위한(조세) 등 사건에 대한 수사결과에만 의존하여 원고가 위 기간동안 2,034,818,676원을 신고누락하였음을 전제로 이 사건 각 부과처분을 하였는바, 이 사건 각 처분은 위와 같이 추측에 근거한 처분으로서 근거과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

○ 법인세법 제15조(익금의 범위)

①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③제1항의 규정에 이한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제66조(결정 및 경정)

②납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제67조(소득처분)

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하겨나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위)

법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액・판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. 단서 생략

○ 법인세법 제106조(소득처분)

①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제13조(과세표준)

①재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 제21조(결정 및 경정)

①사업장 관할세무서장・사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 인정사실

앞에서 든 각 증거에 을제1 내지 4호증의 각 1 내지 11, 을제5 내지 13호증의 각 1내지 5, 을제14, 15호증, 을제16호증의 1내지 4, 을제17호증의 1 내지 5, 을제18 내지 21호증이 각 1, 2, 을제22, 23호증ㅇ, 을제24호증의 1, 2, 을제26호증의 1 내지 4, 을제 27, 28호증, 을제29호증의 1 내지 5, 을제30호증의 1 내지 7, 을제31호증, 을제32호증의 1의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) ○○지방검찰청 ○○지청장은 2005. 3. 4. 피고에게 원고의 실제 경영주인 최○○에 대한 횡령, 뇌물공여 등 내사사건에 대한 수사과정에서 원고가 2000. 1.부터 2004. 6.까지 기간동안 소매매출분을 신고누락하는 방법으로 부가가치세 및 법인세를 탈루한 사실을 확인하고 동 신고누락 금액에 대한 관련 조세를 부과하고 원고와 실행위자 최○○을 조세범처벌법 제9조 제1항 제3호의 규정에 의거 고발하도록 의뢰하면서, 피고에게 그 증빙서류로 수사보고서(을제16호증의 2), 2000. 1.월~ 2004. 6.월(주)○○산업 소매매출분 신고누락금액 내역(을제16호증의 3, 이하 '이 사건 매출누락내역표'라 한다), (주)○○산업 경리과장 김○○의 진술조서(을제16호증의 4)등을 송부하였다.

(2) 이에 피고는 2005. 3. 9. 원고 및 최○○을 ○○지방검찰청 ○○지청에 고발하는 한편 2005. 3. 14.부터 2005. 4. 11.까지 원고의 2000 사업연도 및 2002 사업연도 법인세 경정 세무조사를 실시하여 당시 원고의 경리차장인 김○○로부터 원고가 2001. 1월부터 2004. 6월까지의 기간동안 공급가액 합계 1,849,835,160원의 소매매출액을 신고누락하였다는 내용의 확인서(을제20호증의 1, 2)를 징구받은 다음, 위와 같이 ○○지청장으로부터 송부받은 수사보고서, 이 사건 매출누락내역표, (주)○○산업 경리과장 김○○의 진술조서와 김○○의 확인서의 기재내용이 서로 부합함에 따라 이와 같은 문서들에 근거하여 원고에게 이 사건 각 처분을 하였다.

(3) 한편 ○○지청장이 피고에게 원고 등을 고발하도록 의뢰하면서 증빙서류로 송부한 김○○의 진술조서(을제16호증의 4)를 보면, 김○○는 원고의 매출대금을 회계처리하고 세무업무를 담당하던 경리과장으로서 원고의 매출대금 중 일부를 법인계좌가 아닌 장○○, 장○○ 등 개인계좌에 별도로 입금받아 이를 원고의 비자금으로 조성하여 관리하였다고 진술하고 있고, 수사보고서(을제16호증의 2) 및 이 사건 매출누락내역표에 의하면, ○○지청장은 계좌추적 및 위 김○○의 진술 등을 근거로 2000. 1.부터 2004. 6.까지 기간동안 원고의 소매매출분 신고누락금액을 2,034,818,676원(공급대가임, 공급가액으로는 1,849,835,160원)으로 확정하고 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

(4) 수사기관에서 이 사건 매출누락내역표 기재와 같이 원고의 2000. 1.부터 2004. 6.까지 소매매출분 신고누락금액을 2,034,818,676원으로 확정하게 된 경위는 아래와 같다.

(가) 김○○는 2002. 2. 경 원고 회사에 사원으로 입사를 하였으나 경력을 인정받아 2002. 4.경 대리가 되었고 현재 원고 회사의 과장으로 근무를 하고 있으며, 회사의 자금출납, 세금신고, 직원 급여 업무 등 회계처리 업무를 담당하였다.

