2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 자신의 비용으로 AA시 OO구 OO동 529-2 지상 BBB 건물(이하, '이 사건 건물'이라 한다.)을 건축하고, 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따라 재단법인 BBB(이하, '이 사건 재단'이라 한다.)에 이 사건 건물의 관리를 위탁하였다.

나. 원고는 무상임대의 경우 관련 매입세액이 공제되지 않는 것으로 보아 이 사건 건물 신축비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지 의 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다.

다. 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세의 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제된다고 보고, 2011. 7. 25. 피고에게 2008년 제1기 부가가치세와 관련하여 매입세액 OOOO원을 공제하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2011. 10. 21. 위 매입세액은 공익목적으로 발생한 것일 뿐 부동산임대업과는 연관이 없다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다.

라. 원고는 다시 2011. 10. 25. 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세와 관련하여 이 사건 건물 신축에 든 매입세액 OOOO원을 공제하는 것으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2012. 1. 18. 이 사건 건물의 임대는 원고의 고유목적사업인 만화도시화 사업을 위한 것으로서 과세사업인 부동산임대업으로 분류되지 않는다는 이유로 부가가치세 경정을 거부하였다(이하 2011. 10. 21.자 부가가치세 경정거부처분과 2012. 1. 18.자 부가가치세 경정거부처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 조세법률주의 위반

다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물의 관리를 위탁한 것은 원고가 부가가치세법상의 사업자로서 용역을 제공한 것으로 이 사건 건물에 관한 매입세액을 공제하여야 한다.

① 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제12조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제38조 제3호는 지방자치단체의 부동산임대업을 부가가치세 과세사업으로 정하고 있을 뿐 그 목적의 공익 ・ 사익 여부나 유 ・ 무상 여부에 따라 과세대상을 나누고 있지 않으며, 원고는 다수의 부동산을 계속적 ・ 반복적으로 제3자에게 유상 또는 무상으로 임대하고 있으므로 원고는 부가가치세법상 사업자에 해당한다.

② 원고가 이 사건 건물의 관리를 위탁함으로써 이 사건 재단은 행정재산의 사용 ・ 수익허가를 받은 것으로 의제되는데, 그 실질은 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물을 무상임대한 것이다

③ 이 사건 재단은 원고만이 아닌 한국 전체의 만화산업진흥을 목적으로 하고 중앙행정기관 등의 예산지원도 받고 있으므로 이 사건 건물이 부동산임대업이 아닌 원고의 고유목적사업에 이용되고 있다고 볼 수 없다.

④ 용역의 무상공급은 과세표준을 산정하는 것이 용이하지 않아 과세대상에서 제외되나, 그에 대한 매입세액은 면세의 경우와는 달리 당연히 공제되어야 한다.

2) 조세평등주의 위반 - 민간 부분과의 형평성

피고는 특정회사가 자신이 지배주주인 자회사에 소유건물을 무상으로 빌려주는 경우에는 회사의 사업자등록상 부동산임대업이 등록되어 있다면 당해 건물의 취득과 관련하여 부담한 매입세액을 공제하여 주고 있다.

3) 예비적 주장

원고가 고유목적사업의 수행을 위하여 이 사건 건물 일부를 스스로 사용하고 있는 것이라면, 나머지 부분의 임대 또는 대관사업 역시 원고가 주체가 된다고 보아야 하므로, 이 부분에 관련된 매입세액 OOOO원(= OOOO원 × 전체면적의 73.4%)이 공제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

가) 원고는 1998. 11. 6. 한국만화문화의 창달과 만화산업의 진흥을 위하여 한국 만화계와 함께 이 사건 재단을 설치 ・ 운영하기로 하고 'BBB 설치 및 운영 조례'(이하, '이 사건 조례'라 한다.)를 제정하였는데, 2009. 6. 8. 원고 조례 2404호로 개정된 위 조례의 주요 내용은 다음과 같다.

- 다음 -

제1조(목적) 이 조례는 AA시가 한국만화문화의 창달과 만화산업의 진흥을 위하여 한국만화계와 함께 재단법인 BBB(이하, "진흥원"이라 한다.)을 설치하고, 그 운영에 필요한 사항을 규정함으로 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "CCC"이란 국내외 만화와 관련된 정보를 제공하는 만화종합 아카이브로써 한국만화박물관・한국만화도서관 등의 온라인・오프라인 모두를 총칭하며, 다음 각 목의 사업을 수행한다.

8. "DDD"란 만화산업의 활동과 관계되는 만화작가, 만화관련 업체・단체・기관, 연구・교육 시설 등을 집적화하여 만화의 창작, 비즈니스, 교육, 연구사업 등이 이루어지는 곳을 말한다.

제5조(관할시설의 구분) 진흥원은 다음 각 호의 시설을 관할한다.

