가. OOO 외 (이하 “청구법인”이라 한다)는 농업생산성의 증대와 농어촌의 경제·사회적 발전 기여를 목적으로 설립된 정부업무대행단체로 설립이후, 정부로부터 위탁받아 시행한 저수지와 그 주변 준설사업(<별지2> 기재, 이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대하여 부가가치세 면세를 적용하여 각 과세기간별로 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점용역이 부가가치세 면세사업에 해당되지 않는다고 보아 국세청 과세기준자문을 거쳐, 청구법인에게 <별지3>과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점용역은 부가가치세 면세사업인 수리시설개보수사업에 통상적으로 부수하여 공급되는 것으로 정부로부터 위탁받고 민간과 경쟁하는 분야도 아니므로「조세특례제한법 시행규칙」(이하 “조특법 시행규칙”이라 한다) 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호의 개정취지에 따라 정부업무대행단체의 면세사업에 해당됨에도 불구하고 처분청이 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점용역을 정부로부터 위탁받아 시행하였다고 하더라도 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호에서 정부업무대행단체의 면세사업 중 저수지와 주변 준설사업을 제외하도록 명확히 규정하고 있으므로 이를 부가가치세 면세대상에서 배제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

정부로부터 위탁받아 수행한 저수지와 그 주변 준설사업이 부가가치세 면세대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제14조(부수 재화 및 부수 용역의 공급) ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

(2) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.(이하 생략)

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세의 면제 등) ⑦ 법 제106호 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

4.「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.

(4) 조세특례제한법 시행규칙 제48조(부가가치세의 면제 등) ① 영 제106조 제8항 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

[별표10] 정부업무대행단체의 면세사업

(5) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제10조(사업) ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.

1.「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업(농업생산기반정비사업 지구에서의 하천 정비사업을 포함한다)

2. 농업기반시설의 유지·관리 및 이용에 관한 사업

14. 국가·지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 위탁받은 사업

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 이 건과 관련하여 국세청 과세기준자문신청에 대한 회신을 제시한바, 그 주요내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 과세기준자문 신청에 대한 회신

(2) 청구법인은 다음과 같은 내용으로 이 건 처분이 부당하다고 주장한다.

(가) 쟁점용역은 부가가치세 면세대상인 수리시설개보수사업에 통상적으로 부수되어 공급되었고 별도의 사업시행계획에 따라 수행되지 아니하였으므로 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호의 정부업무대행단체의 면세대상에 해당한다.

1) OOO는「OOO 및 농지관리기금법」(이하 ‘농어촌공사법’이라 한다) 제10조 제1항 제1호에서의「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업(농업생산기반정비사업 지구에서의 하천정비사업을 포함한다)을 수행하고 있고, 청구법인은 「농어촌정비법」제2조 제4호 가목의 농업생산기반정비사업 중 같은 조 제5호 나목의 농업생산기반개량사업에 속하는 수리시설개보수사업을 담당하고 있는바, 「농어촌공사법」제10조에서 규정하고 있는 수리시설개보수사업은 조특법 제106조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제106조 제7항 제4호와 제8항, 같은 법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호의 정부업무대행단체의 부가가치세 면세사업이다.

2) 처분청이 쟁점용역을 수리시설개보수사업시 부수하여 제공되는 것이 아니라 저수지와 그 주변 준설사업만을 목적으로 별도의 사업시행계획에 따라 수행한 것이라면서 그 입증자료로 아래 <표2>·<표3>과 같이 농어촌정비법에 따른 주요사업체계 및 수리시설개보수사업 분류를 제시하였으나,

이는 OOO가「농어촌정비법」에 따라 수행하는 각종 사업을 분류·표시한 것으로 이들 주요사업에 농어촌정비사업 및 수리시설개보수사업 등이 포함되어 있고 쟁점용역과 같은 용·배수로(영농편의)부문 등이 수리시설개보수사업에 포함되어 있는 것으로 나타나고,

또한, 수리시설개보수사업에 관한 농림축산사업시행지침에도 사업목적에 “저수지, 양·배수장 및 용·배수로 보수·보강, 저수지 준설, 안전진단 등을 통하여 재해예방, 물 손실 최소화 및 영농편의기반 구축”으로 기재되어 있음에도 불구하고, 처분청은 객관적인 증빙자료의 제시 없이 쟁점용역이 별도의 사업시행계획에 따라 수행되었다고 주장한다.

