2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 컴퓨터 주변기기 및 핵심부품 제조, 판매업 등을 영위하는 회사로서 평택세관장으로부터 특허기간을 2001. 11. 15.부터 2011. 11. 14.까지로 하여 보세공장설영특허를 받아 평택시 청북면 한산리 833 소재 보세공장에서 DVD LOADER, DVD ROM 등을 생산하여 왔다.

나. 원고는 2003. 3.경 마이크로파이어스 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다.)에게 DVD 플레이어 주요부품인 ‘LOADER’(이하 ‘이 사건 재화’라고 한다.)를 보세구역에서 공급하였고, 이에 평택세관장은 2003. 3. 17. 수입자인 소외 회사에게 공급가액 2,682,733,000원의 수입세금계산서를 교부하였다.

다. 원고는 2003. 3. 17. 위 금액과 같은 금액을 공급가액으로 한 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다.)를 발행한 뒤 피고에게 2003년 1기 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 세금계산서의 공급가액을 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출하였다.

라. 피고는 원고가 평택세관장 발행의 수입세금계산서의 공급가액과 동일한 금액을 공급가액으로 하여 이 사건 세금계산서를 발행하고 그 공급가액을 매출처별세금계산서합계표에 기재하여 피고에게 제출한 것은 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 별지 관계법령에 기재되어 있는 부가가치세법을 통칭하여 ‘법’이라고 한다.) 제22조 제3항 제2호 소정의 매출처별세금계산서합계표 기재사항 중 공급가액의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 때에 해당한다는 이유로 2006. 9. 7. 원고에게 위 규정을 적용하여 2003년 1기분 부가가치세 53,654,660원(= 공급가액 2,682,733,000원 × 2/100)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다.).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고의 주장

평택세관장이 이 사건 재화의 수입자인 소외 회사로부터 재화의 수입에 대한 부가가치세를 징수하였으므로, 원고는 소외 회사에게 공급한 이 사건 재화의 공급가액 중 평택세관장이 부가가치세의 과세표준으로 삼은 관세의 과세가격과 관세, 특별소비세, 주세, 교육세, 교통세, 농어촌특별세의 합계액을 공제한 잔액에 대하여만 이를 공급가액으로 기재하여 소외 회사에게 세금계산서를 발행하였어야 한다. 그러나 원고는 평택세관장이 소외 회사에게 발행한 세금계산서상의 공급가액과 동일한 금액을 공급가액으로 하여 이 사건 세금계산서를 중복하여 발행하고 이러한 사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고하였는바, 이는 법 제22조 제3항 제2호 에서 규정하고 있는 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 때에 해당하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 원고의 주장

(가) 원고는 제품을 판매하고 그 대금을 회수하기 위하여 부득이하게 이 사건 재화의 공급가액 전액을 기재한 매출세금계산서를 발행할 수밖에 없었다. 그리고 위와 같이 매출세금계산서를 발행한 이상 이러한 사실을 매출세금계산서합계표에 기재할 수밖에 없으므로, 원고가 이 사건 재화의 공급가액 전액을 매출세금계산서합계표에 기재하고 이를 피고에게 제출한 데에 정당한 이유가 있다.

(나) 평택세관장이 소외 회사에게 수입세금계산서를 발행하여 교부하였으므로, 원고는 이 사건 세금계산서를 발행할 의무가 없음에도 불구하고 위와 같이 판매대금을 회수하기 위하여 부득이하게 의무 없는 행위를 하고 그러한 사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하여 피고에게 제출하였는바, 이는 공급가액의 축소신고 등으로 인한 과세관청의 과세권 행사를 방해하는 행위가 아닐 뿐 아니라 공급가액을 사실 그대로 기재한 것이므로 공급가액을 사실과 다르게 기재한 경우에도 해당하지 아니한다. 따라서 이는 법 제22조 제3항 제2호 따른 가산세의 적용을 받는 행위에 해당하지 아니한다.