1. CCC(한국만화박물관・한국만화도서관・상영관)

2. DDD

제6조(사업) 진흥원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. BBB 운영 및 관리

2. CCC 운영 및 관리

3. DDD 운영 및 관리

13. 그 밖의 만화산업 진흥을 위하여 AA시장(이하 "시장"이라 한다.)이 위탁하는 사업

제9조(운영재원) ① 진흥원의 운영 및 사업에 필요한 재원은 국비・도비 지원금, 시의 출연금과 보조금, 진흥원의 사업 수익금 및 그 밖의 수입 등으로 충당한다.

② 시장은 진흥원의 운영에 필요한 사업비와 경비를 출연금 또는 보조금 등으로 지원할 수 있다.

제12조(사무의 위탁) ① 시장은 만화문화의 창달과 만화산업 진흥을 위하여 사무의 일부 또는 전부를 진흥원에 위탁할 수 있다.

② 제1항의 사무위탁에 관한 사항은 협약에 따른다.

제13조(공유재산의 대부 및 물품의 관리 전환 등) ① 시장은 진흥원의 원활한 운영을 위하여 필요한 경우에는 관계 법령에 따라 공유재산의 무상 대부・사용허가・위탁 및 물품의 관리를 전환할 수 있다.

나) 원고는 2006. 3. 29. 이 사건 조례에 따라 이 사건 재단을 설립하였다. 이 사건 재단은 2007, 3. 1. 사업의 종류를 업태 : 만화콘텐츠제작 ・ 서비스, 종목 : 만화출판, 인터넷정보서비스 ・ 만화광고 ・ 홍보물제작 ・ 만화콘텐츠전시기획 ・ 영화상영업으로 하여 사업자등록을 하였다. 이 사건 재단의 정관의 주요사항은 다음과 같다.

- 다음 -

제2조(목적) BBB(이하, '진흥원'이라 한다.)은 만화문화의 진흥과 저변 확산을 통해 만화의 예술적, 교육적, 산업적 가치를 증대하여 한국만화산업을 육성・발전시키고 국제경쟁력을 강화하여 지역경제 활성화에 기여한다.

제5조(사업) ① 진흥원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. BBB(CCC・DDD) 운영

2. AAEEE 운영

12. 그 밖의 만화문화의 창달과 만화산업 진흥을 위하여 AA시장(이하 "시장"이라 한다)이 위탁하는 사업

제8조(임원의 선임) ① 이사는 당연직과 선임직 이사로 구분하며, 당연직 이사는 다음 각 호와 같다.

3. AA시 업무담당국장

7. OO도 업무담당 과장

⑤ 감사 2명 중 1명은 이사회에서 선임하고 1명은 AA시 업무담당 부서장을 당연직으로 한다.

제35조(보고 및 감사) ① 진흥원의 경영상황 및 필요한 사항에 대하여 시장의 요구가 있을 경우 이를 보고하거나 확인 ・ 검사하게 하여야 한다.

② 시장은 제1항에 따른 검사결과 위법 또는 부당한 사항이 있을 때에는 그 시정을 명하거나 그 밖에 필요한 조치를 할 수 있다.

제40조(잔여재산의 귀속) 진흥원의 해산 시 잔여 재산은 이사회의 의결을 거쳐 AA시에 귀속한다.

다) 한편, 원고는 2003.경부터 이 사건 건물 건립공사 사업을 시작하여 2009. 8. 13. OO동 건물에 관하여, 2009. 9. 15. 사무동 건물에 관하여 각 소유권보존등기를 마쳤다. AA시 홈페이지에 게시된 이 사건 건물 건립공사 사업에 관한 게시물(을 제1호증)의 주요내용은 다음과 같다.

- 다음 -

- 사업명 : BBB 건립공사

- 사업목적

만화의 기획, 참작, 전시, 판매 등 만화콘텐츠의 생산과 유통, 소비가 연계되는 일괄지원 체제 구축을 통한 만화산업의 국제 경쟁 강화

- 사업개요

?위치 : AA시 OO구 OO동 529-2번지(AAFFF단지 내)

?사업기간 : 2003. 9. 〜 2010. 1.

?사업규모 : 부지 26,541㎡/연면적 23,762㎡(지하 2층, 지상 5층)

?입주시설 : 만화박물관, 안화도서관, 상영관, 컨벤션홀, 아카데미, 만화창작실, 비즈니스홀, 문화콘텐츠 입주공간 등

?사업비 : OOOO원 (국비 OOOO원, 도비 OOOO원, 시비 OOOO원)

라) 이 사건 건물은 지하 2층(주차장, 기계실, 전기실, 근린생활시설), 지상 5층 (일반업무시설), 연면적 15,421.06㎡의 사무동 건물과 지하1층(공조실, 수장고), 지상 4층(상영관, 도서관, 전시장 등), 연면적 8,341.79㎡의 전시동 건물로 구성되어 있다.