<표2> 농어촌정비법에 따른 주요사업체계

<표3> 수리시설개보수사업 분류

(나) 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표 10] 제3호의 개정취지에 따라, 쟁점용역이 정부로부터 위탁받은 사업이고 민간과 경쟁하는 분야가 아니므로 정부업무대행단체의 면세사업에 해당한다.

1) 2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정된 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호의 개정취지 및 개정 전·후의 내용은 아래 <표4>·<표5>와 같다.

<표4> 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10]의 개정취지

<표5> 조특법 시행규칙 [별표10] 제3호의 개정 전·후 내용

2) 위 개정이유의 “현재 정부업무대행단체로 면세되는 사업 중 … 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외함”은 정부업무대행단체로서 부가가치세가 면세되고 있는 기존 사업 중에서 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야의 사업이 면세대상에서 제외된다고 해석·적용하여야 하는 것이며, 청구법인은 위 개정이유에 따라 정부로부터 위탁받지 아니한 자체준설사업에서 발생하는 준설토 등의 부산물 판매분에 대하여는 세금계산서를 발행하고 부가가치세 과세분으로 신고·납부하였다.

3) 「농어촌정비법」제10조에 “농업생산기반정비사업은 OOO 또는 토지소유자가 시행한다”고 규정하고 있고 쟁점용역으로 수행된 저수지 등 수리시설의 대부분이 청구법인이 속한 OOO의 소유로 관련 법률에 따라 청구법인이 사업시행자로 선정된 것이므로 쟁점용역의 사업시행은 민간과 경쟁하는 분야가 아니다.

(다) 청구법인이 속한 OOO는「농어촌공사법」에 따라 국가가 자본금 전액을 출자하여 설립한 공법인으로 농어촌정비사업과 농지은행사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며, 농업인의 영농규모적정화를 촉진함으로써 농업생산성의 증대 및 농어촌의 경제·사회적 발전에 이바지함을 목적으로 하고 있고, 그 일환으로 수리시설개보수사업의 세부사업인 쟁점용역을 정부로부터 위탁받아 수행한 것이므로 쟁점용역을 부가가치세 면세대상에서 배제할 경우 예산상의 문제로 청구법인의 농어촌정비사업이 축소되고 농어촌에 지원되는 혜택이 감소되어 OOO의 설립 목적에도 저해되고,

또한,「조세특례제한법」이 “조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세(課稅)의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함”을 목적으로 하고 있으므로 효율적인 조세정책 운용으로 국민경제의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 목적에도 부합하지 않는다.

(3) 처분청은 다음과 같은 이유로 이 건 처분이 정당하다는 의견이다.

(가) OOO와 OOO가 가뭄 등으로 추가 저수용량 확대가 필요한 경우에 저수지준설 사업시행계획을 별도 수립하여 OOO에게 사업시행을 위탁하였으며, 청구법인이 <별지2>와 같이 저수지 준설사업계획 및 세부설계·감리를 직접 수행하고 토사준설 등의 시공은 동 준설사업 입찰공고를 통하여 도급을 주어 수행한 것으로 이 건 쟁점용역이 저수지와 그 주변 준설사업만을 목적으로 한 별도의 사업시행계획에 따라 수행한 이상, 수리시설개보수사업을 수행하는 과정에서 부수적으로 제공한 것이라 인정하기 어려워 보이고,

「부가가치세법」제14조 제1항 제2호의 “거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 재화 또는 용역은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함된다”고 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점용역을 부가가치세가 면세되는 주된 사업에 부수된 용역이라고 주장하는 것은 받아들이기 어렵다.

(나) 청구법인이 제시한 아래 <표6>의 2010.4.20. 개정된 조특법 시행규칙 [별표10]의 개정이유에 “...현재 정부업무대행단체로서 면세되는 사업 중 OOO의 상품권 발행사업, OOO의 저수지와 그 주변 준설사업 등 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외한다”고 기재되어 있어 이를 구체적으로 살펴보면,

<표6> 2010.4.20. 개정된 조특법 시행규칙 [별표10]의 주요내용

1) OOO은 상품권 발행사업을 면세사업에서 제외하였고, OOO는 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하였으며, OOO를 정부업무대행단체로 추가 신설하면서 정부로부터 위탁받아 수행하는 업무를 면세사업으로 포함하도록 하는 등 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 사업범위를 정비한 것으로 개정이유의 “...정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나..”의 문구는 OOO의 면세사업 신설에 따른 내용을 포함하기 위한 표현이고 “민간과 경쟁하는 분야에서..”의 문구는 OOO의 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하기 위함임에도 불구하고 청구법인은 “...정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나..”의 문구를 이 건쟁점용역에 적용하여 정부로부터 위탁받은 사업으로 면세사업에 해당한다고 주장하는 한편,

조특법 시행규칙 [별표10]에서 “저수지 및 그 주변 준설사업을 부가가치세 면세대상에서 제외한다”고 규정하고 있어 쟁점용역을 자체준설사업 또는 정부 위탁에 의한 준설사업인지에 따라 과세·면세의 여부를 적용할 것이 아니라 관련 법규의 문언상 그대로 적용하여야 하므로 청구주장은 지나친 유추 또는 확장해석이다.

