가. 청구인은 OOO 소재 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 임대하는 부동산임대사업자로서, 2005년 ～ 2007년 중 청구인이 대표자로 있었던 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 쟁점건물을 임대하였다.

나. 중부지방국세청장은 OOO에 대한 2005년 ～ 2007년 법인세통합조사에서, OOO이 지급한 임차료가 「법인세법 시행령」 제89조 제4항의 적정 임차료보다 과다하다고 보아 부당행위계산부인하여 임차료 과다지급액 등을 익금산입하여 법인세를 경정·고지하였고, OOO은 심판청구를 제기하여 조세심판원으로부터 쟁점건물 인근의 3개 학원건물(이하 “비교대상건물”이라 한다)의 임대실례를 재조사하여 시가차임을 산정하라는 결정을 받았다.

다. 중부지방국세청장은 비교대상건물의 임대실례를 조사하여 OOO의 임차료가 시가에 비해 과소하다고 보아 과소지급 임차료를 청구인의 부동산임대수입 누락금액으로 통보하였고, 처분청은 청구인의 부동산임대수입 금액을 경정하여 2010.6.14. 청구인에게 2005년 제1기 부가가치세 OOO원과 2010.8.16. 청구인에게 부가가치세 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.9. 이의신청을 거쳐 2011.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

특수관계자 간 거래에는 일반적으로 「법인세법 시행령」 제89조 제4항에 따라 감정평가액의 50%를 기준으로 시가를 산정하는 것이므로 유사 임대사례가액으로 시가를 산정하여 부당행위 여부를 가리는 것은 부당하다. 청구인은 쟁점건물 시가의 50% 상당액을 기준으로 산정한 시가를 적용하여 임대료를 신고하였고, 쟁점건물의 임대료는 용도가 같은 다른 건물과 차이가 없으므로 저가임대에 해당하지 아니한다. 처분청은 비교대상건물의 가격, 위치, 현황이 쟁점건물과 유사하다고 보았으나, 비교대상건물 1층은 근린생활시설이고 쟁점건물의 1층은 교육연구시설로서 유사성이 없고, 쟁점건물은 전체를 학원으로 사용하나 비교대상건물은 2층 이상만 학원으로 사용할 뿐 1층은 소매점(OOO마트), 음식점(OOO) 등 임대료가 높은 근린생활시설로 사용되므로 입지조건이 유사하다고 하여 임대료가 동일하다고 볼 수 없다. 또한 쟁점건물은 비교대상건물의 2.3 ～ 3.9배가 넘는 대형 건물로서 소형 건물의 70% 정도인 대형건물의 단위면적당 임대료 현실을 고려할 때, 청구인이 신고한 임대료는 적정하므로 특수관계자에게 쟁점건물을 저가임대한 것으로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점건물과 비교대상건물은 일산동 학원밀집지역내에 도로를 사이에 두거나 바로 옆에 위치하는 등 입지여건이 유사하고, 임차현황도 부분과 전체의 차이는 있으나 학원밀집지역내에 위치하는 학원으로 유사하다. 청구인은 쟁점건물의 1층이 수익창출이 없는 단순한 로비로 사용되었으므로 비교대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 수입금액을 층별로 안분하는 것이 아닌 이상 로비도 수강상담실 등의 용도로 활용되고 있으므로 임대면적에서 제외할 수 없으며, 통상 임대료 결정시 업종보다 입지조건이 더 큰 비중을 차지한다는 점을 고려할 때 비교대상건물의 1층이 학원이 아니어서 비교대상에서 제외하여야 한다는 주장은 이유 없으므로 특수관계자에게 시가보다 저가로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물과 유사한 임대사례가액 산정시 비교대상건물의 1층을 비교대상에서 제외하여야 하는지 여부 및 2005년 임대보증금이OOO원인지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제98조(부당행위계산의 부인) ② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 제1호 내지 제3호 및 제5호(제1호 내지 제3호에 준하는 행위에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.

2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율등으로 대부하거나 제공한 때. (단서 생략)

(2) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(3) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제50조(시가의 기준) ① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자( 「소득세법 시행령」 제98조제1항 각호 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002년 10월경 쟁점건물(지하 2층 지상 5층, 연면적 4,218.17㎡)을 신축하여 2003년 3월부터 청구인이 대표이사로 있었던 주식회사 동성아카데미(2007.10.15.부터 주식회사 OOO으로 변경)에 임대하였으며, 청구인은 OOO의 대표이사로 재직하다가 2008.1.15. 사임한 것으로 나타난다.