마) AA시장(이하 '갑'이라 한다.)과 이 사건 재단 이사장(이하 '을'이라 한다.)은 2009. 8.경 다음과 같은 내용의 'BBB 운영 ・ 관리 위탁 협약'을 체결하였다.

- 다음 -

제1조(목적)

본 협약은 AA시 만화산업 진흥을 위하여 설립한 이 사건 재단 운영・관리를 효율적으로 수행하는 데 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(위탁의 범위)

① 갑이 을에게 위탁하는 업무는 다음 각 호와 같다.

1. BBB(CCC・DDD) 운영 및 관리

11. 그 밖의 만화산업 진흥을 위하여 갑이 위탁하는 사업 제3조(위탁기간)

본 협약은 2009. 8. 1.부터 효력이 발생되며 갑과 을의 쌍방간 해약의 의사표시가 없을 때에는 계속 하여 유효한 것으로 본다.

제4조(사업비)

갑은 BBB 운영 및 설치조례 제9조에 따라 위탁사업에 필요한 경비를 예산에 편성하여 을에게 지원하여야 한다.

제5조(준수사항) ① 을은 위탁사업의 운영관리 등을 추진함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 한다.

② 을은 갑이 위탁한 사업에 대하여 설립목적에 반하는 일체의 행위를 할 수 없으며, 이용시민의 편의를 도모하기 위하여 수시로 각종 시설물을 정비하여야 한다.

제7조(지도・감독) 갑은 을에게 위탁관리 업무와 관련하여 필요한 자료의 제출을 명할 수 있으며, 관계 법령 및 조례에 의하거나 업무상 필요하다고 인정한 때에는 업무명령, 회계검사를 할 수 있다.

바) 원고는 'BBB 운영 ・ 관리 위탁 협약'에 따라 이 사건 재단에게 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따른 이 사건 건물의 관리를 위탁하였는데, 이 사건 재단의 이 사건 건물 사용 ・ 수익허가 기간에 관하여 별도의 약정을 하지 않고 이 사건 재단으로부터 이 사건 건물 사용 또는 수익에 따른 대부료를 지급받고 있지도 않다. 이 사건 건물 중 전시동 건물 지상 1층은 상영관, 컨벤션홀로, 지상 2 내지 4층은 만화박물관으로 사용되고 있고, 사무동 지상 2 내지 4층은 창작실로, 5층은 이 사건 재단 사무실로 사용되고 있다. 이 사건 재단은 이 사건 건물 중 일부를 만화가 등 제3자에게 임대하여 주거나 또는 대관사업에 사용하고 있다.

사) 한편, 원고는 부동산임대업, 기타 운동시설운영업의 사업자등록을 하였고, GGG, HHH연구원에 AA시 OO동 36-1 AA OOO 301동을 대부료를 받고 사용허가를 하여 주는 등 행정재산을 유 ・ 무상으로 임대하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제16호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 매입세액 공제의 가부

가) 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식 에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 여기에서 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 구 부가가치세법 제17조는 그 제1항에서 과세업자의 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될' 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 같은 법 제17조 제2항에서 매입세액 불공제 대상으로 삼고 있는 제6호도 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)'이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 '사업'을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

한편, 지방자치법 제9조 제2항 제5호는 지방자치단체의 사무로 지방자치단체의 구역, 조직, 행정관리 등에 관한 사무 이외에도 '박물관 ・ 공연장 ・ 미술관 ・ 음악당 등 공공교육 ・ 체육 ・ 문화시설의 설치 및 관리', '지방문화 ・ 예술의 진흥'과 '지방문화 ・ 예술단체의 육성'을 포함하는 "교육 ・ 체육 ・ 문화 ・ 예술의 진흥에 관한 사무"를 지방자치단체의 사무로 예시하고 있다. 그리고, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호는 '대통령령으로 정하는 국가, 지방자치 단체 또는 지방자치 단체조합이 공급하는 재 화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다'고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제38조는 법 제12조 제1항 제18호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 원고가 이 사건 재단에 대한 이 사건 건물 위탁과 관련된 과세사업이라고 주장하는 부동산임대업 등 그 각 호에서 정하고 있는 일정한 용역을 제외한 것을 말한다고 규정하고 있다.