(나) 원고 회사는 대리점, 홈쇼핑, 소매, 인터넷 등으로 판매한 판매대금은 원칙적으로 원고 회사 명의로 개설된 20여개의 계좌로 입금받아 회계처리를 해 왔는데, 그 밖에 개인명의로 개설된 6개의 예금계좌(장○○ 명의의 국민은행 795-21-0000-000 및 294-21-0000-000, 장○○ 명의의 국민은행 080-25-0000-000, 김○○ 명의의 국민은행 045-21-0000-000, 김○○ 명의의 국민은행 294-21-0000-000, 이○○ 명의의 국민은행 294-21-0000-000 등, 이하 이를 모두 '이 사건 개인계좌'라고 한다)를 통하여 매출대금을 입금받기로 하였는바, 그 계좌명의는 원고 회사의 회장으로 불리우는 최○○의 처로서 원고 회사의 전무인 장○○의 계좌를 제외하고는 회사 직원이나 그들의 인척명의를 빌린 차명계좌이고, 김○○는 장○○의 계좌를 제외한 나머지 이 사건 개인계좌를 장○○의 지시에 따라 관리하여 왔다.

(다) 김○○는 최○○에 대한 검찰수사과정에서 참고인으로 성남지청에 여러 차례 출석하여 진술을 하였는데, 그 주된 내용은 ① 이사건 개인계좌를 개설한 이유는 잘 모르겠으나 장○○이 비밀번호와 도장을 주어 이를 관리하여 왔으며, 매출 누락시켜 세금을 탈루하기 위한 것으로 보이고, 일부 금원을 원고 회사 계좌로 입금한 사실은 있으나 대표이사 가수금을 처리하여 그 금원도 매출신고가 되지 않았으며 그 밖에는 이 사건 개인계좌에 입금된 금원을 원고 회사 계좌로 입금시킨 것은 없다는 것, ② 이 사건 개인계좌에 입금된 금원 중에는 장○○ 개인 건물의 임대료나 적금 이자 등 회사 매출과 관련없는 금원, 사업자등록증이 있는 사람으로부터 입금된 금원, 입금자가 확인되는 소매분 매출 금원과 그 밖에 입금자가 확인되지 않는 금원부분으로 나누어 진다는 것, ③ 대리점에서 입금된 금원은 대리점 자체 내에서 원고 회사에 입금한 것으로 처리하였으므로 매출 누락여부는 확인해 보아야 알 수 있고, 입금자가 확인이 되는 소매 매출분은 대부분 신고 누락되었을 것이나 그 중 2001년도분 소매매출 신고액 174,054,547원 중 일부가 포함되어 있을 것으로 보이며, 입금자가 없는 금원은 은행에 가서 직접 입금한 금원으로 직원이 직접 매출대금을 입금한 경우도 있을 수 있으나 확인해 보아야 한다는 것, ④ 2004년 ERP(전자회계처리시스템) 도입 전에는 따로 비밀매출장부를 가지고 있었고 본인이 이를 관리하고 있었는데 2004년 결산을 하면서 그 장부들을 공장 내 문서보관창고에 보관하였으나 폐기한 것 같다는 것 등이다.

(라) 또한 김○○는 검찰조사과정에서 이 사건 개인계좌에 입금된 금원을 입금자명을 토대로 확인 검토하여, 총 입금액은 10,538,952,395원, 그 중 영업대금과 무관한 돈은 452,613,906원, 사업자등록증이 있는 사람으로부터 입금받은 돈은 6,523,765,312원, 소매분이 2,215,206,675원, 기타(입금자 공란) 1,347,366,502원인 것으로 정리하고, 이를 토대로 2001. 1.~ 2004. 6.(주) 장수○○의 소매매출 입금액 및 신고누락 현황(을제30호증의 2), 2000. 1. ~ 2004. 6. 소매매출 입금분 내역(을제30호증의 3 내지 7)을 정리하여 수사기관에 제출하였는데, 이에 따르면 2000. 1.부터 2004. 6.까지 신고누락된 공급대가는 2,034,818,676원이고, 공급가액은 1,849,835,160원으로서 이는 이 사건 개인계좌에 입금된 총 금 10,538,952,395원 중 영업대금과 무관한 부분 금 452,613,906원, 사업자등록증이 있는 사람으로부터 입금된 금 6,523,765,312원, 기타(입금자 공란)으로 된 금 1,347,366,502원을 모두 제외하고, 입금자가 기명으로 된 소매분 입금액 2,215,206,675원 중에서 2001년도 분으로 기신고된 금액으로 인정한 금 180,387,999원을 공제한 금액(2,034,818,676 = 2,215,206,675 - 180,387,999)이다.