(2) 당초 중부지방국세청장은 OOO에 대한 법인세 통합조사시 2005.11.18. 현재 쟁점건물의 감정평가액 OOO원의 50%인 OOO원에서 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율(4.2%)을 곱하여 산출한 금액(2005년 OOO원, 2006년 -OOO원, 2007년 OOO원)을 쟁점건물의 적정 차임으로 본 후, OOO이 특수관계자인 청구인에게 지급한 임차료가 적정 차임보다 높은 것으로 판단하여 부당행위계산부인하고 인정이자를 익금산입하여 법인세를 경정한 것으로 나타난다.

(3) OOO은 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원으로부터 2010.4.1. “비교대상건물은 쟁점건물의 바로 길 건너에 소재하여 유사한 위치에 소재하였다고 볼 수 있고, 쟁점건물과 비교대상건물 모두 건물의 일부분을 학원으로 임대하였으며, 쟁점건물 임대료의 시가 및 대가의 산정에서 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 임대가액이 존재하지 아니한다고 보기 어려우므로, 처분청은 비교대상건물 등의 임대가액을 재조사하여 쟁점건물의 시가 차임을 산정하는 것이 타당하다.”라는 결정을 받았다(조심 2009중2853, 2010.4.1.).

(4) 중부지방국세청장은 OOO에 대한 재조사를 실시하여, OOO이 2005년 및 2006년 중 지급한 임차료가 시가에 비해 과소하며, 청구인이 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 용역을 제공한 것이라는 과세자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다.

(5) 건축물대장 등에 의하면, 비교대상건물은 쟁점건물 바로 옆 또는 맞은편에 위치하고 있으며, 쟁점건물은 5층 건물 전체를 학원으로 임대하고 있고, 비교대상건물 중 OOO빌딩 1층은 닭갈비집, 돈까스집 등 음식점, 2 ～ 4층은 학원으로, OOO빌딩 1층은OOO, OOO 등 소매점과 음식점, 2 ～ 5층은 학원으로, OOO빌딩 1층은 OOO 안경점, 2 ～ 5층은 학원으로 임대하고 있는 것으로 나타난다.

(6) 중부지방국세청장은 쟁점건물과 비교대상건물의 층별 임대료 현황을 다음과 같이 조사하였고, 쟁점건물의 2005년 임대보증금을 OOO원으로 보았으나, 쟁점건물의 2005년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서에는 쟁점건물의 임대보증금이 OOO원으로 나타난다. 한편, 연면적 계산시 쟁점건물은 지하2층(주차장) 663.5㎡, OOO빌딩은 지하1층(주차장) 352.65㎡, OOO는 지하1층(주차장) 283.08㎡를 제외하고 산정한 것으로 나타난다.

(7) 청구인은 쟁점건물과 비교대상건물의 적정임대료 산출을 위해서는 동일 용도로 사용되고 있는 면적만을 비교하여야 하며, 쟁점건물의 1층은 로비로 사용되고 있는 반면, 비교대상건물의 1층은 소매점, 음식점 등으로 사용되고 있으므로 각 1층을 연면적에서 제외하여야 하며, 단위면적당 -25,237원의 차이는 임대건물의 크기, 학원전용 건물인지 여부 등에 따르는 당연한 차이라는 주장이다.

(9) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 임대료 산정시 용도가 다른 각 1층을 제외하여야 한다고 주장하나, 부당행위계산부인 규정 적용시 당해 부동산과 비교대상건물의 가격, 위치, 현황 등이 유사하다면, 특별한 사정이 없는 한 각 부동산 임차인의 사업의 형태가 반드시 일치하여야 하는 것은 아니라 할 것이고, 쟁점건물과 비교대상건물은 일산동 학원밀집지역내에 도로를 사이에 두거나 바로 옆에 위치하는 등 입지여건이 유사하며, 임차현황도 부분과 전체의 차이는 있으나 학원밀집지역내에 위치하는 학원으로 유사하고, 수입금액을 층별로 안분하는 것이 아닌 이상 로비도 수강상담실 등의 용도로 활용되고 있으므로 임대면적에서 제외할 수 없으며, 통상 임대료 결정시 업종보다 입지조건이 더 큰 비중을 차지한다는 점 등을 고려할 때 비교대상건물의 1층이 학원으로 사용되지 않는다는 이유로 비교대상에서 제외할 수 없다고 판단된다. 다만, 2005년 부가가치세 신고서 등에 쟁점건물의 2005년 임대보증금이 OOO원으로 신고된 점 등을 감안할 때 2005년 쟁점건물의 임대보증금은 OOO원으로 보이므로, 처분청이 임대료 산정시 적용할 쟁점건물의 2005년 임대보증금을 OOO원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.