그리고, 부동산 거래행위가 사업활동의 일환으로 이루어진 것이어서 그에 따른 건물의 양도행위가 부가가치세법상 과세대상인 재화의 공급에 해당하고, 그로 인한 소득이 사업소득에 속하는가 여부는 그 거래가 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 한다(대법원 1994. 9. 9. 선고 93누17522 판결 참조). 위 법리는 부동산의 양도로 인한 소득이 부가가치세법상의 부동산매매업의 사업소득에 해 당하는지 양도소득세 법상의 양도소득에 해 당하는지 여부를 판단하는 기준을 직접적으로 규율하고 있다. 그러나, 원고가 이 사건 재단에게 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따라 이 사건 건물의 관리를 위탁한 것이 부동산임대업의 사업활동의 일환으로 이루어진 것인지 여부가 쟁점인 이 사건에서도 부동산임대업 사업 관련성 유무의 판단에 일응의 판단기준이 될 수 있다.

나) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음 ① 내지 ⑤와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 건물을 신축하여 이 사건 재단에게 이 사건 건물의 관리를 위탁한 것이 원고의 주장과 같이 원고의 부동산임대업 사업활동의 일환으로 이루어진 것으로 보이지 않고, 그 밖에 구 부가가치세법 시행령 제38조 각 호에서 정하고 있는 과세사업에 해당한다고 보이 지 도 않으며 , 면세사업에 해 당하는 원고의 BBB의 운영을 통한 문화예술진흥사업의 일환으로 보인다.

① 원고는 한국만화문화의 창달과 만화산업의 진흥을 목적으로 한국만화계와 함께 이 사건 재단을 설치 ・ 운영하기로 하고 그 설치 ・ 운영에 필요한 사항을 정하기 위하여 이 사건 조례를 제정한 후 그에 따라 이 사건 재단을 설립하고, 이 사건 재단의 운영을 통한 위 사업목적 달성을 위하여 이 사건 건물을 건축한 후 이 사건 재단에게 제공하였다.

② 전시동과 사무동으로 구성되어 있는 이 사건 건물의 구조 또한 이 사건 재단 의 운영목적 달성에 적합한 형태로 설계되어 있다.

③ 원고는 이 사건 건물을 신축한 후 이 사건 재단과 사이에 'BBB운영 ・ 관리위탁 협약'을 체결한 다음 이 사건 재단에게 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따라 이 사건 건물의 관리를 위탁하였는데 이 사건 재단의 이 사건 건물사용, 수익기간을 별도로 정하지 않았고, 이 사건 재단으로부터 대부료를 받고 있지도 않다.

④ 원고는 이 사건 재단에게 이 사건 건물의 관리를 위탁함과 동시에 이 사건 건물에 있는 CCC, DDD의 운영 및 관리 등 당초부터 예정된 사용 목적에 따른 운영 및 관리를 위탁하고 있고, 원고는 위탁사업에 필요한 경비를 예산에 편성하여 이 사건 재단에게 지원하여야 하며, 이 사건 재단은 위탁한 사업에 대하여 설립목적에 반하는 일체의 행위를 할 수 없고, 원고는 위탁관리 업무와 관련하여 필요 한 자료의 제출을 명하거나 업무명령, 회계감사 등을 통하여 이 사건 재단을 지도 ・ 감독할 수 있다.

⑤ 결국, 원고는 이 사건 재단의 설립 ・ 운영을 통한 한국만화문화산업의 진흥과 원고의 만화산업육성 및 경제활성화라는 목적달성을 위하여 이 사건 건물을 신축하여 이 사건 재단에게 관리를 위탁하고 있는 것으로 보일 뿐, 부동산임대업 사업활동의 일환으로 이 사건 건물을 신축하여 일시적으로 이 사건 재단에게 무상으로 임대하고 있는 것으로 보이지는 않는다.

다) 결국, 원고가 이 사건 재단에게 이 사건 건물의 관리를 위탁한 것이 원고의 부동산임대업의 사업활동의 일환으로 이루어진 것임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 조세평등주의 위반 여부

조세평등주의는 조세의 부과와 징수가 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이고, 위법한 행정처분이 수차례에 걸쳐 반복적으로 행하여졌다 하더라도 그러한 처분이 위법한 것인 때에는 행정청에 대하여 자기구속력을 갖게 된다고 할 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2008두13132 판결 참조).

원고의 주장과 같이 피고가 민간사업자에 대하여는 무상의 용역공급에 관련된 매입세액을 공제하여 준 바가 있다 하더라도 이러한 사정만으로 피고가 원고에 대하여 이 사건 건물 임대와 관련된 매입세액 공제여부를 판단할 때에도 그러한 기준을 따라야 할 의무가 있다거나 구체적인 사안에 따라 매입세액 공제 여부를 달리한 것이 조세평등주의의 원칙에 반한다고 할 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

4) 예비적 주장에 관하여

원고가 이 사건 건물을 이 사건 재단에게 사용 ・ 수익하게 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 건물 일부를 스스로 사용하고 있음을 전제로 한 예비적 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.