(마) 이러한 이 사건 개인계좌의 각 입금 내역과 김○○의 진술 등을 토대로 성남지청검사는 이 사건 매출누락내역표 기재와 같이 매출 누락금액을 2,034,818,676원으로 확정하였다.

라. 판단

(1) 살피건대, 납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있으므로, 수사기관에서의 진술내용을 담은 문서도 그 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 경우에는 그 다른 자료의 하나로서의 적격을 갖는다고 할 것이고(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누149 판결 등 참조), 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임을 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고 회사가 그 매출대금의 입금계좌로 회사 명의로 20여개의 거래계좌를 개설하여 두고 이를 이용하여 금융거래를 하고 있었음에도, 굳이 이 사건 개인 계좌를 개설하여(그 중 5개의 계좌는 차명계좌이다) 그 계좌를 통하여 원고의 매출대금을 입금받는 등 이를 사용하게 된 연유에 대하여 합리적인 설명을 하지 못하고 있는 상황이라면, 이러한 비정상적인 방법으로 매출금액을 관리하여온 원고 스스로가 이 사건 개인계좌에 입금된 회사의 매출금액에 대하여 적절한 방법으로 이를 소명해야할 필요가 있다고 할 것인데, 앞에서 본 바와 같이 원고 회사의 실제 경영주인 최○○에 대한 횡령, 뇌물공여 등 내사사건에 대한 수사과정에서 수사기관은 원고 회사가 법인명의의 계좌이외에 이 사건 개인계좌를 이용하여 매출대금을 관리하여 왔음에 착안하여 이 사건 계좌를 관리해 온 당시 경리과장이던 김○○의 진술과 이 사건 계좌에 입금된 금원을 입금자별로 선별하여 총입금된 금액에서 영업활동과 관련이 없는 금액, 사업자등록이 있는 자로부터 입금된 금액 및 입금자의 기재가 없는 금액등을 제외하고 입금자 명의가 있는 소매매출 입금액만을 매출 누락 대상금액으로 확정한 후 그 금액에서 김○○의 진술 등에 의하여 매출신고가 된 것으로 확인된 금액을 제외한 나머지 금액만을 소액매출신고 누락금액으로 최종 확정하였고, 피고는 성남지청장으로부터 이와 같이 확정된 소매매출 신고 누락금액을 통보받고 이에 대한 입증자료인 수사보고서, 이 사건 매출누락내역표 및 김○○의 진술조서 등을 송부받은 후 이를 기초로 원고에 대하여 법인세 경정세무조사를 실시한 결과 김○○로부터 위 자료에 기재되어 있는 바와 같이 원고가 2000. 1월부터 2004. 6월까지의 기간동안 공급가액 합계 1,849,835,160원의 소매매출액을 신고누락하였다는 내용의 확인서를 징수받은 다음, 이와 같은 자료들에 기초하여 이 사건 처분을 하였는 바, 이와 같이 수사기관과 피고가 이 사건 소매매출금액을 신고누락금액으로 확정하게 된 경위에 비추어 보면, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 처분에 근거과세원칙에 위배되는 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 원고는 2000. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 실제 신고누락액은 원고의 실제 공급대가에서 원고가 신고한 공급대가를 차감하여 산출할 수 있는 것인데, 원고의 실제 공급대가는 원고의 계좌(법인계좌 및 이 사건 개인계좌를 모두 포함한 것)에 입금된 총 금액에서 매출에 대한 대가가 아닌 부분을 공제하고, 어음 또는 수표 지급액과 외상매출금 중 미회수액을 더한 금액으로서(현금 입금액 + 어음 또는 수표 수령액 + 외상매출금 중 미회수액) 위 금액은 73,092,700,888원이 되고, 위 기간 동안 원고가 신고한 공급대가는 금 72,778,654,920원이므로 그 차액인 318,823,968원 만이 신고 누락금액이라고 주장한다.

살피건대, 이론적으로 실제 공급대가에서 신고한 공급대가를 차감하면 신고누락금액을 산정할 수 있음을 원고 주장과 같으나, 구체적인 금액을 산정함에 있어 원고는 원고의 계좌에 입금된 총금액에서 매출에 대한 대가가 아닌 부분을 공제하면서 법인계좌에서 현금이나 수표로 출금되어 주거래 법인계좌로 수표로 입금된 금액은 영업과 관련없는 것으로서 공제하고 있는바, 이와 같은 금액은 출금시부터 입금시까지 이를 추적해 보지 않는 한 주거래 법인계좌에 입금된 금액이 다른 법인계좌로부터 인출된 금원임을 확인할 수 없는 것이어서 이와 같은 방식에 따라 매출신고 누락금액을 확정할 수는 없다고 할 것이다.

따라서 이와 같은 방식으로 신고누락금액을 산정하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.