(다) 이 사건 세금계산서는 평택세관장이 세금계산서를 발행한 뒤에 이중으로 발행된 세금계산서이므로 세금계산서로서의 효력이 없고, 따라서 이 부분에 대한 매출처별세금계산서합계표 기재 부분도 효력이 없다. 또한 법 제22조 제3항 에 규정되어 있는 사업자에 해당하기 위해서는 부가가치세 납세의무가 있어야 하는 것인데, 원고는 당초부터 이 사건 재화의 공급에 따른 부가가치세 납세의무가 없었으므로 위 사업자에 해당하지 아니한다. 따라서 원고가 공급가액을 사실과 다르게 기재하였다고 하더라도 이는 가산세 적용을 받는 행위에 해당하지 아니한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법 시행령 제48조 제8항 은 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법 제8조 에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항 의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항 에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 법 제8조 는 재화의 수입은 외국으로부터 우리나라에 도착된 물품(외국의 선박에 의하여 공해에서 채포된 수산물을 포함한다), 수출신고가 수리된 물품을 우리나라에 인취하는 것(보세구역을 경유하는 것은 보세구역으로부터 인취하는 것)으로 한다고 규정하고 있으며, 법 제13조 제4항 , 제23조 제3항 은 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세징수의 예에 의하여 징수하는데, 그 과세표준은 관세의 과세가격과 관세·특별소비세·주세·교육세·교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면, 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에는 하나의 거래가 재화의 수입 및 재화의 공급에 동시에 해당하게 되고, 이 경우에 공급가액 중 재화의 수입에 대하여 세관장이 부가가치세를 징수한 경우에는 세관장이 부가가치세 과세표준으로 삼은 관세의 과세가격 등은 재화의 공급으로 인한 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 소외 회사에게 이 사건 재화를 공급하였고, 평택세관장은 수입자인 소외 회사로부터 공급가액 2,682,733,000원을 과세표준으로 삼아 이 사건 재화의 수입에 따른 부가가치세를 징수하였는바, 위 2,682,733,000원은 이 사건 재화의 공급으로 인한 부가가치세 과세표준에서 제외된다고 할 것이다. 그럼에도 원고는 소외 회사에게 위 2,682,733,000원을 공급가액으로 하여 이 사건 세금계산서를 발행하였는바, 이는 세금계산서를 발행할 필요가 없음에도 발행한 것이 된다.

(2) 법 제22조 제3항 소정의 매출처별세금계산서합계표 부실기재 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부가가치세의 납세의무를 지는 사업자에게 세금계산서합계표의 기재사항을 사실대로 정확하게 기재하여 과세관청에 제출할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 이유 없이 이에 위배하여 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 사실과 다르게 기재한 때에 사업자의 고의·과실을 고려함이 없이 행정상 제재로 부과되는 가산세인바( 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두1772 판결 등 참조), 사업자가 정당한 이유로 세금계산서합계표의 기재사항을 사실과 다르게 기재한 때에는 위 매출처별세금계산서합계표 부실기재 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

(3) 갑 제4, 5호증, 갑 제6 내지 24호증의 각 1 내지 3, 갑 제25호증, 갑 제26 내지 38호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 원고는 소외 회사가 발행한 취소불능 내국신용장에 의한 거래를 하였는데, 원고는 위 신용장에 근거하여 소외 회사를 지급인으로, 신용장 개설은행인 국민은행 오산지점을 지급장소로 하는 일람출급환어음을 발행하고 위 어음을 거래은행에서 할인받는 방법으로 판매대금을 회수하여 온 사실, 국민은행 오산지점은 환어음 발행시 원고 발행의 세금계산서 사본을 첨부서류로 요구하여 왔고, 원고로부터 환어음을 매입하는 은행 또한 소외 회사가 원고로부터 재화를 공급받았다는 사실을 확인하기 위하여 원고 발행의 세금계산서 사본을 요구하여 왔던 사실이 인정된다.

(4) 법 제22조 제3항 소정의 가산세는 사업자가 매출처별세금계산서합계표 기재사항 중 공급가액의 전부 또는 일부를 사실과 다르게 기재한 경우에 부과하는 것인데, 위 인정과 같이 원고는 이 사건 세금계산서를 발행할 의무가 없음에도 불구하고 이 사건 재화를 소외 회사에게 공급하고 그 판매대금을 회수하기 위하여 부득이하게 이 사건 세금계산서를 발행하고 이러한 사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재한 뒤 이를 피고에게 제출하였다고 할 것인바, 비록 원고가 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한 금액을 공급가액으로 기재하였다고 하더라도 실제로 소외 회사에게 이 사건 세금계산서의 공급가액 상당의 이 사건 재화를 공급한 이상 이를 두고 공급가액을 사실과 다르게 기재한 경우라고 볼 수 없고, 또한 위와 같은 매출처별세금계산서합계표 기재경위에 비추어 원고가 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한 금액을 공급가액으로 기재한 데에 정당한 이유가 있다고 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 전광식(재판장) 김진옥 곽형섭

심급 사건

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