2) 농림축산사업시행지침에서 OOO가 지방자치단체로부터 저수지준설사업 기본계획을 제출받아 준설대상 사업자를 선정하고 지방자치단체로 하여금 기본조사 등 사업을 수행하도록 하고 있으며, 지방자치단체는 사업시행자에게 세부설계 및 사업시행계획을 수립하도록 조치하고 세부설계는 「엔지니어링산업진흥법」제21조에 따라 신고증을 교부받은 자에게 위탁하여 시행할 수 있도록 규정하고 있으므로 쟁점용역의 경우 정부 또는 지방자치단체가 세부설계 및 사업시행계획을 위한 사업시행자를 선정함에 있어 청구법인을 특정하여 위탁하여야만 하는 강제사항이 아니고 사업능력을 갖춘 민간과의 경쟁을 통한 용역제공이 가능한 사업으로 민간과 경쟁하는 분야가 아니라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(다) 청구법인은 정부업무대행단체로 공익사업을 주된 사업으로 하고 있으나, 사업목적이 영리·비영리를 불문하고 사업자가 부가가치세 과세대상이 되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세 납세의무가 있고 사업자에는 개인, 법인(국가, 지방자치단체와 자치단체조합을 포함한다), 법인격 없는 사단·재단 또는 그 밖의 단체를 포함하고 있으며,

조특법 제106조 제1항 6호에 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제7항 4호에 “OOO를 정부업무대행단체”로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제8항에 “면세사업의 범위를 그 고유목적사업으로 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역”으로 규정하고 있고 같은 법 시행규칙 제48조에 “정부업무대행단체의 면세사업의 범위를 [별표10]”에 열거하면서 [별표10] 제3호에 “OOO 및 농지관리기금법에 따른 OOO의 면세사업은「OOO 및 농지관리기금법」제10조에 규정된 사업. 다만, 농업기반시설의 임대사업, 지하수자원 개발사업, 저수지와 그 주변 준설사업 및 「폐기물관리법」제30조 제1항에 따른 폐기물처리시설 검사업무는 제외한다”고 규정하고 있으므로 쟁점용역은 청구법인의 설립목적과 관계 없이 부가가치세 면세대상에서 제외되는 것이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면세대상인 수리시설개보수사업에 통상적으로 부수하여 공급되었고 조특법 시행규칙 제48조 제1항 및 같은 규칙 [별표10] 제3호의 개정취지에 따라 쟁점용역이 정부로부터 위탁받은 사업이고 민간과 경쟁하는 분야가 아니므로 정부업무대행단체의 면세사업에 해당한다고 주장하나, 쟁점용역이 수리시설개보수사업을 수행하는 과정에서 부수적으로 제공한 것이 아니라 저수지와 그 주변 준설사업만을 목적으로 한 별도의 사업시행계획에 따라 수행한 것으로 「부가가치세법」제14조 제1항 제2호에 따라 부가가치세가 면세되는 주된 사업에 부수된 용역으로 인정하기 어려운 점, 조특법 시행규칙 [별표10] 제3호에 ‘정부업무대행단체의 면세사업 중 저수지와 그 주변 준설사업은 제외한다’고 명확하게 규정하고 있는 점, ‘정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야는 면세대상에 제외한다’는 개정취지가 OOO를 정부업무대행단체로 추가 신설하면서 정부로부터 위탁받아 수행하는 업무를 면세사업으로 포함하고, 관련 법규에 따라 민간과 경쟁하는 OOO의 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하기 위하여 구체적으로 명문화한 것으로 보이는 점, 쟁점용역이 정부로부터 위탁받아 수행한 업무이므로 부가가치세 면세대상이라는 청구주장은 법문언을 지나치게 유추 또는 확장해석한 것이라 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점용역을 부가가치세 면세대상에서 배제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 청구인 및 처분청 명세

<별지2> 쟁점용역 사업의 주요내용

<별지3> 부가가치세 경정·고지세액 명세